9 genomes BUD0620 9 proteins a Hsa Halobacterium sp. NRC-1 b Hma Haloarcula marismortui f Hvo Haloferax volcanii g Hbo Halogeometricum borinquense h Hmu Halomicrobium mukohataei i Hut Halorhabdus utahensis j Hla Halorubrum lacusprofundi q Nph Natronomonas pharaonis x Hwa Haloquadratum walsbyi VNG2306 rrnAC2582 HVO_2972 Hbo1558 Hmu2981 Hut2252 hla0585 NP1406A HQ1040A

Pairwise sequence scores
Consensus score	1717	VNG2306	NP1406A	Hut2252	rrnAC2582	Hmu2981	hla0585	HQ1040A	HVO_2972	Hbo1558
1289	VNG2306	1717	1036	1059	1104	1059	1073	1105	1157	1161
1277	NP1406A	1036	1804	1191	1152	1170	1061	1080	1127	1118
1379	Hut2252	1059	1191	1772	1340	1370	1085	1020	1135	1128
1372	rrnAC2582	1104	1152	1340	2212	1385	1109	1052	1114	1162
1382	Hmu2981	1059	1170	1370	1385	1809	1143	1058	1110	1130
1257	hla0585	1073	1061	1085	1109	1143	1724	1121	1152	1196
1288	HQ1040A	1105	1080	1020	1052	1058	1121	1740	1216	1315
1320	HVO_2972	1157	1127	1135	1114	1110	1152	1216	1756	1319
1364	Hbo1558	1161	1118	1128	1162	1130	1196	1315	1319	1727

299 symbols
consensus       ------------------------------------------------------------
#oth            111111111111111111111111111111111111111111111111111111111131
VNG2306         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP1406A         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::MD
Hut2252         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
rrnAC2582       MRHLYSDIKGWGGGSRESITAAATAETFNPTEQQSGVYRWTAHCSRSRGCHRPIYYTMAD
Hmu2981         :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::MED
hla0585         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
HQ1040A         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
HVO_2972        ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
Hbo1558         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::

consensus       MEESVSGFKVRGGWGDVVEHGERITRALREAAADE--D-----DAFEEWDEWRPKSHERL
#oth            12..11..152.2.221.......23..1132424432411112.152111....11..1
VNG2306         :::::A:::Q::T::::::::::::T:::::G:::AFA::::::::A:::D::::::::I
NP1406A         I::::::::A::::::I:::::::::::::LD:E:DH:V::DG::L:::::::::AD:::
Hut2252         :D::::::::H:::V:::::::::::::::L:::HDV:T::::::L::F:::::::::::
rrnAC2582       I::::::::TK:::V::::::::::Q::KDI:SG:TV:E::::::LS:F:::::::::::
Hmu2981         I::::::::R::::VN::::::::VQ::::L:T::RV:QPVDG::L::F:::::::::::
hla0585         ::::I:::::::D:::I:::::::AL::::TGT:D::-::::::::Y:F:D::::::::I
HQ1040A         :Q::::::E:::T::::::::::::::::D:DI:G::-:::::E::D::N::::::::::
HVO_2972        ::::I::::R::T:DE:::::::::::::D:DV:S::-:::::A::DD::::::::::::
Hbo1558         :::::::::I::T::::::::::::::::D:GVES::-::::::::KQ:::::::A::::

consensus       DEDVNEKTAEQASVDEGKGEKAGKDPDEDLQTAGEKLSDSYENLDEGD--EAVERWGESI
#oth            211.12...3..113..2..21.15122..21...2.23..2412222433.114.32.2
VNG2306         GDE::::::D::::A::::::::ASA:::::K:::Q::A:::K:GD::GGD:::K:QS:L
NP1406A         G:::SR::::::::G::E::::::::::::K:::::::::::S:E:PG:::::DE:R:::
Hut2252         :::::::::Q::RL:::::::K:::::D::R::::::A::::::::P::::::DA:::::
rrnAC2582       :::::::::D::::::::::Q:::G:::::::::::::E:::::::P:::::M:::S::V
Hmu2981         ::::::::::::R:::::::Q::::::D::R::::::A::::::::P:::::::S::::L
hla0585         ::::S:::::::::G::E::Q:::T:GG:::::::::TE:::KVE:N:TES:M:S:::::
HQ1040A         G:::SQ:::A::::S:::::R:::A::::::::::M:::::DHVEA:ESDS:::::SD:L
HVO_2972        G::::::::Q::::G::E::::::T:ND::K:::::::R:::RVE:::NEG:::S:QD::
Hbo1558         S::::::::A::::S::Q::::::E:N:::::::::::E::QKV::::NDG:::::S:::

consensus       DYVARAADSAGRKALRKVEDTVYRNVMTQIAPYYFDNELVSANIQRVG-GDAAEEFVFEV
#oth            21.1....1.2.1.1.3..13..22...131......3.1...22236133553411..1
VNG2306         :H:K::::T:::::I:::::A:::::::R::::::::A:::::::::R:--SQ:::::::
NP1406A         N:::::::::T::::::::GS::::::::MS::::::::::::LT:GD:-S::DDYI:::
Hut2252         ::::::::::::::I:A:::K::::::::V:::::::D:I:::LR::E:-:EDP:Y::::
rrnAC2582       ::::::::::S::::::::::::::::::::::::::D:I:::LR::::DEERP:Y::::
Hmu2981         ::::::::::S:::::T::::::K:::::::::::::A:::::L:::N:::DRP:Y:::I
hla0585         GH::::::::S:::::::::::::K::::M:::::::::::::V:E::R:ENG:T:::::
HQ1040A         G:::::::::::R:::R::::::QR::::L:::::::T:I:::::KTTR::::VA:I:::
HVO_2972        N::::::::::::::::::::::::::::L::::::::::::::::::RASGD:R:::::
Hbo1558         G:::::::::::::::::::::::K::::L:::::::::::::::KSAR:EDEVT:I:::

consensus       NVNDDDLKSRVSNRLADFEDEVDRWHVDTEKETEAAEAAEGVEPPEEDEE---SDSTTN
#oth            .1...1..54.134.42134422...1212141342111..112254454432324231
VNG2306         :I:::::::A:QDH:SS::-AL::::::::R::DV:::::::D::KQR:D:::AK::::
NP1406A         :I::::::I::::K:::YQTS:E::::::P:D:DI:::V::H:::QDEPTDGG::PKRT
Hut2252         ::::::::I::::K:::::QQ:::::I:AP:::D:SA:::::DV:P::H:W::T::D:T
rrnAC2582       ::::::::M::::K:::::QA::::::::::V:::V::::::DAV:TGD::::T:AK::
Hmu2981         ::::::::E:::::::::DSD::::::N::::V:::AT:::::VS::ETGDEET:AK::
hla0585         :::::E::DE::DI:::Y:S:I:::::EA::R:KDVA::::::::A:EGG:::P:::MT
HQ1040A         :I:::E::TA:::::T:YD:::T::::::K:Q::T::::::::::TSTTNP::PK::N:
HVO_2972        :::::E:::M::ET:R::K::I::::I::P::::V:::V::::V:TT:::HR::NW:::
Hbo1558         :I:::::::K::R::GEYD::::::::::::::TT::::::::A:PS:PD::::NF:::