| |||||||||||||||||||||||||||||||
| Pairwise sequence scores | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Consensus score | 5045 | HQ2031A | rrnAC1962 | Hut1748 | hla1763 | HQ2540A | HVO_1710 | Hbo3124 | hla2749 | HVO_0567 | rrnAC2350 | Hbo0963 |
| 2041 | HQ2031A | 5878 | 1577 | 1562 | 1543 | 1547 | 1636 | 1280 | 1393 | 1656 | 1667 | 1649 |
| 3399 | rrnAC1962 | 1577 | 5199 | 3360 | 2498 | 2722 | 2758 | 2152 | 2006 | 2056 | 2119 | 2068 |
| 3269 | Hut1748 | 1562 | 3360 | 5223 | 2503 | 2631 | 2787 | 2050 | 1904 | 1988 | 2144 | 2046 |
| 3093 | hla1763 | 1543 | 2498 | 2503 | 5728 | 2476 | 2777 | 2171 | 2000 | 2086 | 2050 | 1979 |
| 3207 | HQ2540A | 1547 | 2722 | 2631 | 2476 | 5525 | 3081 | 2469 | 1856 | 1897 | 2013 | 1890 |
| 3420 | HVO_1710 | 1636 | 2758 | 2787 | 2777 | 3081 | 5305 | 2674 | 1918 | 2070 | 2115 | 1977 |
| 2554 | Hbo3124 | 1280 | 2152 | 2050 | 2171 | 2469 | 2674 | 3503 | 1447 | 1487 | 1548 | 1501 |
| 2890 | hla2749 | 1393 | 2006 | 1904 | 2000 | 1856 | 1918 | 1447 | 5961 | 2993 | 2731 | 2840 |
| 3001 | HVO_0567 | 1656 | 2056 | 1988 | 2086 | 1897 | 2070 | 1487 | 2993 | 5698 | 3039 | 3035 |
| 3000 | rrnAC2350 | 1667 | 2119 | 2144 | 2050 | 2013 | 2115 | 1548 | 2731 | 3039 | 5429 | 3382 |
| 2942 | Hbo0963 | 1649 | 2068 | 2046 | 1979 | 1890 | 1977 | 1501 | 2840 | 3035 | 3382 | 5352 |
984 symbols consensus --------MHHPGPPRFVAVGESV---------------ELAP-------RDPD--PDAT #oth 1111111112111113364323641111111111111113121111111115.1114654 HQ2031A MSGQTPHGG::::::::LSCSDCIVDPIFVDTEHGFDRDN:::TISGQPNK::ENYDSDA rrnAC1962 :::::::::::::::::::T:DE::::::::::::::::::::::::::::::::::S:: Hut1748 :::::::::::::::H::::::AI:::::::::::::::::::::::::::::::::E:: hla1763 :::::::::::::::::L:T::TT:::::::::::::::::::::::::::::::::NGS HQ2540A :::::::::Q:::::::I:::::L:::::::::::::::Q:S:::::::::::::::EMS HVO_1710 :::::::::Q:::::Q:M:::::::::::::::::::::Q:::::::::::::::::::D Hbo3124 :::::::::SEG------------:::::::::::::::----::::::::E:E::---- hla2749 ::::::::::E:::::TTS::::::::::::::::::::::::::::::::S::::::G: HVO_0567 ::::::::::::::::VTT::RP::::::::::::::::::::::::::::A:E::R::: rrnAC2350 :::::::::::::::::AT::::::::::::::::::::::::::::::::Q:::::GMA Hbo0963 ::::::::::::::::::H::DA::::::::::::::::::::::::::::N::::AAE: consensus YEWRVVDAPAESTATVG----------------------DDPVVHLEPDAPGTYVIELDA #oth 361426631651534231111111222222222222224563253261142152645263 HQ2031A FS:::ITR:PQ::::IE:::::::HALSPYDHRERYDHGLHNTAEFN::E::::T:::K: rrnAC1962 :T::LTQ::K:::VSL:::::::::::::::::::::::::::E::V:::::R:::R:T: Hut1748 :A:D:TAR:DG::::::::::::::::::::::::::::::::E:::::VA::::VH:A: hla1763 :::::::::PD:E::::::::::::::::::::::::::T:::TEFT::V::R:W:G::: HQ2540A :Q:YIER:::S::IKLP:::::::::::::::::::::SEE:::EFA::T:::FQ:GVES HVO_1710 :S:::RS::VA:SLELD:::::::::::::::::::::E:TA::QFT:::A:Q::V:::: Hbo3124 ---:IS:TTG:E:VR::::::::::::::::::::::::--------------------- hla2749 :::TLR::::::D:R:DGQPVSGSSDDGELLVPGETSRP:A:::::R::::::::LT::: HVO_0567 :R:::L::::::A::::::::::::::::::::::::::SG:::::A::V::::HL:::: rrnAC2350 A:::L:ER::A::::L::::::::::::::::::::::::G::C:::::V::V:RA::IV Hbo0963 FR:KL:EQ:E::GL::::::::::::::::::::::::::GA::::::::::I:RL:::: consensus PDGTHRLTVRAFPGSRQPATFAVSAA--------------------DR--GRSRP----- #oth 124625232222336564468755442444245432343423323223552653652212 HQ2031A 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:::::::--S::S:S:H:::GEYT:ARD::SGDED::G:Q::LT:RP::::::::::EI: Hut1748 :::::SGVSA:ES:FESG::G:::RSGSARA:AVT:DG::::LT:EP::::::::::AI: hla1763 :::LDASVEL:ETDGDEE:G:EK:::EKSS:EKSSD:T:K:E-----::::::::::--- HQ2540A ::::SGSAQ:V:KS::V:::G::MR:D:::-----VER:::::Q:QG:::::::::::VA HVO_1710 ::::::GQSGSARPT::::GA::SGS:I::G:ADR:RG:::::::::::::::::::TV: Hbo3124 :::::::---------------------::-----------------::::::::::--- hla2749 DWIYEVQI::::::FS:VAN:DP:NEHR:::E:::P::::::VSMS:TVVEGGEGEG::D HVO_0567 DYVLDVD::::T:PF::APH:DLAEQVR::G::E:P::::::V:::GRV:::::::GQEN rrnAC2350 EWVIEAD::::T:H:I::FDG:FE:T:::::E:::E::::::VE:TS::::::::::Q:: Hbo0963 AWTATAT::::T:D:I:AFD:DFDTF::::TE:::E::::::L::::::::::::::VR: consensus GDELVVRADAQPAPD-----------TASDLAVEFLLDDRD---------ELDADAVEI- #oth 544542523474515111111114655754471314522222211111116557444552 HQ2031A IESF:IESHPAL::N::::::::SEARD:::I::::PH:AS:::::::::::::EDIN:: rrnAC1962 :::A:::::CS:H:E::::::::GTE::G::T::::::::::::::::::DI:::::TR: Hut1748 :::A:::::PL:H::::::::::GPE:SA:::::::::::::::::::::NV:RE::T:: hla1763 ---I::::TPT:N:H::::::::SSLG:G::R:T:IV::::VESAVAEGRRNPR::LRTS HQ2540A :::::IT::::TR::::::::::NES:H::ID::::I:::::::::::::DVSS:V:ST: HVO_1710 DGVV:::::P::N::::::::::SATDRD::V:::VV::::::::::::::I:DA:::T: Hbo3124 ---------------:::::::::::---------------:::::::::---------: hla2749 ASSVRIV::TEAP::LDGEGDAGRRTGE:PV::D::V::::AD:::::::PETVARI:SL HVO_0567 S:D:L:V:::ET:::::::::::::AEEAT::::::F:G:::::::::::A::SSDC:V: rrnAC2350 DGDF::S:::RA::S:::::::::::-G:EPE:::Y::G:::::::::::A:EES::T:: Hbo0963 ::::I:S:::TA::::::::::::::-GH:PT:::Y::::::::::::::::TIED:SR: consensus -DGDELRVPLAAL-----SDRLRVHAVAVAD------------RYSVPDAVEVDR----- #oth 243553331653312212555522222355552222211111153235243645322231 HQ2031A :TEAKAQI:IR::::::::SPTN:Y:APFDGQ:::::::::::CVG:R:QICL:P::::: rrnAC1962 :::TA::I::D:::::::P::A:I::::IG:H:::::::::::G::::::::FS:::::: Hut1748 ::ET::::::S:I:::::D::::::::S:G:R:::::::::::G::::::::FA:::::: hla1763 D::R:::::A::V:::::A::::::G::::AEPGQEP:::::::V::A:::A::::::SD HQ2540A :TDR:M:I:ME:V:::::GR:V:I:::::T:::::::::::::V:::::SI:FT:DPQPD HVO_1710 :::W::::::S:V:::::G:::::::::LDE::::::::::::T:::::::T:E:EAAAD Hbo3124 :------------:::::-------------::::::::::::------------::::: hla2749 AA::T:TI:::E::SDDL:GGI:::::PN::::::::::::::::GAAETIRIE:::::: HVO_0567 :RD:R::::VDT:RGVDS:EPV:::::::QTTAESGESGEPYV:H::L:TLV::P::::: rrnAC2350 :::::::::HE:::::::PEMA::::::::E:::::::::::::H::A:TLV:E:::::: Hbo0963 :A:::::L:V::V::::::ETT:I:::P::E:::::::::::::HGLS:TL:LSA::::: consensus --------------G----D-GEGGS----VS-----VSRPNDPPEWAEDATIYEIYVRS #oth 11333322333331567765655556222254111114332331.5.464322.1111.3 HQ2031A ::::::::::::::-::::-:-:TKT::::--:::::::L::R::D:LDN:V::::FT:: rrnAC1962 :::::::::::::D:GGIETVTS:DG:::::A:::::A:::Y:A:A:::::V:::::::T Hut1748 ::::::::::::::EDPTGSAVTD:::::::T:::::A:HIYE::A::::TI:::::::T hla1763 GGVGRHDEGDKTSDRNNGD:GRI::PTRPAFE:::::TV:L::::T:TH:::V::V:::T HQ2540A 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YASDD:DA::::::::::::::::::N::::L:K:::::::::I:::::::::::::::: Hbo3124 ::TDD:EHE::::::::::::::::::V:A:F:E::::::K::::::::::::::::::: hla2749 :::::D:LP:::::::::::::::::T::RE::::VP:I::::::T:::::::::::::: HVO_0567 :::::::P::::::::::::::::::P::DELA::VP::::::::::::::I:::::::: rrnAC2350 :::::::V::::::::::::::::::T::::::::VP:I::::::VV:::::Q::::::: Hbo0963 :::::::V::::::::::::::::::T:::E::::VP:::H::::TV:::::C::::::: consensus -QNDHAPHGYNITDFFDIAEDLGTREDYEALVEAAHDRGIRVLFDLVINHSARDHPFFQD #oth 1342234...22112132.3...32221.311232.13123.2..1.3..2213.25115 HQ2031A DRAPGG::::SA:NY::::D::::LAEF:TF::EC::HD:::C:::::::CGWP:T:::: rrnAC1962 ::::::::::::::::E::S:::::A:::RFI:::::::FK::::::C:::::T::Y:ES Hut1748 :E::::::::::::::S::::::S:A:::R:IA::::::MN::::::C:::::T::H::A hla1763 ::H:GK:::::::::::V:::::E:D:::::::T:::H:M:::::F:A::T::::EW:E: HQ2540A ::::::::::::::::H::S:::DS:A::TF:D::::::MT::::::L:::::::::Y:: HVO_1710 ::::::::::::V::YS::::::::::::RF::::::::MK::::::L::::::::::E: Hbo3124 :E:::::::::::::YS:::::::::E:::F::::::H:MK::::::L:::::A:::::: hla2749 :-ASPTE:::HV::YY:T:A:::S::AF:S::A:C:EA::K:V:::::::TS::::V::M HVO_0567 :-ES:TT:::HV::Y::T:S:::S:::F:::::RC::A::::V:::::::TS::::A::F rrnAC2350 :-ASPTR:::H::::::T::::::::EF:S::DRL::A::::V::::::::S::::A::L Hbo0963 :-KSPTH:::H:::L::T:D:::::AAF:S::DRL:ES::::V:::::::TS::::AY:L consensus AVAGPDS---------------------YADWY------------EWRE---DGEPE--T #oth 2553224311111111111111111111.5141413344422223314322253212114 HQ2031A T::KL:TDSDSDDISTFPDITSWNTNSK:F::FDR::::::::::QQ:GNKH:AA:AQTS rrnAC1962 ::E:::AD:::::::::::::::::::::RE:::::::::::::::::S::::T:::::: Hut1748 :::D:::E:::::::::::::::::::::HE:::::::::::::::::G:::P::::::: hla1763 :YQN:::P:::::::::::::::::::::R:R:::::::::::::::Q::::S:::G::: HQ2540A ::GN:::P:::::::::::::::::::::H:::::::::::::::A::S:::ED:::::: HVO_1710 :YKN:::E:::::::::::::::::::::Y::::::::::::::::::::::::::G::: Hbo3124 :YQN:::E:::::::::::::::::::::Y:::::::::::::::::Q::::::::G::: hla2749 HA::V:A::::::::::::::::::::::::H:RRADGDFDVTDTD:A:LAAGDM::::Y HVO_0567 HST:VPG::::::::::::::::::::::E:H:ARVPEREDPSEVD:GG:::P:AA:::H rrnAC2350 HR::VPE::::::::::::::::::::::::Y:ERIPVSQDVSDVD:AG:::TDA:G::Y Hbo0963 HE::VEG::::::::::::::::::::::E:L:ERVSDGRNVSDID:SA:::::A:G::V consensus YFNWEYIANLNFDNLAVRRHLLDVVDEWAELVDGFRCDMAWAVPHGFWREVRDRVKADDP #oth 1.313411.21262241.232.12134.3421....2.2..1..23..3.2221323733 HQ2031A F:DVR:QP::::G:V:L:E:I:ASIEF::RR:::::::I::G:::S::V:::E::R:QNS rrnAC1962 ::E::H:::F:::H:P:::::::A:AQ:::::::::::::::::N:::::IH:YC:DR:S Hut1748 ::E::H:::FD:TH:P:::::::AI:Q::P::::::I:::::::NN:::::H::A::I:S hla1763 ::D::L:::::HS::E:::F:::::::::P::::::::::::::DS::::L:::::DI:R HQ2540A ::E::::::W::Q::E::::::::::K:M:VA::::::::::::NS::::L:::::TH:: HVO_1710 ::D::::::FDHR::D:::Y:::A::M:::V:::::::::::::DT::Q:I::::::K:: Hbo3124 ::G::::::F:YE::D:::::::A::M:::::::::::::::::NT::Q:LH::::DK:: hla2749 ::::RR:P:::::SP:::EW::::::::SAV:::::A:V::G::::::K::SE::PD--- HVO_0567 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::::::::V:RDAA:A:N:::V:Y::D:F::T::DI:T::E::SVLFE:L:AT::H:Y:: Hbo0963 D:::::::V:RR:A:R:N:::L:Y::D:::::::DI:N::KS::::F::L:AS:RL:Y:: consensus HAVFMLYAENHDETRYIVEC-------GRDAARAAAGALFTLPGVPMIYAGQER-----G #oth 426313141....3.134331111111133326.1412411...4.12.2...411111. HQ2031A :THLLNAT:::::A:LTYQAMLAQRPAAEKIQ:::MA:AVM:::I::::Y::::LITKH: rrnAC1962 ::S:::::::::::::::DY::::::::::::E:::::::::::A:LL:::::F:::::: Hut1748 ::G:::::::::::::L::::::::::::A:::::T::::::::S:LV:::::F:::::: hla1763 ::E:LQ:I::::::::R:::::::::::DA::A::GA:I::::::::::::::I:::::: HQ2540A ::A:::::::::::::::::::::::::E:::M:V::::::::::::L:G:::I:::::: HVO_1710 ::T::::L::::::::::::::::::::E:E:L::::::::::::::V:G:::I:::::: Hbo3124 ::S::::I::::::::::::::::::::D:::M::::::::::::::L:G:::L:::::: hla2749 PG:Q:R:V:::::E::LA:Y:::::::::E:LK:::ATV:::::A::::::::::::::: HVO_0567 D::QLR:I:::::E::RSAV::::::::D::L::::A:T:::::A::::Y:::T:::::: rrnAC2350 R:GH:R:VD::::D::LD::::::::::AASLQ::V::T:::::T::V:::::::::::: Hbo0963 E::H:R:V:::::D::LD::::::::::A::L:::VAVT:::::T:L::Y:::::::::: consensus QRG-------------------RRDALAWDDADEDLRDFYRRLIALRNDHPALRVDGDLR #oth 23511111111111111111113.2432.4222443542232.34316464213652557 HQ2031A ::REAAYPDDPTQSDDIESDPYK:AFIN:STLPTEHFA::Q:::::YH:S:VFG:KSK:T rrnAC1962 :::::::::::::::::::::::::D::::H::KA:QS:VSD:S:T:H:Q:::SA:A::V Hut1748 ::::::::::::::::::::::K::D:::EH:::::QAHV:Q:A:A:R:VT::ESAAT:H hla1763 ::::::::::::::::::::::::::I:::H:R:GV::R:E::::V:EA::::GPE:::D HQ2540A ::::::::::::::::::::::::::::::::R:KIYTH:Q:::E:::EIS::G:::SIN HVO_1710 ::::::::::::::::::::::::::::::H:RD:I:EH:E:::EV:DET::::Y::TF: Hbo3124 ::::::::::::::::::::::::::I:::H:R:EI::H:Q:::D:::ET:::GF:::Y: hla2749 NET:::::::::::::::::::Y:GPVR:H:G:N::T::H:D:A:::ERE:L::-::AVD HVO_0567 VAD:::::::::::::::::::::GTMR:Y:::T::V::H:::SR::DA:E:::-A::VE rrnAC2350 VEQ:::::::::::::::::::Q:GTMR:H:G:NA:T::H:::V:::A::A::::P:VC- Hbo0963 VTE:::::::::::::::::::Q:GTMR:H:G:D::T::H:::VG::QSE::::-S:SVE consensus ----RVDYEVAD-----GD-------------ADRVVAFER----------DADD--DAL #oth 1111225543652222244111111111111133213114.1111111111752522364 HQ2031A ::::::AHRSET:::::--:::::::::::::PTD:LV:A:::::::::::N:GMNEPKR rrnAC1962 :::::IP:::R:::::::P:::::::::::::S:::::YA:::::::::::AT:E::::A Hut1748 :::::IEWT:QS::::::A::::::::::::::::::::G:::::::::::VRG:::::V hla1763 ::::::G:H::S:::::::VSERPIVASGDVHP:D::::R:::::::::::SDE:::EE: HQ2540A ::::P:::TIV:DIETSV::::::::::::::TE::::Y::::::::::::R::E::ESY HVO_1710 :::::I:::---:::::T::::::::::::::T::AI::V::::::::::::H::::GSY Hbo3124 :::::I:::---:::::A::::::::::::::T::A:::R:::::::::::EL:G::::Y hla2749 FEGRAA:VS:V:::::::::::::::::::::PE::T:Y::TPATDDFEGD:H:ADP:P: HVO_0567 ::::P:SAS::PAGDDGVE::::::::::::::::::::A::::::::::::DGT:::R: rrnAC2350 ::::P:AHT:ET::::::::::::::::::::::::::Y::::::::::::TDG:::ET: Hbo0963 ::::P:SCS:SG:::::A:::::::::::::::ST:::Y::::::::::::T:G::::S: consensus VVVLNFGEEPATVELD-TAVD---DT--------------DLVSGDDVGAAGG------- #oth 12221.254433.43527655222431111111111111113321476346352333421 HQ2031A :III::A::SRH:D:R::V:::::T::::::::::::::::QFT:N:ISVDTT:PSEDIV rrnAC1962 :::::::S::T::R:P:AGT:::::::::::::::::::::::::EHR::::D:GGAT:: Hut1748 :::::::P:T:::::P:I:TG:::T::::::::::::::::A:::KA::TGE::G::::: hla1763 ::::::AP:::S:SVG:VDHA::::R::::::::::::::::::::PCVVVD:DGTER:: HQ2540A :CI:::::T:V::TIAE:SIPRNN:EIKSNESVNVDVSAEN::T:ESAAG:E:::::::: HVO_1710 LCA:::APGAT::DVGDL::::::A::::::::::::::::I::::S:A:E::::::::: Hbo3124 :CI::::::S:::T::DHS:::::S:::::::::::::::N::T:::TAT:D:::::::: hla2749 L::V::ADR:V:::V-:P:GF:::E:::::::::::::::::FA::GS::VDE:G::::: HVO_0567 ::::::DG::T::::G:AETA:::EI::::::::::::::::LT:ER:::S:AAAGDGGV rrnAC2350 ::::H::DGT:K:S::::IDE:::E:::::::::::::::::L::NP::GD:T::::::: Hbo0963 L::V:::ADD:::SF::GE::LSAA:::::::::::::::::I:TAN::SNES::::::: consensus -VRVDDVAVLPAD----------- #oth 22515424.434756555311111 HQ2031A T:N:ET::::KTPSLLGQNVPPQS rrnAC1962 ::T::S:S:F:::ESDLSQ::::: Hut1748 :L:::N:L:V::ESETIKG::::: hla1763 :I:::::::ARVEGR::::::::: HQ2540A :LV:NN:G:FA:TINSDIN::::: HVO_1710 :I:::::V:C:LA::::::::::: Hbo3124 :LE::H:::::VN::::::::::: hla2749 ::T:ES::::R--::::::::::: HVO_0567 R:T:A:AV::R:IGDSSH:::::: rrnAC2350 ::E:G:IV:V::TRER:::::::: Hbo0963 :IHIT:AV::RL::::::::::::