9 genomes BUD0689 9 proteins a Hsa Halobacterium sp. NRC-1 b Hma Haloarcula marismortui f Hvo Haloferax volcanii g Hbo Halogeometricum borinquense h Hmu Halomicrobium mukohataei i Hut Halorhabdus utahensis j Hla Halorubrum lacusprofundi q Nph Natronomonas pharaonis x Hwa Haloquadratum walsbyi VNG2400 rrnAC2575 HVO_0017 Hbo1479 Hmu2737 Hut2971 hla0554 NP1236A HQ3734A

Pairwise sequence scores
Consensus score	1439	VNG2400	Hut2971	rrnAC2575	Hmu2737	NP1236A	HQ3734A	hla0554	HVO_0017	Hbo1479
974	VNG2400	1519	878	836	888	866	844	861	842	900
1088	Hut2971	878	1431	1015	1077	983	934	983	1000	978
1114	rrnAC2575	836	1015	1425	1115	1022	968	1017	1052	1020
1177	Hmu2737	888	1077	1115	1437	1072	981	1027	1073	1049
1179	NP1236A	866	983	1022	1072	1425	998	1015	1101	1039
1130	HQ3734A	844	934	968	981	998	1426	1060	1032	1088
1183	hla0554	861	983	1017	1027	1015	1060	1431	1063	1106
1224	HVO_0017	842	1000	1052	1073	1101	1032	1063	1430	1142
1214	Hbo1479	900	978	1020	1049	1039	1088	1106	1142	1441

205 symbols
consensus       -----------MDYELAIENAPETIPGGTGILLLHPSTGETDRIDTDFLKTDTDHFLVVS
#oth            11111111111.1.3...132.221.1..23..2...1.1...3..1.122...421.1.
VNG2400         MIKMTGALRHG::::::::GT:DAV::::VA::I:::::A:::M::::::A:::::::::
Hut2971         ::::::::::::::T:::DD::::V::::S:::I:::::::::V:::::S::::::::::
rrnAC2575       ::::::::::::E:T:::D:::::V:::::V::::::::::::L:::::A::::SM::I:
Hmu2737         ::::::::::::E:S:::::T::S::::::V::::::::::::L:::::S:::::L::::
NP1236A         ::::::::::::::::::::T:::V:A::::::I::::::::::::::F:::::RLF:I:
HQ3734A         ::::::::::::E:G::::S:::S::A:::V::::::I::::::::::::::::N:::I:
hla0554         ::::::::::::::S:::::G:::::::::L::V:::I::::::::N:::::::A:::::
HVO_0017        :::::::::::::::::::D::A::::::::::::::I::::::::::F:V:::R:::I:
Hbo1479         ::::::::::::::T:::::T:D::::::::::::::I::::::::::::::::::::::

consensus       TRTTAREVEQKLEYYDVDESRATILDTLSVERGYSRRSSDRVHYVSAPDDLDGIVERTRQ
#oth            ........5..1.1.1...33.2...1..111..1..613413.111.1.3211135324
VNG2400         ::::::::T::::::::::D::E::::::::H:::::AASHIR:::R:G:V:::LASIDE
Hut2971         ::::::::S::I:H:E:::RK:::::A:::::::T::R::D:R:::::::F::::AE::E
rrnAC2575       ::::::::K::::::E::::K:::::::::::::T::Q:ES:R::::::::S:::SEAET
Hmu2737         :::::::::::::::E:::D::::::::::::::T::K::N:Q:::::::WAA:::Q:E:
NP1236A         ::::::::Q:::::::::::T:E:::::::::::::::::::::::::::::::::T:::
HQ3734A         ::::::::N:::::::::::::V:::A::::::::::E::::::I::::::::::D::DE
hla0554         :::::::::::::::::::TK:::::::::::::::::::D:Y::::::::::V:D:VER
HVO_0017        :::::::::::::H:E::::S::::::::I:::::::::ENI:::A::::::A:::K:::
Hbo1479         :::::::::::::H::::::::V:::::::D::::::G:NH:::::::::::::::QV:N

consensus       FLTEHDGKRRVSVDSVTELAYYADEDRALEATEQLLDLLDEHDAVGLFHLSREVHDEATL
#oth            ..5531..2.212..1..12....233243.35411411323..1121.1151..14332
VNG2400         :::DT:::::::F::L:::::::::HQ::D:LQR:RGIVER:::TA:V:V:A:::::DA:
Hut2971         ::STTE::::I::::L::ML:::::PQTTA:V::::A::AD:::::::::A:G::::DR:
rrnAC2575       ::Q:::::L::TF::L:::I::::::G::S:V:DI::::::Y::::M:::AD:::::E:V
Hmu2737         ::AD:E:::::TF::::::I::::::Q:V::LG::::::A:Y::::::::A:G:::DE::
NP1236A         ::D:NE::::I:L:::::M::::::E:::::VGE::E::A:Y:::::::::E::::D:DV
HQ3734A         :::KY:::C:I:L:::::::::::V:G:Y:::DK::K::V:N:::::::::K:::ET::I
hla0554         :::::E:::::::::L::M:::::D:AVY::AADI:::::::::::I::::E:::EV:::
HVO_0017        ::ER::::L:L:::::::M:::::::::F:::K:I:E::::F:::::::::K::::QE::
Hbo1479         ::ES::::L:::::::::::::::V:::Y:::KR:::::::::::::::::N:::E:P::

consensus       DRFRELFDGVVELDEDGTVTSDF--
#oth            31.132112112.441.22334211
VNG2400         S:::DAG:L:::::A::::RT:R::
Hut2971         ::::S:::::I::ET::SM:AS:::
rrnAC2575       AA::::::::I::S::::I::T:EA
Hmu2737         :::::::::::::::::SI::Q:::
NP1236A         EA:K:::::I:Y:E:::::E:Q:::
HQ3734A         E:::NR::A::::GV::N::V::::
hla0554         ::::D::E::I:::G::N::V:V::
HVO_0017        :::::::::::D:N::::::TE:::
Hbo1479         E::::::E::::::VG:N:S:E:::