9 genomes BUD0060 12 proteins a Hsa Halobacterium sp. NRC-1 b Hma Haloarcula marismortui f Hvo Haloferax volcanii g Hbo Halogeometricum borinquense h Hmu Halomicrobium mukohataei i Hut Halorhabdus utahensis j Hla Halorubrum lacusprofundi q Nph Natronomonas pharaonis x Hwa Haloquadratum walsbyi VNG2511 rrnAC2989 HVO_1785 Hbo1720 Hmu0225 Hut0866 Hut1799 Hut2460 Hut2671 hla2454 NP1150A HQ1113A

Pairwise sequence scores
Consensus score	346	Hbo1720	HVO_1785	HQ1113A	Hut2460	hla2454	Hut1799	VNG2511	NP1150A	rrnAC2989	Hmu0225	Hut2671	Hut0866
175	Hbo1720	441	192	190	137	160	144	108	149	146	158	141	129
179	HVO_1785	192	425	178	129	169	117	125	135	148	167	125	133
205	HQ1113A	190	178	557	149	164	136	167	160	152	186	149	166
199	Hut2460	137	129	149	376	148	142	162	157	168	189	155	162
206	hla2454	160	169	164	148	516	151	157	159	181	183	130	162
192	Hut1799	144	117	136	142	151	346	154	178	190	185	206	179
201	VNG2511	108	125	167	162	157	154	345	167	155	202	160	160
248	NP1150A	149	135	160	157	159	178	167	334	224	222	182	192
250	rrnAC2989	146	148	152	168	181	190	155	224	403	298	213	200
270	Hmu0225	158	167	186	189	183	185	202	222	298	390	209	224
210	Hut2671	141	125	149	155	130	206	160	182	213	209	303	205
242	Hut0866	129	133	166	162	162	179	160	192	200	224	205	384

95 symbols
consensus       ---------------------MTDTQDEAADD-E-D-----------EA----------E
#oth            111111111111111111123322655777537562211111111113345334434325
Hbo1720         :::::::::::::::::::MNSG:YDS:QET:T:E::::::::::::T:DVSENDTTDDD
HVO_1785        ::::::::::::::::::::MTGEAEL:SEL:RDP:A::::::::::::DPSAEAEDEDL
HQ1113A         MTGVSSDSDRQIDAIDPEQRIDS:E::RESEESNV::::::::::::T:SSDAASTSND:
Hut2460         :::::::::::::::::::::::E:SET:TATTPR:::::::::::::RS::::::::::
hla2454         :::::::::::::::::::::::EHA:PQ:T:D:REGVEADRRGDDVD:EGETDTDPDDG
Hut1799         ::::::::::::::::::::::SE:D:A----:-:-:::::::::::--::::::::::D
VNG2511         ::::::::::::::::::::::::D:HD:SE-:-:-:::::::::::--:::::::::::
NP1150A         :::::::::::::::::::::::E:RE:NG::V-:-:::::::::::--::::::::::D
rrnAC2989       :::::::::::::::::::::::NA:QTHD::A:RE::::::::::::P::::::::::T
Hmu0225         ::::::::::::::::::::::::A:QSSRE:A:AE::::::::::::P::::::::::A
Hut2671         ::::::::::::::::::::::S::DS-----:-:-:::::::::::--:::::::::::
Hut0866         ::::::::::::::::::::::S:MRQST::EETTE:::::::::::D:AQS::::::I:

consensus       TDHLDDVEDGCGCTEIWEHLSEEREDA--------
#oth            64..32221.2..1.1.121.35.35445411112
Hbo1720         YE::KSLD::V:::::::::::S:DG-::::::::
HVO_1785        AA::K:L:::A::::::S::::S::E-::::::::
HQ1113A         SS::::LA::A:::::::::::S:D--::::::::
Hut2460         Q:::E:::V:A:::::::::::N:GG:AGD:::::
hla2454         :G::N:I:::A:::::::R:::R::E-::::::::
Hut1799         YE:::::::::::A:V::TM::H::SSGDAGVADD
VNG2511         RA::::::::A:::::::R::GH:A::AEP:::DR
NP1150A         :S:::N:::::::::::::M:D::D::E:::::::
rrnAC2989       :::::N:::::::::::::M:::::SESAS:::DD
Hmu0225         ::::::::::::::::::::::N:D::AA::::DD
Hut2671         A::::N:::::::A:V:::::A:::RTAS::::DD
Hut0866         D:::E::::::::A:V::::::Q:::T::::::::