[J] (-) COG1258 Predicted pseudouridylate synthase 9 genomes BUD0380 9 proteins a Hsa Halobacterium sp. NRC-1 b Hma Haloarcula marismortui f Hvo Haloferax volcanii g Hbo Halogeometricum borinquense h Hmu Halomicrobium mukohataei i Hut Halorhabdus utahensis j Hla Halorubrum lacusprofundi q Nph Natronomonas pharaonis x Hwa Haloquadratum walsbyi VNG1982 rrnAC3217 HVO_1979 Hbo1850 Hmu2242 Hut1680 hla1314 NP2390A HQ3095A

Pairwise sequence scores
Consensus score	3266	NP2390A	VNG1982	Hut1680	rrnAC3217	Hmu2242	HQ3095A	hla1314	HVO_1979	Hbo1850
2140	NP2390A	3116	1872	1981	1858	1890	1741	1857	1851	1794
2336	VNG1982	1872	3255	1943	2019	2034	1966	2050	2102	2072
2549	Hut1680	1981	1943	3449	2269	2257	2027	2230	2177	2059
2528	rrnAC3217	1858	2019	2269	3267	2406	2002	2146	2140	2115
2498	Hmu2242	1890	2034	2257	2406	3350	1990	2158	2091	2031
2342	HQ3095A	1741	1966	2027	2002	1990	3397	2202	2354	2263
2633	hla1314	1857	2050	2230	2146	2158	2202	3263	2427	2348
2629	HVO_1979	1851	2102	2177	2140	2091	2354	2427	3264	2610
2508	Hbo1850	1794	2072	2059	2115	2031	2263	2348	2610	3287

477 symbols
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#oth            .22.1411323432.2.12....41.11.1..2.21..31..2231.4..2231432452
NP2390A         :TV:DA::D:LDS::V:N::::::::::::::::EA:::S::::I::E:::::::::AD:
VNG1982         :T:::::::VL:ET:V:::::::C::E:::::S::::::::::A:::A:::::::::EP:
Hut1680         :DL::F::::R::::::::::::PV:::::::::T:::::::::::::::::IDA:DE::
rrnAC3217       ::::::::::L:::::::S:::::::::::::A:::::H:::V:L::A::D:F::S:D::
Hmu2242         :TL:D:::::::::::::S:::::::E:::::::T:::::::::I::::::::DP::D::
HQ3095A         :::::NV::L:TQN:::::::::V::::::::::T:::KS::I::S:V::I:::SID:TA
hla1314         :DV::V:AR:TG:::V::::::::V:::::::S:::::S::::SL::R:::D::PV::AD
HVO_1979        :::::::::L:ES::V:::::::A::E:::::::::::KS::VAA:::::::::AVD:ED
Hbo1850         ::::::::EL::Q::I::P::::V:::K:Y:::::::::S::VAA::E:::EP:DVARED

consensus       CWVCEGAC--ARFDEWAERAADAVEDYEFDTYQVGTRVPPLVEENEALLREDAGLA---E
#oth            ......321143.13212221412523224..11..23.1.21..161..242..31113
NP2390A         ::::::I:::D::E:F:D:VV::LGET:LY::::::::::::A::DR:::AE::::::::
VNG1982         :::::::S::G::::F:DLVV:::A:AS::::::::QA:::::::::M::DL::::::::
Hut1680         ::::::::::ED::D::D:::::IAE:D:::::::::::A:I::::R::::::::::::P
rrnAC3217       ::::::E:::D:::W:::Q::S::RG::::::::::K::::L:::DE:::::V::D:::P
Hmu2242         ::::::ET:::::::L:::::A::QG:::A:::L:::::::L:::DQ:::::V::DGSEP
HQ3095A         ::::::::ADDQ::S:GQ:C:T::S:T::N::::::KT:::I::::T::::SI::Q:::S
hla1314         ::::::R:::TE:::::::::E::::V::A::N::::P:::I:::::::::E:::D:::D
HVO_1979        :::::::::::E::D::::C:E:I::V:VE:::::::A::::::::L::::G:::P::::
Hbo1850         ::::::E:::::::D::::C:ES:::V::::::::::A::::::::V::::G:::P:::D

consensus       D---------AGEPFKSEFNREVGKRVGRLTGTEVDFGRPDVQFLLDLAADTVEVQVNSA
#oth            .111111111...31.2.3.....1.3.422222.2.3..111221.22213122531.2
NP2390A         ::::::::::::::L:T:L:::::R:::ARLDAD:::E::::::::::D:::::::R::L
VNG1982         ::::::::::::::::::C:::::::::DR::::::::::::LAVI:VE:E::D:T::::
Hut1680         ::::::::::::::L:G:::::::::L:GQIDA::::D:::::L::::D::QI:::::::
rrnAC3217       :::::::::::::AL:T:L:::::::I:D:::A::E::::A::LT::::T:E::TH::::
Hmu2242         :ADHDDREAF:::QL:T:::::::R:::D:::G::::E:::::LTI:::T:EID::::::
HQ3095A         :::::::::::::L::::Y:::::::::QR:D:T:E:::::I::TI::E::S:N:DIH::
hla1314         ::::::::::::::::::::::::::F::::E:::S:D::::::TI:::E:EIDAK:::T
HVO_1979        :::::::::::::L:::::::::::::::::::::::T:::::::::IE:::::A:L:::
Hbo1850         :::::::::::::L::::::::::::F::::E:D:E:::::::::::ID::::::E:::T

consensus       FVYGRYRKLERDIPQTEWPCNDCNGSGYQGGEPCDGCDGSGYRYDESVEELTAPVVRDAM
#oth            11......13.1....1.1134152214555631451212122.31..12231.116211
NP2390A         AI::::::::::::::::D-----------------------::::::A::IS:PFLS:F
VNG1982         :::::::::::G::::K:::S::::::TLVDS::PH:::T:FL:P::::Q::::P:V:::
Hut1680         ::::::::IK::::::::::::::AT:TVD::::E::G:T:::::::::::::::::E::
rrnAC3217       ::::::::::::::::K::::::::T:LWQ:::::::::::::::::::Q:S:::::E::
Hmu2242         ::::::::::::::::K::::E:GAT:LKR:AE:S::::T::::P::::Q:S::::L:::
HQ3095A         :::::::::T:G::::::::SA:D::::::SIA:ET:G::::L::D::::::::::C:V:
hla1314         ::::::::::::::::::::RE:K:::R::AD:::H:G::::L::D::::Y:::::E:V:
HVO_1979        :::::::::A::::::::::RE:D::::K:K::::Y:G::::L:ED:::GFV::::T:V:
Hbo1850         :::::::::::::::::::::K:H::::L:KQ:::K:::T::M:QD:::G:S::::M:V:

consensus       DGTEAVFHGAGREDVDALMLGTGRPFVIEVKEPRRRDVDADALEADINAFADGKVEVEGL
#oth            2.3213........1..1.211.....2.141.13.53.434.3321122.1.22.1221
NP2390A         R::::::::::::::::::::::::::L:I:Q::::QA:LE::REEAHDH::::::I:N:
VNG1982         G::::S::::::::I:::::::::::::::A::QD:HP:::::ADA::D:::::A::::V
Hut1680         ::SR:::::::::::::R::::::::::::::::T::::VGD:QD:::E::::::::D::
rrnAC3217       ::E::::::::::::::R::DS::::::::M:::K::::::E::::::D::::::::TD:
Hmu2242         ::E::::::::::::::::::S:::::::I:::::::::::::::E::D:::::::::::
HQ3095A         :::DST:::::::::::::I::::::::::F:::::NI:INR::G::::::::A::::N:
hla1314         :::::T::::::::::::::::::::::::E:::::R::T:R:Q:::::::::A::::::
HVO_1979        ::VD:K:::::::::::::::::::::V:IM:::::T::VEQ::G::::M:::EI:::::
Hbo1850         :::D:K:::::::::::::V::::::::::M:::::N::VER::G::::::E::I:::::

consensus       RLATYDMVERVKEHDASKRYRADVEFDADVDADALAAALAELDGATIEQYTPNRVDHRRA
#oth            331311..1...22213.2..13.1113215364152.3321212.11.2..2..2...1
NP2390A         TAV::E:::::::::GD:T:::T:::G:A::ESDFE::::::::T::::R::H:::::::
VNG1982         AV:G:E:::::::L::R:::::::::::P:GD:D:RD:ID:::::::::E::::::::::
Hut1680         A:::H:::::::A:::::T::MT:AL:K::::PT:E::::::E:K::::R:::::A:::G
rrnAC3217       H:::HE:::::::L::A:T::M::::GDA:::E::QD::::::::::Q:E::Q::T::::
Hmu2242         :R::H:::A:::::E:::T::M::A::EPIEEVT:DD:F:AI:::::::R::Q:::::::
HQ3095A         :::N:E:::::::IE:::::::A:A:::PINVTNFDT::TT:TDT:::::::::::::::
hla1314         ::::::::::::::::A:::::E:A:::::::::::::VE::E:T:V:::::::::::::
HVO_1979        ::::::::::::KL::::E:::A::::D::TDAE:::::D::T:::::::::::::::::
Hbo1850         :::E:::::::::LN:::::::E:::GD::SETE:TD::E::::::::::::::::::::

consensus       DITRTRDVYDATGELDDD--------------------RHATVEIHGEGGLYIKELISGD
#oth            311.1.4.22131322331111111111111111111132.32111.1....1...2.1.
NP2390A         :LV:E:T:L:ID:::EA:::::::::::::::::::::HA::::V:::::::::::M:::
VNG1982         HLV:E:::::I:ADRE::::::::::::::::::::::T::::::E::::::::::V:S:
Hut1680         ::V::::::AID:K::P:GAGMDLSVGAEADDSGTSTAN:::I:V:::::::V:::::::
rrnAC3217       ::::::A::::E:::T:::::::::::::::::::::::::ELR::::::::V:::V:S:
Hmu2242         ::::::::::IS:::::A:::::::::::::::::::::N:DI:V::A::::V:::::::
HQ3095A         A:::::T::::D:T:::P::::::::::::::::::::T::::::::A::::V:::::::
hla1314         S:::E::::E::A::::A:::::::::::::::::::::::I::::::::::::::::::
HVO_1979        S:::::H::::::D:E:P::::::::::::::::::::::::::::::::::::::V:::
Hbo1850         AL::::E:FE::::WENE:::::::::::::::::::::::::::::A::::::::V:::

consensus       EGRTEPSLAGLLGTGAVVTALDVLAVEGEDEP--FEDDAFFRD--------------
#oth            1...2.1..131112.2..1...33.3113.311.2432224332222222211111
NP2390A         :::::::::::::V::T:::::::::::V::::::LT:DYRLERDGEPVSGA:::::
VNG1982         D:::N::::::::V:::::::::V::A::T:A:::::TEHLP-::::::::::::::
Hut1680         ::::::::::V:D:P:E:::::::Q:::::::::::RE:::::ARAE::::::::::
rrnAC3217       ::::::::::::D:D::::::::ID:Q::::::::AT:E:LKE::::::::::::::
Hmu2242         ::::Q:N::DEV::::::::::::D::::A:S::::QPE::V:A:::::::::::::
HQ3095A         D:::::::::::D:::T::D::::G:YA:S:SES::N::Y::TVDASSHPISHSASE
hla1314         :::::::::::::V::E::::::V::::::::::::REE:::E::::::::::::::
HVO_1979        ::::N:::::I:D::::::::::I:::::::::::::::::K:::::::::::::::
Hbo1850         D:::N:::::I::VD:E::::::TG:Y:V::E:::::E:::::::::::::::::::