7 genomes BUD1295 10 proteins a Hsa Halobacterium sp. NRC-1 b Hma Haloarcula marismortui f Hvo Haloferax volcanii g Hbo Halogeometricum borinquense h Hmu Halomicrobium mukohataei i Hut Halorhabdus utahensis j Hla Halorubrum lacusprofundi q Nph Natronomonas pharaonis x Hwa Haloquadratum walsbyi - rrnAC3121 HVO_0950 HVO_A0290 HVO_A0329 Hbo0498 Hmu2644 Hut2032 hla0373 hla2104 - HQ1495A

Pairwise sequence scores
Consensus score	1566	hla2104	HVO_A0290	HVO_A0329	rrnAC3121	Hmu2644	Hut2032	hla0373	HQ1495A	HVO_0950	Hbo0498
884	hla2104	1535	795	772	700	665	697	796	673	774	783
939	HVO_A0290	795	1603	1203	716	685	793	828	744	816	843
954	HVO_A0329	772	1203	1565	658	647	763	849	722	803	850
998	rrnAC3121	700	716	658	3042	1308	934	849	810	826	815
990	Hmu2644	665	685	647	1308	1579	927	863	825	829	847
1124	Hut2032	697	793	763	934	927	1548	957	915	944	959
1163	hla0373	796	828	849	849	863	957	1577	956	1029	1066
1113	HQ1495A	673	744	722	810	825	915	956	1639	1085	1138
1240	HVO_0950	774	816	803	826	829	944	1029	1085	1626	1347
1278	Hbo0498	783	843	850	815	847	959	1066	1138	1347	1594

404 symbols
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#oth            111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
hla2104         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
HVO_A0290       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
HVO_A0329       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
rrnAC3121       MSSHQQWSPSERFRSSSGCSPDAPAWSRFCPPTPPPTIWAITRSTPSRCRKLRTTPVTGA
Hmu2644         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
Hut2032         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
hla0373         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
HQ1495A         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
HVO_0950        ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
Hbo0498         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::

consensus       ------------------------------------------------------------
#oth            111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
hla2104         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
HVO_A0290       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
HVO_A0329       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
rrnAC3121       ASPTPPNSTHSTRLPTRWHPAKTSRGPTTTTRRARNCSTCSKARFTSKRPTGSTSSRPTR
Hmu2644         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
Hut2032         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
hla0373         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
HQ1495A         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
HVO_0950        ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
Hbo0498         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::

consensus       ------------------------------------------------------------
#oth            111111111111111111111111111111111111111111111111111111111223
hla2104         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
HVO_A0290       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::VGHP
HVO_A0329       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
rrnAC3121       CLSPNRTARTTRTTPPMPTNQSLCLASAHRRPTSRARTTLTRNERSGGSDTLFSHPVTVA
Hmu2644         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
Hut2032         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
hla0373         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
HQ1495A         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
HVO_0950        :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::M
Hbo0498         :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::M

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#oth            433455555332412.22.12.233324322223.2331..113.2.1125433532531
hla2104         ::::RTDRLD:IT:G::I:I:::VNTADAVA::D:VV:A:::::::::::::S:SS:EAI
HVO_A0290       ATG:VASTA::IAE::I::II:ET:PE:A:ETVD::RR:::STV::::N:ESVLNM::D:
HVO_A0329       ::::S:HPAR:IRET:LI:II::T::::A:ETV:::TR:::STV::::N:DGVLGML:D:
rrnAC3121       PMTS:QA:Q:E::::::T:::::IPEEKMV:::T:V:E:::::::L:::AKRCS:M:AA:
Hmu2644         :MTN:QA::DSI:::::T::M::IPE:D:V:::::I:A:::::::L:::AKRCSEM:AK:
Hut2032         :::-MSDIE:QF::::::::::NI:::AMV:TV::::R:::::F:V:V:AR::SE:VGD:
hla0373         :::-MN:TLS:::::::::::::VE::QL:EIT:::R::::::V::::::::VAEKLS::
HQ1495A         MTTNISR:FDQ:I:::::::M::::::::::::T:::::::::Y:::::NA::AA::N::
HVO_0950        VALDV::D::::A:::::::M::::::::::::D:::E:::::Y:::::N:D::::::::
Hbo0498         VTLDS::D::::::::::::M::::::::LE::Q:::::::::Y:::::N:D:::::S::

consensus       SASFADDEAIVGAGTVLDAETARAAIEAGAEFVVGPTFDEDVIETCNRYGTLVAPGIMTP
#oth            45325441131.1.111.221.244342...1213.2232313222..2223331.231.
hla2104         :DRV--:D:L:::::::::::::::QL:::::L:T::VNRN::R:A:::::PI:V:AY::
HVO_A0290       :E:::A::VTI:::::::::::::TTL:::::I:T:S:::G:V::A::::VPSLV::A::
HVO_A0329       ::::TA::VTI:::::::S::::::LL::::YL:T:::::G::R:G::::APSMV::A::
rrnAC3121       DKALD:TD::I:::::M::AA::NV::::::::LA:NLN::::DV:::E:V:AI::V:::
Hmu2644         DRAL:GTD:VI:::::M:GAA::NV::::::::LA:NLN:E:M:V:::ESVVAI::V:::
Hut2032         VET:DGED:V::::S::::AA::S:::::::::::::LE::::::A:::D::::::V:::
hla0373         AG::-:::VV::T:::::S::::TTLM:::::::S:SLH:::::::::::AVS:::V:::
HQ1495A         H:::R:S:V:::::::::SP::QEM:TS::::I::::::P:IL:I:::H::::::::LS:
HVO_0950        ::::S:N::::::::A:::P::N:::Q:::::::::N:::G:V:::::::::::::::::
Hbo0498         ::::SET:::::::::::S:::::S:MN::::::::S:::G:V::::::::I:::::L::

consensus       TEALNAYEAGADLVKVFPAKTVGPAHLSAIQGPLGQIPLMPTGGVGLDNVADYFDAGAVA
#oth            ...54133...142.1...323..61231231..122.31....13411122122...31
hla2104         ::::E::Q::::A::::::::G::D:VA::G:::P::::V:::::SAE:AGA:VR:::::
HVO_A0290       :::V::F:::::M::::::G:L::RFI::LG::::H::TV::::::::::DEF:::::T:
HVO_A0329       :::V:::::::EM::::::G:L::EFV::LG::::H::TV:::::A::T:DEF:::::T:
rrnAC3121       :::AD:M:::::IL:M::::::::::IG:L:::::DV:I::::::ST:::DEF:::::::
Hmu2644         :::DA:MA::::IL:M:::S::::D:IG:L:::::DV:I::::::SA:::D:::::::::
Hut2032         ::::R:A::::::I:::::A::::G::::::A:::DL:::::::::P:::::F:E:::TV
hla0373         :::IRG::::::F::::::::::::::G:MK:::::::M:::::::P::A:::I::::F:
HQ1495A         :::::::::::::L:::::A::::T:::S:A:::PHL:::::::INI::::::IE:::AV
HVO_0950        :::TD::S:::::::::::SSL::G::KSMK:::P:::M::::::::::A:::IE::::V
Hbo0498         :::VD::::::::::::::SVM::K::AS:K:::P:::::::::I:I::::::IE::::V

consensus       VGAGSALVDYDAIEAGDFEAIEETAREFVQAVEDARE-------
#oth            ..1.1112151.234122251223.351343123..63211111
hla2104         ::V:GSI::HE::DDDAYDQV:AN::AV:E::SA::D:::::::
HVO_A0290       ::V::SI::TE::AC:E:DV::AN::V:RE:::A::SE::::::
HVO_A0329       ::V:::I::N::VSR:::AT::TN::S::E:::R::RD::::::
rrnAC3121       ::::::::N:E:::ND:MDGVR:Q:AA::D:::A::::::::::
Hmu2644         ::::::::N:E::::::MDGVR:Q:A::::::::::N:::::::
Hut2032         :::::::I::::::R:::::V:AH:G:::A::::::::::::::
hla0373         ::::G:::::::AAR::Y:S:T::::Q:::V:::::GDD:::::
HQ1495A         ::::G::MNT:::A:::::S:T:::EM:T:EI:T::MRNSSSSS
HVO_0950        ::::G::M:DE:::N::::::T::::::SNIID:::DD::::::
Hbo0498         ::::::IM:A:::::::::::T::::::T:VI::::::::::::