|
Pairwise sequence scores | |||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Consensus score | 5773 | pNG6059 | hla1524 | NP3140A | NP4300A | hla2719 | HVO_0940 | Hbo2891 | hla0869 | NP2972A | Hmu3311 | VNG2201 | rrnAC1149 |
3060 | pNG6059 | 5813 | 3444 | 2197 | 2203 | 2734 | 2234 | 2242 | 2283 | 2289 | 2143 | 2288 | 2260 |
2966 | hla1524 | 3444 | 6148 | 2224 | 2180 | 2839 | 2204 | 2180 | 2213 | 2218 | 2074 | 2263 | 2349 |
3518 | NP3140A | 2197 | 2224 | 5844 | 2692 | 2784 | 2761 | 2961 | 2686 | 2861 | 2613 | 2747 | 2723 |
3643 | NP4300A | 2203 | 2180 | 2692 | 6067 | 2742 | 2954 | 2971 | 2840 | 3144 | 2827 | 2922 | 2863 |
3699 | hla2719 | 2734 | 2839 | 2784 | 2742 | 6174 | 3011 | 2975 | 3105 | 2857 | 2597 | 2915 | 2777 |
3928 | HVO_0940 | 2234 | 2204 | 2761 | 2954 | 3011 | 6148 | 3814 | 3356 | 3278 | 2864 | 3185 | 2928 |
3977 | Hbo2891 | 2242 | 2180 | 2961 | 2971 | 2975 | 3814 | 6006 | 3382 | 3222 | 2958 | 3085 | 3033 |
3928 | hla0869 | 2283 | 2213 | 2686 | 2840 | 3105 | 3356 | 3382 | 6046 | 3351 | 3024 | 2973 | 2987 |
3898 | NP2972A | 2289 | 2218 | 2861 | 3144 | 2857 | 3278 | 3222 | 3351 | 6108 | 2907 | 3089 | 2929 |
3749 | Hmu3311 | 2143 | 2074 | 2613 | 2827 | 2597 | 2864 | 2958 | 3024 | 2907 | 5796 | 3343 | 3318 |
3996 | VNG2201 | 2288 | 2263 | 2747 | 2922 | 2915 | 3185 | 3085 | 2973 | 3089 | 3343 | 5968 | 3520 |
3744 | rrnAC1149 | 2260 | 2349 | 2723 | 2863 | 2777 | 2928 | 3033 | 2987 | 2929 | 3318 | 3520 | 5911 |
949 symbols consensus ---------------------MDECTLCDLPTPDPPVTA-DDVDGEFCCRGCLEVARTLG #oth 12222222232333232333564915113212556343514543342124.144253312 pNG6059 :::::::::::::::::::::::-------::D::MRES:--------GA:A-------: hla1524 ::::::::::::::::::::MTTN:Y::GREVQS:TLE-:TVDERS::SS::HD:YT::: NP3140A ::::::::::::::::::::::GT::::E:::::T:::E:A::::::::::::::Y:S:: NP4300A :::::::::::::::::::::::::S:::::::::::AD::G:::T:::::::::::::D hla2719 :::::::::::::::::::MSAPD::::E:::AGVD:I-:::EGN::::T::RD:YE::: HVO_0940 VTMSTSTRSRGSAGGKSDGDDGEG:D::G::::T::::G::E::::::::::::IT:A:: Hbo2891 VISDVSTDSP:VVRSESPDAES:A:S::E::::AE:F::::::::AY::::::::S:A:: hla0869 ::::::::::::::::::::::PP::::::::G:D:H:::P::::::::::::A:::S:: NP2972A :::::MSDPDFDFDSDPALDTD:T:R:::::L:AS::AG:A:TE:::::::::::Q:S:: Hmu3311 ::::::::::::::::::::::G:::::G:::::::H:::P::::A:::Q:::T:::::D VNG2201 :::::::::::::::::::MTR:S::::G::::E::::GG:::::A::::::M::::::E rrnAC1149 ::::::::::::::::::::::TH:::::::V-:A:::D::A:E:T:::::::::::::D consensus DADA--DADAVDERRTGTDA-----------VDDDGERAFLSVDGMHCATCEAFLESTAT #oth 24364355666557563725211121223445365443113612.1111...312254.5 pNG6059 ER::::-----:TP:L:SEE:::::::::::------:::FQ:::::::::::::::V:E hla1524 :::SPGVTRTST:NEVDQEE:::::::DAAPP:QHRS:T::RI:::YS:::::Y:::L:E NP3140A :V:V::--ED:::EAL:::T::::::TPADD:PESA:T:Y:::E:L::::::L:I::V:D NP4300A :V::::ESVP::GSTDE:T::::::::::VS:P::AAET:VAI:::::T::::::GIR:D hla2719 :V:V:::::::R:::Q:NEDE:::SAADDTE:PV:H:AT::E::::::::::::I:TV:: HVO_0940 ::AS:ANPET:ERELA:ETD::::::::::E:P::A::TYMA::::::::::::VSG::R Hbo2891 GPERAAES:IEQSLAAA:::DDVPAATDADD:P::AA:T:::::::::::::T:I::::V hla0869 ::EGLDGL:E:E:::PDAEP::::::::::DD:FE::TT::H::::::::::S:::M::G NP2972A :L:Q::E:A:AVRN:V:G::::::::::PDES::R::A::FA::::::T:::::::GR:E Hmu3311 ::P::::::PQTAVD::P:V:::::::::::DSV::D::YFD::::::::::T:::A::: VNG2201 :PA:MD::G:A:SLD::A:T:::::::::::T:V:::A:::::S::::::::::V:AQ:: rrnAC1149 :PAT::--ETR:AAD::P:P:::::::::::D:A:::T::V:::::::::::T:::AR:: consensus DCDGVYAAEASYATDTVRVTYDPDTVDEDALPDRLSGLGYSATDRADASA---------- #oth 593115222.1.422141262.1235363526342345..51453455751333221221 pNG6059 ::E::VDVA:::V:E:::I:::::R:SKET:C:T::T::::::L::GG:DDTPTIIGQSR hla1524 :RE::LD:::::V:E:I::EH:::::SKES:R:V::T:::T:YL:E:::SDGAEAGGTTR NP3140A :I::::::::::S::MA::H:::::C:PSS:::A::QF::Y::EPGEEPD:::::::::: NP4300A AV::::SI::N:::E:A::R::::RI::AD::E::::Y::T:RF:SP:ETDDGP:::::: hla2719 QTE::S::S:::V:::::IDH:::A:ST:D:SEAV:::::::Y::D::FS:::::::::: HVO_0940 T:E::::::::::N:M:::::::E:A:L:G:SGT:ARY::GTR:PEERE::::::::::: Hbo2891 GD:::::::::::::ML:::::::ET:L:G:VG::GRY::D:::PDA:AE:::::::::: hla0869 EQA::A::::::::::I::D::::A:GA:E::E:::VA::::SN:::PD::::::::::: NP2972A AL::::SV:::::::::::N:::EA:::S:::EQ:::Y::E:GE:::GRH:::::::::: Hmu3311 :AP::R::::::TAGM:::VF::A:AEP::IA::I::H::D::QEGA::::::::::::: VNG2201 :TE::R::S:::P:E:LK:::::E:::RE:VRAAVD:::::::E:DGDA::::::::::: rrnAC1149 :H:AIA::A:::P:G:MKL:::A:ALS:S::T:VVA:T::D:SLQ:TETD:::::::::: consensus ----------RDDDNELVGRLIVGGFFGMMVMLWYVLFLYPTYLGF----EP-L-LVD-- #oth 1221221125657668547135313322245142.3332..3233412236553564332 pNG6059 RSDEPN:::E:GI:EV:GF:YAA:VI::TFML:P:AVL:::AQ:SS:FFG:GT:DMYAST hla1524 RAREMGGIRK:R::QL:GM:YS::FL::AFLLVP::AI:::AH:AS:IFDWQA:EIFEGA NP3140A ::::::::SFL:RLSFKEY:SVIALLVM:P::AP:L::V::::::I::::Y:RSF:FE:: NP4300A :::::::::ATRQQH:T:E::VI:::LS:LI:P::LFY:::S:V:I:::::TG:LDI::: hla2719 :::::::::R:QA::MATA::A::VLV::A:::Q:IVII::::FA:PFYN:RT:EYLNQA HVO_0940 :::::::::AERS::QVARFV:G::V:::::::::::::::::V::::::Q::-:V:E:: Hbo2891 ::::::::::T:EGSG:AKF::G::V::::::V:::::::::::::::::D::-:V:::: hla0869 ::::::::::-EG:DAV:RF::G:::::::A:::::V::::::F:Y:::::::-:FL::: NP2972A ::::::::::G:ET:AVAKF:AG:::::::::M::::::::::F:Y::::D::-:V:::: Hmu3311 ::::::::::-::AQ:T::::M::::::::::A::::::::V:T:V::::A:SSL::::: VNG2201 ::::::::::A:::ESE::::L::::::::T::::::::::A::DV::::PSAAQ:L::: rrnAC1149 ::::::::::--:EY::E::::::::::::T::::I:::::A:::V::::DSS:L:F::: consensus --LGGFAGLYLFANV--WVMTTIVLFYTGYPILRGAYVSLRARQPNMDLLVAIAAVSAYV #oth 2166685172447643141322211331.4.321..32.22314..1.2.1331162113 pNG6059 SGI::GD::LILPLF::L:L:GV::VF::L:L:Q::::::KM::::T:F::::TV::::: hla1524 F:QLDSQ:AFV:LRLY:F:::G:I:VF::L:V:::::I::KM:R::T::::::T:::::A NP3140A ::----SN::YMVF:PLF:WS::IVAGV:::YF::::::::V::::::V:I:L:VSA::L NP4300A ::TTTPI:I::PLSII:GLL:::::::V:F:V::::WT:I:::R:::::::SV::L:::G hla2719 ::MASSS:T:F:IVI::A:L::V:::I::K:::::::::AKT:S:::::::::::::::A HVO_0940 ::::V:D:V:ILG:I::::::S:::::::F::::::L:::::G::::::::SL::T:::: Hbo2891 ::::A:D:::VV::::::::SS::::::::::::::::::A:::::::::::L:::A::: hla0869 :::::VS:::::TQ:::::FAS:::::::::::::::::::::::::::::S:::::S:A NP2972A :::D:YV:::V:::I:::L::SF::::::W::I:::::::::GA:::::::TL::C:::A Hmu3311 :::D:P::GF::::::::::A:V:VA:::::LF:::V::::VGH:::::::::::AT::: VNG2201 :::::L::S::L::::::L:A:V::A:::::LF:::::::::GH:::::::G:::GA::: rrnAC1149 ::PS:Q::D::LW:M::A:::GV:VG:::W:L::::::::::GR::::::::M:::T:FL consensus YSTAA-MLLGRTDVYFDVAVAVVLVVTVGNYYESRIKRRAAGRLSELTASRVDEARRR-- #oth 1.14214431544211.12221433.2225211322142.44412422553245112311 pNG6059 :::I::F::::L::FY:LTIV:AAS:VAAIF:::LS:Q::MD::TN::I:H:T::::Y:: hla1524 ::::::VV::QN:IFY:L:IV:TAA::AMVF:::S::Q::LN::T:::I:Q:EH::TY:: NP3140A :::VSVF:::SRT:::::::MILA:::::DHV:::V:E::LDYY:::AE:::TH::LL:: NP4300A :::V::LAT:S:HL:Y::S::::M:::L:R:::G::RS::TDL::SV::I::S::T:L:: hla2719 :::L:VIFVDSPSI:Y::T::IIVI:::::H::DS::K::TEL::D:::VQ::S:::LVG HVO_0940 ::::::V:A:E:H:::::T::II::::L:::::D::::K:::M::D:A::::S:::::V: Hbo2891 F:VGS::VV:::H:::::S::I:::::L:::::D:::::::T::TD::SA::TD:T:L:: hla0869 :::L:::F:::::L::::TI::I::::A::H:::L:::::T:A:::::TVTDR:V:TE:: NP2972A :::L::::V::::L::::S:::I::::A:G:::::::Q::V:L:::::EQQ::K:::E:: Hmu3311 :::I:::A::Q::L::::::V:::A::::D::QE:VR:::M:::ATVSDE:A:A:::::: VNG2201 F:::T:I:T:GRE::::::IV:::A::::D:::G:V::A:::::AD::EE:::D:T:::: rrnAC1149 ::VV::VI::H:E::::::TVI:MA:S::D::QD:VR:::LD::T:F:TQ:A:S:::::: consensus -------------TDGATEEVAVDSLAPGDRVLVRPGERVPVDGTVVEGTAAVDESLVTG #oth 11111121211246235523.445337311322.361.11.2.142522612...122.. pNG6059 :::::::::::::GADG:TM:D:H::E::E:::::E:::I::::VLA:SECT:::AI::: hla1524 ::::::::::::DS::K:Q::R:AD:TS::I::::Q::::::::EL::DSCT:::AI::: NP3140A ::::::::::::DD::::Q::PLE:CG:::::::::::::::::::::::::::::VI:: NP4300A :::::::::::::::DGR:T:S::DIE::::LV:A:::::::::::I::I:D::::VL:: hla2719 GGESDGKGSADSENA:E:::::I:D::S:::L:::A:::I::::EA:A:D::::::VI:: HVO_0940 ::::::EGDADGSG:T:V:M::L:A:ES::L:E:::::::::::::R::::::::A:::: Hbo2891 ::::::::::::SD::R::S:P:E:IR:D::I::::::::::::V::::R:::::::::: hla0869 :::::::::::::---:G:T::T:AV:::::L::::S::::F::I:A::A:::::A:::: NP2972A :::::::::::::---NG:T:P:SEV:A:::L:::::::::L:AE::::S:::::::I:: Hmu3311 ::::::::::::::ADGI:S:SRSAVDG::ELV:KG::P::::::::::::::::::::: VNG2201 ::::::::::::RA:::::T::IEE:QA::E:V:GT:::I::::V:TS:S:T:::::::: rrnAC1149 ::::::::::::::::GH:::D:G::SA::E:V::S:::I::::S:L::::::::::::: consensus ESLPVTKRPGDEVIGGSVVTDGALVVAVGDDATSTLDRLVELLWEIQSARPGVQRLADRL #oth ..5135254.1524..23.12443213122242.12.122351.32..445.2.121123 pNG6059 :::::S:QA::::V::A:::N::A:LT:S:GT::SI::::TSV:NL::GDH::::Q::K: hla1524 :::::L::A:::I::::I:::::AL:R::P:V::SI::ITTAV:DL:::TH::::H::Q: NP3140A ::V::P:S::S::::::I:::N:V::E:::EG::::::::::::SV::SDA:I::::N:F NP4300A :::::::::::N::::A::A:D:::::::PE:E::V::IATT::::::S::::::::::: hla2719 ::M::R:T:::A:V:::::A::S:T:E::P::::S:::VA::V:DL::GNH:::K::::: HVO_0940 ::M:R::::::D:L::T::::RP::::::E::::::::::::::D:::::T:::::::K: Hbo2891 ::I:T:RE:::S:::::::::D::T:E:::::::::::::::::::::S:G:A:::::K: hla0869 ::::A:::E::A:R::T::::API::E::E::E::::T::RM::::::S:S:I:::V:K: NP2972A ::H::::::::G:A::T::::AP:::::DEG:E:::::::::::S:::RS:::::::::: Hmu3311 :::::S:AT::A:L::TT::::GV::RADE:P:::V:::A:T:::V:::T::A:::V::I VNG2201 ::T::GAT:::DAV::A:::::R:::::::::A:::::V:RV::DV::::::::::V::V rrnAC1149 :::A:R:TD::::::::L::Q:GV::R::P::E::V:::TN::::V::T:G:::::V::I consensus ATVFVPLVVVLAVLATG-GHLLAGAGVT-DALLVGLTVLIVSCPCALGLATPLAVAAGIR #oth .322112.334243343138226.744313.4.51141.2111.111.1...11315135 pNG6059 :S:II:V::GG::::GL::S::V:T:IP:V:V:TA:V::L:G::W::::::::S::TS:E hla1524 :SYA:L:::GA::AIG:A:VIAF:M:IP:::V:LA:LI:LAGS:W::::::::S::KSLE NP3140A :L::::V:I:I::VT:L::WVAL:RP:G:E:I:I:VS::V:::::S::I:::::LT::TN NP4300A ::::::V:LS:GTVV:A:WQ::S:EP:A:A:::A:::::V::::::M:::::::::G:L: hla2719 ::I:::V:LAV:L::A::AN:AL:N::::E:M:::::::::::::::::::::::::::: HVO_0940 ::I:::T:L:::AV:F::WT::G:GTP:::::::::::::::::::::::::::::S::K Hbo2891 ::::::::LA:S::T:A::F:VL:SSP::::::N::::::::::::::::::::::S:V: hla0869 :::::::::AV::::A::AT:AF::SP::E:A:::::::::::::::::::::::::::: NP2972A ::I:::::I:V:TVI:A:WM:V::NP:::A::::::::::::::::::::::::I:S:VG Hmu3311 :A::::::F::::GTLV:V:::::T:A::A:::T:::::V::::::::::::M::::::: VNG2201 :A::::::::::GV:G::W:::::GAAANE::::::S::V::::::::::::::::R:VQ rrnAC1149 :A:::::::::::::::::::VT::TL::::M:T::A::V::::::::::::::T::::: consensus DALDRGIVVADDTVFERAPDVDTVVFDKTGTLTTGEMRVR---------DADDPDAVLAR #oth 5.4541421343211.5333312121.......3.5.41511111134373534564344 pNG6059 Q:VE::::IF:E:::::LRN::V::::::::::::Q:D:L:::::::::EV:A:SDL:ET hla1524 S::R:::IIF:E:::::LR:::I::::::::::::::E:I:::::::::E::A:ADL:DA NP3140A A:SSS:ML:F:GS::::I::T:::A::::::::::::A:V:::::::DVVG:::::::R: NP4300A :::QD:LI::NES:::L:::A::::::::::::A:T:E:T::::::::::VYGHE:T:R: hla2719 :::E:S::IF:::::::LRGA::::::::::::::::::V:::::::::A::LD:GL:RL HVO_0940 E:AG::::::SEA:::AV::::V::::::::::D:D:A:PRVVGDGENSGG:GEN:A::A Hbo2891 ::A:S:V:::S:A:::D:::A::II::::::::D:R:::::::::GVTTA:A:ETTA:EL hla0869 ::AR::::IVS:A:::E:A:I::::L:::::::D:Q::LL:::::GAET:GT::AT:RK: NP2972A A:TE::::::TE::::E:A:IE:::L:::::::Q:S:A:T:::::::DVH:::AEP:VE: Hmu3311 ::::A:::IT:::AL:T::A:E::AL:::::::::S:T:::::::::::TVVGH:ES::Y VNG2201 E:::G:V::T:VSA::A::A::::::::::::::::::::::::::::::VVGD:G:::: rrnAC1149 R:::G:T::TG:A:::T:T:A:V:A::::::::::::ELL:::::::::-ERAD:RAM:: consensus AAAVEQRASHPVAEAIVA-------------------------------------AGSAP #oth 11.1.4415..316.245111111122212222323543455354465464455366573 pNG6059 V::L:::::::A:D:::N::::::::::::::::::TFAQRNQEGDRSRADGGVAD::DH hla1524 V::L:::::::A:N::TT::::::::::::::::::AFADENAPRGLDDQSDSEGN:NHT NP3140A :::::::S::::GK::L::::::::::::::::::::::::::::::::::::::--A:: NP4300A :::::CLSD::::D:LLD:::::::::::::::AASESADPVATDGGTVTTDTTGGTHPT hla2719 :::L:E:SA:::GQ::A::::::::VHAGGGDLEDAGAVSDPDAASPAVADGGAAESTE: HVO_0940 :::L:RFSA::L:T:V:E::::::::::::::::::::::::::AAEDRIEAAGADA:I: Hbo2891 :::::RY::::L:::L:Q:::::::::::::::::::::::::::::::::::::--C:: hla0869 :::L:RASV::I::::::GVRGEETEGDGIAARPAAATDGGTAIDGSAARDDGTG:ATE: NP2972A :::::ALSE::I:::::E:::::::::::::::::YDAAGDMAADGGVVEESPTDS::DR Hmu3311 :S::::F:T:::::::SE:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::TP: VNG2201 ::::::Y:D::::A::TD:::::::::::::::::::::::::::::::::::::-DAT: rrnAC1149 ::::::F:D::::::VT:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::V:V: consensus D--AAVTD---FERHP-RGVSGTV-----------DGTR--VVVGHPDLFADRGWTVPEA #oth 46574343222215451411516211111111111236511211.352123453451457 pNG6059 EYA:DI:E::::TS:A:T::E:V::::::::::::ED:::::L::NL::::EL::S:S:Q hla1524 ENTHR::K::::TN:R:S:IE::I::::::::::::::S::YL::NL::::E:::::DDD NP3140A ETT:T::A::::::N:::S:AAD::::::::::::::D::::L:::::T:DAE::::::R NP4300A AANRPLP:VEA:T:::GA:::::::::::::::::::::::::::TA::V:::VGPLS:T hla2719 NDTLP::::::::S:A::::::V::::::::::::::IE:::::::::::DE:::A::NG HVO_0940 :::V:AD::::VTV:D::::::E:::::::::::::RG:GR::::::S:LR:E:V:LAP: Hbo2891 :RLPT::::::STV:Q::::T:R:::::::::::::::D::I:::::S:LREA:V:::DE hla0869 S::P:AA::::VTVTD::::::RI:::::::::::::DE:::::::RS::EGDA:A:S:S NP2972A SAD::IA:ADG::::S::::VAP:::::::::::::DET::::::::::LRHN:LS:E:R Hmu3311 :::EP::A:::::TI:G:::QA:::::::::::::GDRT:::L::DES:::A:D::::SG VNG2201 A::GDID:::::::V:G:::A:SLAVRPDGAAAAA:AP:::::A:NRA::D::::R:::: rrnAC1149 ::::T:SE:::::Q::GQ:::A:::::::::::::::EQ::::::TQA::D:L:FD::AD consensus 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EAAADRFRSHPAVDEVFAGVPPEAKAETVRRLRADG-TVAMVGDGSNDAPALAAADLGIA #oth 4221541452331251..2.1.21.313131153311412.....2...1..12..2.12 pNG6059 :::T:FLD::::::H:::::::AG:TA:I:::QSR::Q:T:::::T:::::::T:::::S hla1524 :E:T:F:KQ:ED:TH:::T::::G:TA:I:::KS:::Q:::::::T:::::::::::::S NP3140A :RV:RQ:EAE::::::::E:R::::R:LIT::Q::::E:T:::::T:::A:::S::::V: NP4300A S:DT:::AD:::::Q:::::::DG:V:::::FA:::::TV:::::T::::::::::::V: hla2719 :R::TV::E:D:IAS::::::::G:::::E::K:S::QTV:::::T::::::::::::V: HVO_0940 :R::R:::D::D:TD::::::::::::::E::::R:::::::::::::::::::::I::: Hbo2891 :R::AQ:::::::::::::::::::::::E:F:SR:::::::::::::::::::::V::: hla0869 P:::R::EE:::I::T::E:::::::::::::T:TE:R::::::::::::::::::I::S NP2972A G::::::::VDG:::::::::::::::::::::G:::S:::::::::::::::::::::: Hmu3311 R:::EQ:A::RS::::::::::::::AV:D::GV::::::::::::::::::G::::::T VNG2201 PE::A:::D:D:IAA::::::::G:T:A::S:::::D::::::::V::::::::::::V: rrnAC1149 PE::VP:ER:DG:::::::::::::::V:E::QSR:::::::::::::::::::::V::: consensus 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