6 genomes BUD1489 7 proteins a Hsa Halobacterium sp. NRC-1 b Hma Haloarcula marismortui f Hvo Haloferax volcanii g Hbo Halogeometricum borinquense h Hmu Halomicrobium mukohataei i Hut Halorhabdus utahensis j Hla Halorubrum lacusprofundi q Nph Natronomonas pharaonis x Hwa Haloquadratum walsbyi - rrnAC1090 HVO_2812 Hbo2550 Hmu1790 - hla1278 hla1834 NP4272A -

Pairwise sequence scores
Consensus score	2639	hla1834	hla1278	HVO_2812	Hbo2550	rrnAC1090	NP4272A	Hmu1790
1574	hla1834	2771	1387	1434	1435	1431	1352	1428
2087	hla1278	1387	2898	1961	2030	1854	1811	1881
2171	HVO_2812	1434	1961	2626	2224	1898	1838	1871
2233	Hbo2550	1435	2030	2224	2640	1893	1878	1921
2180	rrnAC1090	1431	1854	1898	1893	2652	1970	2008
2123	NP4272A	1352	1811	1838	1878	1970	2578	1972
2201	Hmu1790	1428	1881	1871	1921	2008	1972	2638

386 symbols
consensus       ---------------------------------MDDAEPFTYDGGAVAPGETQNIRYGIS
#oth            111111111111111111111111111112222252533.1.1114.4...1321..211
hla1834         :::::::::::::::::::::::::::::MSDAVP:PK::R::-AE:E:::KRR:::E:G
hla1278         MDPPAQSSVKGRPITTGGRRVAIYILSAVLQSD:S:ERV:::N::::P::::::::::::
HVO_2812        ::::::::::::::::::::::::::::::::::A:N:A:::N::K:E:::::D::::::
Hbo2550         ::::::::::::::::::::::::::::::::::G:DGA:::N::K::::::::::::::
rrnAC1090       :::::::::::::::::::::::::::::::::::E:::::::::I::::::R::::TV:
NP4272A         :::::::::::::::::::::::::::::::::--MT:T::::::::V::::A::::TV:
Hmu1790         :::::::::::::::::::::::::::::::::::E:R:::::::R:D::::E:V::TV:

consensus       ETYLGDPVRIPVTIVNGERPGPTLFLSAAAHGDELNGIEVVREVAHEWDLADLAGTLVCL
#oth            1.....1211....1..133..12..3.11.......111.1...2112232.2...1.2
hla1834         :::::::IE:::::I:::AG::::::::GI:::::::VK::Q:::DRYSPG::H::::::
hla1278         :::::::::::::::::::D:::A::M:::::::::::::::::::::::SK::::::::
HVO_2812        ::::::::::::::I:::P::::V:::::::::::::::::::::Y:::::::::::::M
Hbo2550         :::::::::::::::::::D:::A::::::::::::::::::::::::::S::::::::M
rrnAC1090       ::::::A::M:::::::K:::::V::T:::::::::::::::::::::NHDG:::::I::
NP4272A         :::::::A::::::I::::::::::::::I:::::::::I::::::::NHD:::::::::
Hmu1790         Q::::::::M::::::::GA::R:::A::::::::::V:::::::::::::::C:::::C

consensus       PVLNVPGFLAQQRYLPIYDRDLNRSFPGREDSTSAKRMANRIFRNFIAPCDFGLDFHTST
#oth            1.2...112..2.11.1..1.1......43511221.1.32.131.2.1..3.1......
hla1834         H:C:::AYE::R:DT::::Q:M::::::K:R:NTTE::::::Y:R:V:Q::L::::::::
hla1278         ::::::::::::::::V:::::::::::KAG:::S:::::Q:YS::::::::::::::::
HVO_2812        ::M:::A:::::::::::::::::::::S:T::G:::::H::YQ:::::::L:I::::::
Hbo2550         :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::A:::D:::::::::I::::::
rrnAC1090       ::::::A::::E::::::::::::::::DPE::::::::HE:::::L::::V::::::::
NP4272A         ::::::::I::E::::V:::::::::::NDSG:::::I:D:::S::::::::::::::::
Hmu1790         ::::::::I:::::::V::::::::::::D:::G:::I::E:::::V::::Y::::::::

consensus       RGRTNMLHVRADMDDPGVARLARAFGSNVVIASDGPSGTLRREATAAGVPTITVEMGEAH
#oth            11..112.1.112423522.1.411212.11312.22.2..31211412.11.1.1.1..
hla1834         QN::TIY:A:::L:N:E:R:::::YAT:::LYGS:DE:S::ST:::D:I::V:::::R::
hla1278         ::::::::::G::T:D::H:::L::::K:::D:::::::::G::::D:I::::I::::::
HVO_2812        :::::::::::::S::A:::::N::::H:I:D:S:S::M::T:SS:N:T:A:::::::::
Hbo2550         ::::::I::::N:EHD:S:::::::::H:I::GE:S::M::T::::V:::::::::::::
rrnAC1090       ::::::::::::::::K:::V:N::S:::I:S:E::::S::::LSDS::::::I::::::
NP4272A         ::::::::::::V::ADA::::Y::::::::S:::::::::::::D:AT::V:::L::::
Hmu1790         :::::::::::::A:ER:::::KS:AT:::::::::G::::::::D:::::V::::::::

consensus       RFQRELIDEALAGVRSVLAEYGLRDSATVRWPGWRTVIDDSDEKTWLRADAGGLVDMHHD
#oth            ...14..15..21.2..2..22122243.3....112222331.1.1...2..1.11232
hla1834         :::PV::EK::E::E::::::E:TPGEA:H::::FQSTAADST:R:::::T::::E:EWG
hla1278         ::::P:::D::::::::F:::S:L:TD:::::::::IVAGTG::::::::S::I::T:FE
HVO_2812        ::::::::::::::E::F::::::GTS::N::::::::S:EN:::::::::::I::::::
Hbo2550         ::::::::::::::E::F:::::::TTA::::::::::::DS::::I::::::I::::Y:
rrnAC1090       ::::P:::S::ES:::::::F:::::D::::::::::::::G::::I:::S:::::::Y:
NP4272A         ::::K:::A::E::L::M::L:M::::P:K:::::::::G:::::::::::::::E:Y::
Hmu1790         ::::D:::R::V::::::::F::LP::S:H::::::I::G::::::I:::::::::::F:

consensus       RGALVHEGDRICTITNPFKTDNTVVEAPFTGLLVGVLENPVVYPGNPLCHLVELDDRTRR
#oth            2132.21123.1..111..2132323...1..11.3....111..1....1.3122412.
hla1834         PYP::Y::ET::::::H:::EEHAI::::D::I::S:::::AA::H::::V:K::AE:::
hla1278         S:S:::::Q::A:::::::K:EV::::::::::I:L:::::::::::::::::I:ES:::
HVO_2812        :::::::::::::::::::D::VT:V::::::::::::::::::::::::::::K:KV::
Hbo2550         :::::::::::::::::::D::VTIQ::::::::::::::::::::::::::::EEPV::
rrnAC1090       ::D::Y:D:V::::A:::::E::LMR:::::::::I::::L:::::::::::R:::::Q:
NP4272A         ::DI:EA::::::::T::::ES::::::::::::::::::L:::::::::::A:::P:T:
Hmu1790         :::F:EA::P::::A::::::R::::::::::::::::::L:::::::::::K:::::Q:

consensus       AIERE--------QRADDRAW-----
#oth            23123111111115343334433211
hla1834         E::::IDNGEFDGY::HGD::ADD::
hla1278         :::AG::::::::DAPEPVGQPNAAE
HVO_2812        VV::::::::::::SGSPETTR::::
Hbo2550         VV::::::::::::SP:GETVRA:::
rrnAC1090       :::WN::::::::R::::DD::::::
NP4272A         :-A:A::::::::S:SET:R-:::::
Hmu1790         :L::N::::::::GGI::::-:::::