6 genomes BUD1421 8 proteins a Hsa Halobacterium sp. NRC-1 b Hma Haloarcula marismortui f Hvo Haloferax volcanii g Hbo Halogeometricum borinquense h Hmu Halomicrobium mukohataei i Hut Halorhabdus utahensis j Hla Halorubrum lacusprofundi q Nph Natronomonas pharaonis x Hwa Haloquadratum walsbyi - rrnAC1906 HVO_1009 Hbo0502 Hmu0789 Hmu2386 Hut0231 Hut0358 hla2437 - -

Pairwise sequence scores
Consensus score	2680	Hmu2386	Hut0231	Hmu0789	Hut0358	rrnAC1906	hla2437	HVO_1009	Hbo0502
2221	Hmu2386	2645	2297	2005	1957	1733	1690	1731	1699
2126	Hut0231	2297	2620	1875	1935	1659	1696	1673	1626
1999	Hmu0789	2005	1875	2568	2127	1608	1588	1547	1537
1921	Hut0358	1957	1935	2127	2502	1531	1493	1515	1430
2086	rrnAC1906	1733	1659	1608	1531	2715	2051	2037	1953
2099	hla2437	1690	1696	1588	1493	2051	2707	2075	2047
2134	HVO_1009	1731	1673	1547	1515	2037	2075	2687	2281
2075	Hbo0502	1699	1626	1537	1430	1953	2047	2281	2672

347 symbols
consensus       --MDYRRLGSTGLQVSPICLGTWRFGREHEDSGVVETDREEAHELLDAFAERGGNFIDTA
#oth            121312...4..15..2111......211133..1..2221..1....2223.1....1.
Hmu2386         :::H:::::T::::::::::::::::K:::::::::::::D:::::::::::::::::::
Hut0231         :::Y:::::K:::E::::A:::::::K::::::::::G:K::::::::Y::A::::::::
Hmu0789         :::E:T::::::::::::::::::::L:::::::::::::D:::::::::AQ::::::::
Hut0358         :::E:V:::E:::E::::A:::::::L:::ET::::::::D:::::::Y::A::::::::
rrnAC1906       :::E:T::::::TT::QL:F:::::::--:TG:::::::D:::D::::AW:::I::::::
hla2437         :::::::::N:::N::EL:F:::::::--:TN:::::G::::::::::A:DH:I::::::
HVO_1009        MSL:::::::::TR::EL:F:::::::--KS:::L:::E::::::::::E::::::::::
Hbo0502         MTL:S:::::::TK::EL:F:::::::--:TN::L::SK::::D::::::D:::::::S:

consensus       NGYG-PNGDSERWIGEWLADRDREDYVIASKCYFPFDSRFQENPN--GLSRKNIRAQVEG
#oth            .1..213.3..41..2..2111..11.21..11113221212111221.121111211..
Hmu2386         :::::-G:::::::::::E:::::::::::::FWSTV::::::--::-::K::V::E:::
Hut0231         :::::-R::::::::::::E:::::::V::::FWSQE::::::--::-:::::V::E:::
Hmu0789         :::::-Q:R::T::::::E::::::F:V:::::WSQV::::::--::-::K::VK:E:::
Hut0358         :::::-G:::::::::::D::::::F::::::FWSDV::::::--::-::A::V::E:::
rrnAC1906       :V::N:::T::AY:::::D:Y::::F:::::V:::::G:GEPG::DS::G::H::::I::
hla2437         :V::T:::K::EY::::::E:E:::::::::V:::::G:GEPG::DS::G::H:::::::
HVO_1009        :V::N:::T::EY::N:::E:::::::L:::V:::::---ED:::GR::::TH::N:I::
Hbo0502         :V::T:::R::S:::D:::E::::N:::T::V:::::---E::::GS::::TH::D:I::

consensus       SLDRLDTDYLDILYIHRFDDETPIEETLRTLDDLVSEGKVHYLGASTMAAWQLTKALWKA
#oth            1.11.111...21.2..1.13111.3.112213.122..1121.2..211.1.111..21
Hmu2386         :::::G:::::V::L:::::D::::Q:::AV::::::::::NV:L::AD::K:::G::::
Hut0231         ::::::I:::::::L::::::::::K::::V::::::::::HV:L::AD::K:::G::::
Hmu0789         :::::G::::::::C:::::G::P:H:::A::::::Q:::::V:I::CD::K::::::E:
Hut0358         ::EK::::::::::L::::::::::K::::I:::I:::::::V:L::AD::K:::G::::
rrnAC1906       T::::::::::LY::::W:EHSD:::::S::::::RA::::H::::::::::::R::::S
hla2437         T:::::::::::Y::::W:E:::::::M:V::E::::::I:::::::::::::M::::T:
HVO_1009        T::::::::::LY::::W:E:::::::::::NG::E::::N::::::::S:::::::::S
Hbo0502         T::::G:E:::LY::::W:E::::::::S::NR::E::::N::::::::::::::::::S

consensus       DVNNYEAFTVTQPLFHAGYYEDVAEYLDVCADQDLAVCPYSPLAGGFLTGKYERAD-DDP
#oth            1122111.2.1..121.31111.21.....1..21..1.....1..........212222
Hmu2386         :::::::::::::::::A:::::::::::::::N:::::::::::::::::::::G::GT
Hut0231         :::::::::::::::::A:::::::::::::::::::V::::::::::::::::VG::GT
Hmu0789         :::::::::::::QYS:T:R:P:::::::::::::::::::::H::::::::::VG::G-
Hut0358         :::::::::::::QYS:VHR:P:::::::::::NI::::::::H::::::::::VG:ES-
rrnAC1906       ::ED::R:E::::::::::RD::KD:::::::::I:::::::::::::::::::T:N:::
hla2437         :A:D:AR:D:V:::H::::::::S::::::::::::::::::::::::::::::::P:::
HVO_1009        :::D:AR:D::::::::::::::KD:::::G:::I:::::::::::::::::::::PH::
Hbo0502         E:HEW:R:E::::::::::::::KD:::::G::E::::::::::::::::::::::P:::

consensus       TEVEAPDGSRASLDDRFEDFYLSERGWHVLDEVRAVADEVDASPAQVALRWLMDQPDFTC
#oth            32331.112.122112.331.12.21.4...22.3..1.3..1....1.1..32322211
Hmu2386         Y:LD::EDT::QF::::L:::V:::::::::::::::E::::::::::::::::::::D:
Hut0231         Y:LD::EDT::Q::EM::AW:V:::::::::A::H::E::::T:::::::::::::::::
Hmu0789         -:::::::::GDI::H:::W::T:QA:D:::::::::::A::T::::S::::::HER:::
Hut0358         -:::::::::GDI:EH:A:W::R:EA:D::::I::::E:::::::::S:A::LAHE:L:V
rrnAC1906       :AF:G:E:::G::S::::::::::::::::::L::::::L::T:::::::::IE::::::
hla2437         KQ:I::::::::::::::R::::::::R:::A::K::::C::T::::::A::TEWDE:::
HVO_1009        ::YV::::A:G:F:E::DR::V:::::K::::I:::::::::::::::::::::Y:EA:V
Hbo0502         :Q:I::::::::F:::::Q::::::::N:::TI:T:::::::::::::::::::Y:EA:V

consensus       VPIVGARTTDQLDENLGAIDVDLSDDQFDRIMAARYDEDGRLWGH--
#oth            1..1....21..2..13.31231132.13..34.1113214223221
Hmu2386         ::::::::V::::::::::::TI::::::::FE::::D::S:YRTNA
Hut0231         ::::::::VE::E:::::L::TI:NE::Q::F::::::::N:YKTNA
Hmu0789         :::I::::::::::::D::E:E:T:::::::DD:IEA--------::
Hut0358         :::I::::::::E::::::E:E:T:E::E::D::IEA--------::
rrnAC1906       ::::::::V::::::V::T:IS::::::N::VS:::A:::ER:::RA
hla2437         ::::::::::::A::VA:T:L::::A:W::::D::::P::N::::::
HVO_1009        :::::::::::::::V::A:::I:T::WE:::N::::::::R:::::
Hbo0502         I:::::::EE:::::VE:A::S::E::WE:::N::::DE::::::::