|
Pairwise sequence scores | |||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Consensus score | 3282 | hla0736 | HVO_2999 | HQ3699A | VNG2421 | hla0649 | HQ3454A | HVO_2997 | Hbo1523 | NP0280A | Hut2311 | rrnAC2716 | Hmu3041 | Hut0278 | NP0284A | rrnAC3063 | Hmu2771 |
2276 | hla0736 | 3387 | 2313 | 2169 | 1980 | 2055 | 2027 | 2039 | 2125 | 2094 | 2087 | 2018 | 2007 | 2032 | 1984 | 2025 | 2084 |
2305 | HVO_2999 | 2313 | 3339 | 2382 | 2014 | 2041 | 2072 | 2126 | 2082 | 2097 | 2150 | 2072 | 2027 | 2181 | 2144 | 2190 | 2186 |
2359 | HQ3699A | 2169 | 2382 | 3579 | 2114 | 2049 | 2182 | 2086 | 2145 | 2114 | 2154 | 2062 | 2074 | 2089 | 2007 | 2109 | 2081 |
2558 | VNG2421 | 1980 | 2014 | 2114 | 3287 | 2319 | 2373 | 2383 | 2422 | 2328 | 2396 | 2330 | 2377 | 1989 | 2015 | 2068 | 2076 |
2688 | hla0649 | 2055 | 2041 | 2049 | 2319 | 3305 | 2497 | 2515 | 2595 | 2586 | 2520 | 2386 | 2443 | 2167 | 2173 | 2238 | 2232 |
2761 | HQ3454A | 2027 | 2072 | 2182 | 2373 | 2497 | 3290 | 2679 | 2781 | 2507 | 2628 | 2550 | 2531 | 2182 | 2185 | 2214 | 2206 |
2764 | HVO_2997 | 2039 | 2126 | 2086 | 2383 | 2515 | 2679 | 3310 | 2820 | 2550 | 2703 | 2577 | 2631 | 2108 | 2195 | 2168 | 2230 |
2854 | Hbo1523 | 2125 | 2082 | 2145 | 2422 | 2595 | 2781 | 2820 | 3332 | 2618 | 2687 | 2614 | 2584 | 2170 | 2238 | 2241 | 2244 |
2746 | NP0280A | 2094 | 2097 | 2114 | 2328 | 2586 | 2507 | 2550 | 2618 | 3266 | 2578 | 2548 | 2627 | 2130 | 2289 | 2227 | 2227 |
2823 | Hut2311 | 2087 | 2150 | 2154 | 2396 | 2520 | 2628 | 2703 | 2687 | 2578 | 3317 | 2793 | 2737 | 2123 | 2179 | 2288 | 2258 |
2786 | rrnAC2716 | 2018 | 2072 | 2062 | 2330 | 2386 | 2550 | 2577 | 2614 | 2548 | 2793 | 3346 | 2900 | 2086 | 2175 | 2242 | 2257 |
2744 | Hmu3041 | 2007 | 2027 | 2074 | 2377 | 2443 | 2531 | 2631 | 2584 | 2627 | 2737 | 2900 | 3306 | 2074 | 2197 | 2230 | 2234 |
2407 | Hut0278 | 2032 | 2181 | 2089 | 1989 | 2167 | 2182 | 2108 | 2170 | 2130 | 2123 | 2086 | 2074 | 3282 | 2301 | 2396 | 2380 |
2483 | NP0284A | 1984 | 2144 | 2007 | 2015 | 2173 | 2185 | 2195 | 2238 | 2289 | 2179 | 2175 | 2197 | 2301 | 3327 | 2458 | 2407 |
2536 | rrnAC3063 | 2025 | 2190 | 2109 | 2068 | 2238 | 2214 | 2168 | 2241 | 2227 | 2288 | 2242 | 2230 | 2396 | 2458 | 3301 | 2761 |
2495 | Hmu2771 | 2084 | 2186 | 2081 | 2076 | 2232 | 2206 | 2230 | 2244 | 2227 | 2258 | 2257 | 2234 | 2380 | 2407 | 2761 | 3331 |
492 symbols consensus ------MSDDD----GFGTRSLHAGQE-PDPATGARAPPIYQTTSYVFEDADDAADQFAL #oth 111233286574655317.341.2.24221431212.1.11..1.12.21123..6311. hla0736 :::MFVDICTTHMTR::N:::::::A::A:::::S::T::H::::F::D::ET::EMY:: HVO_2999 :::::::NR--::::::R:LG:::::D::::::::::::L::::::::D:::H:::LY:: HQ3699A :::::::T:--::::::K::::::::D:::ET:::::::LH::::::::::ET:::LY:: VNG2421 :::::::GH:H:::::LH:N:V::::R:V::::::::::L::::::A:::SA:::G:::: hla0649 :::::::PA::DVDHE:R:::V:::SS::::::::::T::::::::E::N::H::RL::: HQ3454A :::::::::NE:SEP::E::T::::::::::T:::::::L::::::::D::::::Q:::: HVO_2997 :::::::::::::SP::H:::::T::S:::D::::::::L::::::::D::A:::A:::: Hbo1523 :::MSEDA:::HGTP::S::::::::D:::A:::::::::::::::::D::E:::G:::: NP0280A :::::::F:R:::::DLY:D::::::::A::T::::::::::::::E:D::EH:::L:G: Hut2311 ::::::::::::::R::H:DA::V:::E:::::::::::L::::::::::SE:::A:::: rrnAC2716 ::::::::::Q::DH::E:DA::V:::E::AEARS::::L:::::::::::E:::K:::: Hmu3041 ::::::::::R::::::E:DA::V:::T:ESHAN:::::::::::::::::E:::A:::: Hut0278 ::::::::GQESPSRQ::::C:::::S::::E:::V::::::::::A:::::R:::LY:: NP0284A MAICTAYMN::ERQL:::::C::V::G::::E:::A:::::::S::E:P:::T::ARY:: rrnAC3063 :::::::T::Y:::::::::CV:::::E:::::::::::::::S::::::::T:::RY:: Hmu2771 :::::::T::T:::Q:::::CV:::::E::::::::::::::::::::::::T::QRY:: consensus EKE--GNIYSRLMNPTVRMLEERLASLEGGVGAVATASGMAALDLATFLLASAGDNIVSA #oth 45411.31...33...245.14.1.3.13132.2..2...111114.34..42.211.41 hla0736 RA::::H:::::S::::SV::D:I:D:S::SD::::G:::::F:AI:TV:::::::V:AS HVO_2999 :AD:::DV:::IS:::T:I::R:::A::A::D::::::::G:::AL:TV:::V:::V:LS HQ3699A APDAD:DV:::IS:::::T::D:::A:::::A::::::::::::A::SV::R::N:::V: VNG2421 :RD:::Y::::::::::ET:QD:::A:::::::::::::::::::::::::R:::SV:A: hla0649 :EA::::V:::I::::NAA::::I::::N:::::::S:::::F:::::M::::::::::S HQ3454A ::::::Y::::::::::AT:Q:::::::::I::A::::::::::::::::::::::::T: HVO_2997 ::P:::H::::::::::G::Q:::::::::::::::S:::::F::::::::::::::::: Hbo1523 ::::::Y::::::::::AT:Q::::::::::::A::::::::F::::::::::::::::: NP0280A REA::::::::I::::NAV::::I:::::::A:L::S::::SF:::::I::::::::::S Hut2311 ::::::H:::::::::NSI:QQ:::K::::::::::S::::::N:::::::DV:::V:T: rrnAC2716 ::P:::H::::::::::G::Q::::A:::::::::::::::S:N:::::::DV:::V:T: Hmu3041 ::P:::H:::::::::TG::Q::I:A::::::::::S::::::N:::::::D::::::T: Hut0278 :A:::::V:::FD:::::S::R::::::S::D::::::::::::AT:TA:::::E::::: NP0284A :D:::::V:::VA:::::A::::::::::::D:L::::::G:::A::LV::E:::::::: rrnAC3063 NDD::::V:::FD::::::::N:I::::NA:D::::G:::::::AG::V::AN:::::T: Hmu2771 DDT::::V:::FD::::S:::R::::::N:TA::::G:::::::AG:SI:::::::V:T: consensus SSLYGGTYTYLTHTAERRGVETRFVDTLDYDAYAEAIDEDTAYVHVETIGNPSLVTPDIE #oth 232....32.23532812.13322.12.1342.322..32..1.14..11..1.21.131 hla0736 :EM::::AA:::SI:N:::::A:L:::::DE:::D:::D:::F:::::VA::::::::F: HVO_2999 EDM::::AS:FSK::V:::I:S:T:E:::V:::ED:::::::F:::::VA::::K:::F: HQ3699A ADM::::A::FRQM:T:::ITI:T::::A::E:T:E::SE::F::::::A::::K::::: VNG2421 :D:::::V:::::S:Q::::D:T:::V:::::::D:::A:::::L:::V:::::I:::L: hla0649 :A:::::::::::SV:::::S:::::P:::EG::D::::::::::L::::::A::::::: HQ3454A ::::::::::F:::V:::::SA::::::A::E::::::D::::::I::::::A::::::: HVO_2997 ::::::::::::::V:::::T::::::::V:::EA:::D:::F::L::::::A::::::: Hbo1523 ::::::::::::::V::::IT:K::::::::::D::::::::F:::::::::A:::::F: NP0280A ::::::::::::::V:::::::::::::::E::E::::::::F::C::::::A:::::L: Hut2311 :A::::::::Y::::P:Q:::A:::::::::::E:::::::::::F::::::A::::::: rrnAC2716 ::::::::::Y::::P:N:::::::::::::::::::::N:::::C::::::::::::F: Hmu3041 ::::::::::F::::P:N:::A::::::::E::E:::::::::::C::::::::::::F: Hut0278 A:I::::HS:::T::RE::I:A::::::::G:::AT::DE:::::L:::::::::::::: NP0284A ::I::::HA::S:::A:::I:S:::E:::PA::E:::::::::::C::::::A::::PLS rrnAC3063 ::I::::HS:YSN::S:::I:::::::::P:::::::::::::::F:::::::::V:PM: Hmu2771 A:I::::HS::ANMGP:::I:::::::::PQ:::D:::D::::::F:::::::::::PM: consensus RIADIAHDHGVPLFVDNTFATPYLCRPIEHGADLVWESTTKWIHGSGTTVGGVLVDGGSF #oth 21.21..2342.22.....1..1.23.21111.22.3.....11.3...2..21112.2. hla0736 :L:E:::ENA:::V:::::::::::::F:::::I:::::::::T:N::::::IV::::Q: HVO_2999 A::EV::ENR:::V::::::::A::::::::::I::::::::L::::::::::V::::T: HQ3699A :::::::NAET::V::::::::A:S::::Y:::II:::::::L:::::::::I:::::T: VNG2421 ::::::::N::::L::::::::A:AT::D::::I::H::::::::A::::::A:::A::: hla0649 :::::::::::::::::::::::::::LD:::::::::::::LT:N:::::::::::::: HQ3454A :::::::E:DT:::::::::::A:::::::::::::D::::::::A::::::::I::::: HVO_2997 A::EV:::::T::::::::::::::N::::D::::::::::::::A:::I::I::::::: Hbo1523 :L:::::::::::::::::::::::Q:L:::::::::::::::::A:::I::I::::::: NP0280A :L::::::N:::::::::::::A::::L::::::::N::::::::::::::::::::::: Hut2311 :::::::::::::L:::::::::::N::::::::::N:::::::::::::::I::::::: rrnAC2716 :L:E::::::::F::::::::::::N::::::::::N::::::::H:::::::::::::: Hmu3041 :L:E::::N:::::::::::::::SN:::::::I::N::::::::H:::::::::::::: Hut0278 ::::::::::A::V:::::::::::N:::::::V:::::::::::::::::::VI::::: NP0284A E::AV:::N:::::::::::::A::::L::::::::D::::::::::::L::I::TD::: rrnAC3063 E::EV:::::::V::::::G::A::N:LD::V::L::::::::::::::::::::::::: Hmu2771 A::E::::R:::V::::::G:::::N:LD::V:::::::::::::::::::::::::::: consensus PWDEYAEKYPEIAGPNPAYHGVNFVERFGDAAFTYAARARGLRDLGNQQSPFDAWQTLQG #oth 116433221112344231222441612114212361223.12.44.44.2.....3.312 hla0736 :::HPDAD:D:LD:QS:::-PID::::::::::GNV::Q::V:PT:G::::::::::I:: HVO_2999 :::--:AD:D:LS:E:::F-::D::::::ER::AE:V:Q:AV:ST:SC:::::::::::: HQ3699A ::E--HAD:D:LS:E::TF-:ID::D:Y:A:::AHV::Q:A::T:::::::::::::::: VNG2421 D::AH:AD:::::QE:::::::T:TD:::::::::::I:::::::::::::::::::::K hla0649 ::S::::::::::QD::::::I:Y::A:::::::F::VT:::::::D::::::::N:::Q HQ3454A ::G:HP::::::GAS:::::::::A:::::::L::::I:::::::::A:::::::N::EK HVO_2997 ::::::DD:::::K::::::::::D:T::P:G:::::I:::::::::A::::::::::EK Hbo1523 ::TD::D::::::K::S:::::::A::::::::::::I:::::::::::::::::N::EK NP0280A ::::H:DRF::::K:::::::I::S:T::::::A::::T::::::::::::::::T:V:: Hut2311 :::::::D:::V::D:::::::::E::::::::::::I:::::::::::A:::::::I:: rrnAC2716 ::E:H:D:::::::D:::::::::R:::E::::::::I::::::::C::::::::::M:: Hmu3041 ::N:H::::::::QD::::::I::D:T::P:GL::::I::::::M::::::::::N:I:: Hut0278 ::ADHP::::ALGESAG:LDDES::D:::ER::AV:T:Q:AV:NV:DG:K:::::A:::: NP0284A :FE::P:::::::A::::FD:TV:A:::::R:V:M:::H:AT:SI:DP:::::::A:::: rrnAC3063 :::::P::F::LG:E:E:F-:K::S:A:::R::SV:::Q:A::S::DG:K:::::A:::: Hmu2771 ::A::P::F::LGA::::FD:IT:A:::EGE::AH:V:Q:AV:S::DG:K:::::A:::: consensus LETLPLRMERHCENAMAVAEFLADHPEVSWVTYPGLEDHETHDEASKYL-----DGGYGG #oth 511.33..32.141.66.122.44246.3..21..132.31125.45..1111152111. hla0736 :N:::::::::::::RT:::::Q:DDR:D::::::F:::QS::N:A::::::::-D:::: HVO_2999 V:::A:::RA::D::RR:::::R:RDG:A:::H::F:::::::L::::::::::Q:::A: HQ3699A ::::::::::::A::KT:GI::RN:ND:A::S:::F:::P:::K:TQ::GTDIVES:::: VNG2421 ::::::::QQ::R::QL:::H:R:::N::::N::::A::D:::N:TT::::::::S:::: hla0649 T:S::::::::::::GI:::Y:DE:DD:A::N:::::S::::::::E:::::::E::::: HQ3454A ::S::M:::Q::T:::::::::DS:EA::::N::::T:::::A::TS:::::::K::::: HVO_2997 ::S:::::RA:::::Q::::::D::EK::::N::::DS::::E::::::::::::::::: Hbo1523 V:S::M:::::::::QV:::::ES:D:::::N:::::S::::E::::::::::::::::: NP0280A :::::M:::::::::Q::::::D:::::::::::::::::::E:::E:::::::::-::: Hut2311 ::S::M:::::S:::L::::Y:EA:QD:A::N:::::S::::E::::::::::::::::: rrnAC2716 :::::A::D:::D:::G::::::::::::::::::::::::::T:::::::::::::::: Hmu3041 :::::V::::::::::::::H:::::::::::::::D::::::N::E::::::::::::: Hut0278 A:::AV:::::::::TR:::::::::A:E::S:::::S:::NEQ::E:::::::Q::F:: NP0284A S:::S::::::::::R::::::::::K::::::::::A:::::L:NE::::::::::::: rrnAC3063 A:::S::::::::::::::RH:E:::::A::::::::S:::::L:QQ:::::::S::F:: Hmu2771 C:::K:::QQ:::S::::::H:R:::::A::::::::S:::::N::R::::::::::::: consensus MITFGLEGG-----YEAARRTVESTELASLLANVGDAKTLVIHPASTTHQQLTEEEQRAA #oth 121..2321111111221253216232321...1...1..2........11125421412 hla0736 :V:::VD:::::::::::KTFC:AVD:T:F:::I:::::::::::::::A:MD:TQ::L: HVO_2999 :V::::D:EDDEAA:G::KTVC::VD:V:F:::I::::::L::::::::A::SMD::::: HQ3699A :L::::::::::::F:V:K::C:E:SVI:F::::::::::I::::::::A::SA:::Q:: VNG2421 :L:::V:D::::::::::QSVT:E:T:::::::::::::::::::::::::::P:A:::G hla0649 ::::::::::::::::::KG:::NAD:::::::::::::::::::::::::::::::E:: HQ3454A ::::::DA:::::::::::D::NNV:::::::::::::::::::::::::::::S::E:: HVO_2997 ::::::TD::::::::::KG::NNV::::::::::::::::::::::::::::DD::A:: Hbo1523 :::::::A:::::::D:::E::NHV::::::::::::::::::::::::::::::::V:: NP0280A :::::::D:::::::::::T::::::::::::::::::::I::::::::::::D::KQ:S Hut2311 ::::::DA:::::::::::D::::::::::::::::::::I:::::::::::SDD:KA:: rrnAC2716 ::::::DA:::::::D:::T::::::I:::::::::::::I::::::::::::D::KA:: Hmu3041 :::::::D:::::::D:::G::::::I:::::::::::::I::::::::::::D::KQ:: Hut0278 :V::::S:::::::::G:K:LC:E:D::QF::::::::::I::::::::AK:SP:::::S NP0284A :VA::P:::::::::::GK:LC:D::V:KF:::I:::R:::::::::::A:::G:::::S rrnAC3063 IV:::::A:::::::D:G::FC:E:D::QF:::I:::::::::::::::A::S:A::::S Hmu2771 IV:::::::::::::D:G:EVC:R:D::QF:::I:::::::::::::::A::S:D::::S consensus GVTPDMVRLSVGIEDPDDIIADLDQAIEAAT----------------------------- #oth .133112.3...3.2331122.15421783563211111111111111111113213232 hla0736 ::Y:E:L::::::::A::V::::::GLT:GERA::::::::::::::::::::ATDTEV: HVO_2999 ::A:::L::::::::A::::D:::R:::H:LRQ::::::::::::::::::::QADGDAE HQ3699A :L::::L:::::L:::::::D::N:::HS::MQSEDYTRREGTHTNLAHTTDNRTDSDSN VNG2421 ::R:E:::V:::::::A::V:::ET:::::VGSA:::::::::::::::::::::::::: hla0649 :::G::::::::::::A::V:::EA:::R:SA:::::::::::::::::::::::::::: HQ3454A ::::::::::::::NV:::::::T:::DT::A:::::::::::::::::::::::::::: HVO_2997 :::::::::::::::V:::VD::::::R::SN:::::::::::::::::::::::::::: Hbo1523 ::::::::::::V::A:::V:::Q::::T::N:::::::::::::::::::::::::::: NP0280A :::D:L::::::L::T:S:::::EA::DE::::::::::::::::::::::::::::::: Hut2311 :::D::::::::V:::::::D::::::TW::R:::::::::::::::::::::::::::: rrnAC2716 :::D::::::::T:SVE::K:::::::GQ::N:::::::::::::::::::::::::::: Hmu3041 :::N:L::::::L:SA::::::::::::R::S:::::::::::::::::::::::::::: Hut0278 ::A:::I::::::::VR:::G::KEG::T::::::::::::::::::::::::::::::: NP0284A ::::::I::::::::V::::::::ATL----::::::::::::::::::::::::::::: rrnAC3063 :::::LL:F:::::::E:::::I:E:::RV:::::::::::::::::::::::::::::: Hmu2771 :::::LI:C::::::TE:VV::::R::AE:S::::::::::::::::::::::::::::: consensus ------------ #oth 211111111111 hla0736 :::::::::::: HVO_2999 ER:::::::::: HQ3699A TRQTDTEVASSE VNG2421 :::::::::::: hla0649 :::::::::::: HQ3454A :::::::::::: HVO_2997 :::::::::::: Hbo1523 :::::::::::: NP0280A :::::::::::: Hut2311 :::::::::::: rrnAC2716 :::::::::::: Hmu3041 :::::::::::: Hut0278 :::::::::::: NP0284A :::::::::::: rrnAC3063 :::::::::::: Hmu2771 ::::::::::::