9 genomes BUD0005 29 proteins a Hsa Halobacterium sp. NRC-1 b Hma Haloarcula marismortui f Hvo Haloferax volcanii g Hbo Halogeometricum borinquense h Hmu Halomicrobium mukohataei i Hut Halorhabdus utahensis j Hla Halorubrum lacusprofundi q Nph Natronomonas pharaonis x Hwa Haloquadratum walsbyi VNG0319 VNG0768 VNG2014 rrnAC0812 rrnAC1807 rrnAC3175 HVO_0799 HVO_1186 HVO_1863 Hbo0374 Hbo0736 Hbo1738 Hmu0875 Hmu1525 Hmu2578 Hut0293 Hut0563 Hut0685 Hut2683 hla0891 hla0922 hla2610 hla2692 NP0378A NP1130A NP2276A HQ1100A HQ1490A HQ2350A

Pairwise sequence scores
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340	rrnAC0812	360	413	562	479	412	437	441	424	430	211	226	234	224	232	218	210	225	243	217	224	225	212	218	200	205	235	218	218	239
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323	hla2692	237	220	226	238	213	206	210	208	229	360	602	350	363	350	319	350	356	366	203	229	285	251	243	225	245	246	268	253	236
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330	hla0922	231	213	224	212	216	235	227	202	237	241	229	232	224	223	211	210	214	219	270	1514	381	358	360	350	387	403	376	384	384
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371	HVO_1863	228	210	235	214	239	221	216	218	219	273	246	242	262	260	253	235	229	261	310	403	450	439	496	458	496	632	433	465	431
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380	rrnAC3175	233	209	218	229	255	211	218	216	215	264	253	236	254	244	229	228	228	231	274	384	412	453	473	410	495	465	473	604	488
391	Hmu2578	248	217	239	219	277	235	251	223	227	232	236	240	243	240	230	241	202	233	285	384	395	423	418	391	444	431	433	488	568

205 symbols
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Hbo1738         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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Hut2683         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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hla2692         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::MSTVQSDAV:VE:A
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NP1130A         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::MSATA:AATA
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Hut0293         :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::MTAT:
hla0922         VRPRGVRRDGLRGRVERDRAHRRPHGVRRDRPRTQHPLQQPLHQRMSTTQSLAQTTEQ::
NP2276A         :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::MSATTE::A
VNG2014         :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::MSAPNS::S
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Hbo1738         :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::MSAT:N:::
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Hut2683         :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::MSAK:T::P
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Hbo0374         D:::::::YTDE:Q::I::::ESVGA::R::RA:N::EAI:::::Q:::RL:R::::KSE
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HQ2350A         ::::::::YT:E::Q:V:::::SVAA::R::RA:N:::AI:::::Q:::RL:Q::::KS:
VNG0319         T::::::::TP:QH:::S::Q:H::ERT:::::RL:G:::D::::::::N::AI:EDADH
hla2692         G:::::::::A:QAS::R:::EN:AEQT:::::RL:::::D::::::::N:SAV::DA:A
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hla0922         :QSAES::PAS:AD:LA:F::EE:A:::T:::A:::::DV:::P::I:::IVQ::QD:VQ
NP2276A         D:::::::--S::T:LRR:::NR:EE::V:I:::::::DVD::P::I::::V:::RD::A
VNG2014         :AE:::::SQD::T:LKS:::E::::::L:::::::::DVD::P::I::::V:::SK::T
HQ1100A         NADE::::DRS::E:LKN::VS::Q:::M::::::::::V::::::I::::V:::RD::T
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Hbo1738         :PTAN:::ELS::D:LKQ::QE::Q:::M::::::::::VE::P::I::::V:::RD::T
HVO_1863        D:::::::D:S::D:LKQ::L:R:K:::M:::::::::DV:::P::I::::V:::RD::T
Hut2683         :REES:::TAS::Q:LR:F:KR::S:::M::::::::::VN::P::I::::V:::S:::P
rrnAC3175       :E::::::EPS::E:LKSF:AE::S:::M::::::::::V:::P::I::::V:::KD::S
Hmu2578         D:::::::EPS::E:LA:F:KE::NN::L::::::::::V:::P::I::::V:::K:::S

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Hbo0374         E:E:::::RARS:::::::VG::::
hla2610         ::::::::RARS::::::PQG::::
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VNG0319         :L:V:R:::::S:::K:A:S:::::
hla2692         :I:V:::::::G:::M:::A-::::
Hmu0875         :I:::::::::::::K:::C-::::
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HQ1490A         ::S::::::::G:::K:::LESANC
NP1130A         ::SV:::::::G:::K:D:VYGGS:
HVO_0799        ::TV:::::::G:::K:::V-::::
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