8 genomes BUD1135 8 proteins a Hsa Halobacterium sp. NRC-1 b Hma Haloarcula marismortui f Hvo Haloferax volcanii g Hbo Halogeometricum borinquense h Hmu Halomicrobium mukohataei i Hut Halorhabdus utahensis j Hla Halorubrum lacusprofundi q Nph Natronomonas pharaonis x Hwa Haloquadratum walsbyi - rrnAC2990 HVO_1787 Hbo1719 Hmu0224 Hut2461 hla2456 NP1148A HQ1115A

Pairwise sequence scores
Consensus score	868	Hut2461	NP1148A	rrnAC2990	Hmu0224	Hbo1719	HVO_1787	hla2456	HQ1115A
647	Hut2461	879	604	608	593	433	416	422	424
629	NP1148A	604	900	642	631	410	409	388	379
673	rrnAC2990	608	642	884	734	429	407	377	378
655	Hmu0224	593	631	734	902	393	408	357	368
550	Hbo1719	433	410	429	393	811	509	482	480
535	HVO_1787	416	409	407	408	509	840	512	448
527	hla2456	422	388	377	357	482	512	748	539
523	HQ1115A	424	379	378	368	480	448	539	846

113 symbols
consensus       MTTDLRQLDDGAWISVNDSREVNVSDLWRLAAPDFCGCELTDFLAEGFVEVGVDGRTVEA
#oth            1424112......2....4.1.2..1..2234431.3.333.211.11232.11252132
Hut2461         :A::VH:::::::V::::T::::::::::::GGG::S:Q::::::::::::::::GN:::
NP1148A         :P:SVH:::::::L::::::::::::::W::RHE::D:AMA:::::::::I:::YPN::G
rrnAC2990       ::::VH::::::::::::::::::::::L::RS::::::T::L:::::::::::YLDIQ:
Hmu0224         ::::VH::::::::::::::::::::::L::ESE:::::P:::::::::DT:::PPNIQ:
Hbo1719         :AVA::I:::::::::::D:K:S::E:::FPD::::::D:::MVV::::::::::::::V
HVO_1787        :SVS::V::::::V::::A:::S::E::::DD:S::::::P::VV:NVLD::A:::::S:
hla2456         ----::V:::::::::::::::R::E::::D:::L:E:A:::LVV:N:QS:::::S::K:
HQ1115A         ::VR::V:::::::::::R:::S::E:::VE:T:::S:D:V::VV:N:QT:::N:Q:I:V

consensus       RIAGQCIACGASGVTDWLPVGRVVDP--GEFAGVDRESVHRPRRRRR-ADPKE
#oth            221.1..1..331212.212..233123.2.5532423.34243352243444
Hut2461         :::::::Q:::::::G::TL:::-::ET:D:RP:AP::::::S:::::DT:TA
NP1148A         ::::::::::E:::::::TL::::::EE:T:SP::T::::I::::Q:L::AS:
rrnAC2990       ::::::::::E:::::::T:::::::DS:::H::VH::::F:AK:T:L:S:::
Hmu0224         ::::R:::::TE::::::T::::I::ES:::Y::VHD:::I:EK:H:L::::Q
Hbo1719         :AY::::::::AET:::T::::I:N-:::T:RHL:::::LK:VAKN-:-----
HVO_1787        KVY:::::::QT::PG:V::::LRE-:::::VDI:::R:VL:V::--:G:DD:
hla2456         :VY::::::::T:T:G:V:I:::RG-::::::EL::SA:R:V::---:-----
HQ1115A         IVY::::::::T:E:E:::::::I:-::::::VF:EST:R:T:ES:KPETNSG