6 genomes BUD1609 6 proteins a Hsa Halobacterium sp. NRC-1 b Hma Haloarcula marismortui f Hvo Haloferax volcanii g Hbo Halogeometricum borinquense h Hmu Halomicrobium mukohataei i Hut Halorhabdus utahensis j Hla Halorubrum lacusprofundi q Nph Natronomonas pharaonis x Hwa Haloquadratum walsbyi - rrnAC0199 HVO_0297 Hbo1185 - - hla0743 NP1296A HQ3260A

Pairwise sequence scores
Consensus score	1201	rrnAC0199	HQ3260A	NP1296A	hla0743	HVO_0297	Hbo1185
710	rrnAC0199	1330	542	584	552	571	594
880	HQ3260A	542	1485	682	689	748	754
771	NP1296A	584	682	1087	689	737	644
923	hla0743	552	689	689	1275	793	776
938	HVO_0297	571	748	737	793	1204	829
944	Hbo1185	594	754	644	776	829	1234

202 symbols
consensus       -----------------GMADAGRDP--DDERIDVDALLARAGFDPDESVLTRRQAEVLA
#oth            111111111233333343453533333335353.2131.223..22231..........1
rrnAC0199       :::::::::MAARGWQQRCFQSSYR:VAM:::::P:E:::AV:::A::::::::::::::
HQ3260A         MTDNENLNMNEENTSHH::DSHSTAEETNT:EL::::I::EI::N::V:::::::::::T
NP1296A         :::::::::::::::::---------::-MTLP:P:E::D:V::EEATN:::::::::::
hla0743         :::::::::MTRMVADD:PP:PD::::::PDNV:AA:::E:::::A::::::::::::::
HVO_0297        :::::::::::::::::-:S:::::-:::ETVP:::Q::D::::::ET::::::::::::
Hbo1185         ::::::::::::::::MYD::R:::VRG:GGD:::ARI::ET:::::D::::::::::::

consensus       LRERGIRQSDIADLLGTSRANVSSIEASARENVAKARETVAFAEALTAPVQVEIEAGTDL
#oth            ...1132.12.133.......1..1.21..3.131.22.11.121.2...224122.1.1
rrnAC0199       :::HD::::::GE::::::::I::::RN:::::E:::Q:::::NT:::::C:D::::::I
HQ3260A         :::::YQ::R::TA::::::::::V:S::::::D:::N:::::::::::::IS:A:::::
NP1296A         ::::D:P:A:::G:::::::::::V:::::::I:::E:::::V:::S::::LT::S::::
hla0743         :::::L:::::::W::::::::::V:::::N:::S:H:::::::::A:::R:::::::::
HVO_0297        :::::V:::T:::F::::::::::::::::A::E::::::T:VD::::::R::VPT:S::
Hbo1185         :::::::::T::::::::::::::::S:::Q::K:::::I::::::::::::GV::::::

consensus       YDVPKRVYDACDEAGVKVNRTAPDLMKIIADAAGDAVRGREVRERLLVGVTSDGTVRVRR
#oth            .12.24..2...211.1.221112.1131312111.131111345.312.232.413..3
rrnAC0199       ::I:PT::A:::::::E::YGSSN:LQL:D::VDG:IQQDT:QVP:RID::N::V:H::G
HQ3260A         :::::K::::::AE::::T::::E:::AV:::::::::::::KQW::::::::::IQ:::
NP1296A         ::::N:::S:::::D:::S::::E:::L:S::::::I::::::HE:T:T:AG::S:S::T
hla0743         ::A:::::::::D::::::Q:::::::T:GER:::::::::::D::F:T:DTN::I:::Q
HVO_0297        :::::Q:::::::::::::Q::::::::VS:::::::E:::IK:Q:F:::::::R:::::
Hbo1185         :E:::L:::::::::::::Y:::::::::::D:::::H::::I:S:::::::T:D::::Q

consensus       SAAEE-----------------
#oth            4333332111111111111111
rrnAC0199       QS::RTE:::::::::::::::
HQ3260A         :GGR:HNHLKMNTYHESDTTSS
NP1296A         -----:::::::::::::::::
hla0743         P----:::::::::::::::::
HVO_0297        H:DGV:::::::::::::::::
Hbo1185         :::::S::::::::::::::::