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7 genomes BUD1153 13 proteins
a Hsa
Halobacterium
sp. NRC-1		 b Hma
Haloarcula
marismortui		 f Hvo
Haloferax
volcanii		 g Hbo
Halogeometricum
borinquense		 h Hmu
Halomicrobium
mukohataei		 i Hut
Halorhabdus
utahensis		 j Hla
Halorubrum
lacusprofundi		 q Nph
Natronomonas
pharaonis		 x Hwa
Haloquadratum
walsbyi

VNG0725

VNG2230

rrnAC2826

HVO_2344

Hbo2025

Hbo3062

Hbo3369

Hbo3580

Hmu0233

Hmu0311

Hut0580

Hut2898

hla0772

 - -

Pairwise sequence scores
Consensus score2335 Hut0580 Hbo3369 Hbo3062 Hmu0311 VNG2230 Hbo3580 Hut2898 hla0772 rrnAC2826 Hmu0233 VNG0725 HVO_2344 Hbo2025
503Hut0580 2390 231 315 293 329 245 318 356 319 383 437 345 328
566Hbo3369 231 2270 324 299 370 382 261 286 343 342 354 393 373
695Hbo3062 315 324 2208 617 565 480 437 502 467 456 507 478 524
842Hmu0311 293 299 617 2379 608 509 543 616 655 642 706 585 640
897VNG2230 329 370 565 608 2150 618 489 574 635 622 655 663 636
855Hbo3580 245 382 480 509 618 2522 490 583 512 551 692 588 601
1221Hut2898 318 261 437 543 489 490 2465 1747 901 867 963 899 964
1348hla0772 356 286 502 616 574 583 1747 3055 999 927 1056 1030 1022
1417rrnAC2826 319 343 467 655 635 512 901 999 2356 1232 1137 1054 1214
1473Hmu0233 383 342 456 642 622 551 867 927 1232 2364 1219 1223 1321
1499VNG0725 437 354 507 706 655 692 963 1056 1137 1219 2342 1188 1281
1456HVO_2344 345 393 478 585 663 588 899 1030 1054 1223 1188 2346 1381
1639Hbo2025 328 373 524 640 636 601 964 1022 1214 1321 1281 1381 2350 

444 symbols
consensus       ------------------------------------------------------------
#oth            111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
Hut0580         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
Hbo3369         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
Hbo3062         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
Hmu0311         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
VNG2230         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
Hbo3580         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
Hut2898         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
hla0772         VDRRPRRSGAGIGDRRAGGPAVQAVAVLTRESRTVPTFERRWVGDHAPFDGFYPVVSRGF
rrnAC2826       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
Hmu0233         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
VNG0725         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
HVO_2344        ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
Hbo2025         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::

consensus       ---------------MSDTD-SRD--------SETDCDDALA----------PAEAFAAL
#oth            111111111111111246759664243244274766744565111111112244621342
Hut0580         ::::::::::::::::AVW:HV:P::::::::-MA:DQGSAV::::::::::AED:::L:
Hbo3369         :::::::::::::::-----:---::::MADLGGSSY::TYT::::::::::RVQILF::
Hbo3062         :::::::::::::::-----:---::::::::-MSPRVP:AE::::::::::LDSV:GL:
Hmu0311         ::::::::::::::::TVPLNLP::::::::M::PGLVETAD:::::::::::ETV:G::
VNG2230         :::::::::::::::-----:---::::::::---MT:::E:::::::::::---::S:V
Hbo3580         ::::::::::::::::T::TS:DSSKAESGDT::::S::SSE:::::::::::DA::::V
Hut2898         :::::::::::::::::QF:RTKESGHESGAGT::GPGP:RT:::::ESRIP:::V:SI:
hla0772         GVSQFDRTAGADAGAET::ATETEPAAETDAG:DI:S::D:TAALRTESRVL:::V::T:
rrnAC2826       :::::::::::::::-MRV:E:PE::::::::----T:ADID::::::::::::T::SVI
Hmu0233         :::::::::::::::::RA:DL::::::::::----:E:C::::::::::::::D:::IV
VNG0725         :::::::::::::::::GSEQ:P:PDTPQSAS:A:QD::G::::::::::::A:D:::L:
HVO_2344        ::::::::::::::::::SASV:E:::::::D:VL::::CIS:::::::::::::::GIV
Hbo2025         :::::::::::::::::E::AAE::::::::RLL:::V:C:D::::::::::::::::VV

consensus       GNETRLDILRAL--WR--ADDRP-----------VSFSELRERVGMADSAQFNYHLGKLT
#oth            24431351143211342356543111111111113512312552235.123.2...65.4
Hut0580         :H:I::::::::::FDRYEPID:TSGPELRDRRTL:YA::MDAT:VQ::GK:::::E::R
Hbo3369         ADQYDEA-----:::S::--SGW:::::::::::L:::Q::::::V::TSR:S:::DA:Q
Hbo3062         A::L:IE:::T::::A::QHPES:::::::::::L:::D::SS:DIR::GK:::::DV:V
Hmu0311         SDG::V:::L:::::D::::G:S:::::::::::AT::D:::E::::::G::::::D::R
VNG2230         AD:L:VR:::E::::D::-A:D::::::::::::L:::::::C:DVQ::GR::::::E:R
Hbo3580         SDP::IA:::E:GSHARETGEET::::::::::::G:AA::K:A:VE::GR:R:::NT:I
Hut2898         ::D::VA::Q:M::LELG::EQ:::::::::::::::TAIF:Q:D:::::N:S:::EQ::
hla0772         ::D::V::::::::LELG::EE:::::::::::::::TD:F:::DID:::N:::::RQ::
rrnAC2826       AS:::::::E:::::::::::::::::::::::::R::::FDA:EL:::G::::::QE::
Hmu0233         :E::::S::E::::::::-L:E::::::::::::AA:::I:AA:::T:::::::::::::
VNG0725         :::::I:::Q:::::::::PE:::::::::::::::::A::K::::R:::::::::S:::
HVO_2344        AD::::T::E:::::E::SP::::::::::::::IP:::::R:::VD:::R::::::::R
Hbo2025         ::::::A::E::::::::SA:::::::::::::::A::D::R::::R:::::::::::::

consensus       GQFVRKTDDGYELRHAGEKVVRAILAGTFTERP-QVGPFPVE-GSCVACGGDLHAEYEDE
#oth            2621446222.5236215422514632432577264566644145.87.345263:.424
Hut0580         :AY:EAV:GE:VPTAGAIALYE:MI:NRP::S-:VPADVT:::AT:PN:DA:::G:::Q:
Hbo3369         DEL:::I:GQ:RP:V:ALEI:S::R:::YDGETVT:DRRQT::YQ:PH:EQS:VIT:Q:H
Hbo3062         PK::::S:GE:L:T:::RQ:IG:AVSR:L:DAD:D:TVED:PA:E:MF:S:S:M:R::NG
Hmu0311         DR:::Q:::::T:TL:::QI:G::QV:AY:MEG:SIE:I:LA:EP:R::::ERTLY::::
VNG2230         :L::EQ:E:::D::F::R:L:GSLHS:VY::TGGM:::QS:D::T::L::S::E:V:::Q
Hbo3580         :H::A:E::::R:S:::FEI:A:::::RY:DHE:::::TA:D::A:NV::AEATGI::NG
Hut2898         :H:LAQRE:::VF:YP:R:::SS:FT::L:::A::L:F::::::::YD:E:P::GW:V:D
hla0772         :H::KRS:::::F:YP:R:::S::FT::L:D:A::::F::::::::YD:D::::GW:V:D
rrnAC2826       ::::SQGA:::D::Y::TQ:I::VR:::::RT::DID::::T::A:TR:::G:L:::A::
Hmu0233         D:::::::::::::T:::RI:Q::F::S::QH::ERE-IEID:DP::R::AT:S:H:V::
VNG0725         DH:::S::::::FQY:::::::::::::::D:V:SLS-V:IT::T:F:::ET:VGQ:A::
HVO_2344        ::::::::E::DF::::::::::V:::::N:D::VLSA::AP:::::::::S:E:D:G::
Hbo2025         ::::A:::E:::F::::::::::V:S:S:N:N::T:E::E:P::E:AD:::T:T:S:V::

consensus       RLTVGCADCGTTHA-SYPFPPGGLADRTDEEVAAAFDQRVRHLHCLAADGVCPECGGRMA
#oth            84614.5324876516642.34436333862236247745336653264.2.35.71645
Hut0580         F:::E:PA:DIFWGAT:R::KH:V:V:EGVD:YE:LYD:MMYHVG::RT:Q::S:A:ITG
Hbo3369         L:Y:::P:H:AAI::-::V::RAVTG::I:D:LDLSLRKHACDVR:LQ:::::H:WSTAG
Hbo3062         VA::D::A:DDLIT:RM:I::NTV:NIDA:ALPEV:SKHLLTVTHQLSR:F:KL:Y:QVD
Hmu0311         TVRIE:G::PS:ST:-SGV:::VF::HERS:IP:VASRYF:TILAHVGE:F:WH:E:PIT
VNG2230         VGK:D:T::EV:II:QTGV::AFVDG:E:-DL:::I:GY::TTSRSLL::F::T:S:PT:
Hbo3580         ::E:T::N-DHPLL::WAI::NAAT:A:VNDL:TLATSLI::AID::LQ:::S::Y:T:T
Hut2898         E::I::T::::IQV::::::A:::D::ST:D:LE::QHY:::HY:::::::::::T:SIE
hla0772         T::::::::::IQV::::::S:::D:::TD:LLQ::HHY:::HY:::::::::::T:AVE
rrnAC2826       QFAID:E:::KA:G:E::::::::V:::PA:::T::AE:::::::::::::::D:A:::G
Hmu0233         Q:SIT:PA:EHG:G:E::::::::H::::A:ILS:::::::::::::K:::::::N::::
VNG0725         ::S:E::A:A::Y::R:A::::::RN:S:A:::::::::I:::::::::::::::::::T
HVO_2344        K::IS::::ARV:::HEE::::::EG:SS:ALLS:::::::::::::::::::::::TTS
Hbo2025         H:S:::RE::RL:::HA:::::::T::S:::::H::::::::::::::::::::::::::

consensus       TTLS--R-------------------DAD----CLDLDVRVEHR------CERCGHELRS
#oth            56354351111111111111111111674333567558363477111111.54.775574
Hut0580         V::PWD::::::::::::::::::::LDG::::--ESTPT::MT:::::::GT:SWLATV
Hbo3369         LSFP::::::::::::::::::::::ESVPDSYL::DVPYATAA:::::::DT:WLSYPI
Hbo3062         AS:TVFS:::::::::::::::::::SVESVTH:SP:::QF:--:::::::RE::DQTHL
Hmu0311         A:VV::P:::::::::::::::::::A:ETRAARD::PTTF:ELPMARYD:G:::S:IT:
VNG2230         GH:A::-:::::::::::::::::::---::::EN:YGPQAVVN:::::::::::ISFSG
Hbo3580         :RITSGKRDEDGSNRRDEGSEDGSGG:G:SDTSDKRTTPVFRGD::::::::M::AS:VG
Hut2898         SD:VTDP:::::::::::::::::::EE:::::--A:::A:::V:::::::Q:::YR:E:
hla0772         :::V:::::::::::::::::::::::P:::::EE::::A:::V:::::::Q::NYR:::
rrnAC2826       :EI::::::::::::::::::::::::G::::C:::VS::A:FV::::::::::R:::C:
Hmu0233         ::IG::::::::::::::::::::::GE::::C::GVS::AT:::::::::RQ:A:::C:
VNG0725         :::T::P::::::::::::::::::::D::::SR:::N:::D:T:::::::QQ:Q:T:S:
HVO_2344        :A:::::::::::::::::::::::::::::::PF::E:V:T:::::::::AQ:AY:AV:
Hbo2025         ::::::Q:::::::::::::::::::::G::::P::VAACSV::::::::::Q:D:RI::

consensus       PVGLTLLDHPAVLSFYSDHGVDLRDTPF-WTLDWCVDDET-TVVDDDPWRVRVTIPLDDE
#oth            523743445261652383323426745512635534638856663523543536354423
Hut0580         D:ISA:QFE:R:T:ALVEI::PREE:SSLRATERVLPAV:GR:ESRE:FSAT::V:HEGA
Hbo3369         ::AH:V:G::::ETL:A:::FG:A:AQI:GPH:LARVADVVCCTS:S:-A::L::D:G:R
Hbo3062         NA:GVVM:::::T:LLF:A:I:::RVYI::E:TSLL:P:V::T:SE::LQLHL::H:NG:
Hmu0311         DL:GA::N::V:GG:FYE::I:V:ER::::AFN-A:GH:QSRFRER::V:ATM:YTAG:A
VNG2230         LAAWVAV:::::::::D::DRSV:::AL::H:::LA:A:WVDGAAG:--:AT:EVR::::
Hbo3580         :AWFA:TV::T:DA::H::::AV::ALL::E:GHVEY:TK:P:R:::S--:VIS:V::::
Hut2898         T::I:M::VAD::V:F:KR::::NAE::::HF::::S:KRTEI:::E:L:::L:L:CAGD
hla0772         T::V:::::AET:L:F:ER::::NTE::::GF::::S::RT:I:AE::L::QLSL:CGGD
rrnAC2826       ::::::::NSR:AA::D::::::SSR:Y::::P:::::QYTS:EAT::::LA:Q:::AEA
Hmu0233         A:::G:::QSP:V:::E::::::AQ::Y::R:::::::HPV:::EE::::L::DVTR:GD
VNG0725         ::::S:::DAT:VA:HA:::I:VTS::H::::G:::T:A:::AY:P:RD:AT:::R::::
HVO_2344        ::::V:::EST::G:L:SR:R:VCG:::::RFP:V:G::AL:::SEE:::I::R:DA:::
Hbo2025         ::::S:::QSD:VG:HTS:T::::SR:H:::FE:::G:R::::L:::::::::A:::NE:

consensus       ELRVTLDEDLAVVATERRP-----
#oth            615451334462424537765332
Hut0580         IAEISVG:G:E:R:V:TTTD::::
Hbo3369         P:VFE:::SC::LDYW::-:::::
Hbo3062         T:DL:::DTAT:I:YD::-:::::
Hmu0311         T:TLVV::T:D:::V::DG:::::
VNG2230         R::::VTD::::T:VD:AQTD:::
Hbo3580         R:D:::S:SGH:LE:DVG:A::::
Hut2898         ::::L:::TVS:ID:AVVERLPE:
hla0772         ::::VV:GSVD::E:TLVE:::::
rrnAC2826       ::TAY::G::QP:EF::QDCGH::
Hmu0233         R:A:VV:G::EI:E:R:D:ATPAE
VNG0725         S:T::::GS:S::D:T:A-:::::
HVO_2344        H:V:E::G::S::DSAVE:AERVA
Hbo2025         :::::::SE:::::V:::RLD:::