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[O] (RPT1) COG1222 ATP-dependent 26S proteasome regulatory subunit
9 genomes BUD0011 18 proteins
a Hsa
Halobacterium
sp. NRC-1		 b Hma
Haloarcula
marismortui		 f Hvo
Haloferax
volcanii		 g Hbo
Halogeometricum
borinquense		 h Hmu
Halomicrobium
mukohataei		 i Hut
Halorhabdus
utahensis		 j Hla
Halorubrum
lacusprofundi		 q Nph
Natronomonas
pharaonis		 x Hwa
Haloquadratum
walsbyi

VNG0510

VNG2000

rrnAC3190

rrnAC3546

HVO_0850

HVO_1957

Hbo0686

Hbo1826

Hmu0960

Hmu2566

Hut1059

Hut1860

hla0340

hla1241

NP1524A

NP5038A

HQ1544A

HQ3115A

Pairwise sequence scores
Consensus score3017 VNG0510 hla0340 NP1524A HQ1544A HVO_0850 Hbo0686 Hut1059 rrnAC3546 Hmu0960 NP5038A Hut1860 rrnAC3190 Hmu2566 VNG2000 hla1241 HVO_1957 Hbo1826 HQ3115A
2275VNG0510 2737 2158 2170 2182 2189 2213 2199 2240 2256 1743 1718 1760 1728 1817 1776 1733 1789 1845
2447hla0340 2158 3178 2418 2513 2560 2578 2434 2493 2441 1738 1740 1776 1772 1727 1769 1794 1790 1809
2522NP1524A 2170 2418 3010 2464 2530 2574 2528 2595 2561 1766 1765 1793 1790 1729 1833 1785 1851 1832
2496HQ1544A 2182 2513 2464 3002 2625 2717 2449 2549 2526 1697 1721 1757 1757 1738 1769 1804 1827 1825
2522HVO_0850 2189 2560 2530 2625 3019 2762 2493 2574 2585 1720 1756 1776 1781 1761 1742 1790 1832 1826
2589Hbo0686 2213 2578 2574 2717 2762 3016 2529 2615 2610 1727 1756 1819 1769 1780 1751 1808 1824 1822
2584Hut1059 2199 2434 2528 2449 2493 2529 2993 2648 2598 1793 1860 1865 1876 1837 1858 1794 1874 1876
2640rrnAC3546 2240 2493 2595 2549 2574 2615 2648 3012 2749 1805 1820 1881 1850 1808 1856 1853 1904 1888
2592Hmu0960 2256 2441 2561 2526 2585 2610 2598 2749 3015 1789 1804 1873 1841 1822 1823 1829 1906 1960
2025NP5038A 1743 1738 1766 1697 1720 1727 1793 1805 1789 2982 2196 2297 2127 2154 2144 2165 2092 2215
2060Hut1860 1718 1740 1765 1721 1756 1756 1860 1820 1804 2196 2981 2403 2316 2136 2200 2178 2079 2203
2120rrnAC3190 1760 1776 1793 1757 1776 1819 1865 1881 1873 2297 2403 2996 2488 2201 2210 2188 2145 2259
2055Hmu2566 1728 1772 1790 1757 1781 1769 1876 1850 1841 2127 2316 2488 2888 2097 2132 2063 2140 2092
2034VNG2000 1817 1727 1729 1738 1761 1780 1837 1808 1822 2154 2136 2201 2097 3054 2157 2081 2075 2261
2087hla1241 1776 1769 1833 1769 1742 1751 1858 1856 1823 2144 2200 2210 2132 2157 3019 2312 2265 2367
2090HVO_1957 1733 1794 1785 1804 1790 1808 1794 1853 1829 2165 2178 2188 2063 2081 2312 3075 2324 2410
2107Hbo1826 1789 1790 1851 1827 1832 1824 1874 1904 1906 2092 2079 2145 2140 2075 2265 2324 2907 2408
2152HQ3115A 1845 1809 1832 1825 1826 1822 1876 1888 1960 2215 2203 2259 2092 2261 2367 2410 2408 3039 

432 symbols
consensus       ---------------------MPDTVDRVDLPYDPD-MSQQERLEALREHLERLESVNEE
#oth            111111111111111111224232223325343243342662226223543784572242
VNG0510         :::::::::::::::::::::---------------:-----------------------
hla0340         MYPASSPPPETSYARDALLRT:T::::D:E::::EGSA:R::KI:S:Q:E:DV:::Q:::
NP1524A         ::::::::::::::::::::::T::::D:::::EDG:A::::K::::E:R::I::QQ:::
HQ1544A         ::::::::::::::::::::::S:::ND::::::EETA::::KIQ::::R:DI:::Q:::
HVO_0850        ::::::::::::::::::::M:T::::D::::::K:SA::::KIT::Q:R::V::TQ:::
Hbo0686         ::::::::::::::::::::::T::::D::::::E:AA::::KIQ::Q:R:DI:::Q:::
Hut1059         ::::::::::::::::::::::T::::D::Q:::D::V:K::KI:::E:Q:DL:::Q:::
rrnAC3546       ::::::::::::::::::::::T::::E::M:::D::A:::QKI:::Q:R::V:::Q:::
Hmu0960         ::::::::::::::::::::::T::::E::::::D::A::::KI:::Q:R::V::DQ:::
NP5038A         ::::::::::::::::::MSHS:SLP::PT:NL::E:::EA:::A:::N:FIEVSQ:H::
Hut1860         ::::::::::::::::::MSRS:SLP::PT:DL::E:::PS:::A::E::YAKVVR:::Q
rrnAC3190       ::::::::::::::::::MSRS:SLPE:PR:EL:::::TPD:::::::::FKEIVQ:::Q
Hmu2566         :::::::::::::::::::::---------:DL:::::TPE:::::::D:F:QIVE::D:
VNG2000         ::::::::::::::::::MSRS:SLP::PT:DV::E:STPA:::N::QD:YVDIVA::G:
hla1241         ::::::::::::::::::MSHS:SLP::PR:EL::E:::ET:::::I:Q:YR:ILQ::D:
HVO_1957        ::::::::::::::::::MSRS:SLPE:PH:DL::E:::DA:::S:::Q:F::MVD::R:
Hbo1826         :::::::::::::::::::::---------------:::DA:::S:::Q:F:::RE::R:
HQ3115A         ::::::::::::::::::MSRS:SLPE:PR:DL::E:::DA:::S:I:K:Y:::LT::::

consensus       LRDKLLDANAENNKLQQKLERLTHENKKLKQSPLFVATVQELTDDG-VVIKQHGNNQEAL
#oth            1543.43262237315321352421.24..121112.11112252122221.......11
VNG0510         M::R::::::::::Y:::::::S::::::::::::I::::::::E::A::::::::::::
hla0340         M:::::::::::::Y::::::::::::::::::::::::::I:P:::A::::::::::::
NP1524A         M:::::::::::::Y::::::::::::::::::::::::::::GE:::I:::::::::::
HQ1544A         M:::::::::::::Y::::::::::::::::::::::::::I:NN::I::::::::::::
HVO_0850        M::::::T::::::Y::::::::::::::::::::::::::I::E:::I:::::::::::
Hbo0686         M:::::::::::::Y::::::::::::::::::::::::::I::E:::I:::::::::::
Hut1059         M::E::::::::::YK:::::::::::::::::::::::::::E::::::::::::::::
rrnAC3546       M:::::::::::::Y:::::::::::::::::::::::::::SS::::I:::::::::::
Hmu0960         M:::::::::::::Y:::::::::::::::::::::::::::::E:::::::::::::::
NP5038A         :A:Q:E::RERQSE:HEEVSE:QA::EA::T:S:YL:::E:::::Q::LL::::::::VI
Hut1860         :QQ::DA:QETQRS:VEDVDT:ER::QA::TAS:YI::AE:V::::::IVR:::::::V:
rrnAC3190       :TEQ:DA:RDRQHD:TDEVDQ:ER::ET::T:S:YI::AE:::::::::V::::::::V:
Hmu2566         :ESQ:DA:KDRRRS:TDDVD:IER::EM::T:S:YI::AE:V::::::IV::::::::V:
VNG2000         :QAQ:D:VE:RREE:REEVN::QR::ET::TAS:YL:::ED:PE::SA::::::::::V:
hla1241         :E:R:D::QDRRGE:KSDVDG:KR::EV::TTS:YI:S:E:I::::::::::::::::V:
HVO_1957        :DQR:QN:DDRHAE:VDEVDQMKAR:EA::TASYYI:::E::::::::I:::::::::V:
Hbo1826         :D:R:TE:TDRRDD::SEVDQ:KRR:ET::T:S:YI:::E:V::::::::::::::::V:
HQ3115A         :DER:T::TETQSE::SEVDK:KRR:ET::T:S:YL:S:E::::N:E:::::::::::V:

consensus       TEVTDELR-EDLEPGDRVAVNNSLSIVKVLDDETDVRARAMQVDESPDVTYADIGGLDDQ
#oth            .253562616623213...2.1.132255.26.2.2..11.11451.41315....114.
VNG0510         :::::::::AT::::S:::::::::V:RQ::::A:::::V:E::D::::G:E::::::::
hla0340         ::I:A:M:::K:N:D::::::::::V::K:EK:::::::V:::EH::::::::::::EE:
NP1524A         :::::DM:::::A:D:::::::::::::R::S:::::::V:::::::::S:E::::I:::
HQ1544A         ::::::M::TE:::DT:::::::::V::R::::::::::V:::EH::SIR:D:::::ET:
HVO_0850        ::::::M:::E:::DA::::::::::::R::K:::::::V:::EH::::::E:::::EE:
Hbo0686         ::::::::::::::DS::::::::::::R::N:::::::V:::EH::::S:::::::EQ:
Hut1059         ::::E:M:::::::D:::::::::::::T:E::::::::V::::Q::::::Q::::::::
rrnAC3546       ::::::M:::E:::D:::::::::::::Q::::::::::V::::Q:::::F:::::IEE:
Hmu0960         ::::::M::DG:::DS::::::::::::R::::::::::V::::Q::E::::::::IEE:
NP5038A         :D:SPR:Y:NQ::A:::::I:D:FA:QT:::A:::A::Q::EIS:R:::G::::::::E:
Hut1860         ::LPSG:V:DEV:A:::::I:D:FNLKAT:SA:::S::Q:::::G::E:::D:::::EA:
rrnAC3190       :::SPSI::DG::A:::::I:D:FGVKQI::P:::A::Q:::::G::::S:S:::::EE:
Hmu2566         :::SPSM:::R::A:::::I:D:F:VKEI:EG:K:A::Q::E::G::::::D:::::EA:
VNG2000         ::LSPR:A:DT::V:::::I:D:F:VQR:::::::A::Q::E:::::S::::::::::::
hla1241         :QASTT:E:S::R::::::N:D:FAVQQ:::::::S::Q::E:T:::::::D::::I:::
HVO_1957        ::FAPS:NID:I:::::::I:D:FAVQT:::::::A::Q::E:V:::T:::D::::I:E:
Hbo1826         :DTSPH:E:SQV:A:::::I:D:FA:QT:::::::A::Q::E::A::::::D::::I:::
HQ3115A         ::LSSR:D:G:::A:::::I:D:FA:QQ:::::::A::Q::EI:A::Q:::T::::I:::

consensus       MREVREAVEMPLENPEMFEEVGIDPPSGVLLHGPPGTGKTMLAKAVANQTDATFIKMAGS
#oth            33....1..4.274133.35..14..1....1........11.....1111.1.......
VNG0510         L:::::T::L:MKD:GL::T:::N::::::::::::::::LM:::::S::::S:::::::
hla0340         :Q::::T::::::H:D:::D:::T:::::::Y::::::::::::::::E:::::::::::
NP1524A         :E::::T::::I:S::::D:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
HQ1544A         :Q::::T:::::KS:::::T:::Q:::::::Y::::::::::::::::::::S:::::::
HVO_0850        :Q::::T:::::DR::::A::::::::::::Y::::::::::::::::::N:S:::::::
Hbo0686         :Q::::T::::::S::::DQ:::Q:::::::Y::::::::::::::::::N:S:::::::
Hut1059         VS::::T:::::KS::::D:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
rrnAC3546       :E::::T:::::KS:::::D::::::::::::::::::::::::::::E:::::::::::
Hmu0960         :E::::T::L::KS:::::D::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP5038A         I::::::::D::T::GK::::::E::T:::::::::::::::::::::::::::::::::
Hut1860         I::::::::E::L:A:Q:R:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
rrnAC3190       I::::::::E::V:A:Q:R::::E::::::::::::::::::::::::E:::::::::::
Hmu2566         I::::::::E::I:A:Q:R::::E::::::::::::::::::::::::E:::::::::::
VNG2000         L::::::::D::V:::K:DA::VE::::::::::::::::::::::::::::S:::::::
hla1241         I::::::::D:::D::Q::A::V:::::::::::::::::::::::::ES::::::::::
HVO_1957        V::::::::Q::::::::A::::::::::::Y::::::::::::::::E:N:S:::::::
Hbo1826         V::::::::D::S:::::AK::VE::::::::::::::::::::::::E:::::::::::
HQ3115A         V::::::::D::T::AL:::::VE::::::::::::::::::::::::E:::::::::::

consensus       ELVHKFIGEGAKLVRDLFELAREREPAVIFIDEIDAIAAKRTDSKTSGDAEVQRTMMQLL
#oth            ...2......11......31.3343.212.......2.1...1.................
VNG0510         ::::::::::::::::::QV::DH::::V:::::::::S:::::::::::::::::::::
hla0340         :::::::::::::::::::V:::NQ:::L:::::::::S:::::::::::::::::::::
NP1524A         ::::::::::::::::::::::QEV:::V:::::::::::::E:::::::::::::::::
HQ1544A         :::::::::::::::::::V:::N::::::::::::::S:::::::::::::::::::::
HVO_0850        :::::::::::::::::::V:::N::::::::::::::S:::::::::::::::::::::
Hbo0686         :::::::::::::::::::V:::N::::::::::::::S:::::::::::::::::::::
Hut1059         ::::::::::::::::::::::QH::S:L:::::::::::::::::::::::::::::::
rrnAC3546       ::::::::::::::::::::::QE::::V:::::::::::::E:::::::::::::::::
Hmu0960         ::::::::::S:::::::::::NE::::V:::::::::::::::::::::::::::::::
NP5038A         :::Q:::::::R:::::::::A:::::I::::::::::::::E:::::::::::::::::
Hut1860         :::R:::::::::::::::::A:::::I::::::::L:S:::::::::::::::::::::
rrnAC3190       :::R:::::::R:::::::::A:::::I::::::::::::::E:::::::::::::::::
Hmu2566         :::R:::::::R:::::::::AD:::::::::::::::::::E:::::::::::::::::
VNG2000         :::R::::::SR:::::::::EQKD::I::::::::V:::::::::::::::::::::::
hla1241         :::R:::::::R:::::::::G::::::::::::::V:::::::::::::::::::::::
HVO_1957        :::Q:::::::R::::::K::A::::V:V:::::::V:S:::::::::::::::::::::
Hbo1826         :::R:::::::R:::::::::AD:::::::::::::V:S:::::::::::::::::::::
HQ3115A         :::R::::::SR::::::D::A::::::::::::::V:S:::::::::::::::::::::

consensus       SEMDGFDERGEIRIIAATNRFDMLDRAILRPGRFDRLIEVPKPDVEGRERILQIHTREMN
#oth            1.....12..31111..........3...............3.3931154.14..237.2
VNG0510         ::::::::::D::::::::::::::::::::::::::::::H:N:G:::K:FR::::A::
hla0340         :::::::::::V:::::::::::::P:::::::::::::::::NT::::I:F:::::K::
NP1524A         A:::::ED::Q:S:::::::::::::::::::::::::::::::F::::I:FD::::D::
HQ1544A         ::::::::::DV:::::::::::::E:::::::::::::::::GI:::KI:F::::::::
HVO_0850        A:::::::::N::::::::::::::P:::::::::::::::::NED:::I:F:::::K::
Hbo0686         ::::::E:::D::::::::::::::P:::::::::::::::::::::::I:F:::::N::
Hut1059         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::ET:::Q:FK::::G::
rrnAC3546       :::::::D::D::::::::::::::::::::::::::::::N::L:::KQ:F:::::S::
Hmu0960         :::::::::::::L::::::::::::::::::::::::::::::Y:::KQ:F:::::G::
NP5038A         :::::::R::D:S::::::::::::::::::::::::::::E::I:::TQ:::::S:G:Q
Hut1860         :::::::D:::::::::::::::::::::::::::::::::E::::::::::E:::::::
rrnAC3190       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::N::::::::::E:::Q:::
Hmu2566         :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::N::FD::T:::E:::EQ:E
VNG2000         ::::::::::D::::::::::::::S:::::::::::::::N:NPDA:::::E::AG:::
hla1241         :::::::D:::V::M::::::::::E:::::::::::::::E:NA:::A:::E:::QD::
HVO_1957        :::::::D::D::::::::::::::E:::::::::::::::::A::::RH::D::::D::
Hbo1826         :::::::D::::::M::::::::::E:::::::::::::::N::P::IVK::E:::::::
HQ3115A         :::::::::::::::::::::::::E:::::::::::::::::GH::::Q::E::::D::

consensus       VADDVDFEELAEDTDDASGADIKALCTEAGMFAIRDDRTEVTMADFDDAWEKIQAEDEDD
#oth            222522376314336351..222122.....1...13.111666.186.51.36565666
VNG0510         :::S:::G:::A::G:L::::V::I::::::::::::::::R:Q::QS:R::LDQDS:PA
hla0340         L:S:IN:D::::M:P:::::::::I:::::::::::::::::LD::LG:H::L:QD::TG
NP1524A         :::G::YT::::MA:N::::::::I::::::Y:::::::::RHE::EQ::R:::ETE:A:
HQ1544A         :S:N:E::Q:::MA::::::::::I::::::::::E::::IG:G::IE::::::S:SNT:
HVO_0850        :S:::::V::::MA:N::::::::V:::::::::::::::IF:Q::V:::::::Q:AS:E
Hbo0686         :::::::HQ:::MA:E:::::V::I:::::::::::::::IY:G::VS::::::::AD::
Hut1059         L:ET::::S::AEAT:::::E:::I:::::::::::::::::E:::R:::::::::ES::
rrnAC3546       ::::::::A::::IQ::::::V::I:::::::::::::::::::::HN::::::Q:ET::
Hmu0960         ::::::::R::G:I:E:::::V::I::::::::::::::::R:Q::T::::::ES:ES:A
NP5038A         LDSAI:LAAI::E:EGF:::ELES:T::::::::::G::::RRE:::::L:::AED:AAG
Hut1860         L::S::LGTI:AE:EGMT::E:ES:T::::::::::T:::::E:::E::I::VREA:::S
rrnAC3190       LD::::LGAF:TE::GL:::ELAS:A::::::::::G::T:QQ::LH::L:::E:D:DAS
Hmu2566         L::T:ELSSI:GK::GL:::ELAS:A::::::::::Q::T::E::::::L:::EDGT:GG
VNG2000         :::S:::SD::A::AEF:::QLAS:A::::::::::::D::HRQ:::::Y::LV::GDTE
hla1241         ::EGT:VS:V:A:LEGY:::::AS:A::::::::::G:::::Q:::EQ:R::L:DAEKTE
HVO_1957        ::::::LDA:::EL::Y:::::AS:T::::::::::G:::::G::::A:H::LSNV::SG
Hbo1826         I:::::::::::EL:GQ:::::AS:T:::::::::::::::RRV:::::I::MRDAEDSR
HQ3115A         :::::::G::VS:I:EY::::LAS:A:::::::::::::::RRS:::::H::LEDS:TQT

consensus       A---DVSRAFA-
#oth            623366575221
VNG0510         ::AT::::T:::
hla0340         :::::D:L::::
NP1524A         :::::::KT:::
HQ1544A         G::::TA:::::
HVO_0850        T:::E:::::::
Hbo0686         ::::::::::::
Hut1059         E:::-::KT:::
rrnAC3546       E:::::::T:::
Hmu0960         Q::::::PTY::
NP5038A         T:::--PI::Y:
Hut1860         V:::GTPVM:Q:
rrnAC3190       S:::-:PV::::
Hmu2566         S:::-:PV::::
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