9 genomes BUD0119 10 proteins a Hsa Halobacterium sp. NRC-1 b Hma Haloarcula marismortui f Hvo Haloferax volcanii g Hbo Halogeometricum borinquense h Hmu Halomicrobium mukohataei i Hut Halorhabdus utahensis j Hla Halorubrum lacusprofundi q Nph Natronomonas pharaonis x Hwa Haloquadratum walsbyi VNG1362 rrnAC0035 HVO_2876 Hbo2642 Hmu1077 Hut0166 hla1219 NP3794A NP4290A HQ2415A

Pairwise sequence scores
Consensus score	992	NP3794A	hla1219	HVO_2876	Hbo2642	HQ2415A	VNG1362	NP4290A	Hut0166	rrnAC0035	Hmu1077
510	NP3794A	1050	483	496	429	420	239	220	195	188	183
616	hla1219	483	991	568	483	498	261	222	228	287	295
607	HVO_2876	496	568	1022	554	616	297	256	255	268	270
619	Hbo2642	429	483	554	1066	628	186	194	251	263	257
617	HQ2415A	420	498	616	628	1029	271	192	232	249	274
372	VNG1362	239	261	297	186	271	970	213	243	262	276
361	NP4290A	220	222	256	194	192	213	1039	345	355	260
387	Hut0166	195	228	255	251	232	243	345	1072	369	395
490	rrnAC0035	188	287	268	263	249	262	355	369	982	497
509	Hmu1077	183	295	270	257	274	276	260	395	497	1028

155 symbols
consensus       -------MSVSSFLARRLDAS---AAPLAVGDILAIAAFLTIGALNH-GVDPLF-DPGRW
#oth            111112353542456613354431342313..3232532234.52714344634361556
NP3794A         :::::::::EQ:::EQ::::::::TW:I:::::VVLL::IFL:T:S:WPL:AMLA::TIY
hla1219         ::::::::AD:::::T:::RD::::V:::I::LI:LIVL::::::::ST:EF:SAN:LYL
HVO_2876        ::::::MATST:::EE::::G::::L:I::::V:::FLLV:V:VIQ:N::SY:SA::VG:
Hbo2642         :::::MGT:NG:::DQ::::D::::L::::::F:ML::V::::FI::N:::QI:D::TG:
HQ2415A         :::::MAH:EE:::T::I::G::::Y::::::::G:S:V::::VIF:N:IEY:STA:IG:
VNG1362         ::::::::TLTDVDG:AVAR-:::FL:---::VVV:LVVILA:T:R:::T---::T:QEY
NP4290A         :::::::-ML:TRY:D:WTV:VRRT:LV:::::V::::::LY:L:I::A:N::::F:QHT
Hut0166         ::::::MGT:TTTIRS:I:I:GA:T:I:::::LV:::::VL:::VYGH:-ES:W:NV::H
rrnAC0035       :::::::::::TVGNG:IEL:AR:T:LV::::L::::L:VGV:E:T:::IN:IL:S:::F
Hmu1077         MELRDAG:::::SVG::V:PELS:MVL::L::V::VTI:VG::EIT::::::IA:Q:::V

consensus       AGTLAPFLIGWLIVAPLGGAYSAGAAESAKSAIPLAIRAWIPAAIVGQALRATALFPGGA
#oth            43244..2211445331311.234254234212433444.2414331432.634515132
NP3794A         LAAAG:::L::V:C:::I::::P:GGSAPN:S::::::S:V::::::FVV:YV::PQR:V
hla1219         LEVY:::::::IL::::I:::::::V:T:::SV:::::S:::::V::L:::HFV-:R:S:
HVO_2876        VL:AV:::::::FT:::L::::P:::::::::V::GV:S:LA:TV::M:I:W:P::E::V
Hbo2642         IL::V:::L::G:FGV:I:::::::::T::AS:::T::G:::G::L:LG:::SP::E::F
HQ2415A         GL:IL::::::VVIS::I::::::::::::A::::::::::::S:::LG::::P::D::V
VNG1362         ::V:L:::::::AA:::V:::::STVA:NRR::V::AGT:LA:DLI::LI:N::A:::N:
NP4290A         VLAA:::IFA:V:T:::::L:RPETVT:VR::LTKTTAV:VV:SLA:G:I:G:EY:::E:
Hut0166         V::FL:::::::AASM::SL:TTD:RR:VLR::SWTVP:::T::L:::L::::T::H:SF
rrnAC0035       ::::T::Y::::L::G:::L:T:A:TATVRA:LGRTLVG:VL:VGIA:G::S::M:::S:
Hmu1077         ::::::::::LAV:TVG::L:TRD:IR:PGR:VS:IVP:::V:VV:A:L:::::V:::N:

consensus       ALTFAAVM--LVTGGVALLAWRALYFKIL------
#oth            542.4414113341443255215343474222111
NP3794A         EPV:IGI:::::G:A:VIS:::F::::LR::::::
hla1219         ::::::::::::L:S:V:GG::::::RFR::::::
HVO_2876        E:::V:::::::L:S:::GV::T::::LV::::::
Hbo2642         :WI::::I:::A::ML::V:::W:F:::IG:::::
HQ2415A         GI::V::V:::I::AI:VT:T:W:F:L:IR:::::
VNG1362         DP::FL::FAT::A:L:IARFIT:VVVD:RGS:::
NP4290A         PAV:LV:N::I:F:LAF::P::LAVAYT:GR::::
Hut0166         SPI:LLIS::T:V:LAL:VP:::GVAYW:GGGTLT
rrnAC0035       :::::L:S::VLV::TL::L::GVIAVAK::::::
Hmu1077         :I:::I:S::TIV:::L::V:::VASVV:::::::