|
Pairwise sequence scores | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Consensus score | 2617 | NP1164A | hla2639 | HQ1236A | HVO_0724 | Hbo0810 | VNG0365 | Hut0118 | rrnAC0678 | Hmu0892 |
2037 | NP1164A | 2814 | 1638 | 1732 | 1790 | 1785 | 1612 | 1758 | 1707 | 1725 |
2000 | hla2639 | 1638 | 2990 | 1895 | 1829 | 1900 | 1694 | 1670 | 1636 | 1647 |
2037 | HQ1236A | 1732 | 1895 | 3182 | 1899 | 2070 | 1623 | 1695 | 1628 | 1592 |
2073 | HVO_0724 | 1790 | 1829 | 1899 | 2929 | 2076 | 1598 | 1632 | 1663 | 1607 |
2112 | Hbo0810 | 1785 | 1900 | 2070 | 2076 | 3167 | 1627 | 1711 | 1623 | 1648 |
1909 | VNG0365 | 1612 | 1694 | 1623 | 1598 | 1627 | 2610 | 1655 | 1721 | 1681 |
1944 | Hut0118 | 1758 | 1670 | 1695 | 1632 | 1711 | 1655 | 2592 | 1816 | 1839 |
2004 | rrnAC0678 | 1707 | 1636 | 1628 | 1663 | 1623 | 1721 | 1816 | 2716 | 1873 |
1931 | Hmu0892 | 1725 | 1647 | 1592 | 1607 | 1648 | 1681 | 1839 | 1873 | 2544 |
475 symbols consensus -------MSDIDVEPVD-----------------------------SIDETDLPAGVDAP #oth 111111114422113122112223233233332231111321223244234431431122 NP1164A ::::::::::LS:::I:::::::::::::::::::::::::::::::V::A::::::::: hla2639 ::::::::D::::::::RVEEPEI:NETADADPAS::::DADLPTETDAA:::::::::: HQ1236A MGLVALH::S:::DA::AVEDDSTADDTTESNHDH::::AVDVEI:VD:A:T::ES:::: HVO_0724 :::::::VEVT:PDE:T::::::::::::::::::::::::::::::T:TEG::D:I::: Hbo0810 ::::::::AN:::::::RVEDDEEDAHDGHGAPDDSTELSVDVEARTT::::::DR:::: VNG0365 ::::::::DE:E::A::::::::::::::::::::::::::::::::L:---PGIT::TA Hut0118 ::::::::N:::::::E:::::::::::::::::::::::::::::E:::SVV:T:IEGS rrnAC0678 :::::::::EL:::A:::::::::::::::::::::::::::::::D:N---A:::I::A Hmu0892 :::::::::EL:::T:E:::::::::::::::::::::::::::::E::---A:T::::: consensus EYVLYGGKGGVGKTTMAAATALASARDGTATLVVSTDPAHSLSDTLGTDIPAEPARIRED #oth 1..............1....111..33113...............22221.44.311112 NP1164A :::::::::::::::C:::::::::::::P:::::::::::::::::V:V:D::T::A:E hla2639 D:::::::::::::::::::G::::AG:VN:::::::::::::::YE:E:::K::::::: HQ1236A :::::::::::::::::::::V:::TA::D:::::::::::::::FD::::P::::::D: HVO_0724 D::::::::::::::::::::::::A:::::::::::::::::::::VPV:NK:S::::E Hbo0810 ::::::::::::::::::::::S::AT::::::::::::::::::::VEV::D:S:V::: VNG0365 :::::::::::::::::::::V:::S:::N::::::::::::::::EAE::SR:H::::N Hut0118 ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::E::::::::Q:::: rrnAC0678 :::::::::::::::C:::::::::::D::::::::::::::::::DA::::T:T::::: Hmu0892 D::::::::::::::C::::::::::::::::::::::::::::::::E::::::::::: consensus IPLYAAEIDPDAAL--EGPFGADED--------------------D------G------- #oth 4..2.1....14153131111822211111111212323332254135534513542335 NP1164A T::F:V::::ET:-::A:::APG::::::::::::::::::GPDA:PLEGAA:PDGAAGP hla2639 M::::::::::D:ME:::M::::G::::::::::::PLGGMGEMG:AMGGMM:GASDPDG HQ1236A :::::::::::SVA::A:::AEG:G::::::::::::::::::EG:DISDNI:GNEDASA HVO_0724 ::::::::::::VM::::::AGGDGADE::GFDD:ETDFETGEYD:DNPFAG:GSGDADS Hbo0810 :::::::::::EVI::::::AS::G:::TGGFDAVDLDADDNPFE:DTDDGF:DETATDN VNG0365 V::W:V:::::D::DRT:M::Q:GA::::::::::::::::::::-::::::-::::::: Hut0118 M:::::::::E:::G:DD:L:LEGG::::::::::::::::::::-::::::-::::::: rrnAC0678 ::::::::::E::VG::::L:VE::::::::::::::::::::::-::::::-::::::: Hmu0892 L:::::::::E::VG::::L:M:G:::::::::::::::::::::-::::::-::::::: consensus --G----------GLGG---------------LEDLLGGD-GPPGGG------------- #oth 332332221132344.111111111111111123431.2352644422121111111111 NP1164A ED:G::::::LGM:M:::::::::::::::::::::::::::H:LA:::::::::::::: hla2639 PADDE::::::::AD::::::::::::::::::----:SLL:-----::::::::::::: HQ1236A GF:EPESG::FET:I::DPGAETGMPFGNLDEMD:V:::LM::AS:A::::::::::::: HVO_0724 PF:G::::::MGG:M::::::::::::::::::::::::::::M:M:::::::::::::: Hbo0810 PF:GQNGQNPFGMDM:::::::::::::::::M::V::DMM::----::::::::::::: VNG0365 ::-::::::::::LS:T:::::::::::::::::TM::::A:A::::DGSA::::::::: Hut0118 ::-::::::::::::::::::::::::::::::G::::D:VTD:FT-::::::::::::: rrnAC0678 ::-::::::::::A::::::::::::::::::VGE:::::::MF:::AGGAAGAGQAEDP Hmu0892 ::-::::::::::-::::::::::::::::::::Q::::EDAN:LA-::::::::::::: consensus ---------GAMPGADEAAAMQLLLEYLDDPRFDRVVVDTAPTGHTLRLLELPELMDSML #oth 11111111124...2.....311.24.2..2..1..11............1..14..1.2 NP1164A ::::::::::::::::::::V::::::::::::::::::::::::::::::::DV::::V hla2639 ::::::::::T::::::::::RQ:::::::::::::I:::::::::::::Q:::I::::I HQ1236A ::::::::::::::::::::::Q:::::::::::::I::::::::::::::::::::T:: HVO_0724 ::::::::::P:::::::::::Q::::M:::::::::::::::::::::::::::::::: Hbo0810 ::::::::::S:::::::::::Q:VA:::::::::::::::::::::::::::::::::: VNG0365 :::::::::AM:::::::::::::::::::D:::::::::::::::::::::::V::::V Hut0118 :::::::::N::::T:::::IR::IR::::E:::::::::::::::::::::::V::T:V rrnAC0678 IGGEEGLLG:S:::::::::LR:::D:V::D::::::I::::::::::::::::T::::V Hmu0892 ::::::::::S:::S::::::R:::Q:M::D::E::::::::::::::::::::A::::: consensus GRILSLRERFSGMMDNLKGMFGGDDDDDA---AGMADLDELRERIERLRAVLRDPQRTDF #oth .2224313221..12322.1..33426531113445..2322221.2..32.2..42... NP1164A ::L::F::KL::::GSVG:L:::S::PE:EME:::D::Q::STK:::::TA::::D:::: hla2639 ::VMK::N:::::::GI::::::G:::P-:::DPS::::::::::::::S::Q::EK::: HQ1236A :::A:::QQ:::::GSV:::::FG:ETN::::QSEV:::::::::::::S:::::T:::: HVO_0724 :::ARM:Q:::::::::::::::AP::PQ::::::::::D:::::::::::::::T:::: Hbo0810 :::ARM:QK:::::::I:::::AGNPNQ-::::::G::::::::::::::::::::Q::: VNG0365 :QLMQV:::LG::::G:T::::::::AS:E::QT:G:::AVK::V:Q:::::T::::::: Hut0118 :KL::F:::L::::GTIT::::DA:E::IE::E:LD::RV:::::::::SI:Q::AK::: rrnAC0678 :K::Q::::::::::::T::::D:Q:V::E::::IE::Q::SD:::H::GI:Q::::::: Hmu0892 :KL:T:KD:M:::LEG:G::::D:A:QE-:::EMER::QAM::Q::Q::::::::EK::: consensus RVVMVPEEMSVVESERLIDRLDEFGIPVQTLVVNRVMEDLADVA-----DVDAEWVVSPN #oth .1.21...1..3..2..241.32131.13.21....215252.312243531522323.1 NP1164A :::::::::::::::::V:::E::::::G:::::::S:E::::::::::SF:E::F:A:D hla2639 :::TI::::::T:::::VA:::::::::N:::::::::GVG::TDGSGAAI:P::::E:: HQ1236A ::::I:::::::::::::T::EGYE::::::I::::::::V::T:EINA:::S::::::: HVO_0724 ::::I:::::::::K::VS:::::D:::::::::::::SVE::::::::N::P::IE::D Hbo0810 ::::I:::::::::K:::::::GY::::::::::::::N::::T:::TTP::S::::::: VNG0365 :::L::::L::A::N:::T::::Y:V::N:V:::::::P::::::::::::P:DAF:A:: Hut0118 ::::::::L::M:::::LE::AA:D:::G:I::::::::::::::::::::::D:Y:::: rrnAC0678 :I::::::L::::::::LAQ:G::N:::S:V::::::Q:PSE:L:::GE:::---IAG:: Hmu0892 ::::::::L::M:::::L:::EA::::AG:::::::LQ::DS:V:::DAELPGD-Y:G:: consensus HEDCEFCARRWDVQQDALARAQDLFRGRDVKRVPLLAEEVRGERALRVVAACLD- #oth 334.2..2...5..14.1321123...1311....1.22.3.153.3..21..41 NP1164A T:N:A::R:::E::RT::E:::G:::::EI:::::F::P:H::EM:G::G::::: hla2639 PDS::::::::E:::A::R::T:::::::::::::::K:::::A:::::::::R: HQ1236A PS::A::Q:::N:::T:IQ::T::::::::::::::::::::WN:::::::::N: HVO_0724 L:N:G::Q:::Q::::::RS:TN:::::::::::::::Q:Q::D::::::T:::: Hbo0810 LDE::::Q:::T:::N::Q::T::::::N::::::::D::S::D:::::::::A: VNG0365 ::::A::::::::::Q:::D:::I:::HT:::::::::::::::P::::::::A: Hut0118 L:T::::Q:::::::Q::Q:S::V:::H::R::::F:D:::::QL::::S:::EE rrnAC0678 :A:::::::::Q::::::::S::M:::H::R::::F::::::::L:S:::::::: Hmu0892 :D:::::::::S::::::::S::::::HE:R:::::::::Q::EL:E::::::::