| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pairwise sequence scores | ||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Consensus score | 2681 | NP3676A | hla1154 | hla1040 | NP1184A | VNG2113 | HVO_2887 | Hbo2652 | Hbo2478 | VNG1164 | HVO_2745 | Hut0743 | rrnAC1733 | Hmu2217 |
| 1154 | NP3676A | 3172 | 796 | 865 | 848 | 716 | 846 | 881 | 933 | 1012 | 870 | 931 | 914 | 938 |
| 1224 | hla1154 | 796 | 2996 | 882 | 1056 | 775 | 838 | 853 | 1088 | 1003 | 1133 | 892 | 943 | 948 |
| 1546 | hla1040 | 865 | 882 | 2988 | 1250 | 909 | 1083 | 1133 | 1034 | 1037 | 1040 | 1212 | 1125 | 1243 |
| 1641 | NP1184A | 848 | 1056 | 1250 | 2936 | 1084 | 1384 | 1398 | 1051 | 1092 | 1019 | 1226 | 1080 | 1356 |
| 1208 | VNG2113 | 716 | 775 | 909 | 1084 | 1984 | 1099 | 1067 | 779 | 930 | 815 | 925 | 919 | 978 |
| 1669 | HVO_2887 | 846 | 838 | 1083 | 1384 | 1099 | 2968 | 1752 | 963 | 1049 | 970 | 1275 | 996 | 1280 |
| 1761 | Hbo2652 | 881 | 853 | 1133 | 1398 | 1067 | 1752 | 2912 | 932 | 1039 | 934 | 1297 | 1064 | 1355 |
| 1384 | Hbo2478 | 933 | 1088 | 1034 | 1051 | 779 | 963 | 932 | 2874 | 1236 | 1547 | 1045 | 1077 | 1084 |
| 1385 | VNG1164 | 1012 | 1003 | 1037 | 1092 | 930 | 1049 | 1039 | 1236 | 2239 | 1246 | 1135 | 1034 | 1107 |
| 1459 | HVO_2745 | 870 | 1133 | 1040 | 1019 | 815 | 970 | 934 | 1547 | 1246 | 2931 | 972 | 1103 | 1078 |
| 1650 | Hut0743 | 931 | 892 | 1212 | 1226 | 925 | 1275 | 1297 | 1045 | 1135 | 972 | 2868 | 1300 | 1591 |
| 1429 | rrnAC1733 | 914 | 943 | 1125 | 1080 | 919 | 996 | 1064 | 1077 | 1034 | 1103 | 1300 | 2460 | 1397 |
| 1788 | Hmu2217 | 938 | 948 | 1243 | 1356 | 978 | 1280 | 1355 | 1084 | 1107 | 1078 | 1591 | 1397 | 3148 |
482 symbols consensus ----------------------------------LT-IR--L--LATTEARLAVSAGLVI #oth 111111111111111111222222323344456858854672664533654545356654 NP3676A ::::::::::::::::::::::::MVPANSIPWYWRI::RIQVTFD:PT:QY:ATI:A:V hla1154 :::::::::::::::::::::::::::::VIAVV::QFATA:LGPLAQF:TALLGPLGD: hla1040 :::::::::::::::::::::::::::::VTAQLGMRLDAL:GSV:::::::::T::ILL NP1184A :::::::::::::::::::::::::::::::MQLFEDA:LA:EG::::::::::::IIA: VNG2113 ::::::::::::::::::::::::::::::::::--:--::-::---------------- HVO_2887 ::::::::::::::::::MAPQGGAAGSGQATTW:QDL:ST:AQFVS::E::GI::A::A Hbo2652 ::::::::::::::::::::::::::::MTAGSP::V::SS:AQ:S::::::G:T:T::V Hbo2478 ::::::::::::::::::::::::::::::::MA::P:-::-::----LLQGG:::LSEL VNG1164 ::::::::::::::::::::::::::::::::::--:--::-::---------------- HVO_2745 ::::::::::::::::::::::::::::::::MT:PALAAV:FR::S:ATP:QSGTV:D: Hut0743 :::::::::::::::::::::::::::::::::MVSEF:QF:EE:::::::I:A:V:VAV rrnAC1733 ::::::::::::::::::::::::::::::::::--:--::-::---------------- Hmu2217 MQATTPTPVGEETPAPTNGSASNWPVFQDTVASVFGEGQQF:EE::::QG:A::T:V::: consensus AAL-IAF-VRPRGVRRI-R-V---LL-----SRVPD-VELVA---P------LFVRILQA #oth 564655765546566447553665465333744565765564766144416646245456 NP3676A TFVAVSLT:YYG:R:LKA::-:::--:::::-:D::A::AMQ:::-::::::---S:AI: hla1154 YGVVTGNAQ:VAVSAL:VAA:LVVR:LTGWLK:RNGELSS:-:::-::::RR:LLS:TV: hla1040 VT:AVGWLLL:::::AAE:V:TH:W:ERFLDG:AESSI:TLQEAV:VSFGLR:::GL::L NP1184A V:IIV:TA:L::II:::VDA:DHQ:ETADEE:FATAVD:A:QLPF:TR:::::V::T::T VNG2113 ---:---:---------:-:-:::--:::::-----:-----:::-::::::-------- HVO_2887 L::G::VFLA::L:S:ATAELRTRV:A:::HP::::A:TDA:WLF:::::ATVV::T::L Hbo2652 V:VG::LLFA:WV::::A:ELDERV:S:::N:::::L:SDARWIL:::::PSVI::M::: Hbo2478 :EAVPS:TG:ALVTGAVIFF:TAL:A::::K:DELHDYD:PG::I:SAL:WS:L:SLTTM VNG1164 ---:---:---------:-:-:::--:::::-----:-----:::-::::::-------- HVO_2745 :S:FPT:EL:VAASVLVTVA:VAAWR::::LGARLHDK::E:VSM:V:::WH:S:TV:RL Hut0743 L:II::AF:L:F:LE:AY:LIATR:G::::T:::A:G:R::GGYV:GTV:AEG:::LV:V rrnAC1733 ---:---:---------:-:-:::--:::::-----:---M:DYT:TTI:RGV:L::A:F Hmu2217 :::LAV:V:V:LL::Q:R:VLASR:F::::D:::A:G::::GMYI:TTI:SGIAL:V::V consensus VVFAVAALSLLVVWGLSDAAVTVLALLADALPSLVRLLLTAGLLAGAYVGTDVLERWIDR #oth 66556446543531467574885767466595744445524433442324444458:275 NP3676A :TAILVSAF:VA::RT:SEVIEA:GF:SVTPE:G:KA:V:VIVV:VG:AV:RLTK:S:-K hla1154 GAT::G::::::::DR:G:LLDAYESA:I:-DQ:SNVV:AVV:::S::AV::F:GGV:RE hla1040 :L::I::VAI:AL::QFAVV:A::PVAEN::TIGAQA::S:V::GA::::S::::EYVED NP1184A GITV:V::V::I:::YL:I:RL:A:V::::::I:G::::SI::::AGI:::R:::TELES VNG2113 --------------------MLAV:S:::L::VA:::AV:L:IAGA:L:TL::VDAR:TA HVO_2887 A::VG::::::LL::YTGL:ADLTE:::V:V:NAAK:GA:VA:F:::L:::N:::EKL:S Hbo2652 AI:LSTG:AI:::::RE:L:::IV:::VSLT:VAGKV:M::::FV:::::I:A::S:LTS Hbo2478 TLATA::AVIVG:::QAE:VAS:FEGYDLGYD:F:K:G:SVL:VV:::TM:GLVR:LV:E VNG1164 -------MTVV:L::VE::VLRE:SRAQVRARV:::VAI:M:F::VV::::G::DDAL:: HVO_2745 ::V:GGGGFVFAL:S::GDIG:IS:QYDLGRETF::IA:S:AFVV::::L:S::G:F:GE Hut0743 L:L:A:GI::::I:::V:T:EM::TYFSGSV:F:G:VG::LLFALL::::A:QYKQMVV: rrnAC1733 SMVVLVVV:F:I:::VL:IVQ::GPY:DGSDQ:VLATIQ:IV:VML:F:LS:QMQ:::G: Hmu2217 S:TI:G::::::::::V:V::VTGR:IL::I:H::KATI::A::VL::::S:Q:RNV:S: consensus YAAASDRITDHQEEIVFRVLQITVLVAAGAAILAIWGINLGGLLVGAGFLGIVVGMAARQ #oth 5354449324..32246134.254245334534331654321212...11...2.3...2 NP3676A :GSGRVT::P::R:LAHHLV::V:::PVL:F:I:L:::PVSNIFL:::V::::L:F:::K hla1154 IS:E:TVL::::::VIR:LA::S:YTF:LLVVVGLFTD:V:::::::::::::::::::: hla1040 LS:D:::::A:::QLLS:IM:VG:::I::ITV:G:::V:::::::::::::::L:::::: NP1184A MT:D:EFVNQ::QGVLY:::::::FT:V:L:A:SL:DF:::::::::::::::::::::: VNG2113 ::E:::TL:Q::QGV:Y::::::::::::I:A:T:::VDPS::::::::::::I:T:::T HVO_2887 ::T:::N:NA::QG:::::::LV::L:V:M:A:TV:QVRI:::::::::::::::::::: Hbo2652 :::E::Q:NE:::G:::::::LVM:T:VTL:T::V:DAEV:N:::::::::::::::::: Hbo2478 VT::RPAVSQ::R::A::IA:VFLYAFTI:IV::::EV::S:I::::::::::::::::: VNG1164 FTDGH:G:::::T:VM::I::::LYIG:LIV::GF:NLD:S:::I::::A:::L:::::: HVO_2745 I:STRPE:S:::R::IY:IA:V:TYLTTL:V::G::RAD:::F::::::::::::::::: Hut0743 IGEEATWL::::R:::I:MG::AI:L:::LI::TV::::PE::::::::::::::L:::: rrnAC1733 FSQ:VTGF:E:::::LL:LG:V::F:TI::T:F:V:::D:S::::::::::::::L:::: Hmu2217 FSQGA::V:Q::::VML::G:VVL::TV:SS:MTL:::::S::::::::::::::L:::: consensus TLGSLIAGFVLMFSRPFEIGDWVEIGDQEGIVTDITIVNTRLRNFDGETVVLPNDRVSNA #oth .112411.1.1111...12...1522251.3.1111151.2332221.5154..17.536 NP3676A ::SGILS:::IL:A::::V:::IRV:ER::::::::VY::QI:T:NE:H:LV:::T:TEN hla1154 :::AIL::::::::::::V::::::::H::T::E:S:MS::::S::::VIT::::D:RSG hla1040 :::::::::::::A::::::::::::::::L::E:::M::HM::::::Y::V:::L:T:Q NP1184A ::::M::::::::::::::::::V:::E:::::::::I:::::S::::EI:M:::A::DG VNG2113 :I::::::L:::VA::::::::IALA:A::T:::::V::::V::PS::E::I::EN:L:: HVO_2887 ::::::::::::::::::L::::::D:A:::::::::I::::S:A::::::F:::::T:: Hbo2652 ::::F::::::::::::::::::::DGE::::S:V::I:::::::::::::F:::::T:: Hbo2478 :::A:L::::::::::::::::I:V::H:::::::::::::IQT::::Y:MV:::V::SE VNG1164 ::::V:::L::::::::::::::QV::KQ:::::::::::::QT::::Y:M::::V:GSS HVO_2745 ::::::::::I:::::::::::::V::H:::::E::V::::IQT::::F:MI:::V::SE Hut0743 :::A::::::::::::::::::::::::::V::::::M::::E::N::V:Y::::::NER rrnAC1733 :::::::::::::::::T:::::L::E:::::::::VF::::E:::::F:II::::::DR Hmu2217 :::::::::::::::::TV:::::V:G::::::::::L::::Q::::::::::::K:NDQ consensus SITNRSRRGRLRLRVEVGVDYDADIERAADVAEEAIEDVDDVADVPKPQVVPKAFGDSAI #oth 42211125231.25431.21.12.324.57216224552382357.6.42343711...1 NP3676A E:I:Y:KTD:::IETD:::::ET::GT::A::A::M:R:EA::PQ:S:D:IRLE:A:::V hla1154 ::ID::::N:Y:IEI:::L:::T::::::T:I::TTTE:E:::AM:E:NA:T:R:::::V hla1040 A::::::E::::IHM:::IG::D:P:E:SEI:K:VLDEI:TI:NN:::Y:I:SG:::::: NP1184A TVI::T::::::::T:::I::E::::::EQL:A::MAS::E::PG:::::::T::::::V VNG2113 T::::TSLD::::S:A::::::::::T:E::I:D::T::SRIL:T:A:::::T:L::::: HVO_2887 K::::TK:N:::::LD::I::E::::::ES:::::LS:LKF:EG::::::M:TT:::::: Hbo2652 T::::T::DQ:::S:D:::::ET:LDV:VG:::A:L::::V:::::A:N:L:TT:::::V Hbo2478 :LI::::K::::IE::::::::::P::::EL:L::V:EL::PLN::T::::L:Q:A:::: VNG1164 E:V::::K::::VH:S:::::ET:V:H:M:::KD:VS:L:::LS::R::::LSS:::::: HVO_2745 :LV::::K:::::DI::::::::::D:::E::QA:V::L:E:LS:::::::A:R:::::V Hut0743 A:V::::::S:::::D::I::ET:P:H:KN::M:T:KQI:II::A:P::I:::S:::::: rrnAC1733 AV:::::K:L:::T:DI:::::T:VD::M:L:R::MT:IEH:V:S:T:D::::D:::::V Hmu2217 :L::::SN::::::T:::I:::::PDH:EA::LD:::A:EI:E:A:A:K:I::::::::: consensus VLELRFWIDHPSARRKWRAQAAVVRAVKAAFDDEGIKIPFPQRELSARDET-----DGF- #oth 3154.3..46.143332426542364127212421151.1.1132662554122226453 NP3676A I:R::Y::TT:TVQE:::::N::IES::Q::E:::::::::::::TG:A:::::::G::H hla1154 ::G::Y::RN::M:KR::T:T:AMN:I:P:L:E:::V:::::QT:::::VDASGPQLDAS hla1040 L:D::::::P:TPQAR::SK:TA:E:IQRR:A:AD:S::Y:::TV:YPP:::::::AET: NP1184A :::::Y::RD::::K::QTKQ::::T::QR:::A:VD::Y:H:T:DS:P--:::::-::: VNG2113 :::C::::T:::PAKRSM:T::::::::T:L::AD:D::Y:H:Q:LTE:DS:::::LQA: HVO_2887 G:Q:::::TN:::P:RAQ:K:E:F:S::L:::R::::::Y:::::L::E:A::::::::: Hbo2652 G:KV::::K::::P:RAK:N::::::I:::::GR:::::Y:::::QS:E:::::::S::: Hbo2478 I:GI:V:::R::::::::T:T::IA:::D::ESAD::::::::::M::Q:A::::::::V VNG1164 :MDV:V:::K::S::H::::T::IQS::T::::A::::::::::IAG:A:::::::G::: HVO_2745 ::GV:P:::R:::::W:::RT:TIS::SE:::E:::A::::::A::E::PS:::::GPI: Hut0743 :::M:::::::TPP:::N:TER::TQ::::::R:::::::::::::G:A:::::::N::: rrnAC1733 :M:::::::::TPP:::::IS::::G:::T::E:D:A::::::T::N:VDA:::::ADE: Hmu2217 :::::Y::E:::PP:::::VSG::SG::E:::::::TV:Y:::::::::G:AARLR::P: consensus ------LRDG-------RPEAEPDGDG--------------------------------- #oth 232338665611111117758965656332145653342211111111111111111111 NP3676A ITNTPTDN:DSRKAVRR::G:GG:ISEPVEDDLADSDDEEKHPAADFEESVTDPPADEEA hla1154 VEGRAAT:G::::::::SHSG:D::SDAESDTEGSGESGR:::::::::::::::::::: hla1040 :::::DETVE::::::::V:RSAN:K:::::RVDNRPA:::::::::::::::::::::: NP1184A :::::AVSGA:::::::TNASA:SPEARDSDGTPSREE:::::::::::::::::::::: VNG2113 ::::::----:::::::----------::::::::::::::::::::::::::::::::: HVO_2887 :::::Q::ED::::::::RSQPVETSV::::::::SED:::::::::::::::::::::: Hbo2652 :::::VV:S::::::::DT:NQETPKT:::::VSTSE::::::::::::::::::::::: Hbo2478 VAGDERESEH::::::::RQT::TP::::::GSD::DA:::::::::::::::::::::: VNG1164 ::::::-:VH:::::::E:G:DGET:D::::::::::::::::::::::::::::::::: HVO_2745 :::::S:T:Q:::::::::::S:EA::::::GVEGGDE:::::::::::::::::::::: Hut0743 ::::::-:VQ:::::::QS:NTV:DA-::::::::::::::::::::::::::::::::: rrnAC1733 :::::KSLE::::::::GV:MR:::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Hmu2217 :::::::A:::::::::Q:S::A::ET::::D:::::::::::::::::::::::::::: consensus -- #oth 11 NP3676A RR hla1154 :: hla1040 :: NP1184A :: VNG2113 :: HVO_2887 :: Hbo2652 :: Hbo2478 :: VNG1164 :: HVO_2745 :: Hut0743 :: rrnAC1733 :: Hmu2217 ::