| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pairwise sequence scores | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Consensus score | 3739 | Hbo1307 | hla2461 | VNG0874 | HVO_1554 | Hbo3497 | HQ2668A | rrnAC0436 | Hut1129 | Hmu1111 | NP2702A |
| 2390 | Hbo1307 | 4065 | 2117 | 1710 | 2270 | 2113 | 2124 | 1617 | 1777 | 1836 | 1785 |
| 2673 | hla2461 | 2117 | 4429 | 2073 | 2440 | 2381 | 2301 | 1961 | 2109 | 2154 | 2170 |
| 2419 | VNG0874 | 1710 | 2073 | 3733 | 2067 | 1889 | 1876 | 1968 | 2041 | 2090 | 2185 |
| 2731 | HVO_1554 | 2270 | 2440 | 2067 | 4146 | 2610 | 2513 | 1986 | 2195 | 2282 | 2123 |
| 2663 | Hbo3497 | 2113 | 2381 | 1889 | 2610 | 4104 | 2721 | 1965 | 2107 | 2086 | 2112 |
| 2615 | HQ2668A | 2124 | 2301 | 1876 | 2513 | 2721 | 4062 | 1973 | 2100 | 2069 | 2035 |
| 2518 | rrnAC0436 | 1617 | 1961 | 1968 | 1986 | 1965 | 1973 | 3935 | 2231 | 2300 | 2213 |
| 2645 | Hut1129 | 1777 | 2109 | 2041 | 2195 | 2107 | 2100 | 2231 | 3703 | 2424 | 2339 |
| 2779 | Hmu1111 | 1836 | 2154 | 2090 | 2282 | 2086 | 2069 | 2300 | 2424 | 3890 | 2491 |
| 2629 | NP2702A | 1785 | 2170 | 2185 | 2123 | 2112 | 2035 | 2213 | 2339 | 2491 | 3694 |
615 symbols consensus --------------------------------MSDRAE----------GEGRVRVVGTAH #oth 11111112222222222221222222222222235635323432443344.31321.... Hbo1307 ::::::::::::::::::::::::::::::::V:E:T:::::::::::-N:TI:I::::: hla2461 MTETPGGSDGASPPPTASEPAPTASDSAPIDGEGSP:SGAAGTPAAGDES:S:T:::::: VNG0874 ::::::::::::::::::::::::::::::::::ED:A:::::::SADR::S:::::::: HVO_1554 :::::::::::::::::::::::::::::::::N:SSP:::::::::::::H:::::::: Hbo3497 ::::::::::::::::::::::::::::::::::KE:T:::::::::::::::::::::: HQ2668A ::::::::::::::::::::::::::::::::::QE:T::::::::::DT:::::::::: rrnAC0436 :::::::MILVAVSRRSPGPDKGKGNECVTRV:TEH::SAADEFPEPS:A:::D:::::: Hut1129 :::::::::::::::::::::::::::::::::::TVD::PPEPSGAG:::S:HLL:::: Hmu1111 :::::::::::::::::::::::::::::::::T::::TTRNLPQGGG:::::T:::::: NP2702A ::::::::::::::::::::::::::::::::::TDV:::::::::::-::S:T:::::: consensus VSADSVEEVERVIEDERPDVVAVELDEGRYRQLKGETPDDLDASDLLRGNTVFQFLAYWM #oth ..44.132.14213313..2.........1.124.2311.22151..21212211111.2 Hbo1307 ::::::R:::S::R::H::::::::::::::R:T:D:-::P:PEA::EST:SVRLILH:V hla2461 ::KQ::D:::ET::R:::::::::::::::::MN::S::::::::::::::::::::::: VNG0874 ::S::::::::::D::H::T:::::::::F::MQ:DA::::::T:::K:SMA:::::::L HVO_1554 ::::::R:::ETVRE::::::::::::::::::::G::::IE:R:::::::::::I:::: Hbo3497 ::E:::R:::D:VAE:::::::::::::::::M::GA:::IEPG:::::::::::I:::: HQ2668A :::E:A:K:QS:::T:Q::::::::::::::::R:DE::::A:A:::::::::::::::: rrnAC0436 ::EH::T:::SA::ESE::I::::::::::::I::::::::::::::::::::::::::: Hut1129 :::E:A:R:::T::::Q:::::::::::::::::::S:::IE:::::E:::::::::::: Hmu1111 ::Q::::::::T::::Q:::::::::::::::M:::::E::::::::::::::::::::: NP2702A ::EA::::::A::DE::::::::::::::::::R::A:E::::G:::K::::Y::::::: consensus LSYVQARLGDRFDIEPGADMLAAVDTAEAAGIDVALVDRDIQVTIQRFWARMSLIEKLRL #oth ...2.311.12.114..111411112.257.311.......23.21...411267..231 Hbo1307 ::::::Q:::Q::::::SEL:K::E::DEI:T:I:::::::R::V::::SQ:TIR::::: hla2461 :::::TQ:::::::::::::R::I:V::GL::::::::::::T:::::::::::T::::M VNG0874 :::A:R:::EK:G:::::::Q::::A:NT::A::::::::::::::::::::::P::::M HVO_1554 :::::S:M::Q::VK:::::::::E:::EE:L:::::::::::::::::Q::GTL::M:M Hbo3497 ::::::Q::EK::V::::::::::E:::KF:::::::::::NE:MR:::SQ:::::::KM HQ2668A :::::T:::::::VQ::::::::I:A:D:T:T:I:::::::NE:MR:::N::TR:::IQ: rrnAC0436 :::I:T::::::::::::::K:GI::::RL:LG:::::::::T:V::::::LTAV:::K: Hut1129 :::::::::::::VT:::::M:G:E:::::::::::::::::T:V::::K:LTGL:::K: Hmu1111 :::::T:::::::VS:::::M:::E:::RN:LG:::::::::M:V::::::L:FW:::S: NP2702A ::::::::::::::::::::K::::::::Y:::::::::::::::::::::L:FF:::K: consensus VGGLAAGVGDSRTVGLTIGLIIGLLVGPLVGLFGGPFGVP---L---------------- #oth 4.4123152543431553.47314332223224316522233212232333244423253 Hbo1307 A:::LL:FA:T:::::VL::F::ITL::I::::::N:::TDPL:TRVAASGLLALAVGTV hla2461 :::::F::T:::V::VLV::FV:I:A::VI:::::SV::TDAL:TSVTGGVLATVAVAIA VNG0874 G:E::L::T::L:L:::V:GL::AF::VIAE:L::LYVL::::-:::::::::::::::: HVO_1554 A:D:LF::A:A:G::AVF:IAV:VVL:::::::::AV::TDLL:TRTATAAVFGGVAAYL Hbo3497 :::::F:L::::G::IV::::::::::::::::::S::IGLPI:SRITGGAVVLAAVAAV HQ2668A I::::V:A:NGLGI::A::V:A::FF:::IA:::NTI:ITSAL:TRVAGGALLALATGSV rrnAC0436 ::S:::EM:PPL:::::::AVF:G:FAVVA:A:::::I:::::-:::::::::::::::: Hut1129 F::ML::I:GPWAAAW:V::MV::F::I:-:SAL:VSVLG:::-:::::::::::::::: Hmu1111 ::A:F::M:E::::::S:::T::V::SVV:ESTI::LV:::::-:::::::::::::::: NP2702A ::S::V:F:TPVEI:MGV:IG:A:V:SI:A:AVA:::V:::::-:::::::::::::::: consensus ---------------------G---G--AG-GLGLALGIVAG-LGGLAVAAIGSLLLGLA #oth 334233542253433323332142313322343253624454324356556423233244 Hbo1307 LYTVGKAIFDHRTVVTASLTG:VSI:LL::A:::I:D:T:TAY:PPMLLHG:::::I::S hla2461 VDQVGKVALSPDGRLYAAAAL:VAA:II:A:AV:ALD::::TY:::F::T:::::G::IS VNG0874 :::::::::::::::::::::-:::-::--:SVPPG::VL:::VV:VIA:ITEVG:FAI: HVO_1554 LYTVASFSLDGDDAILAGLGG:AAV:IV::F:::VGT:F:S:L::S:GT:IV:::VI:VL Hbo3497 LWVVSAPFLDTENRILVALGG:TAA:IIG:F:::::APFI:S::SSF::RTV:::T::VG HQ2668A IWIGAATILSAEDRLLAAVGG:IAV:GI::F:::I:EP:TTQ:::P:T:RV:::VT:::: rrnAC0436 :::::::::::::::::::::-:::-::--:--SG::SVLP:G:::TVEGLLDT:::ICV Hut1129 :::::::::::::::::::::-:::-::--:AV::SVPFASA:--------:DV:::AGG Hmu1111 :::::::::::::::::::::-:::-::::NW::GS:PL:GA:::::G::VADG:VVA:: NP2702A :::::::::::::::::::::-:::-::--:-A::GP::LV::-------:ADT::VA:G consensus AGLVLGILAGALLTRFGGGAD------EDVEEFDMAELTDTDVVSAMMEEFRRFSPGGAE #oth 3144414465423644355641122355453.134251..3...22.12...211.1..2 Hbo1307 ::::V:V:G:LVAE:L:LSGI::::DIDEAD::VA:D:::::::QT:LT:::ELC:N::R hla2461 L::T::VV:SLAM:VV:R:TS::EPEHGGI::LG:ED:::::::TM::::::Q::::::: VNG0874 G:A:F::AFT:V:AWTAPDTE::::::T::A::S:D::::A:::::::A::::::::::Q HVO_1554 ::V:V:VTV::V:NA::LF:PVEGDADA:Y::::::::::G::::::::::::::::::: Hbo3497 V::L:AG::AT:A:A::M:P::::DDV:EM::L:IDSM::::::::::::::E::::::Q HQ2668A ::IIA:T:L:E:TDI:RTQQP:::::E:NI:::::::M::::::::::A:::Q::::::: rrnAC0436 :AAGI::PIA:::V::R:E::::::::--::::::EK:::::::::::::::Q::::::: Hut1129 V:T:IALP---::AA:S:FE::::::::::::::IEQ::::::::::::::::::::::: Hmu1111 VA::V::PVL:::::AS::EE::::::--Y::::P:::::V:::T:::::::Q::::::: NP2702A L:::::LAIT:::G:LAPED:::::::-ELQ:::VDRM:::::::::::::::::::::: consensus ALIDERDAYIAHRLVALRDAGHDVVAVVGAGHREGIERYLDNPETLPPMESLTGTESGRR #oth ........1..22.24..52.63.1.11.....4.124..54.44...332.1.354244 Hbo1307 :::::::::::YQ::::::S:L:::::L:::::G:V:Q::S::A::::HGT:V::SR:PS hla2461 ::::::::F:::::::::E:::N::::::::::A:::G::AD:AS:::::D:V:K:R::: VNG0874 ::::::::F:::N:L:::AQ:K:::::::::::D::MN::E::DS:::::::::K:T:GS HVO_1554 ::::::::::::Q:::::RS:RH:::I::::::::::N::AH::::::::::V:VAEKDG Hbo3497 ::::::::::::::::::QS::H:::::::::::::::::KY::R::::D:::::P:SG- HQ2668A :::::::::::N:::E::NQ:QT:::::::::::::::::TH:G::::Q::::::Q:::- rrnAC0436 ::::::::F:::::I:::E::YH:L:::::::::::QG::::::::::::::::::G::: Hut1129 ::::::::::::Q::G::E::A:::::::::::A::QG:::::::::::D:::::I:::: Hmu1111 ::::::::::::N::D:::::YH:::I::::::A:::::::H::E:::ES::V:R:T:GW NP2702A ::::::::::::N::S:::Q:::::::::::::K:::K::ET:SL:::::D:::KA::S: consensus FPLYKLVGYLFTVGFLAFFVLLALA------GAGNAFLLRLFGAWFLVNGVFAAGLAKLA #oth 4235.34.5322241321.3..422211112214346.232.221112.1231323.231 Hbo1307 V:VK:IA:A:IS:A:V:S:::::M::::::::VDD:Y::EV:V::::::::::::M:Y:: hla2461 L:WK:AI::AI::S:VG:::::::::::::::VE::::F::::::::I::A::FAF:::: VNG0874 W-:L:G::LA::::::V::A::VM::::::::V::DV::QV::G:::F::::SLTT:::: HVO_1554 ::WG::L:FGV:AV:I:::::::M::::::::V::ER::TI::::::I::::::A:::V: Hbo3497 L:WA:I::TGISAAVVV::G::T:S::::::T:::DT:I::::::::I::A:::::::AL HQ2668A I:WS::::GSVSAIVIG:::::::S::::::S:::QT::::::::::I::I:::::::A: rrnAC0436 VS:::::::G:G:V::V::G::I:G::::::::SQ:V::Q::V:LVA::A:L:G::::V: Hut1129 :S:::IL:::::L::G::::::L:G::::::::NQGW:::::A:::::::II::A:::V: Hmu1111 :SP:::F:::::L:::V::L:::M:VYTGVP::SSE::FT:::T::::::IV::A::R:: NP2702A :S::::F:::::L::::::::::I:TYTGVE::SSEL:F:::A:::::::AL::::::F: consensus GAHWSSAGVGGAVAWLTSVNPLLAPGWFAGYVELRYLPVNVGDISTLNELLDDEEAPLSE #oth ..2.311221.121.1..21.2..1...2..2..1244.213.142..111312362353 Hbo1307 ::C:TA:LT::::::::::::V::::::V::::::RT::D:A:FDA:::::SGDDG-::D hla2461 ::R:T::::::::::M::I::V::::::T::::::H:T::::::GR:::::S::TQSP:: VNG0874 ::::T::::::::::::::::::::::::::I:::::S:H:T::E:::T:::::TR:VR: HVO_1554 ::R:T::L:::L:::M::I:::::::::T::::::HT:::::::G::::::::::T:IV: Hbo3497 ::R:P::L:::::::M::I::F::::::T::M::Q:D:::IS:::R:::::A::::::G: HQ2668A ::::::SL::::I:::::I::F::::::T:::::QHD::::S:::::::::S:::R:IGA rrnAC0436 :::::::AAA::FG::::LF::::A:::::::::::IS::IS::A::::I:N:Q:S:VMD Hut1129 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::D:::S:::R:::::::Q:L:IP: Hmu1111 ::::::SA:::::::::::::::::::::::I::::VN:::::::::::I::::Q::::D NP2702A ::::R::::::::::::::::::::::::::::::::N::::::::::::MS:::T::RQ consensus LVSRMRDVPLFRLILVVALTNIGSIVASALFATYLLPLIAG---DLGGVDGVSRLMIEGA #oth 1445243...11.141..2..1..311.62146231.43341214331452154113212 Hbo1307 IR:KVAS:::L::LAI:::::V::::::V::VA:::::F:::::::::::A::::LF::L hla2461 :::A:L:::::K::V:::M:::::::::F:::V:VI:AMF:::::V::::E:G:::V::: VNG0874 I::E:L::::::::A:::M::V::::::V::PLVV::A:G::::PFDSLHA::DA:VQ:: HVO_1554 ::GQ:F:::::K::M:::M:::::::::F::V::VI:V::S::::::::A::TN::F::: Hbo3497 :::DLF::::::::M:::A::::::::::::IG:V:::F:L:::::::PQ:IIN::F::: HQ2668A :ITELLE:::::::I:::A:::::::::TI:VA:::::F:L::::::::S::VT:L:::: rrnAC0436 ::::::A::::::::::::::V::AI::YVVFPV:I:Y:SS::::I::MQ:::::LWQ:V Hut1129 ::A:::E::::::::I::::::::FI::M:::STI:::MSN:::EV:::GE:AE:L:M:: Hmu1111 IFQ:L:A::::::::I::M::V::MI:::::::T:::I::AGAPNVN:::::V::::Q:: NP2702A :W:DLT::::::::MI:::::V::FIG:IV:::VF::YLFAGS:GVE:AS::A:::V:A: consensus RNGADILWGLLT--- #oth 221343144434221 Hbo1307 ::::::::RS::SA: hla2461 :T::ELIRSAV:GGA VNG0874 E:S:RA:::::-::: HVO_1554 ::S::LI:RS::::: Hbo3497 Q::WN::IS::-::: HQ2668A :::WQ:I:TNI:::: rrnAC0436 :E:TQ::V:V:-::: Hut1129 ::::EM::N:VG::: Hmu1111 ::S::L::::VR::: NP2702A ::SV::IF:SFQ:::