|
Pairwise sequence scores | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Consensus score | 7072 | NP4002A | VNG1251 | HQ2752A | hla0269 | HVO_1333 | Hbo0217 | Hut1241 | rrnAC1139 | Hmu1436 |
5388 | NP4002A | 7154 | 4777 | 4467 | 4607 | 4759 | 3859 | 4841 | 4884 | 4939 |
5362 | VNG1251 | 4777 | 7122 | 4641 | 4678 | 4795 | 3854 | 4776 | 4878 | 4932 |
5459 | HQ2752A | 4467 | 4641 | 7168 | 4952 | 5264 | 4421 | 4673 | 4698 | 4798 |
5615 | hla0269 | 4607 | 4678 | 4952 | 7309 | 5336 | 4180 | 4819 | 4897 | 5002 |
5863 | HVO_1333 | 4759 | 4795 | 5264 | 5336 | 7133 | 4622 | 4821 | 5084 | 5047 |
4659 | Hbo0217 | 3859 | 3854 | 4421 | 4180 | 4622 | 6001 | 3934 | 3943 | 3976 |
5566 | Hut1241 | 4841 | 4776 | 4673 | 4819 | 4821 | 3934 | 7082 | 5173 | 5185 |
5799 | rrnAC1139 | 4884 | 4878 | 4698 | 4897 | 5084 | 3943 | 5173 | 7087 | 5827 |
5806 | Hmu1436 | 4939 | 4932 | 4798 | 5002 | 5047 | 3976 | 5185 | 5827 | 7061 |
984 symbols consensus -MSEG-TAAAGMDAFAALGDAVRSALSERGFTTPTEPQRRAIPPLADGRNALVIAPTGTG #oth 1.312142561211.2412451.5...11..1...2...2.1.21.21421.12....1. NP4002A M::::HS:::::::::R:H:D::Q:::::::S:::A:::K:::T::A:ESG::V::::S: VNG1251 ::::-::GGGR::::TH::SE::N:::::::::::::::::V:A::::::G::V:::::: HQ2752A ::AD::::TR:A:V:SEFSAP::E::::::::::::::::::::::HD:::::::::::: hla0269 ::A:-:--LS::::::H::SEL:T::::Q::S:::::::E::::::::K::::L:::::: HVO_1333 ::PD::E:::::::::T:SSP::N::::::::::::::::::::::::N:G:I::::::: Hbo0217 ::AD:::::Q:::::T::::T::A::::::::::::::::::::::A:K::::::::::: Hut1241 ::::A::-RE:DAV::H::::::::::D::::::::::::::::I:::ED::::::::S: rrnAC1139 ::TD::V-:R:D:::T:::P:::::::::::::::D:::K:::T:::::D:::V:::::: Hmu1436 ::::-:---T:A:::T:::GS::::::::::::::::::K::::::A:DD:::V:::::: consensus KTETAMLPVFDAIAES------EDRFGISALYITPLRALNRDMRERLDWWGETLDIEIDV #oth ....1....11113344112215215.23...1..........12..2...14.12111. NP4002A :::::::::LSS:Q:R::::::PP:H::Q::::::::::::::::::E::::::G:D::: VNG1251 ::::::::::::LVSDG:::::GPPD:FG:::V:::::::::::::::::::::GL:V:: HQ2752A ::::::::::::::::D::FDDSE:E:F::::::::::::::::D::T::::::::D::: hla0269 :::::::::::::VDARDAPGDQP:S:::::::::::::::::MD::E:::DR:GV:VA: HVO_1333 ::::::::::S:::DA::::::::::::::::::::::::::::::::::::Q:::D::: Hbo0217 :::::::::L:S:V::P::::D:::A:L::::V:::::::::::::::::::E::::V:: Hut1241 :::::::::::::EG-::::::DPPD::A:::V:::::::::::D::E:::::::L:::: rrnAC1139 ::::G:::::::L:::::::::::::::G:::::::::::::::Q:::::::::GL:V:: Hmu1436 ::::::::::::L:D-::::::::::::G:::V::::::::::::::::::DA::L:::: consensus RHGDTTDYQRQKQANDPPDVLVTTPETLQAMLTGSKLRTALEDVAHVVVDEVHELAAAKR #oth ......2.2.21..3......1....11..11..211.5112114.1.1.......21.. NP4002A ::::::::::::::E::::::::::::::::F::E:::R:I::IE:I:::::::::GS:: VNG1251 ::::::::::RQ::T::::::::::::::::::::T::DG:A::E:::::::::::G::: HQ2752A ::::::Q:::RQ::E:::::::::::::::::::::::K::AG:D::::::::::::::: hla0269 ::::::R:E:S:::D::::::I::::S:::I:::::M:V:::::::::I:::::::S::: HVO_1333 ::::::Q:::::::::::::::::::::::::::K:::K::S::H:::::::::::S::: Hbo0217 ::::::Q:::::::::::::::::::::::::::E::::::S::R:::::::::::S::: Hut1241 ::::::Q:R::Q::E::::::::::::V::I:::E:::EG:A:::::::::::::::::: rrnAC1139 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::IE:I:I::::::::::: Hmu1436 :::::::::::Q::D::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: consensus GAQLTVGLERLRELAGPFQRIGLSATVGDPEEVGRFLTG----------DRGCEIVEVDA #oth .1..211..1.2421.31..........2.41112..1.11111111111.414121122 NP4002A :::::::::H:::H::::::::::::::::T::::::::::::::::::::::HVTD:E: VNG1251 ::::AI:::::V:V::RV::::::::::::H:I:A::::::::::::::G:::::I:::V HQ2752A :V::S:A::::QV:::S:::::::::::S:T::A:::::::::::::::::PF:VI:I:: hla0269 ::::::::::::RV::::::::::::::T:::::K::V:SGKRDPDHPG::EF:::::A: HVO_1333 :::::I::::::::::A:::::::::::S:D:::K::::::::::::::::PF:VI:::V Hbo0217 ::::::::::::A:::::::::::::::S:::::K::::::::::::::::SF::::::: Hut1241 ::::::::::::D:::::::::::::::::A::::::::::::::::::::::S:::I:: rrnAC1139 :::::I::::::::S:R:::::::::::::H::::::::::::::::::G:T:A:::::I Hmu1436 :::::::::::::VS::V:::::::::::::A:::::::::::::::::::::R:::::V consensus GSRLDFEVVRPEVTDRDETLAGELATDAEVASHVRAIREIVDDHESVLIFVNTRQTAEAL #oth 2243324.34.61253.3521231222333.....5.21114412.1.2.........1. NP4002A :TN::VT:RT::IRPE:R:A::::L::::::::::V:D:L::A:D:::::::::::::G: VNG1251 T:NVS:::RE:A:::A::R::S::L:TPAM::::::::::::R:D::::::::::::::: HQ2752A ::AIE:S:HH:T::QK::Q:SR:::::ETI:::::V::D::S::S:T::::::::::::: hla0269 :T:T:VR:LD:PI::::T:::::::V:ETT:::::T:::::A::::T::::::::::::: HVO_1333 DN:VE:::::::::NE::A:::K::::P:I:::::T::D::R::::::V::::::::::: Hbo0217 ::KVA:T::H:D::RE:Q::::Q::SED:M::::::::D::R::::T:V::::::::::: Hut1241 ::DIEID::::SIEE:::NV:::IV::::::::::Q:D:LIET:::T:V::::::::::: rrnAC1139 :::::I:::::QI:::::E:SSS:V:::GT:::::F:ADLI:EN::::L::::::::::: Hmu1436 :::::VS::::T:::A::R::S::V::P:::::::R:D:LIAA:D:::V::::::::::: consensus GSRFKELG------------TNIGVHHGSLSKDVRIDVEDRFKAGDLDGLLCTSSMELGI #oth ...1.51311111111111133221.....1122.11...1..4.21.1.3......... NP4002A :::L:AY:::::::::::::::::I:::::::SA::::::A::T:EI:::M::::::::: VNG1251 :::::::D::::::::::::A::::::::::::A:::::::::S:::::::::::::::: HQ2752A :::::K::::::::::::::EP:E:::::::::::::::::::N:S::::V::::::::: hla0269 :::::T:AEREEKAGSIDDP:E:E:::::::::::::::::::S:E::::V::::::::: HVO_1333 :::::S::::::::::::::DP:E:::::::::::::::::::::E::A:I::::::::: Hbo0217 :::::R:N::::::::::::EP:A:::::::::::::::::::T:E::::I::::::::: Hut1241 :::L::Y::::::::::::::DV:I:::::AS:T:VE:::A:::::::A::::::::::: rrnAC1139 :::::::::::::::::::::DL:::::::::EA::::::::::::::A::::::::::: Hmu1436 ::::::::::::::::::::::L:::::::A:ET:::::::::E::::A::::::::::: consensus DVGRVDHVVQYGSPREVSRLLQRVGRAGHRRDLVSSGTVVTTSPDDTLEALAIARRAEAG #oth ...41...1..2...1.3..1..1.....21153.4..11.433.1.2...11213.641 NP4002A :::DI:::I::A:::::R::::::::::::::ET:::::I::H::::F:::S:VD:::R: VNG1251 :::GI::::::N:::::K:::::::::::S::A::E:::I:G:T::::::::V:D::NE: HQ2752A :::E:::::::::::::A:::::::::::H::RI:H:::I:S:::::::::::::::TE: hla0269 :::::::::::::::::A:::::::::::::::::E:::::QGG:::::::::::::G:E HVO_1333 :::::::::::N::::::::::::::::::LGV::R:::::DH::::::::::::::VS: Hbo0217 ::::::::::::::::::::::::::::::::QT:R::I::S:A:::H:::::::K:::: Hut1241 :::::::::::N:::Q:::::::I::::::::RT:A::I::::::E:F:::::::M:R:: rrnAC1139 :::H:::::::::::Q::::V:::::::::::::::::::::DT:::::::::::Q:::: Hmu1436 :::H:::::::::::Q:A:::::::::::::::L::::::::H::::::::::T:Q:LD: consensus EVEPARIHHGSLDTVANQIVGVVMDEGEVSARRAYEIVTRAYPFRDLDEETFREVVRELS #oth 4..2141.11.1......13.21.151135.331.212.2....4215334.22122..3 NP4002A A::S:G:::::::::::::A:LL:GFE:LP:A:::::L:::::::N:P::Q:KA:::::: VNG1251 A::DTQV::::::::::::::::::V::TE:WH::N:I::::::KQ:T:::::A:AM::H HQ2752A I::::::::A:::::::::I:I:::::::::::::Q:::A::::AN::KQ:::::I:::: hla0269 L::::A:::::::::::::::::::::D:H::E::Q:::S:::::::A::::Q:I::::D HVO_1333 ::::::V::::::::::::::::::Y:D:::::::::I:::::::::::DD::A:::::: Hbo0217 :::::::::A:::::::::::::::Y::::::KT::L::S::::C::EAA::::I::::: Hut1241 :::::A:::::R:::::::A:::::L:::D::::::::::::::G:IS:AV:::I::::A rrnAC1139 D::::E::D::::::::::A:L:::A::IR:M:::::L:::::::::::AQ:KQ::E::A Hmu1436 :::::E::D:::::::::VP:I:::V::IR:ME::::::::::::::TT:E::::::::A consensus GNRLLWLDEDDDRLEKSGGTWQYFYANLSMIPDEATYDVYDMASGRQIGTLDERFVVNFA #oth 5.222111.35.411112.....1.2........21.2.4.3211321...2.2..11.. NP4002A E::I:::E:G:::I:::::::::::::::::::::N:T:T:::::DPV:::A:::::T:: VNG1251 R::VVYV:::::TIST:::::::Y::::::::::E::E:::::G:::V:::::::::::: HQ2752A S:::V::E::A::::::S::::::::::::::::E:::::::S:RG::::::::::L::: hla0269 ::H::::::AS:T:::::::::::::::::::::S::E::::S:R:G::::::::::::: HVO_1333 ::H:::::::K:L:::::::::::::::::::::E::::H:IS:R::::::N:K::L::: Hbo0217 :::::::::EK:V::::S::::::::::::::::E:::::::S:RG:::::::::::::: Hut1241 D::VI::E::::E:S:RR:::::::H:::::::::::::A:GT::::V:::::::::::: rrnAC1139 A:NVI:::::R:T:::RR:::::::Q:::::::::::::E:V:::Q:V:::::K:::::: Hmu1436 E::V::V::EN:::::RR:::::::Q:::::::::::::E:V:::D:::::::Q:::::: consensus EPGETFIQRGEMWRITNIDEEEERVNVSPIEDPAGEVPSWTGQEIPVPAAVAQEVGELRA #oth 4..13.1.2.....1121.11144.4.1.12..3......2.3.....44..51.133.4 NP4002A ::::::V:G:::::::E::D:::E:L:::::::T::::::V:::::::RG::EA:ATA:: VNG1251 :::A::V:::::::::::::DDQQ:E::::::::::::::::::::::Y::::A::GM:: HQ2752A :::AA::::::::::ND::DD:TQ:::T:::::S::::::::A::::::H::N::::M:: hla0269 G:::::::::::::::EV:::::::::T::A:::::::::I:R:::::KP::E:::RI:G HVO_1333 A::A::::::::::VNDV:D::A::::::::::G::::::V:S::::::P::G::::::D Hbo0217 :::AS::::::::::ND::D::GE:H:T:::::S::::::::S::::::H::G::::I:E Hut1241 A:::V:::A:::::::E:::D::T:H:T:VG:::::::::::::::::YD:::::A:::G rrnAC1139 T:::V:V::::::::::::::::V:T::::::::::::::V:::::::R:::A::::::R Hmu1436 N:::V::::::::::::V::D::V:T::::::::::::::V:::::::Q:::R::::::R consensus VAARQLAAGADREAVARDLARRYPADEATVRSALEPIERHV---EAPIPTADRIVVEGQG #oth 41242156.46421.112326..32334.26421424351213324.1.3241112.452 NP4002A D:RGRFDG:DG:G::::SV:D:::T::H:ASE::K:V:A:-:::KG::::P:::::::F: VNG1251 TGG:::GT:TPKD:::::V:A:::TTHR:AG:::DRMA:::TEQD::V:S:E:::::QA: HQ2752A A::K:::T::NK:::G::::::::::VS:IT::I:::::QI:IG:Y:::::::L:I:A:A hla0269 E::EA::::STP::::G:::E::::::R:IAT::K:VVD:::DADH:V::DR:::I::SA HVO_1333 :::P:FES::::::::::I:M:::T:::::::::G:::KQ::EAD::::::N:L:L::SP Hbo0217 T::::FEL:GE:D:::::FRG:::T::R::SKS:K:T::Q::DA:L:V:::::L:I:::: Hut1241 :::E::R::GEP:S:::H::G::D:A:::I:::::Q::Y:-::::G:V:GPN:::::FE: rrnAC1139 ::G:::QD:::T::::::V:T::A:GPE::VDG:SQV:E:-::::G:::DDTT:L::FH: Hmu1436 ::G:::QE::AAD::::::T:::EG:P:::E:G::QLRD:-::::::::DDET::::MH: consensus RTVVLNAAFGHRVNETLGRLLSALVGQRTGSSVGMDVDPYRIELEVPRGVSAGDVVEVLE #oth 24132.123..42....1.2111.2..11.211121221..12111.4433421142122 NP4002A :QI::::::::TA:::::::::::I::Q::G::A:E:::::::::::S:T:I:::::L:: VNG1251 S:::V::C:::E::::::::V:::L::Q::::::L:AG:::::::::SR:::T:::A::R HQ2752A Q:::I:SPH:::I::::::::A::::::::A:::L::S:::::::L::QA:I:::TA:FD hla0269 :::AV::::::E:::::A:::A::::::A:::I::::::::::F:::H::GP:TFR:::: HVO_1333 :K:T::SPY:::::::::::::::I::::::::::E:::::::FD::GK:RPTTFA:::R Hbo0217 :K:T::SPY::::::::::M:A::::::::::I:IET:A::VTF:::PNA:VH:FT:::: Hut1241 :D:::::::::K::::::::::::L:::::::::L:::::::S:::::N:T:::::D::: rrnAC1139 :E:IV::CY::KI::::::V::::L:::A::::A::::::::T:::::RIT::::I::I: Hmu1436 :E::V::CL::Q::::::::::S:::::A:AT:A:E:::::::::L:S:::G:::ID::: consensus TTDPDHVEALLELSLKNADALKFTLAQVAAKFGALKRWR-GRG----RFGGDRLLAALED #oth 3...3113332..1..4122...2.....1...21.1121.43111321.31..12...1 NP4002A :::::::PT:V:::::::ET::::::::::::::::::K::T:SSQN:::K::::::::: VNG1251 D::::::AG:::::::QSET::::::::::::::::::K:::D::::GV:LS:::G:::G HQ2752A E:::M::::I:::A::K::::::::::::::::::::YQ:::E:::::::::::M::::: hla0269 :::::RL::Y:::A:::S:::::::::::::::SI::Y:E:::::::::::::::::::G HVO_1333 E::::::::::::A::RS:S:::::::::::::::::YQ::K:::::::::::::::::: Hbo0217 ::::::::GV:::A::HSES:::::::::::::::::YQ::NK::::::::::::::::: Hut1241 S:::A:::G:I:::::::G::::R:::::T::::::N::::::S::N:::R::::E:::G rrnAC1139 D:::::LP::I::::::::::::K:::::T:::S:::::::::S::TD::R::::::::: Hmu1436 ::::E::RHII::::::::::::K:::::::::T:::::::S:S::G:::R::::::::: consensus TPVYDEALREVFHEDLAVAETSDLLRRIQSGDIALATVGERTAIGTGGRSSGRELLSPEN #oth ..312113122413412254254314432413363233233123.72.224232214.22 NP4002A ::I::::V:V:L::Q:D:DGA::I:S:L:::::E:::::::::L:QA::::::::::::: VNG1251 ::::E::I:::::TT:D::RA::V:A:V:::ELGVEI::::::V:A::::A:T:::T::H HQ2752A :::::::V:::::T::::P::TA::E:YHTDELTI::TR:::P::VD:::H:K:::V:S: hla0269 :::::::::::::A::::G::AE::EDV:D:S:D::IAR:::PL:IA:::::T:F:V::: HVO_1333 :::::::I:::::T:::::::VE::::VRD::VE::VAR:P::::::::G::TD::V::: Hbo0217 ::------------------------HLRR:-------------:P::V--------:RR Hut1241 ::I:::::::LI::K:DIDRA:E:::E::::::VVE:::G:::::R::::GSK:::A::: rrnAC1139 ::M::::::::R:::::IEA:A::::D::N::V::E::::H:P:::::S::::::::::: Hmu1436 ::I::::V::::::::::EA:QTV:SA::::S::VE:::D::P::L:::::::::::::H consensus ADASVIETVRDRIQNDRVILFCLHCKDWDRKQQVKRVRDQPECPRCGSTRIAALNPWAEE #oth 111212323221134131413121154264435131141226115122112131211222 NP4002A :::::V:::KE::LD:D:L:A:::::E:::R:T::::D::::::L:::::::::::::D: VNG1251 :::::VQ:IK::::D:::K:::V::A::SHETM:R::T::::::::::::::::S:::D: HQ2752A :::G:::A::::::D:N:R:L::::T::EQ:KP:R::::::R::::EA::::C::::D:D hla0269 :::D::::I:E::R:::::::::::A::K:TTK:R::P:::K::D:::::V:T::::D:: HVO_1333 ::::::::::::::::::L:A:::::::T::TK::::::PVA::E::A::V::::::D:: Hbo0217 FGC:-------------------------------------------------------- Hut1241 ::::::Q:LK::::E:::::::V::ESYKTTKP::::::::K::E::::::::::::D:: rrnAC1139 ::::::K::KE:::S:::::A:::::K::::::::::::::S::Q::::::::::::::: Hmu1436 ::::::Q:::E:::::::L::::::R::R:::::G::::::D::D::::::::::::::: consensus TVTAVR--ADDKDDEQERRTERAYRSASLVQSHGKRAVIALAARGVGPHNAARIINKLRE #oth 244112112522.2223342412223.122131.1113211211.11.321112123211 NP4002A VLE:::::T:::::D:QKA:::::KA::I:::::::::::::::::::R:::Y:::NH:: VNG1251 VI::::::::::::::DD::Q::::N::I::::::::::::S::::::R::::V::RH:: HQ2752A :PK:::GGTLEE:TDAD:LQR::H:::::I:::::Q:A::::::::::QT:::::GN::: hla0269 :::::::::TE::E::::::K::H:A:::::T:::::::::::::::::::::::::::: HVO_1333 ::K::::::PE:::::::L:K::::::::::A::::::V::::::::::::::::::::: Hbo0217 ------::---R::----------:T::--EDT:R:SGLGDG:-:TH::RYR:PV----- Hut1241 :::::K::T:E:::::::::K:G:QA:D:::::::Q:I::::G:::::T::::::::::: rrnAC1139 V:S:::::T::::E:::KM::::::::::::::::Q::V:::::::::::::::::R::: Hmu1436 VIS::::::E:::ED::KM::::::::::::::::Q:::::::::::::::::::::::: consensus DEDEFYRDILEREREYARTQSFWD #oth 413211112252122111132113 NP4002A E:AD:::::I::::Q::::K:::: VNG1251 T:A::::::::::::::::KA::- HQ2752A ::T:::::::KQ:QQ::::::::: hla0269 ::::::::V:RQ:::::::::::: HVO_1333 :::D:::::::::::::::::::: Hbo0217 ------------------------ Hut1241 N::D::::::A::::::::R:::E rrnAC1139 ::::::::::RQ:::::::::::G Hmu1436 ::::::::::QQ:::::::::::-