|
Pairwise sequence scores | |||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Consensus score | 1354 | NP2436A | hla2646 | HQ1559A | HVO_0823 | Hbo0711 | rrnAC3548 | Hmu1057 | VNG0671 | Hut0616 | Hut1361 | VNG1492 | HVO_2720 | Hbo2449 | HQ2877A | hla1789 | NP4148A | rrnAC0795 | Hmu1772 |
701 | NP2436A | 1459 | 666 | 724 | 697 | 705 | 666 | 654 | 653 | 706 | 359 | 401 | 442 | 431 | 400 | 385 | 443 | 405 | 348 |
752 | hla2646 | 666 | 1632 | 786 | 837 | 844 | 687 | 637 | 674 | 672 | 393 | 386 | 470 | 433 | 454 | 418 | 433 | 410 | 452 |
884 | HQ1559A | 724 | 786 | 1537 | 1159 | 1126 | 727 | 742 | 716 | 701 | 430 | 469 | 524 | 477 | 488 | 531 | 431 | 493 | 451 |
892 | HVO_0823 | 697 | 837 | 1159 | 1561 | 1249 | 741 | 740 | 720 | 666 | 437 | 492 | 526 | 490 | 502 | 525 | 459 | 481 | 482 |
846 | Hbo0711 | 705 | 844 | 1126 | 1249 | 1523 | 723 | 718 | 687 | 701 | 405 | 443 | 483 | 435 | 405 | 488 | 413 | 455 | 472 |
810 | rrnAC3548 | 666 | 687 | 727 | 741 | 723 | 1398 | 1037 | 879 | 908 | 430 | 356 | 469 | 427 | 425 | 388 | 391 | 418 | 427 |
788 | Hmu1057 | 654 | 637 | 742 | 740 | 718 | 1037 | 1287 | 885 | 886 | 411 | 363 | 452 | 449 | 452 | 391 | 400 | 429 | 392 |
748 | VNG0671 | 653 | 674 | 716 | 720 | 687 | 879 | 885 | 1472 | 960 | 404 | 364 | 442 | 422 | 426 | 410 | 421 | 389 | 374 |
791 | Hut0616 | 706 | 672 | 701 | 666 | 701 | 908 | 886 | 960 | 1477 | 431 | 408 | 491 | 429 | 407 | 420 | 447 | 466 | 417 |
619 | Hut1361 | 359 | 393 | 430 | 437 | 405 | 430 | 411 | 404 | 431 | 1354 | 577 | 654 | 635 | 575 | 601 | 570 | 691 | 692 |
718 | VNG1492 | 401 | 386 | 469 | 492 | 443 | 356 | 363 | 364 | 408 | 577 | 1405 | 797 | 741 | 713 | 719 | 728 | 695 | 726 |
876 | HVO_2720 | 442 | 470 | 524 | 526 | 483 | 469 | 452 | 442 | 491 | 654 | 797 | 1359 | 896 | 931 | 779 | 836 | 845 | 778 |
790 | Hbo2449 | 431 | 433 | 477 | 490 | 435 | 427 | 449 | 422 | 429 | 635 | 741 | 896 | 1358 | 948 | 785 | 777 | 799 | 761 |
792 | HQ2877A | 400 | 454 | 488 | 502 | 405 | 425 | 452 | 426 | 407 | 575 | 713 | 931 | 948 | 1361 | 736 | 744 | 781 | 709 |
795 | hla1789 | 385 | 418 | 531 | 525 | 488 | 388 | 391 | 410 | 420 | 601 | 719 | 779 | 785 | 736 | 1427 | 806 | 809 | 770 |
725 | NP4148A | 443 | 433 | 431 | 459 | 413 | 391 | 400 | 421 | 447 | 570 | 728 | 836 | 777 | 744 | 806 | 1394 | 826 | 749 |
814 | rrnAC0795 | 405 | 410 | 493 | 481 | 455 | 418 | 429 | 389 | 466 | 691 | 695 | 845 | 799 | 781 | 809 | 826 | 1365 | 911 |
758 | Hmu1772 | 348 | 452 | 451 | 482 | 472 | 427 | 392 | 374 | 417 | 692 | 726 | 778 | 761 | 709 | 770 | 749 | 911 | 1394 |
237 symbols consensus ------MDSRA--REHPPALTAVLSVVGYALVFGAFLGVIP-SLLPEASASAVNLIPHAN #oth 133444578851226358631431234223214123647536773.85475726323231 NP2436A :MSTASAP:F::::N::K::AT:VTL:::VV:I:TLY:DFG:-:Y::I:E:T:D:LA::I hla2646 :MSTARVRD::::K:RAG:I:VL:TII::GA:G:V::VPQFQA:F::LTR:T:D:FA::I HQ1559A :MATASAEMSL::KR::L:A:II:::::::V:I:T:I:IV:AQIY:DL:LTE::I:SD:I HVO_0823 :MATASA:NPL::K:::A:A::::::::::::I:T::::V:GRVF:DL:LPQ:::LSD:I Hbo0711 :MATASA:NPL::K:::L:A:V:::I::::::I:T:::FV:G:VF::L:L:Q:::LSD:I rrnAC3548 MAVADTLQ::::::AR:RLV:::V::::::::::::G::L::--:::F:KDI:I:LGD:I Hmu1057 ::::::-----::-----VV:::::LI:::::A:::T:TL::--:::I:TD::I:LGD:I VNG0671 :MVSVRAA:Y:::KAN:GRV:I::::L:::::A:::TD:VA:-:F:PLDDPT:L:FADLI Hut0616 ::::::-----::------V:::::AI:::::A:::A:A:::-:F:PLDR:T:::FG:LI Hut1361 :::::::R:IV:::RRTVE::V::T:GSL::I::VVG::V:S:W::H--TA::DVLA:V: VNG1492 :::MGMA:GFV:::R:VAG:A:::G:ASI:V:VA:VR::::AGV::Q:P:WFIGA::PL: HVO_2720 :::::::EF:::::D:VRG:::L:::LSL::::::A::A::RAAI:T:P:A:L:A:::V: Hbo2449 :::::::AF:V:::DNV:GVA:A::::SL::::::V::Y::A::::HV:E::LD::::V: HQ2877A :::::::AL:I:::N:I:G:::A:TILSL:A::A:V:::::Q:S::R:PEPLIE::::I: hla1789 :VASVRS:MSEWA::NV:L:::L::::AL::::::VG::::S:V::R::DTVLAAL::L: NP4148A :::::::KL::WT:::VLGI:V:::::SLT:::::A:QAV:TDP::K-PQPLLDA::::: rrnAC0795 ::::::::LQ::::YRV::::GL:T::SL::::::V::A::Q:A::A:P::VLGA::::: Hmu1772 :::::::ERLV::::RTEV:::L:TI:SL::::::V:R:G:ATA::A:PDAVLAA::::: consensus AVVNAVAIGTILAGVRFIRRGEVRKHRAAMLTSFGLIAVFLVLYLYKVG-GGGTKEFP-- #oth .221562284153.23312324152.244.42233.156..32.1513514713662311 NP2436A :::::AT:ACLV::IYW::AD:IQ:::::::AA::::L:::::::L:T:::::R::IL:: hla2646 :A::T:T:V:LSL:WYW::N:::K::A:::T:::T::L:::G:::P::A:::::R::V:: HQ1559A ::::::NVIV::::W:W:::N:::::A::::::::::LI::::::T:I:::::::::V:: HVO_0823 ::::T:NVLV:A::W:W:::D:::::A:::V::::::L::::M::A:I:::::::::V:: Hbo0711 :A::::NVIV:A::W:W:::D::K::AT::V:::A::L::::M::A:I:::::::KMV:: rrnAC3548 ::::SI:LLA:V:::Y::KNN::Q::::::::A:T::M:::A::IL::::::FE::IV:: Hmu1057 ::::FF:LCS:::::Y:::NDA::::::::::A::::ML::::::T::::A:FE::IL:: VNG0671 ::::TL:LTSL::::A::K::A::::::::::A:T::C:::::::W::::::FE:SIV:: Hut0616 :::::S:LSA:::::Y::KHD::E::::::::A:A::::::::::W::::::FE:SIT:: Hut1361 ::LSVL:LVS:G:::LAV:::DIDA::RR:GAA:A:FVA::AS:::RIT:VA::QP:T:: VNG1492 ::IS:A::::::::W:W::::D:A::::::A:TTL:FVA::G::::RLV:VH::TA:::: HVO_2720 ::IST:::V::::::::V:::DIER::RM::A::L:F:T:::::::::V:VQ::A::::: Hbo2449 ::LSTT::V::VL:::A::::N:AR:::L::STL::FIG:::::::RLTILE:PT::::: HQ2877A :IISTI:VM:::L::::::H:S::R:::M::::V::FIM::I::::::I:LK:PA::L:: hla1789 :AIS:T::::::V:W:A:S::N:DR:K:F::S::::F:A:::S:::RLI:LV::V::::: NP4148A ::ISLA::::::G::YE::::N:DR::LL:VA::L:F:G:::::::R:A:IV:PSA:::: rrnAC0795 :::S:L:::::IG:::A::::NIAR::KL::S::::F:L:::::::RIT:LV:PTD:T:: Hmu1772 :AIS:T:::::VV:::AVK::D::R:KRL:A:T:A:FVG::A::::R:S:LL:PTG::ES consensus GP---------GVVY-YVYLPMLAIHILLAIVCVPVVLYALLLALTHPPAELR-ETPHAR #oth 642222222225544354.344.21.25.12222.3131133215223552244616.44 NP2436A AG:::::::::EPLR:GA::A::G:::F:SV:A::F::::IT:G::RT:T::K:S:A::T hla2646 LESAYAWVPLWDWI:::A::L::::::I:SV:A:::::::VV:G:::TE::::N::::R: HQ1559A :::::::::::A:A:::P::G::::::::S:IS:::::::IV:GI::T:Q:::EQ:::R: HVO_0823 :::::::::::AFA:::P::A::::::I:S::S::::::::I:GI::SER:::T::::RK Hbo0711 A::::::::::WFA:::P::A::::::I:S::A::::::::V:G:::S:T:::R::::LK rrnAC3548 AE::::::::::F:W:TA:IV::::::::SA:S::::VH:VV:G:::S::::::::I::: Hmu1057 AE::::::::::::W:GA:IA:::V::::SA:S:::::H:VV:G:::S::::::::I::: VNG0671 ITQGMFLGQFA:::K:GA::L:::V::::SV:S:::::::IV:G:::S::::K:R:R::T Hut0616 VT::::::::::PPE:IA::L:::V::I:SV:A:::::::VI:G:::T::::::S:A::: Hut1361 :::::::::::::LE:P:::VI::V:VT:::::L:LLY:V::::AAYDRR::P:::S:P: VNG1492 TT::::::::::A::TF::::V:I::MG:::A:I:L:Y:V::::G:R:VS:IY:DSN::: HVO_2720 :::::::::::DA::QF::::T:::::::::::::::Y:V::::::R:IT:VF:G:E::: Hbo2449 SQ:::::::::::::QF::::T::V::::::::I:LLY:V::::V:R:IE:IY:::R:KT HQ2877A :::::::::::D:I:Q:I:M:T::V::::::::I:LLY:VA:I::SR:IEAIY::SR:KI hla1789 :::::::::::EA::S:::::F:::::::::::L:F:F::::::A:R:YED:Y:H:R::Q NP4148A :G:::::::::ET:RTF::::F::V::V::VA:::F:F::::V:G:R:VE:IY:R:N:RT rrnAC0795 :::::::::::S::ET:F:::F::V::::::IAI:A:Y:V::::Y:Y:VS::P:S:N:P: Hmu1772 A::::::::::AW:ET:::F:V::V::::::::I:L:Y::::::YSY:V:::P:D:::P: consensus VGRIAASLWLISLVLGIVVYVMLNHV-Y----------------------------- #oth 3.23.153.42.141.423.32.3551353446345545544455343221111111 NP2436A :::::VTT::V:::::::A:L::TFY::GPEQVEFVRGMA::::::::::::::::: hla2646 :::::::A::L:::::V:T:L::::A::DSTFAAAEAAAMLLPVGPGA::::::::: HQ1559A :::::::A:VL::T::V:A::L:::T:FGWEYIESGTAVILTMIMILV::::::::: HVO_0823 ::::::GA::V::A::V:T:LL::::::SWEYTVTAVESAGALLAPVVGV::::::: Hbo0711 :::L::GS::L::S::VIT:LL:::::FSWEYSASAAAALVAAPL:::::::::::: rrnAC3548 :::::V:A:GL::F::L:T::::::I::GWVPR:::::::::::::::::::::::: Hmu1057 ::::::AA:SL::F::L:T::::::I::MWQPR:::::::::::::::::::::::: VNG0671 F:::::TA:SL::F::V:T:::::::::AWVPR:::::::::::::::::::::::: Hut0616 :::::VAA:S:::F::::T:::::::::GWVPRESMLLLVAVPRPVWDLGGESGGRE Hut1361 I:::::P::A::FT::L::::V:YIAPW::::::::::::::::::::::::::::: VNG1492 :::V::::::V:FA::::::L::YVL::::::::::::::::::::::::::::::: HVO_2720 F::V::::::V:F:::N::::L:YVI::::::::::::::::::::::::::::::: Hbo2449 :::V::::::V:F:::D:::TL:HL::N::::::::::::::::::::::::::::: HQ2877A :::V::::::::F:::N::::::YV:::::::::::::::::::::::::::::::: hla1789 I:SV::V:::::FTM::G::L::Y:A:F::::::::::::::::::::::::::::: NP4148A A:::::A:::::FSM:::I:L::Y:I::::::::::::::::::::::::::::::: rrnAC0795 A:KL::::::::FSM:::::A::YL::W::::::::::::::::::::::::::::: Hmu1772 :::A::G:::::FA:::::::L:YWL:F:::::::::::::::::::::::::::::