[L] (HYS2) COG1311 Archaeal DNA polymerase II, small subunit/DNA polymerase delta, subunit B 9 genomes BUD0267 9 proteins a Hsa Halobacterium sp. NRC-1 b Hma Haloarcula marismortui f Hvo Haloferax volcanii g Hbo Halogeometricum borinquense h Hmu Halomicrobium mukohataei i Hut Halorhabdus utahensis j Hla Halorubrum lacusprofundi q Nph Natronomonas pharaonis x Hwa Haloquadratum walsbyi VNG2417 rrnAC2714 HVO_0003 Hbo1488 Hmu3043 Hut2313 hla0545 NP0482A HQ1003A

Pairwise sequence scores
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3186	NP0482A	2670	2268	4446	2767	2442	2869	2922	2453	2951
3138	Hut2313	2548	2345	2767	4114	2430	2699	2775	2435	2879
2823	hla0545	2393	2248	2442	2430	3539	2650	2661	2519	2606
3279	HVO_0003	2695	2226	2869	2699	2650	4080	3122	2520	3010
3354	Hbo1488	2738	2305	2922	2775	2661	3122	4148	2617	3036
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3358	Hmu3043	2653	2284	2951	2879	2606	3010	3036	2734	4039

593 symbols
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HQ1003A         I::T::::::::::::::::-PSD:SSI:EPANK:STRDNNAQDQSISDQKTEYL:::::
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Hut2313         :ET::::::::::SGRSD:R:HNS:STSS::P:S:G::::::::::::::::::::::::
hla0545         ----::::::::::::::::-:::-::GSDR::EN:-:::::::::::::::::::::::
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Hbo1488         :::::::::::::PNATDAPISASSTA::P::TTTT:ADALSESESASTDRSLD::::::
rrnAC2714       ----::::::::::::::::-:::-:---------:-:::::::::::::::::-:::::
Hmu3043         :E:E:::::::::HDADGGR:GNETR::DTTNP::T::::::::::::::::::::::::

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Hut2313         ::::::::::::::::::::::::LV:::D::P:PR:DADR:::::K:VH:GE:PPGTSS
hla0545         ::::::::::::::::::::::::ETDID::I:RDS::NAD:S:DRSPDR:PD:::::TS
HVO_0003        :::::::::::::::::::::::::V:AA:SH:N::HTD::A:A:AQ:TPGG:-::::::
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Hmu3043         :::::::::::::::::::::::::V::::G:TSST:::G:T::::::::T:R:::::V:

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#oth            643345334325212..2.....1.4..131.1...11.145.11.....115.24412.
HQ1003A         E:NQ:VN:FD:NG:I::R:::::S:::::S:::::::R::SH::S:::::::Q::G::S:
VNG2417         --------------:::A:::::::Q:::S::::::DR:AA:::::::::::S:LA::::
NP0482A         :::Q:::D:D:G:::::R::::::::::::T::::::R:::T:K::::::NAS:L:AS::
Hut2313         R:GRNPDEPS::G:V::R:::::::E::L:::::::::::G:::::::::::::V:::::
hla0545         HH::DI:E::VG:::::::::::::S:::RT::::::R:::V:::::::::AE::AE:::
HVO_0003        :V::A::::::::::::::::::::::::K:::::::::::L:::::::::AK::SN:S:
Hbo1488         QS:::::::S:T:::::::::::::G:::K::K:::::::R::::::::::AE::Q::::
rrnAC2714       --------------:::::::::::S:::::::::::::AGK::::::::::D:::N:G:
Hmu3043         SS::DQ::I:VH:::::::::::::S:::S::::::::::::::::::::::::L:R:S:

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#oth            1311121.1.3.1...21...211....1.1..2111..154123.32113..12.13..
HQ1003A         ET:T::I:L:::::::KN:::IV:::::::::::::::::SF::V:N:::F::C::I:::
VNG2417         ::::::::::::::::T::::RV:::::N:V::V::L::::VS::::D::L::::::S::
NP0482A         :GE:EM::::S:::::::::::::::::::V:::MIL::::::G::::::Y:::V:::::
Hut2313         ::E:::::::A::::::N:::::D:::::::::A:::::::M::V:ED::F:::::::::
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Hbo1488         :::::M::L:::::::::::::::::::::::::::::::KF:SA::::::::C::::::
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consensus       LADDGGILFVDSLHFPDVPRTHRPSTADRHVQAALISDVHVGSQEFMADAWHRFADWLHT
#oth            .11.23.1.111211.11.1226221...4.2......1....1..331..41.12....
HQ1003A         :SG::E:::ANDI::::I:HN:T:N:::::::::::::I:::::::VY:::E:::A::::
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Hut2313         :::::::::A::I::::::::FE::::::A:S::::::::::::::D::::N:::E::::
hla0545         ::::S::::A:::::::::::::TGA::::::::::::I::::D:::V:::SS:T:::::
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Hmu3043         :::::::::::::::::I::::D::::::P::::::::::::::::::::::::::::::

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#oth            21.251..1.1.........1..3..2..111..12..13.1.2..21.1.3..21....
HQ1003A         D::DAI::::::::::::::::::::D::::::::A:::T:A::::S:::::::LL::::
VNG2417         :A::S::::::::::::::::::G:::::::::::::::T:A::::D::::M::::::::
NP0482A         D::ANI::::::::::::::::::::::::::::F::::Q:::R::S:::::::::::::
Hut2313         :::D::::::L::::::::::::::::::::::::::::::A::::D::::M::::::::
hla0545         ::::P:::::L::::::::::::::::::E:::::::::::A:Y:::::A:T::::::::
HVO_0003        E::A:I:::::::::::::::::N::::::VI:::E::::::::::S::::L::::::::
Hbo1488         DA::H:::I::::::::::::::N:::::::::::::::Q:::Y::::::::::::::::
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Hmu3043         E::AN:::::L:::::::::::::::D:::V::::E:::R:::Y:::I::::::R:::::

consensus       HDAVRLAEPQPGFDEELRSIMSAHDARITSNPSTVTVEGVNVLMYHGVSLDEVIAELPDE
#oth            ...........1.11.1.1..31...2141..14..21..41.1............2.33
HQ1003A         ::::::::::::::D:::::::::::::SG:::F::I:::QI::::::::::::::::SP
VNG2417         :::::::::::A:::::::::R::::::::::::::ID::S::L::::::::::::H:SD
NP0482A         :::::::::::::::::::::T::::Q:A:::AV::L:::S:::::::::::::::M::A
Hut2313         :::::::::::A::::::::::::::T::G::::::::::DI::::::::::::::::E:
hla0545         :::::::::::::ND:I::::DV:::Q:V:::A:::::::D:::::::::::::::::E:
HVO_0003        ::::::::::::::D:::D::::::::::::::M::L:::::::::::::::::::::AD
Hbo1488         ::::::::::::::::::D:::V:::::::::::::::::::::::::::::::::::S:
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Hmu3043         :::::::::::A::::::D::T::::QVH:::AL::I:::T:::::::::::::::::::

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#oth            412.12.23..31......1..11.11..2...34.1.21221..1..........2.41
HQ1003A         ::N::::::::::::::::I:::::ER::::::DS:::IID:I:::::::::::::::::
VNG2417         DVT::D:QN::EL:::::::::P:::R::::::AE:H:AIDT::::::::::::::V:IH
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Hut2313         H::::H:DR::A:::::::I:::::::::I:::::::::::D:::I::::::::::Y:S:
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Hmu3043         :::::I::::::::::::::::::::::F:::::::::::::::::::::::V