6 genomes BUD1485 8 proteins a Hsa Halobacterium sp. NRC-1 b Hma Haloarcula marismortui f Hvo Haloferax volcanii g Hbo Halogeometricum borinquense h Hmu Halomicrobium mukohataei i Hut Halorhabdus utahensis j Hla Halorubrum lacusprofundi q Nph Natronomonas pharaonis x Hwa Haloquadratum walsbyi - rrnAC1259 rrnAC1977 HVO_1374 Hbo0180 Hmu0527 - hla0309 hla0738 NP4150A -

Pairwise sequence scores
Consensus score	4325	rrnAC1977	Hmu0527	hla0309	HVO_1374	Hbo0180	rrnAC1259	hla0738	NP4150A
2758	rrnAC1977	4286	2855	2081	2381	2459	2332	2319	2343
2645	Hmu0527	2855	4252	2108	2275	2249	2165	2234	2228
2779	hla0309	2081	2108	4257	2512	2539	2372	2408	2449
3554	HVO_1374	2381	2275	2512	4344	3590	3004	3012	3092
3534	Hbo0180	2459	2249	2539	3590	4435	2994	2954	3143
3406	rrnAC1259	2332	2165	2372	3004	2994	4288	3167	3247
3444	hla0738	2319	2234	2408	3012	2954	3167	4304	3427
3598	NP4150A	2343	2228	2449	3092	3143	3247	3427	4328

575 symbols
consensus       MPGGTDQTLRPFLWRAENLFPDREIVSRTHEGIERYTYAEYADRVAQLANALDEAGIEDG
#oth            12125521.12.1..13321113.1....13.34.11211123.112..311343.213.
rrnAC1977       ::::APLN::S::::G::V:::S:::::::Q::H:::I::::E::RK::S::EQ::::R:
Hmu0527         ------M::HQ:::::::V:G:Q::::::::::H:::F:D:G:::RK::SV::RR:YGE:
hla0309         ::--EEL:::::F:::TR:::ET:V:::::D:VD:::::DFG:::RR::A::A:L:V:P:
HVO_1374        :V:A:N::::::::::GK:Y:::::::::A::L::::::::EG:::R::G::SD:::G::
Hbo0180         :::A::::::::::::QKM:::::V:::::::R:::::S::GA:::::::::AG::::::
rrnAC1259       ::::SP:::::::::::T:Y::T:V::::::::V:HD:::::E:T::::::IE:::YG::
hla0738         ::::HS:::::::::::R:Y::T:::::::::RT:H::::::::T:::::::::Y:::R:
NP4150A         :::::::::::::::::::Y::::::::::R:::::::S:::::T:::::::::Y:::E:

consensus       DRVGTFCWNHHRHFETYFGVPSMGAQLHTINPLLPDEHIQYIVDDAADEILFVDPSLAPK
#oth            1.21.12..231.2.2.11.144...1.11.2..1.3.1111141.4.3222..432232
rrnAC1977       ::::::A::N:W:Q:A:Y::AC::::V:M::L::::::::H::A::E::::I:::VMLE:
Hmu0527         ::IA::A::N:W:H:L:::::CQ:::::M::I::::S:V:HL::::E:AV:V:::TMLDA
hla0309         :::::LG::T:::::A:YA::LS::::::V:L::Q:D:VE::IN::::DV:I::RDAVAT
HVO_1374        :::A::::::N:::::::::::::::::::::::::H::::::EN:K:R:I:::::::::
Hbo0180         :::::::::::::::A::A:::::::::::::::::H::::::EN:::RL:::::::VE:
rrnAC1259       E:L:::::::S::::::::::GT::::::::::::::::::::S::Q::LI:::E::L::
hla0738         :::A::::::T:::::::::::T:::::::::::::::::::::::::::V:::A:::::
NP4150A         ::I::::::::::::::::::TI:::::::::::::::::::::N:D::LI:::Q:::::

consensus       LAGAADEAA--FDSVEQFVVMGDSVP-DTELD-PVTDYESFIADQPTDYDWPDLPEDQPA
#oth            .2313243211123.23211.22222113512122221.111114222121.5131121.
rrnAC1977       :E::Y::E:::::::::YI::::T:::E:S:E:::V::::::::GDP::SF:Q:::::::
Hmu0527         :EA:Y:::::::::::L::::::T:::E:D:E::::::::::::GDP::EF::VS:::::
hla0309         :DRLW:R--::I:G:REV:::::::::E::S:L:LSAF:EL:::ADPVES::P:S::D::
HVO_1374        ::::V:GD::::A::::::::ASE::D:VG:S::::::::::::H:DE::::::::::::
Hbo0180         ::::Y::D::::E:::::::::SE:::::P:E:N:::::::VGGEE::::::N:::E:::
rrnAC1259       :E:::TADPES:ET::::I::S:::::E:::::-AVA::::::::::E::::E:E::RA:
hla0738         ::::::G::E:::D:D-::S::S:EI::A-:::-A:P::E::::::::::::::DS::::
NP4150A         ::Q::QD:PE::EG:D-:::::E:GT::S-:::-A:P::E:VGG:::E::::V:D:::::

consensus       GMCYTSGTTGKPKGVEYTQQMLWSHTMASLTPQGLDIDDDDVVMPVVPMFHVNAWGRPFS
#oth            .1........4......112.21312.2422332222643.14111......12.23.12
rrnAC1977       :::::::::::::::::::K:Y:TQV::LM:S:-AG:KT:::ELTY::::::SG:C:::T
Hmu0527         ::::::::::M:::::::HK:Y:G:::GL::GE-:GLTAR:TA:T:::::::SG:::::A
hla0309         ::::::::::::::::::HK:IYA:A:MVM::AA:::AE::::::::::::::S:EF:YA
HVO_1374        ::::::::::Q::::::S:::::A::::T:PES::::GAK::I:::::::::::::L:::
Hbo0180         ::::::::::::::::::::::::::::::PEA:::LRSS::::::::::::::::F:::
rrnAC1259       :L::::::::R:::::::::::::::::IQS:::IPL:::::M:::::::::::::L:::
hla0738         :L:::::::::::::::::S:::::::::Q::::IPME:S::::::::::::::::M::T
NP4150A         ::::::::::N:::::::::::::::::::::::IPM:::::I:::::::::::::M::T

consensus       TTAAGAKHVYPGPSPDPEDLAKLIEEEGVTVTAGVPTVWLGLLEYAD-ENDVDLSSLERI
#oth            2212.1.2.1...3.311..15.1.1.1..41.1....13112212612314.3121223
rrnAC1977       :I:::::T:L:::N:SA::::::::::D:::S:A::::FMD:::::R:DT:::F::VRYF
Hmu0527         :L:S:::Q:L:::N:E:::::R:V:S::::QS:A:::::R:::Q::S::A:P::D:::YV
hla0309         V:M::::Q:::::::::A::VE:::S::::L::::::::IDV:DHL:::HGG::::::::
HVO_1374        :::::::::::::::T:::::T::::::::M::::::::::::D:L:::H:A:I::::::
Hbo0180         :::::::::::::::T:::::T::::::::I::::::::::::::LA::::A:M::::::
rrnAC1259       A::G:::::::::Q:E:A:::::::::D::::::::::::::M::IK::::::::::::L
hla0738         A::::::::::::::::A:::A:::::::::S::::::::::Q::ITGG::::::T:DTV
NP4150A         A::::S:::::::E:::::::Q::::::::I:::::::::::MD::E::::L:::A:DTV

consensus       IVGGSAAPRSMIRRF-DDRDVELLHAWGMTETSPIGTVAELKPGMEDADYEEQLDKRAK-
#oth            32..1.1.2321131421411224111....23121322523242422152234231111
rrnAC1977       TS::::T:::LMEDYKQEF::D:ISGY:::::::VTHAY:P::::T:LPE::LF:L:SHS
Hmu0527         LS::::T:KGL:E:YRE:LGI::VSGY:::::T::THL::TI:SNV:::GD:RTAT::H:
hla0309         V::::::::EVM::YE:EH::TIE::::::::MS::S:SRPTSA:AG::R:AK:::::::
HVO_1374        :I::::::K:V::::DEEH::DV::::::::M::V::::H:::::::LPA:A:YE:::::
Hbo0180         VI::::::K:V::::DEEY::TVT:::::::MA:L::::N::::::SLPK:::YE:Q:::
rrnAC1259       ::::::::EA:::F:::::::::V::::::::A:V:A::S:RSDL:::::QT:::::S::
hla0738         ::::A:::::::EWY::::G::V::::::::L::::::SH:TSDLR:::::T:V:::S::
NP4150A         ::::::::E::::W:::::::::::::::::M::::S:SQ::YNL::E:::T::EH:S::

consensus       QGLLAPGLEMRVVDDDGEEVPWDGEAFGELWIRGPWVTTEYFERPDANEEDF---EDG--
#oth            1..351.1122.112114111111.31...321..1.12..141.113134332221.22
rrnAC1977       A::PIA:::FK::NT::::::::::SL::::M::::::Q::YNA:::T:QAVT::D::::
Hmu0527         A::PL::VQLK:::E::A:::::::SL:::LMK:::::::::NA::KT:RSIT:::::::
hla0309         ::::S:::::::::::DKP:A:::::::::LV:::S:VE::YD::E:DAT::VAAD::GA
HVO_1374        :::::::::::::::::N:::::D:E:::::V:::::::::::::::::::Y::::::::
Hbo0180         ::::V:::::::::::::::::N::D:::::V:::::::::::::E::::::EVPAG:AS
rrnAC1259       :::IT::::F::I::N:D:::HN::D::::H:::::::::::K::E:::QE:::::::::
hla0738         :::VV::::FE:I:END::I::::::::::R:::::::Q:::A::::S::G:::::::::
NP4150A         ::::::::::K:I:E::::IA::::E::::::::::::Q::::::E::::::::::::::

consensus       ----------WLKTGDVVTVDEDGYIKIVDRAKDVIKSGGEWISSVELENALMAHDDVAE
#oth            2111111111111...112.212..332...41.11.......1.2.1..3211214.3.
rrnAC1977       :::::::::::F::::I:R:SPE::VDV:::MD:LV:::::::A:::V:::V:G::E:V:
Hmu0527         ::::::::::::::::IAR:T:N::TDV:::LD:LV::::::::::::::R::G:EA:::
hla0309         R:::::::::::R:::IA:::::::MEV:::V:::::::::::::I:::::::::E::::
HVO_1374        :::::::::::::::::::::::::VQ::::::::::::::::::L::::SI::::::::
Hbo0180         GQSADEVSGV:::::::::::PE::V::::::::::::::::::::::::::::N:N:::
rrnAC1259       ::::::::::Y:::::::S::::::::::::::::::::::::::L::::E:I:::::N:
hla0738         ::::::::::::::::::::::::::QL:::T:::::::::::::::::::I::Y:G:S:
NP4150A         ::::::::::::::::::::::E::::::::::::::::::::::::::::I::::::::

consensus       AAVIGVPHERWQERPVAFVVPKDGA-DEDALREELRALVAEEYPKWWVPDAVEFIDEVPK
#oth            12.1212.12.1...2.11.35433234241433254523121.2..2..42222221..
rrnAC1977       :::VP::::::D:::A::::TR:AVS::A:::Q:IKD::::S::S::::::IRLV:GI::
Hmu0527         ::::P:E:PT:D:::A::::VE:D:TAD:D:::T::SF::::::S:::::TI:::PA:::
hla0309         :V::AAS::::::::L::::::A:R:EL:--V:GI:TFL:D:F:R::L::D:R:RE:I::
HVO_1374        :T::::::::::::::::I:::G:V::::::KAD:V:R:ED:F::::A::E:V:::::::
Hbo0180         :T:V:::::::::::::::::TR:T::::S:KA::IEM:ED:F::::A::E:V::E::::
rrnAC1259       :::::::::::::::L:MI::TAD::::ET:GD:::EYIL:S::::::::NFVT::::::
hla0738         :T:V::::::::::::::::AA::V::RE::V::IE:GLR:D::::::::::::::::::
NP4150A         S::V:::::K:::::::::::GET::NTET:SD:VMD:LR:D:::::L:::I:::::I::

consensus       TATGKFDKKDLRDQYDDESLVEGKVPDAAAPE---
#oth            1.....1.23112313.421423541443134542
rrnAC1977       G:::::S:QT:::E:V:::VI:TVAEN:P:T-:::
Hmu0527         G:::::S:I::E:::V:DE:RARVREQ:PGQR:::
hla0309         :::::::::T::ETV::PA:-----:Y:PGE:GGE
HVO_1374        :::::::::V:::R:::S::I:::T::SE::SDE:
Hbo0180         :::::::::V::E::::Q::::::T::D:::DAND
rrnAC1259       :::::::::S:::E:A:::::::R:::D:::::::
hla0738         ::::::S:::::E::A:Q:::::S::KND:::QE:
NP4150A         ::::::S:::I:Q::T::::L::Q:::E::::ES: