[T] (RAD55) COG0467 RecA-superfamily ATPases implicated in signal transduction 8 genomes BUD0806 8 proteins a Hsa Halobacterium sp. NRC-1 b Hma Haloarcula marismortui f Hvo Haloferax volcanii g Hbo Halogeometricum borinquense h Hmu Halomicrobium mukohataei i Hut Halorhabdus utahensis j Hla Halorubrum lacusprofundi q Nph Natronomonas pharaonis x Hwa Haloquadratum walsbyi VNG1899 rrnAC3392 HVO_2364 Hbo2060 Hmu2204 Hut2089 hla1602 NP2510A -

Pairwise sequence scores
Consensus score	2685	hla1602	Hut2089	Hbo2060	NP2510A	HVO_2364	VNG1899	rrnAC3392	Hmu2204
1848	hla1602	3938	1318	1515	1253	1610	1140	1446	1478
1882	Hut2089	1318	3060	1479	1362	1445	1170	1727	1781
1836	Hbo2060	1515	1479	3189	1418	1608	1227	1498	1475
1591	NP2510A	1253	1362	1418	2330	1387	1187	1472	1427
1916	HVO_2364	1610	1445	1608	1387	3015	1223	1547	1501
1331	VNG1899	1140	1170	1227	1187	1223	1604	1199	1233
2087	rrnAC3392	1446	1727	1498	1472	1547	1199	2952	1908
2017	Hmu2204	1478	1781	1475	1427	1501	1233	1908	2627

532 symbols
consensus       -----------------------------------------DESDDDWFERALDDSD---
#oth            111111111111111111111111112222122222234345322211113254343232
hla1602         MRHRFSSPDKRMRTSGRGSGKFQAVPPPCQNYADPSRPTGTMSDE::::::::R:::ADS
Hut2089         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::MSD::::E::::Q:ISGDRDVD
Hbo2060         :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::-M:::::::::F::EPDSD
NP2510A         ::::::::::::::::::::::::::MEAVNCRYARAERGWTM:::::::QDTE::P:::
HVO_2364        :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::VSD:::::::::RET::::
VNG1899         :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::----------------:::
rrnAC3392       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::MSED:::::::::S::::E-:::
Hmu2204         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::MS:D::::::S:V:E::D::

consensus       -------------------DGESEATDED------------EPFDDGTDDD--D--G---
#oth            111111111111222122222435454322332434234544453523434443432344
hla1602         ::::::::::::DAAEGDE:D:TGESN::DETANGDEPPAR:AS:P:GG::RA:ER:SDP
Hut2089         :::::::::::::::::::::LPTR::::::::SPTEETPDDW:EGDEEHSTE:DRDTPE
Hbo2060         SDDESGAASDHVERSESASE:G:A:ET:TTPESDSVAETDDA:P::::T::AVQRD:TPA
NP2510A         :::::::::::::::::::----------::::::::::::----------::-::-:::
HVO_2364        ::::::::::::::::::::::TD:D:A:::::::::PEES:QR:::ET:VGDADS:SAA
VNG1899         :::::::::::::::::::----------::::::::::::----------::-::-:::
rrnAC3392       :::::::::::::::::::::D::P:EA:DISATPSESDTE::AST:::SFGA:SDDGKR
Hmu2204         ::::::::::::::::::::::::PA:S:::::::::::::S::EAD::S:::-::-:::

consensus       --D-SPSE-DGDADFGTDSDDSPFADD------------------GDAAFGGES----D-
#oth            443554336244535454436445544111111111111111111556343233443334
hla1602         FGGIRNG:R:PSREA:D:V:EDN::G:VFGSTESESDSPKSDLPE::DP:::::FGGD:P
Hut2089         AQTVD::DETDAF:QS:T:ST:AE:EA::::::::::::::::::ET:TP::::ETATRD
Hbo2060         FK:GAS::T:P:TAETPTA:A:ASR::::::::::::::::::::AER:::FDAGDATPE
NP2510A         ::-:----:----------::G:ST::::::::::::::::::::FES::D::-::::-:
HVO_2364        ES:APD:SVT:G:E:::E:EGADA::E::::::::::::::::::R:EPLSFGDGPFG:S
VNG1899         ::-:----:------------------::::::::::::::::::---------::::-:
rrnAC3392       SG:S::FDD::S:::TEG::S:::G:::::::::::::::::::::S::S::D:SPFD:S
Hmu2204         ::-:::F:A:T:S:SPF:R::::DEAV:::::::::::::::::::NGP:D:G-::::-:

consensus       -G---------TGEDDPFGDD-------------G-GDGGGLFDDD--FASAFASAGGPG
#oth            422111111235346314454545544431333133333243232111145254433443
hla1602         F:G::::::GSF::E:::::ESANDGTPDPTGS::G:F:::::G::DP:DGGS:GS:SA:
Hut2089         GE:::::::::::TVA:D:EPETAITEEAPDFE:AADS::S:::E::::G::LE::::::
Hbo2060         AE::::::::::SDP::::GVRSRVDQSS:::::TDR:EPNP:SE:::::D:MG::PAF:
NP2510A         :-:::::::::I:G:G:ST:::::::::::::::-:----------:::E:::DAGS:GS
HVO_2364        T:DDSRDDDPLD:D::::ST:FATAFNNAPMPDA:G:F::DSS::::::GFGP:PGS::E
VNG1899         :-:::::::::----------:::::::::::::-:----------::------------
rrnAC3392       G:D::::::PFSS:SG:ADA:AGSP::::::::::D::::::::::::::T::E:::SG:
Hmu2204         :-::::::::::D:AG::DE::::::::::::::-:-:D:S::::::::E:::::::D::

consensus       G--------------------------------------DDGEG--------FDDEEFES
#oth            211111111111111111111111111111111111112333542323233333323121
hla1602         :GSAGSKSTDSGSADPFGGYRGNAAGDSSGPNDVGFGEF:G:::GGASPGFDV:PD::::
Hut2089         :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::AG:GSDPSETE:::DS:::
Hbo2060         :::::::::::::::::::::::::::::::::::::ESEG:QNPPDTSTES::::::::
NP2510A         E::::::::::::::::::::::::::::::::::::::-----::::::::EF::::D:
HVO_2364        :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::S:SPT::::::::::::::D:
VNG1899         -::::::::::::::::::::::::::::::::::::::-----::::::::--------
rrnAC3392       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::S:SD::::::::-FE:::::
Hmu2204         -::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::S:::::::::::E:DD:::

consensus       DIPRIDIGIEGLDEMIQGGVPERSLMVTIGSAGTGKTTFGLQFLHHALENGENAVFITLE
#oth            31314121131114.11..1.4.1.2122.31.......1....2211331331.11...
hla1602         S:E:T:::::::::::L::::R:::LSV::G::::::::A::::NE:::SDRKG:Y::::
Hut2089         E:::::L::::::::::::::S:H:::V:::P::::::::::::::G:QQ::::::::::
Hbo2060         ::D:L:::::::::::L::::K::::::::T:::::::::::::N:::::::K::Y::::
NP2510A         ::::::L::N:::N:::::::::::::VM:::::::::::::::NEGI::::RG:Y::::
HVO_2364        ::D::::::::::D::L::::K:::::A::::::::::::::::RK:::D:GSG:Y::::
VNG1899         --------------:V:::::::::L:AV:E::::::::::::::E::S:::R:::::::
rrnAC3392       ::::V::::::::Q:::::I:Q:H:I::::::::::::::::::::G:R:::::::L:::
Hmu2204         E:::::L::D:::Q:::::I:::H:I::::::::::::::::::::G:QQ:D::::::::

consensus       QSREAILDTADEKGWEFREYEEEGRLAIVDLDPVEMANSLASIRNDLPRLIEEFGADRLV
#oth            112221342.311..4.34123523..1111..1......41.111112.133.1.2...
hla1602         :T::S::S::E::::S:::HA:AD:::V:AI::I:::::::::::::T:::A::D:::::
Hut2089         ::::S:::::::R::::DR::R:D::::::::::::::::EN::GEF:Q:VR::::::::
Hbo2060         E::DR:F:::E::::P::K:AD:D::::I::::::::::::::Q::::::VAD:::E:::
NP2510A         ETKD:VRRA:T::::P:D::MA:NK::V:::::I::::::T:::G::::::DA:::E:::
HVO_2364        E:::R::::::::::::ST::AD::::V::::::::::::S:::::::::V:::::::::
VNG1899         E::GRVIQS::::::A:S:HADR:N::V::I::I::::::T::::E::::V:::::S:::
rrnAC3392       ::HD::::::GDR::G:E::::Q:Q:::::::::::::::DN::GE::A:::K:D:::::
Hmu2204         ::::::IA::E:R::::EH:::T:Q:::::::::::::::DN::GE::A:::::D:::::

consensus       LDSVSLLEMMYDDQSKRRTEVFDFTRSLKEAGVTTMLTSEASEDNPYASRHGIIEYLTDA
#oth            ............2113..11112.121..4..11.121..13242113.11.21...2..
hla1602         ::::::::::::HPA:::S:::G::::::::::::L:::::N:K:::::::::V::::::
Hut2089         ::::::::::::::AR::::::::::::::::::::F::::N::::::::::::::::::
Hbo2060         ::::::::::::HP::::SQ::::A:A::D:::::L:::::K:N:::S::::LV:::A::
NP2510A         ::::::::::::E::A:::::::::KA::S::IS::V:::V:DTDS:T:KY:::::::::
HVO_2364        ::::::::::::HP::::S:::N::::::D:::::::::::DQST::V:::::V:::S::
VNG1899         :::::::::::::::T::::IY:::TA:::::::::::::::::::F:::Y:V:::::::
rrnAC3392       :::::::::::::::R:::::::::::::Q:::::::V:::::T::F:::::::::::::
Hmu2204         ::::::::::::::A::::::::::::::N::::::::::::::::::::::::::::::

consensus       VFVLQYVRGDDFRETRLAVEIQKIRNANHSRETKPYEITNDGISVYQQANIF
#oth            .11.1.1.33213.1...1......1.....21...21.52..1..2..1..
hla1602         ::::::I::T::::M::::::::::D:::::QS::::::DT:::::G:::::
Hut2089         ::::::::::T-Q::::::::::::::::::A::::A::L:::D:::::S::
Hbo2060         ::::::::PS::::::::I::::::D::::::::::DL:S::::::R:::::
NP2510A         ::::::::S:-:K::::::::::::::::::::::::::S:::::::::S::
HVO_2364        ::::::::::::::::::I::::::D:::::::::::L::E:::::::::::
VNG1899         :V::R:I:PE:::::::::::::::D:::::::::::::HE:::::R:::::
rrnAC3392       ::I:::::S:T-S:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
Hmu2204         ::::::::TET-:::::::::::::::::::::::::::ME:::::::::::