5 genomes BUD1756 7 proteins a Hsa Halobacterium sp. NRC-1 b Hma Haloarcula marismortui f Hvo Haloferax volcanii g Hbo Halogeometricum borinquense h Hmu Halomicrobium mukohataei i Hut Halorhabdus utahensis j Hla Halorubrum lacusprofundi q Nph Natronomonas pharaonis x Hwa Haloquadratum walsbyi - rrnAC1375 rrnAC1624 - Hbo0887 Hmu2100 Hut0170 Hut2234 - NP2044A -

Pairwise sequence scores
Consensus score	3767	Hut0170	Hut2234	Hbo0887	Hmu2100	rrnAC1624	rrnAC1375	NP2044A
1411	Hut0170	4008	861	860	931	855	852	743
2209	Hut2234	861	3777	1803	1599	1728	1220	1184
2423	Hbo0887	860	1803	3994	1753	1831	1265	1224
2416	Hmu2100	931	1599	1753	3847	1947	1232	1283
2470	rrnAC1624	855	1728	1831	1947	3804	1200	1204
1755	rrnAC1375	852	1220	1265	1232	1200	3858	1562
1779	NP2044A	743	1184	1224	1283	1204	1562	3866

574 symbols
consensus       ---------MTSNALQRPGARAIVAVLAGVAAVAGSFALAGFAPAFVVSPIERTLARSLP
#oth            11111112242565544535444243312113232121331341412223452424244.
Hut0170         :::::::MPQNTTGEFAWT:G::AW:::M:::R----P:V:SD:LL:I:---Q:VIETA:
Hut2234         :::::::::--------MDK:VQ:FA:::ISG::::Y::::YTRQ:I:A::DAVVV::T:
Hbo0887         :::::::::::::R:::V:PTSF::F::::::::::Y:T:::T:::::A:VAAF:T:TV:
Hmu2100         :::::::::::RF:RF::S:DDA::LF::::::V::::AV::::S::A:::::W:::RM:
rrnAC1624       :::::::::::DDL:DS::G:LL:S:A:AI:GL:::Y:VT:Y::::IA::::::::::M:
rrnAC1375       :::::::MSE::EVF:GRSR:::TVFTS::SV:GT::::Y:TSRE::IIAAS::ALDI::
NP2044A         MSDSDSARSDNGS:IG:Y:MA::AV:A:::ST::T:::VYATGRE:L::SLN:H:LEY::

consensus       GAVVSWAIQTLGD------LGQQLNLLLAGALAGVVIAAVAVAAIRLGDRLDRRALPVG-
#oth            2432353.532.411111133441432324443352414323315541532443344321
Hut0170         :SLAT:::E:F:V::::::--AAQTV:V::VGV:I::::GI:G::GDRVEVS::QRSRV:
Hut2234         :PI:A:M:TNV::::::::A:HL:HIA:SM:I:::LLGTT::LGQFV:AK:::WF:AP::
Hbo0887         D::LRF::V:::TFAGIDHF::L:::A::TG:TTALL:G:SFL:LVA:R:::A:LA::::
Hmu2100         :::::L:::F::S:::::::::::::VA:ALV:VC:V::::RV:GT:::::AN::VGPV:
rrnAC1624       :I:::T::S:::S::::::::::::::::I::::LF::LA:R:::LT:QLTNN:::::V:
rrnAC1375       SS::ASI:WNF:::::::::SFS:A::VF:IALAG:TG::SY:GF:T:E::VEG:PNI:G
NP2044A         :WF::GV::RF:N:::::::ALE:SMVFS:::LA::FGI:::GGY::::::SPTLP::AG

consensus       --LAGAAVWAVSVALTGEPLLAGGAAVGGALVVGLA---AGMGG-SPSAAATSSDRRRAL
#oth            2124443322343442244332412134433432323244344553436544235..221
Hut0170         :::RST::T:TIATAG:FY:A:::VSTRWL:AS:I:LTGP::VWWIYTGTRA:IG:::::
Hut2234         ::V::VLA::LT::I:T::V:SL:::LPV::FT---:::-VI:AG:L:T:DHDPS:::::
Hbo0887         :::V::SM:V:T:V:::QLM:SL:::::::V::LV:ELA:V::E:-::::TD::V:::V:
Hmu2100         ::V::GV:FG:ATL:::SVPSS::::::T::TL::::::-:LS:SL:ARG:::P::::V:
rrnAC1624       ::GTAVVT:::::V::::VV::A:P::PA:A:::::QLLD:F:::--:VSPI::K:::::
rrnAC1375       MV:SLL:::VFVA:TVWA::P:IVP:AA:TIGT::V::I:RSTDN:NGQP::PD:::AFV
NP2044A         FVV:T:L:FV::YSVV:SAMAVVVP:LV:GV::---:::TYFETR::TEI::D:E::SV:

consensus       GSVGAAIGANVVAGAAGR-------VG------------SSDDDAPTPEAPDADLPAPVE
#oth            442333324322233425442212245111111111111446246435463453544452
Hut0170         :RI:GG:S:V:AG::VA:LIGQPVPK:GPQPGEPLELEEKTETGTT::TTRG:RDE:AI:
Hut2234         ::IQS:::FV::::G::W:::::::IK::::::::::::TNS:TETAD:E:AS:P:S::T
Hbo0887         :G:AS:F:VGILSYLF::SASGPAA:T::::::::::::::V:GSG::GG::GSG:SSND
Hmu2100         A:L:T:A:LG:::TVL--:::::::--::::::::::::TD:TSQ::ATI::DAS::VR:
rrnAC1624       ST:::::::AT:GY:::NQRS:::::A::::::::::::ATG::::VLN::G:::DDVD:
rrnAC1375       KTLAGLGAY::::H:V:FVQG::::S::::::::::::::QTE:LS:SSSERE:ESN:::
NP2044A         RA:S:VAAF::::HGI:L::::::::R::::::::::::R:QTQRAEQ:LQERA:RLEA:

consensus       SR-----------LADAADRSLDV--DGLEPLVS--DDFYNVDINPIDPEVDADDWSLSI
#oth            53222222122122341444312211323411133333116..11542.525343.2122
Hut0170         ::RSSEGVVVS:LSN:ET:FAF:F::A:MP:QSQSAA:HFV::K:ISA:K:NTEN:A:A:
Hut2234         R:::::::::::::EE:NTQ:::LAA:NVPG:::SIGE::::::AEF:::IAD::::MGL
Hbo0887         :QSVGDSTVTQEY::E:ER:T:::::::::G:::::::::Q::::N:::NLR:S::T::V
Hmu2100         A-::::::::::::EA:::Q::A::::::::::::::E:FS::::AV::::::TQ::::V
rrnAC1624       K-:::::::::::::V::ES::GF::GDID::::::EN::E::::S:::QIS:A::::::
rrnAC1375       Q::::::::::::::T:::::F::::E:MTG::DTT:S:FT:::::RP:T:ET:S:T::V
NP2044A         HM:::::::::::IS::RQKE:::::E:VQ:::TDIE:::K:::::SP:A::P:S:A:::

consensus       TGAVEEEITLDYEELRAMPAEHRF-VTLRCVGDSLNGDKIDTALWTGVPVRRLLDEAGPQ
#oth            1.3.1314332123136333242212121.21242314231122.1.313452.321234
Hut0170         R:::DD::DFA::T::KH:DRRELT::TL:ISNEVG::L:G:TD:I:I::::::A::NVT
Hut2234         ::E::T:FSVTF:::TDR:T:::Y::::::::E::::R:L:::V:::T:IKP::E::D:E
Hbo0887         ::S::Q:A:YT:D::T::GD:Q:::::::::S:KI::TLM::D::::::IS:I:::VN::
Hmu2100         ::S::::::V:::Q::S:D:RTE::H::::::E::::T:M:N:::::::::T:::R:::D
rrnAC1624       :::::::V:::::DIIE:D::N::::::::::E::::Y:T:N::::::::DS::E:::V:
rrnAC1375       ::N::T:REFT::D::QRETIT:::K::::L::PVD:EQ:G::::::CSLMD::S:::AN
NP2044A         ::::::PVD:::A:IQRF:V::QY:KAI::LS:DIED::L:::V:::CSMDAV::AVDL:

consensus       GDC-CVMLRAADDYFEEFP---VEALRDAMLAYGMNGRPLPRAHGYPVRALVPGHWGEIN
#oth            23233123212.1.2342111123224233..2212144..23..2.1.2.2.211.242
Hut0170         D:AVD:VTH:R:G:S:AI:WSV:RDRD:II::V::D:KA::::::F:::L:I::RY:MKS
Hut2234         :::D:A::::E:G::VQ:::::::::E::F::WE:::::::KS::H:::V::::::::T:
Hbo0887         :A-:F:::::::::::::::::::::E:GF::::KR:G:::::::H:::::I::::::::
Hmu2100         S::D::RVH:::::YQV:::::ID::NG:::::R:::::::QG::::A::::::::::::
rrnAC1624       SG:E::::::E:::Y:::::::ID:::GG::::::::KI:::G:::::::::::::::V:
rrnAC1375       :S-:H:VF::::::YYSM::::MSM:S:::::::::ESQ:::Q::F:::::L:NR::KL:
NP2044A         :S-:H:::YG:::::YSMS:::::DF:SCL:::::::LE::Q:::::::L:::DR::KLH

consensus       VKWLTEIEVLDEDADGYWEERGWHGTGPVNTVAKIHAINRLRDGRIQIGGHAYAGTRGIE
#oth            1..22.1.23.554511.131..31213.12131144532132112332.2....21.14
Hut0170         T::V::::LA:S:HTA::DQ:::DEEAV:::LSY:R::Q:-:GD:VG:::V:::::::::
Hut2234         ::::::::L:::AM:::::Q::::::::::::::LWDDT::D::::EVA:::::::::::
Hbo0887         :::V::M:I::GPEK:F::R::::::::::::::L:TT::-:::Q::AA:::::::::::
Hmu2100         :::I:::::I:R::E::::::::::::::E:::::::Q:T:P:::V:V::::::::::VS
rrnAC1624       ::::S:::::::E::::::K:::Q::::::P:::L:HESM:S:::RR:::P::::L::VK
rrnAC1375       ::::D::::V:QSES::::::::N:M:T::::V::STS:::S:::V:L::::::::D::R
NP2044A         :::::::::I:DYSG:::::Q::::M:A::A:T::DR:::-PE:::::C::::::A::VD

consensus       RVEVSTDGGETWTDATLSDQLP---------A-----PDAWRQWEYEYD-PPAGEHEVVV
#oth            2.1..2...21.33.3.122132232332224111112121.1.5323222353522121
Hut0170         G::::L:::::::::D:EAPIS:::::::::-::::::H:::R:QLVV:R:D::PLDA::
Hut2234         :::::::::AS:::::::AP:::::::::::G:::::E:V::::SHV:E:-:T:D:::::
Hbo0887         :::::I::::::A::::::R::AGTDESGEA::::::E:::::::HT:E:N:GRR:T:::
Hmu2100         A::::::::DS:SE:R:::P:VESVDWAGEPGETPHA::V::::AF::E::::::::::A
rrnAC1624       ::::::::::::A:::::::::::AASGDGP::::::A::::::::T:::::SSG:T:::
rrnAC1375       A:L::L::::::DT:::::::::::::::::D:::::::T::::K::WQ::ERSSYT:IA
NP2044A         :::::I:::::::A:A::G::D:::::::::N:::::::TI:::V::I:D:QQD:Y::YA

consensus       RAIDGTGTRQPRTESDPFPSGATGWVSKTIS---
#oth            122133134.12434322.2.22..223432521
Hut0170         ::T::E::::TSQTAP:H:::SA::H:SSV:L::
Hut2234         :::::E:D::::DQ::S:::::::::::E::A::
Hbo0887         ::T:S:::L:::E:ES:::::::::::::::P::
Hmu2100         :::EAD::V::E::REA::H:PS::::R:VE:::
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rrnAC1375       K::::::AE:T:VR:S:::D:::::SRLDL:VQL
NP2044A         :T::::D:I:TEVRT::::D::::::NR::RRG: