| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pairwise sequence scores | |||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Consensus score | 3519 | VNG2404 | Hbo1482 | Hut2243 | rrnAC2867 | Hmu3175 | rrnAC2783 | VNG0720 | Hut2374 | hla2335 | NP5292A | HVO_0913 | Hbo0628 | NP3606A | HQ1850A |
| 1717 | VNG2404 | 3826 | 2512 | 2179 | 2004 | 2217 | 981 | 1014 | 1041 | 1045 | 1098 | 1036 | 988 | 990 | 961 |
| 1762 | Hbo1482 | 2512 | 3540 | 2202 | 2089 | 2431 | 952 | 998 | 1113 | 1040 | 1050 | 1057 | 1033 | 969 | 965 |
| 1787 | Hut2243 | 2179 | 2202 | 3585 | 2271 | 2579 | 905 | 949 | 1077 | 1048 | 1087 | 1030 | 1054 | 969 | 930 |
| 1630 | rrnAC2867 | 2004 | 2089 | 2271 | 3324 | 2571 | 982 | 874 | 993 | 980 | 950 | 945 | 905 | 949 | 841 |
| 1794 | Hmu3175 | 2217 | 2431 | 2579 | 2571 | 3676 | 969 | 922 | 1037 | 1027 | 1092 | 1040 | 999 | 1048 | 933 |
| 1889 | rrnAC2783 | 981 | 952 | 905 | 982 | 969 | 3170 | 1523 | 1494 | 1661 | 1741 | 1769 | 1657 | 1258 | 1181 |
| 2142 | VNG0720 | 1014 | 998 | 949 | 874 | 922 | 1523 | 3634 | 2035 | 2106 | 2196 | 2110 | 2013 | 1180 | 1195 |
| 2232 | Hut2374 | 1041 | 1113 | 1077 | 993 | 1037 | 1494 | 2035 | 3711 | 2105 | 2113 | 2202 | 2130 | 1197 | 1140 |
| 2394 | hla2335 | 1045 | 1040 | 1048 | 980 | 1027 | 1661 | 2106 | 2105 | 3732 | 2480 | 2499 | 2370 | 1288 | 1219 |
| 2442 | NP5292A | 1098 | 1050 | 1087 | 950 | 1092 | 1741 | 2196 | 2113 | 2480 | 3699 | 2556 | 2376 | 1396 | 1261 |
| 2465 | HVO_0913 | 1036 | 1057 | 1030 | 945 | 1040 | 1769 | 2110 | 2202 | 2499 | 2556 | 3531 | 2602 | 1359 | 1271 |
| 2417 | Hbo0628 | 988 | 1033 | 1054 | 905 | 999 | 1657 | 2013 | 2130 | 2370 | 2376 | 2602 | 3626 | 1241 | 1194 |
| 1610 | NP3606A | 990 | 969 | 969 | 949 | 1048 | 1258 | 1180 | 1197 | 1288 | 1396 | 1359 | 1241 | 3452 | 1700 |
| 1555 | HQ1850A | 961 | 965 | 930 | 841 | 933 | 1181 | 1195 | 1140 | 1219 | 1261 | 1271 | 1194 | 1700 | 4048 |
610 symbols consensus ------------------------------------------------------------ #oth 111111111111111111111111111111111111111111111111111212322233 VNG2404 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Hbo1482 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Hut2243 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: rrnAC2867 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Hmu3175 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: rrnAC2783 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: VNG0720 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Hut2374 ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::VSRPES hla2335 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP5292A :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::MSLRSRLYQ HVO_0913 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Hbo0628 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP3606A :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: HQ1850A MDNGDDHNHEQGRDSPKDTDTYLENNADNHNQGQINDTTVSTNAEQHLTRTDSSDIAPSE consensus -------------SR-----PNPFRRLILAIGAALARLGLIDRERARRTADLAWPRIVTG #oth 444445565456734334346557677468436622341234473556363123133311 VNG2404 ::::::::::::M:L:::::R:RAQA:LALFP:F::::::V::R:GEEAF:::V:AM::: Hbo1482 :::::::::::::--:::::--------MQFP:L::::::V:::KGS:AF:::V:VM::: Hut2243 ::::::::::VVD::ITMGLGDRL::TLR:FP:G::::::LE:RQ:TDALE::A:VM::: rrnAC2867 :::::::::::::--:::::------------------------------------M::: Hmu3175 :::::::MARRLLA:LVAWLSALPG:F:DGFP:L::QY::V:::KSTEAL:::A:VM::: rrnAC2783 :::::::::::::--:::::---------------------------------------- VNG0720 MQTFFSGASRAPV:M::::V::::SW:LR:V:V:I::::::SES::::::E::::::L:: Hut2374 SIDSAVQSIKRTG:::::::A::V:GV::L::LG::::::::A::::KAT::S:::V::: hla2335 ::::::::::::VA:::::L:::::A:::Y::F::::A:::::H:VV::T:::::::::: NP5292A YVSSLGSRCRRIAE:::::V::L::LGV::V:L::::A::::ET:::::TE::::::::: HVO_0913 :::::::::::::--:VFPV:::V:L:::G::L:::::::L:::::V:I:::S:::V::: Hbo0628 :VYRIEIGVLHVV::::::V:::I::C:VS::LV::HF:I:::D::T:::E::::::::: NP3606A :::::::::::::--::::M:GAGDDVVDVL:RV:D:::I::A::L:P:IE::::::::: HQ1850A DHTDFTMQSGNSI:TNNYWIVSTLAPIGVFLATM:D:A:I:NQN:L:A:VN::::::I:: consensus GARMSKRAADVAMVGIALGTA---AIAGLGFAGPYWGLAFALGGGVAGGTISLVSQRYGA #oth 542321341.232.14.3.64111132113414312433243331322..222..13412 VNG2404 :L:TLL:T::FF::S::T:ST::::V:A:EIGFQ:YFIP:G:ALALTS::::V::RFK:: Hbo1482 :M:TLL:I::FL::S::::N:::::V:::ELGFQ:YFIP:G:ALALTS::::V::RFV:: Hut2243 AL:VLL:M::FM:::::::D:::::::::E:GFQ:FFIG:G:SLA:TS::::V::RLK:: rrnAC2867 :L:ILL:L::FL:::L:::D:::::L:::ELGFQ:YFVG:G:ALA:SS::::V::RLQ:S Hmu3175 :L:IFL:I::F::::L:::D:::::::::ELGFQ:YFIG:G:SLA:TS::::V::RLQ:: rrnAC2783 ---:::STV::::::L:::PT:::::::V:::A:F:E:V::::A:::::::GM::::::: VNG0720 IG::::S::::::::A:::S::::::T:V:Y:::F::A::SI:::L:A:::A:::::FS: Hut2374 I:::::N::::::::A:S:I:TKP::S:V:L:::F::::::::::F:A:::A:::::F:: hla2335 I:::::N:V::::::V:V::S::::V::V::::::::::::::::::::::A:::::F:: NP5292A I:::::N:V::::::V:V:SS:::::::V:I:::F::::::I:::I:::::A:::::::: HVO_0913 L:::::N:V::::::::S::V:::::T:V::::::::::::::::I:::::A:::::F:: Hbo0628 L:::::N:V:::L::S:S:V::::::T:V::::::::::::::::::A::LA:::::::: NP3606A F:I:::QT::L::::::V::::::GT:::A::LG::SIVVLF:L:L::::V:::::N::G HQ1850A F:I::::TV:L:I::::V::D::::V:::TV:NAF:MV:KFVFI:L::::L:::::N::G consensus DAYDRAGLAVRQSLWLAVLISLPVTAVFWLFPTPLIGLLTSDPAAIRLGAAYLRIVGLGV #oth 348352552234.55223453313545534428822321454464173.44..4222233 VNG2404 :DHAG:NF:IK::::::L:V:::I::GT:VYADSM::::N:N:EI:E:::::::V:M:T: Hbo1482 ND::A:DF::K::::::L:::V:ISIAG:MYAR:::A:::N:LQT:K::S::::::M:S: Hut2243 GRHA::D:::K::::::LA::::L::IA:::AE::V::::G:AVV:D::GT:::L:M:AL rrnAC2867 GQP:::N:::K::::::IVL:::L:::A:VY::A:LDV:SD:::::QY::T::A::M:SM Hmu3175 GEPE::D:::K::::::L:::V:L:::S::YAE::V::::G::D:::F:GL::S::M:SL rrnAC2783 ::GEELAVT:TT:SVVV:AATV:FAV:Y:VL:GL:VD:VGTG:Q:::Y:VR:::V:A::: VNG0720 :EIAD::Q:L:S:AA:T:AAT::IAVL:YSH:AA::::::DRQ:E:AF::D:::V:AF:: Hut2374 EEFGQL:Q:::S:FVVV:AVT:::G:A:::::EW::S::N::QQV:TY::T::Q:L:::: hla2335 E::AEL:D:::A:VL::IV:TI::SVT::T:::RF:DV:S:NE:::AF::D::::::::: NP5292A ::::EL:Q:::T:AF:V:IA:::LV::::TYGPQ:V:::S:::EVV:::GD:::L::F:I HVO_0913 ::I:EL:::::S:AL:T:VAT::::T:::::::E::SV:S::QG::E::::::::::::: Hbo0628 :QS:GI:V:I:S:TL:V::ST::::VI:::::VQ::SV::DN:NV:D:::R:::L::::: NP3606A GRD:::S:V:K::AL::A:FAA::M:I:S::GSE::SI:GAT:EEV:H:T:::LLIAPA: HQ1850A :RA:::TTV:YI:FII:IG:GVIIVP::VVAA:D::A:VEGN::VVS::::::AV:AP:L consensus PFAGLNLVGSRALAGADDAYTPMYVRAGGAVTNIVLNAVLIFGLG----LGVAGAALGTV #oth 3224321211.213.42.1612.53.351334.24211311.15333242112.113..2 VNG2404 V:RFWGMTA:::::::G:TR::::::LITLP:::A::::::::IWVFPE:::V:::W::A Hbo1482 A:RFWSMIAA:::::VG:TR::::::LLTLP:::I:::::::::FGAPA:::E:::W::: Hut2243 ::RFFSM:A::::::GA:TE::::::LLTLPI:VT:::L::::::PAPR::I:::::::: rrnAC2867 VPRFWSM:AA:::::SA:TR::::::LLTVP::V:::G:::::F:PIAPM:I::::W::: Hmu3175 APRFWSM:AA:::::SA:TR::::::LLTLP::V:::::::::::PAPR::I::::I::A rrnAC2783 :::V:::I:::::V:::::W:::LL::::::G::::S:::::VAD:::::::V::::::: VNG0720 :::::::I:::::I:::::::A:VL:G:::LA::G::G:F:::::::::W::V::G:::: Hut2374 :::::::::::V:I:::::QI::IL:G::::L:::::G:F:::M:::::M::::::W::: hla2335 :::A:::::::V:V:C:::::A:Q::::::IA::::S:AF:::::::::W::E::::::: NP5292A :L:::::::::V:V:S:::::A:V:::::::A:V:I:::::::::::::M::E::::::: HVO_0913 :::::::I:::V:V:S:::::A:TL::S:::I::::::::::::D:::::::E::::::: Hbo0628 :::::::::::::V:::::::A:LL:S:::::::I:S:T:::::D::::MS:E:::V::: NP3606A L:EL:::IA::TYT:VG:TF:E:VI:SV:::L:L:FS:LFV::::::::M::::V::::T HQ1850A L:E:I:MI:::TY::VG:TV:::LF::T:G:L::I:S:::V::T::::::::V::::::T consensus LANVLATVAFAVGLTRGRLPG-G---FPVTLDPGGRQVDWDLARDIVRVGLPLAGRRLVW #oth 311331464144216425334621165436234526344545562235223.26132352 VNG2404 I::AV:GIV:FAV:LS::---:-:::WD:::SFS:K:W::GV:SE::::S:::::T::SR Hbo1482 A::T::A:I:F:L:AS::---:-:::WD:R:RF::K:W:::VVSE::::::::::T::SR Hut2243 I:::V:AM::FAL:VS::---:-::::T:S:RL::::::PG::AE::::AT::::M::FQ rrnAC2867 A::T::A:I:FGL:AS::---:-:::YATA:PL::K:F:LG:LTEL:::A:::S:M::LQ Hmu3175 V::T::AAV:FAL:AS::---:-:::YV:::RL::::L:LG:LTE::::A:::S:M::LQ rrnAC2783 V::::V::G:::::::::::LV:::TL:IQIPVTRPFF:SG::::LT:T:A::V:AN:AR VNG0720 :S::VV:T::V:::S:::::AV:::A::M:VSVR:AYWVR:DCW:::TI:::VV::NS:: Hut2374 A::::V:SL:I:::IA:W:::I:::Q:::SVS:R:TYFH::DIT:V:SI:T:VV::NMT: hla2335 :S::::VA::::::L::::::M:::E::IAI::F:SY:NP:MLH:L:EI:V:VGA:N::: NP5292A :S:AAV:A:::L:::F:::::A:::R::::V::V:GY::RAT:::LIAI:A:VM::N::: HVO_0913 :S::VV:G::::::S::S:::V:::A:::VV::F:PFL:TETI::L:KI:V:VM::S::: Hbo0628 :S::VV:G:::L:::::E:::V:::E::IRI::F::Y::REIID:::SI:::VF::S::: NP3606A :STGI:M:VLGW:MFGHTYG:L:MKPS::PVSLS:PFA:LTV::QLLE:AA:EIA::VAQ HQ1850A I:TAVVA:::GW:::GRNDDSWT::AC:IS::QTAS-LE:::T:EVIE:ST::IA::VAQ consensus TFARFPMLFILGLFGTPVVAAYAIARRVWGLANMPGWGFSLASSSLVGQALGAGDEDEAT #oth 15341.31223451166122.351311144132423..322.1.1....62.724274.4 VNG2404 ::G:::F::V::::SHQ:::::::G:::ML::L::A::Y:T:::T::::Q:::::P:::A Hbo1482 ::G:::F::V:::L::N:::::::G:::ML::L::A::Y:T:A:T:::::I:G::DG::: Hut2243 ::G:::F:::::VL::::::::::G:::IM::L::A::Y:T:A:T::::S::R:A::::: rrnAC2867 ::G:::F:::::VL:::TL:::::G:::ML::L::A::YAT:A:T::::S:::D:PK::: Hmu3175 ::::::F::V::VL:::T:::F::G:::ML::L::A::Y:T:A:T::::YV::::DTD:G rrnAC2783 :G:Q::R:::V::::PG::S::VV:L::RA:LDT:N::L:::::::::::::DD::A::: VNG0720 :L::::L:AFMS:::Q::A:::I:V:::F:IM:T:::::G::A::::::E::Q:R:ST:A Hut2374 :V::::::::V:M:::T:LT::TV:::I:::M:V:::::G::A::::::H::ED::ET:G hla2335 :A:E::::A::DV::ENT:::FV::::I::IM:A:::::G:::::::::E::GE:PA::E NP5292A :V:EI::FA::DI::SD::S:FV::::::::L:T:::::G:::::::::E::T:::ST:E HVO_0913 :V:E::::A::DS::PD::::FV::::I:::M:T:::::G::::::::::::KD::QT:E Hbo0628 :V:E::::A:VN:::KN:A::FV:T::I:::M:T:::::G::::::::::::KD:::T:E NP3606A GLTI::L:W:AAS::PV::T:LEV::::RA:IDSVN::M::::::::::R::::E:TA:D HQ1850A GMVV::L:A:AST::PVT:::VGV::QIRE:L:SFT::::I:::T:::::::G:N:SL:: consensus AYGRQILRFAVATYLVSAALVAVFARPIVRLFV-GPE--AVPLAVTFVRVACLAVIGQGV #oth 411443325243313642443543133128412444543643323521422243225413 VNG2404 :::W:T::V:L::Q:IIG::LF:A:G::ASA:-:T::::RFS:T:::I:IFG:S:A:FS: Hbo1482 E::W:T::I:LV:Q:LI::AIF:A:T::AQV:-::AS::DI::TAR:I::FG:G:A:FS: Hut2243 G::W:T::I:L::Q:PV:LVLVIA::::AVA:-::T:::Y:D:T:::I::FG:::A:FS: rrnAC2867 :::W:S:GV:L:VQ:AV:L:LV:::::::S::-::TA::YPD::A:::::FG:L:A:FSM Hmu3175 E::W:T::I:LV:Q:LI::VLV::::::SL::-::T:::YPD:T:::I::FA:::A:FS: rrnAC2783 VWAETV::LSIGV:I:V::MLLP:S:G:A::::SD:T::VL::VTV::A:::AS:VFR:: VNG0720 ::::E:TLYS:VM:VMF:GV:CA::GQ::GV::DSASDPS::I:::M:Y::AA:::P::I Hut2374 V:::E:VLM:::::G::::V::LV:::G:V:L-::A:GEVI:I::GM:FAG:::I:P::: hla2335 ::A:D:I::S::::V:F:::T::::GD::A::AES::SPE::I:I:::YA::V::VF::I NP5292A ::::D:I::S::V:I::::V:FA::G:::EA::DD:TGPE::I::DL:::::V:IVL::: HVO_0913 :::NEVI:::::::::::::::I::::::LG::DN:ADP:::I:IDL:Y:::I:::L::: Hbo0628 ::::E:V::S::::I:::V:::I::E::::Q::KN:GPDV::T::GL:YA::::::M::: NP3606A :::AG:I:LTMVV:::V::I:VAL:T::AG:::S:S:::::AVTAA::A::AVSA::L:L HQ1850A D:::E:TLLSFII::GATTI:IAL::::ANV::::VD::::A:TA:::SI:AFSA:AT:I consensus SGTMAGALRAAGDTRWPFYSQLLGMYLVRLPLAYLGA----------------------- #oth 43354.3.212...3311444431625521.32521545245342212221111111111 VNG2404 AR:LR::::G:::::::L:GG:I:T:I::::::F:ALDPGQIISAGPWVIDATVHSLSVG Hbo1482 :R::R::::G:::::::L:GG:V:T::::::I:F:APGAGFT:::::::::::::::::: Hut2243 :R::R:S::G:::::F:L:GTT::I:A::::I:A:ALPAGYA:::::::::::::::::: rrnAC2867 :R::R:S::G:::::::L:GTV:AS:CY:::V:A:ALPTAFVIP:::::::::::::::: Hmu3175 :R::R:S::G:::::::L:GTFV:S::Y:I:V:V:ALPVGFAVT:::::::::::::::: rrnAC2783 D:GSV:P:::S:::::::::::A::::FA:::::::Y::::::::::::::::::::::: VNG0720 GA:V::::D:T:::::::::RAV::LG-A:::V::::::::::::::::::::::::::: Hut2374 NS:I::::D:S:::N:::IY:T::VFA:SI:A:::::::::::::::::::::::::::: hla2335 ::GA::P:D:::::KI::A::F:::FC:SI::::V::YEATPAIDVPGLG:::::::::: NP5292A ::GA::P:D:::::::::A::A:::FG:SI::VLV::::::::::::::::::::::::: HVO_0913 ::GS::P:D:S:::::T:G::FV::F:GSI::T:I:S::::::::::::::::::::::: Hbo0628 ::AS::P:D:S:::SI:::::::::FGCSI:IT::::::::::::::::::::::::::: NP3606A D::AS:V:VG:::::R::VAS:I:R::FA::A:F::L::::::::::::::::::::::: HQ1850A D:SVT::::G:::::I::VTT:I:L:V:A::I:WI:T::::::::::::::::::::::: consensus ------------------LTP---LGLPALYLALVAETYVPAAVNYYRFRSGKWKAVSRE #oth 111111111113324243634132316712231234156322431451162.3.462235 VNG2404 PVTTPTIALGVLTIPGFTVA:GLGW:FA:IF::I:GDM:TR::::FV:::::A:----:A Hbo1482 :::::::::::IAVLGITIS:GLDW::W:V:A:IL:DM::RGVI:VA:YY::::IH:AH: Hut2243 :::::::::::ITVAGSS:PLGVG::P::VFV:I::DF::R:S::TG::AG:A:QE:A:R rrnAC2867 :::::::::::IPVIGVSFS:GLG:::::IFA::IGDF:LK::::VG:::::::R::A:R Hmu3175 :::::::::::VPVLGIT:::GMGW::::IFA:I:GDY::K::::TG::WT:::R::A:A rrnAC2783 ::::::::::::::::::V:::::::KL:::AS::V::A:::::T:::::::T:RV:::S VNG0720 ::::::::::::::::::T::::::::YGI::S:FS::C:::V:::L:::::::::I::: Hut2374 ::::::::::::::::::K:S:::I:VWGI:V:FLG::L:::VG:::::ST:::::I::: hla2335 :::::::::::VTIPEIA:PA:::I::WGV:::F::::TI:::I::W:::::::::I:EA NP5292A ::::::::::::::::::::::::::IYG::::FL:::A::::L::::::::A::::::: HVO_0913 ::::::::::::::::::I:S::::::TG::::FF:::TI::VL:::::KT:T::V:::G Hbo0628 ::::::::::::::::::Q:G:::-HIE::::::L:::T::::I:::::TT::::S::QQ NP3606A ::::::::::::::::::V:::::::VGG::::::L:SF::GGI::GLY:::R::VI::R HQ1850A ::::::::::::::::::V:S:::::AT::LG::L::KVI:MIL:GA:::T:T::RI::S consensus YRPGAA--DD #oth 2224551532 VNG2404 :GTPT::AA: Hbo1482 SNV:S:::A: Hut2243 SGV:VE::-E rrnAC2867 AGV:RT:::K Hmu3175 SGV::D::-: rrnAC2783 :::D:::L:: VNG0720 :::D::::-: Hut2374 :::ET::L:: hla2335 :::D:P:V:: NP5292A :::E:GRA:: HVO_0913 :::KT::A:: Hbo0628 ::::SP:A:: NP3606A ::::TD:I:K HQ1850A ::::PD:PS: