9 genomes BUD0140 10 proteins a Hsa Halobacterium sp. NRC-1 b Hma Haloarcula marismortui f Hvo Haloferax volcanii g Hbo Halogeometricum borinquense h Hmu Halomicrobium mukohataei i Hut Halorhabdus utahensis j Hla Halorubrum lacusprofundi q Nph Natronomonas pharaonis x Hwa Haloquadratum walsbyi VNG1257 rrnAC1130 HVO_1004 Hbo0438 Hmu1446 Hut1234 hla2466 NP2568A NP2678A HQ1651A

Pairwise sequence scores
Consensus score	721	HQ1651A	hla2466	HVO_1004	Hbo0438	NP2568A	Hut1234	VNG1257	NP2678A	rrnAC1130	Hmu1446
408	HQ1651A	719	409	485	521	249	217	299	222	218	228
419	hla2466	409	768	516	478	261	217	292	222	254	253
411	HVO_1004	485	516	708	562	249	223	300	234	236	244
431	Hbo0438	521	478	562	711	246	238	316	233	250	242
384	NP2568A	249	261	249	246	742	311	252	330	362	379
391	Hut1234	217	217	223	238	311	728	328	299	386	388
435	VNG1257	299	292	300	316	252	328	701	352	366	344
391	NP2678A	222	222	234	233	330	299	352	708	413	402
439	rrnAC1130	218	254	236	250	362	386	366	413	716	522
462	Hmu1446	228	253	244	242	379	388	344	402	522	705

107 symbols
consensus       -------MMDDTETYTIEGPDGNTDEVELPAGLVDLLREQ-DESDPAVVGDIAMQGFAQR
#oth            1111222355312.3112334143244121522313241322.4435113.2233231.1
HQ1651A         :::::::-:VA:::::::D:::::ET:::::::P:MFT:::G:DSI:::C:LII:S:::Q
hla2466         MYRSRSTG:GE::::::T::::DEESF::::::::V:SQ::G:QPTR::S:VVV:AM::Q
HVO_1004        :::::::-:VE:::::::::G:D:EAL::::::::VFA:::G:DPTD::A:VVV:A:::Q
Hbo0438         :::::::-:VE:::::::::A:D:ED::::E::::IFT:::G:DPT:::A:LVV:S:::Q
NP2568A         ::::::::A:::V:V:::T::-:R::I:VVPEAI:V:N:S:::GM:T:I::L::L:V::Q
Hut1234         ::::MAAEDLE:T:V:L:TD:-A:::M:I:VE:I:::T:G::::T:T::A::::F:::::
VNG1257         :::::::--M:ET:F:::DAA::AND:T::T:::E:FA:AE::::AQ::::::LMA::::
NP2678A         ::::::::S:T:V:LH::::N-SE:::T:::EMLE:M::S:::::AEI:::L:LFSC:::
rrnAC1130       ::::::::AT::V:L::DDGE-E:::LTV:SE:::I:::SP::T::Q:::::::F:MT::
Hmu1446         ::::::::T:::V:V:L:AGE-ER::LTV:TA:::M:::G:E::::E:::::::F:M:::

consensus       AHAAVHHSEGEPDADIEAINEA----TMELFEERFGQSLEEATGHSH
#oth            4.333..21.35342353512411112422..2..143341231.4.
HQ1651A         S::V:::G::DTP::L:ER:DK::::MES:::D:::V::S::M::N:
hla2466         ::VIA::::::VPD::AEM:DT::::AA::::::::::::D:L::::
HVO_1004        ::VVA:::::GAP:::AE:::Q::::ME::::D:::VP:SD:L::::
Hbo0438         ::V:T::::::TPG:LTEL::K::::ME::::D:::I:MD::M::::
NP2568A         L::VL::AQ:DIGVEESDA::QAMER:::::::::::PF::MM::G:
Hut1234         M:S:::::Q::::EQL::VEA:::::::DR:::::DTRY:DLIE:::
VNG1257         :::V::::::QV:D:L:::E:::::::LDQ::Q::::TYA:::::Q:
NP2678A         I::T:::A::GDTEEYR::E:E::::::::::::::A:YG:L:::Q:
rrnAC1130       I:S::::AQ::::EQ:V:LE:E:::::S::::::::::FA:L:::D:
Hmu1446         I:G::::AQ:::::E::SV::T::::A:::::::::ATFS:L:::D: