|
Pairwise sequence scores | ||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Consensus score | 2386 | rrnAC0362 | Hmu1302 | Hut1462 | hla0710 | HVO_0122 | Hbo1374 | VNG1437 | HVO_B0264 | hla2276 | hla1705 | HQ2909A | HVO_2648 | Hbo2388 |
1587 | rrnAC0362 | 2450 | 1625 | 1356 | 1255 | 1235 | 1251 | 1084 | 1306 | 1230 | 1342 | 1291 | 1424 | 1317 |
1604 | Hmu1302 | 1625 | 2402 | 1375 | 1359 | 1374 | 1320 | 1079 | 1332 | 1209 | 1375 | 1305 | 1312 | 1401 |
1497 | Hut1462 | 1356 | 1375 | 2167 | 1283 | 1269 | 1250 | 1153 | 1270 | 1261 | 1337 | 1240 | 1309 | 1335 |
1599 | hla0710 | 1255 | 1359 | 1283 | 2427 | 1471 | 1452 | 1180 | 1395 | 1304 | 1338 | 1238 | 1353 | 1358 |
1644 | HVO_0122 | 1235 | 1374 | 1269 | 1471 | 2457 | 1781 | 1189 | 1380 | 1295 | 1302 | 1273 | 1331 | 1381 |
1576 | Hbo1374 | 1251 | 1320 | 1250 | 1452 | 1781 | 2414 | 1211 | 1310 | 1238 | 1217 | 1262 | 1265 | 1356 |
1438 | VNG1437 | 1084 | 1079 | 1153 | 1180 | 1189 | 1211 | 1786 | 1256 | 1243 | 1164 | 1187 | 1199 | 1236 |
1787 | HVO_B0264 | 1306 | 1332 | 1270 | 1395 | 1380 | 1310 | 1256 | 2438 | 1957 | 1441 | 1410 | 1468 | 1487 |
1731 | hla2276 | 1230 | 1209 | 1261 | 1304 | 1295 | 1238 | 1243 | 1957 | 2561 | 1355 | 1406 | 1443 | 1464 |
1762 | hla1705 | 1342 | 1375 | 1337 | 1338 | 1302 | 1217 | 1164 | 1441 | 1355 | 2381 | 1469 | 1642 | 1553 |
1741 | HQ2909A | 1291 | 1305 | 1240 | 1238 | 1273 | 1262 | 1187 | 1410 | 1406 | 1469 | 2591 | 1597 | 1715 |
1826 | HVO_2648 | 1424 | 1312 | 1309 | 1353 | 1331 | 1265 | 1199 | 1468 | 1443 | 1642 | 1597 | 2417 | 1814 |
1844 | Hbo2388 | 1317 | 1401 | 1335 | 1358 | 1381 | 1356 | 1236 | 1487 | 1464 | 1553 | 1715 | 1814 | 2458 |
359 symbols consensus --------------------DPDIVVLRQKIHGLPAEEYADALRERLPDRTVALARTPAE #oth 111111112222222333346552322365421434452245323112264144361253 rrnAC0362 ::::::::::::::::::::MA::::T:YGV::M:VDQ:VT:::::::EWD::V:E::EA Hmu1302 ::::::::::::::::::::VSK:AI::::A::::V:S::::V:::::EA::TV::::EQ Hut1462 ::::::::::::::::::::-----------------------------VS:RI:Q:::: hla0710 ::::::::::::::::::MSTI::A::DHDA::I::AD::EI:TR:::::E:R::A::D: HVO_0122 ::::::::::::::::::::MTT:L::DRPT::I::S:::A::::::::A::RHPK:T:: Hbo1374 ::::::::::::::::::::MTR:L::DDPA::I::S::::E::::::ET::IHRE:TEA VNG1437 ::::::::::::::::::::---------------------------------------- HVO_B0264 ::::::::::::::::::MTET::::::EGTE::SM:S::::::::::::::T:::::KQ hla2276 MIRQRVVSTRPQLMSSHQTA::::::::EGTE::SMAS:::::::::::Q:::::::::: hla1705 ::::::::::::::::::MS:::::::::T:::SGGA:L:A:I::::S::S::::::::: HQ2909A ::::::::MLMTDVIDTTTS::G::::K::::::::::::EC::::::::::T::Q::V: HVO_2648 ::::::::::::::::::MS::::A:::::::::S::A::ET::::::::E::::T:::: Hbo2388 :::::::::::::::MRSHES::VA::::::::::::::VET::D:::EQ::::::::V: consensus ERELLADARVVTGIDLD------------EELLDAAENLELFACVFAGTDHLPLDALAER #oth 335348615244386441111111111115564551462611246411331224241232 rrnAC0362 ::D:I:::T:L::N:VS::::::::::::P::V:T:DS:K:::GTY::Y:::::SD::D: Hmu1302 ::AAVET:T:ISAGPF:::::::::::::D:::GH:NEIQ:::SIY::Y::::::EF::: Hut1462 ::TAIT::S::S:GHFR::::::::::::::::ER::A::::::MY::YE::::ET:::: hla0710 H:RY:RE:T::A:KYI:::::::::::::A:EAAT::::R::::NA::V::::::::::: HVO_0122 TLDAAT::TII:STS:P::::::::::::D:V::::DE:R:::GAA::Y:::::ET:R:: Hbo1374 TV:AA:::A:I:::H:P::::::::::::DDV:E::AE:R:::AAS::Y::::::R:R:: VNG1437 -----------------::::::::::::------------------------M:R:R:: HVO_B0264 ::::VV::::::::TI::::::::::::::D:::R:DR::::::T::::::V:M::::DH hla2276 ::::VPK:::::::T::::::::::::::AD:::R:DR::::::T::::::V:T:::RDH hla1705 :::::ET::IAV:L:I::::::::::::::GQ:A:::::::::::::::G:::R::::DH HQ2909A ::::::N:EI:::YS:PTGVSLGPDHDVSTDDPVV:N::S::G::Y:::G::QTE:FETA HVO_2648 ::D::SR:::A::F:VS:::::::::::::AD:::::::D:::::::::G:::IE:FEA: Hbo2388 :::::KR:S:A::FT:::::::::::::::NT:AH::H:D:::::::::G::::E:FE:H consensus GVAVTNASGVHGPNIAEHVIGSLLSFARRLHEAWRRQRRREWRSFQSY-ELQGSTVTVVG #oth 2121.1.2.1.1.211.2221451531.4244151234553114242721251.11312. rrnAC0362 DI:L:T::::::::V::N:V::W:A:::GFFT:R:H::DHI:Q::HTD:DFA::R:C::: Hmu1302 EI:L:T:::::::::::::::AF:A:T::FF::R::::E:Q::ALR:S:::A::::A::: Hut1462 D::::::A:::::::::::::AF:::::NFNR:R:Q:D:H:::H:::T:::T::R:AI:: hla0710 :::::::::::::::::::L:WV:T:::::D:GR:::::::::R:::FT::A:::::::: HVO_0122 ::R::::::::::::::::::W::MIT:::D:GL:::::::::R::::G::::::A:::: Hbo1374 ::T::::::::::::::::::W::ML::S:D:GI:::Q:::::Q::AFG::::::::::: VNG1437 :::::::A:I:A:S:::Q:L::V:T:::N:::G::::Q:::Y:HY:AH:::G:::::::: HVO_B0264 :::::::G:I:A:G:::QA::NM:V:::::::G:::KE:A:::H:::G::FTD::::II: hla2276 ::T::::G:I:A:G:::QS:ANM:V:::N:::G:::KSNS:::H:::H::FTD::::::: hla1705 :::L:::::::::::::::L::MITH::QWAR:H:Q:E::::::YETT::MY::::A::: HQ2909A DI:::::::::::::S:::::GI:::::QF:L::H:GE:S:::::::::::K::::CIL: HVO_2648 D::::::::::::::::Q:L::::Y::::F:V:E:QKDAGV:Q:YPTV::::::::V::: Hbo2388 DI:::::A:::::::::Q::::I:::T::F:V::::NEHN::::YPT:::::::::AIL: consensus LGAIGQAVVDRLDGFDVETVGVRYSPEKGGPTDEVYGFDD---IHDALARTDYVVLACPL #oth 1.31.61333.252.2.4.1.1.11.1........412232433321343212122.2.. rrnAC0362 ::E::E:I:::VQ::::::::::::::::::::::::::E:::::E:VTD:E::G::::: Hmu1302 :::::::I::::A::::D:::::::::::::::::::::E:::::E:VTDAE::AV:::: Hut1462 M::::RTI:E::S::::T:::::::::::::::::::L:E:::::E::VDAE::AV:S:: hla0710 ::S::ETL:E:FE::::D:::::::::::::::::V:Y:::::LPEV:PG::VL:::::: HVO_0122 :::::::::E:::A:G::::::::T::::::::::L:::::::LES::V:::FL:V:::: Hbo1374 :::::::IGE:::P:G:::I::::T::::::::::I:::E::::ES::VQ:::L:::::: VNG1437 :::::H::::::Q::::D:I::::T:S::::::::I:::::AAV:::::::::L:::T:: HVO_B0264 ::S:::::AQ::Q::E:::I:I::T:S::::::::A:::S:DA:::::S:S::::V:::: hla2276 ::S::::::Q::A::E:A:I:I::T::::::::::LS::::GDV:::F::S::::::::: hla1705 :::::S:I::::EP:::D:::::::::::::::::::::A:::F:::I:DAE:::::::: HQ2909A ::T::M::TK::KP:::H:I:::::::::::::::VS:S::AAVY:::::SE:::V:::: HVO_2648 :::L:E:::::::P:G:::::::H:::::::::::V::::EQGL:::F::A::::I:::: Hbo2388 :::::K:T:E:::P:G:::I::::T::::::::::V::E:KAAFY:::::S::::V:::: consensus TDTTRGLIDAAAFRTMPPDAVLVNVARGGIVDTDALVSALRSNRIRGAALDVTDPEPLPE #oth 213.2412135315213342222.21..121..1..23411448121.2..........5 rrnAC0362 ::A::H:::::V::::H:::::T:::::PV::::::::::QR:H:G:::::::::::::S Hmu1302 ::A:EE:F:EQL::::H:E:IF:::::::V::::::T::IQ::Y:GA:Q::::::::::: Hut1462 :EE:::::GRDELQ:L::S:::::::::P:::::::L::::Q:HL::::::::::::::N hla0710 :E::E:::GEGELDAL:T::IV::A::::VI::P:::D:::::ALH:::::::::::::S HVO_0122 ::E::D:::RR:LSAL:EH:I:::::::::::::::::H:::::L:A::::::::::::: Hbo1374 :E::A:::::D:LKSL:T::A::::G:::V:::::::RTI:RD:L:A::::::::::::H VNG1437 :::::::::::::D:L::ES:::::::::V:::::::T:I:RQS:::::::::::::::: HVO_B0264 N:L::R::GD:E:A:::T::::::A::::::::::::::::::K:::::::::::::::A hla2276 ::L:::MVGE:ELA:L::N::V::A::::L::::::::::QTEG:::::::::::::::S hla1705 :E:::::V::E:L:::RA::I:I:I:::P:::::::::E::N:::::::::::::::::: HQ2909A S:L:A::F::E:::::::E:::I:I:::P::::::::R:IQTSE::::L::::::::::S HVO_2648 ::A::::V::D::AS:A::T:::::G::PV::::::::Q::::G:::::::::::::::A Hbo2388 :E::::::::D:::S:::E::::::G::P:::::::LD:I:T:D:::::::::::::::D consensus DHPLWDFENVLITPHNSGHTPKYWERLADIVAENVERLDA---GEDD-LENQVV----- #oth 2.3..422.132...32.1..6113.4...214.26445531111653.4.21744222 rrnAC0362 G:::::::::::::::A::::S:Y:::::::::::QKAERT::::WGG:R::IDL:::: Hmu1302 :::::G:D::FV:::A:::::A:Y::T:::L::::R:AEET::::W:G:V:::NLG::: Hut1462 :::::::::::::::V:::::E:Y::::::::P:::TIL:G:::DH:E:::R:G::::: hla0710 ::D::G::::FL:::VA:::::::::R:::LV::L::V:ET::::Y:G:R:::A::::: HVO_0122 :::::G::::Y::::V:::::H::T:V:::L::::G::ASASD::TPT:R::::PSPNP Hbo1374 :::::::::::L:::V::Y::Q::T:R:::L:R:I:HIFET::::WTG::::ISP:::: VNG1437 :::::N:::::L::::A::::D::P:::::::::LS::::::::DS-::::R:D::::: HVO_B0264 :::::GL::C:::::TG:::::H:D:::::::G:LG:::E:::::E-::::::LAAESN hla2276 ::V:::V::C:::::TG:::::H:D:::::::T::AA:::::::DE-::::A::TPE:: hla1705 :::::GLG::T:::::A::::H:Y::V:::L::::G:::D::::D:-::K:R:L::::: HQ2909A S::::::::::::::::::::Q:::::::::::::R:F:T:::-D:P::Q:R:I::::: HVO_2648 :::::E::::::::::A:::::::::M:::I:::LDK:::::::D::::R:R:A::::: Hbo2388 ::E::T:D::::::::::::::::::M:::::::::::S::::::EE::Q:::::::::