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9 genomes BUD0078 11 proteins
a Hsa
Halobacterium
sp. NRC-1		 b Hma
Haloarcula
marismortui		 f Hvo
Haloferax
volcanii		 g Hbo
Halogeometricum
borinquense		 h Hmu
Halomicrobium
mukohataei		 i Hut
Halorhabdus
utahensis		 j Hla
Halorubrum
lacusprofundi		 q Nph
Natronomonas
pharaonis		 x Hwa
Haloquadratum
walsbyi

VNG1052

rrnAC0325

HVO_1513

Hbo0040

Hbo1571

Hmu1213

Hut0971

Hut1349

hla1862

NP4206A

HQ2698A

Pairwise sequence scores
Consensus score1745 Hbo1571 Hut0971 VNG1052 Hut1349 rrnAC0325 hla1862 HQ2698A Hbo0040 HVO_1513 NP4206A Hmu1213
892Hbo1571 1810 994 608 693 673 691 735 746 737 664 675
896Hut0971 994 1810 622 672 601 629 685 681 659 594 613
1045VNG1052 608 622 1770 881 883 890 824 808 848 906 819
1155Hut1349 693 672 881 1755 965 928 916 943 879 898 991
1180rrnAC0325 673 601 883 965 1753 913 934 908 906 958 1019
1215hla1862 691 629 890 928 913 1775 982 1092 1079 925 982
1208HQ2698A 735 685 824 916 934 982 1800 1268 1222 912 942
1271Hbo0040 746 681 808 943 908 1092 1268 1777 1289 934 980
1293HVO_1513 737 659 848 879 906 1079 1222 1289 1801 934 974
1144NP4206A 664 594 906 898 958 925 912 934 934 1709 966
1194Hmu1213 675 613 819 991 1019 982 942 980 974 966 1721 

250 symbols
consensus       MPMKGRGDA-DLREIDRWDGGVGWIAYPDETMQRASHAV------GDDG--DVWVFDPVD
#oth            13324436223554523125.321122.2.623.1.11241122256121141114..2.
Hbo1571         :TTSD:SS:T:F:VAQQ::D:LS::SD:::IVR::::::R::::::::D::G::L:::::
Hut0971         ::VYD:R::T:P:IL:HFET:F::::H:E:GG::::Y::R::::::G::::-::L:::L:
VNG1052         ::L:QT:R:DAIT::::FE:::::::::E:::::::::LAVPSADDE:AEA::::I::::
Hut1349         ::L:STSQ::TFDPD::::::TT:::H:E:S:::::::L::::::VV::::::::V::::
rrnAC0325       :::::QSE:TEWL:TN::ER::SY:P::::M:V::::VL::::::KT:A::G:F:A::I:
hla1862         :EL:AD::::::H::::F:R::::::::G:A:E:::::IAVPNEESETD:::::::::::
HQ2698A         ::::::DAS:TY::V:::SE::::::::::M:::T::::I:::::::::::NL::I::::
Hbo0040         --:::S:T::EY:T::::::::::L:::::E:::::::LV:::::::::::G::L:::::
HVO_1513        :::::::TS::::::::::H::::L::::::::::::::::::::EI:::::::L:::::
NP4206A         :::::S:EG:E:TV::EF::::::::::::::R::::::::::::ES::::EL::L::::
Hmu1213         --:::S:S:T:WQ::::::H::::L:::::::R:::::I::::::EV::::E::LV::::

consensus       ADGVDDLLAELG----DVAGVVVLLDRHKRDAAAVANRHDVPVYVPDWMTGVADEIDAPV
#oth            3212.12412211111414.1111222.2..2323.5.12.2131152263142342132
Hbo1571         :P:I::AI::::::::P:E::A::SAY:A:::G:F:T::::::SI:R:LPR::ERV::A:
Hut0971         :A:::E:A::::::::E::::A::SNF:A:::DTF:D:Y::::FI::::DR:PERV::SI
VNG1052         G::::E::::::::::T:T:::::M:::A:::E:::D:::::I:::SY---:DP:::::T
Hut1349         :::L:EH::D:::::::::::::::::::::TD:::L:::::::I:E::D:::EAMT:::
rrnAC0325       V::I:::F::F:::::E:::::I::::::::S::::::::::::I::::S::EED:::::
hla1862         :P:::::::D::::::T::::::G:::::::S::I:T::::::::A:::::::E::::::
HQ2698A         :P:::E:::TF:SANTEI:::::G::::T:::::L:S:::::I:::T::S:::::::NS:
Hbo0040         :PNL:E::::Y:::::::S:I::G:::::::::KL:T::::::::A:::::::::L::::
HVO_1513        :P:::::F::F::::::::::::G:::::::S::L::::E:::::AS::::::::L::T:
NP4206A         V::L::::::YA::::P:G::A::::::::::::I:E::G:S:F::E::G::V:D::::T
Hmu1213         H::L:::VTD::::::S:S::A:::::::::::::::::::A:H::AF:REI::DFS:::

consensus       ERFGRELADSGFEVFRIVDN--PFWQEAALYHDDDETLVVPEAVGTASYFRAGGERLGVH
#oth            123565.23221525436353333.4.2321543523.3211411234223354.22122
Hbo1571         :::SG::G::::R:R:YEPI:::G:S::IA:RSS:DI:YT::VL:::PLYTV:Q::::LY
Hut0971         ::Y::::GE:::V:D::DPL:::G:R:GVA:REG:GK:YT:DLLS:R--WTV:S:::TLT
VNG1052         QPITGS:PGTD::LV:T::W:::I:D:::::--:G:::::GDL:::VD::LT:R:HV:::
Hut1349         ::::TT:::T-YT:YP:K:S::R::::::::DE::G:::I:::::::::::T:R::I:I:
rrnAC0325       ::MHQQ:PGTDYG:HK:IK:::S::::::::G:E:D:::::::::A:D::L::D::::::
hla1862         ::::SR:::::::A:::R:SMI:P:::VGFF--:G:::I:::SL:S:::::GDR::::::
HQ2698A         :::RD::G:::Y:A:E:LNRGL:P:::VG:F:RENG::II::::::V:::C:P:::::I:
Hbo0040         :::S:R:::::::A:T:L:SSI:P:::VGF::ESSG::L:::T:::::::C:P:::::::
HVO_1513        ::::AD:::::::A::L::RSV:P:::VGF:::GYDL:::::S:::VG::C:R::H::::
NP4206A         :::SD:::--::S:R:L:::::::::::::F--:G::::::::L::VD:::TAS:D::::
Hmu1213         :LIE:::GET:Y:LYELKN:::G::K:::::S::T:::::::SL::S:::::S:::::::

consensus       PMLRLFPPRR-LSRLDPERILVGHGDGVMEDAAAALADALDGARRRLPGA--------YA
#oth            112.34..47315325.3.211...412764135335312412.5331512212112135
Hbo1571         LPQ:::::TS:FTEYA:::::::::::LSRE:T:::T::VTNG:K:::R:ILKHGPTQFR
Hut0971         LPC:F::::DL:GD:E:N:::::::::IA:N:TG::::T:::::Q:::R:VVKQGPA:LV
VNG1052         ::::IA::SP::TDFT:D:::T:::::I:QA::RD:EY:A::::::A:K:::::::::WL
Hut1349         :::::R::::::REFS:::::::::EPLRS::DD:::::V::::::T:AL:::::::::F
rrnAC0325       ::::::::KK::T::::::V:::::::::::::E:IDY::R:S:G:T::L::::::::::
hla1862         :::::M::IEA::G:N:::VR::::V::D:R::L:VE:::S:S::KA::L::::::::::
HQ2698A         ::::P::::QA:::FE:K:::::::T:I:SN::RS::A:V:NS:SN::S::::::::::S
Hbo0040         ::::P:::::A:R:F::D:V:::::A:::GN::G:FQ::::N::TNI::::::::::::R
HVO_1513        ::::P:::::V:::Y::D:L:::::A::PV::GDE:RT::GN:::N::S:::::::::::
NP4206A         ::::PV::KC::KEY::::L:::::E::LDAP:::IQA:V::::KGTLPL::::::::::
Hmu1213         :::::::::K::A::S:::V:::::A:IH::::::VQ:::::S:T:A:SL::::::::::

consensus       RALASLLS--
#oth            4435633442
Hbo1571         A:I::MID::
Hut0971         AGI:AAFR::
VNG1052         NS:S:M::::
Hut1349         D:AKD:V-FG
rrnAC0325       KN:K::V-LG
hla1862         :T:R:A:GI:
HQ2698A         ::FKQ:I:::
Hbo0040         K:FQKM::::
HVO_1513        ::FT:M::N:
NP4206A         KN::G:VGLR
Hmu1213         :TAREFI-FG