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5 genomes BUD1836 5 proteins
a Hsa
Halobacterium
sp. NRC-1
b Hma
Haloarcula
marismortui
f Hvo
Haloferax
volcanii
g Hbo
Halogeometricum
borinquense
h Hmu
Halomicrobium
mukohataei
i Hut
Halorhabdus
utahensis
j Hla
Halorubrum
lacusprofundi
q Nph
Natronomonas
pharaonis
x Hwa
Haloquadratum
walsbyi
-

rrnAC2886

-

Hbo2804

Hmu2876

Hut2879

- -

HQ2310A

Pairwise sequence scores
Consensus score3529 HQ2310A Hbo2804 Hut2879 rrnAC2886 Hmu2876
2516HQ2310A 3566 2120 2179 2201 2232
2491Hbo2804 2120 3422 2097 2186 2175
2776Hut2879 2179 2097 3548 2411 2453
2953rrnAC2886 2201 2186 2411 3642 2735
2976Hmu2876 2232 2175 2453 2735 3571

488 symbols
consensus       ----PANPFSAALDWQRQTLEAMTEATEQAQVAPERLETMASVEVGQTPSNVVYEENKLQ
#oth            1122221.2211123.233214121131233211121.2.2211..2..12...1....2
HQ2310A         ::::-M:::TYPI:A:QNLIDS:::T::SI:AL::S:::::TI:::E::::::::::::E
Hbo2804         ::::-M::Y::P:EF:A::W:DAA::I::MTG::DQ::R:Q:::::::::E:::S::::D
Hut2879         ::::M:D:L:::::V::RA::E:Q::G:T:D:LD:::::::D::::G::AD:::::::::
rrnAC2886       MSSN:F:::E:::N:::K:::N::D:A:TS:::D::::L:E::D:::::::::::::::E
Hmu2876         ::MT:::::T::::::::S::::::::D::S:::::I:::Q:::::E:::D:::::::::

consensus       LLHYDAEAAGIDVPEEEREDVPILIVYALINRPYILDLQPDRSVVRRLLEAGHDVYLIDW
#oth            .1..1111111221311321....11.....1.......12.....1..11.2.......
HQ2310A         :I::::::::::--P::SR:::::::::::::::::::::::::::::::::F:::::::
Hbo2804         ::::EPRT-------D:QL:::::::::::::::::::::N:::::T::DQ:L:::::::
Hut2879         :::::P::::::I:::::::::::V::::::K::::::::::::::::::::::::::::
rrnAC2886       :::::::::::E::D::K:::::::::::::::::::::EE:::::::::::::::::::
Hmu2876         ::::::::::::::::D::E:::::I:::::::::::::EE:::::::::::::::::::

consensus       NEPSRLDQHLTLDDYVNRYIENCVDVVRDRSGQDAINILGYCMGGTMSVMYTALHPEKVN
#oth            1...1..22.1.1...1..11....2.21..11.1..1..........11.2.1111..1
HQ2310A         G:::L::HA:S:::::::::D::::::A:::DV:S::::::::::::::::S:IN::::R
Hbo2804         G::::::AS::::::::::::::::::::::D::S::V::::::::::A::::::::::R
Hut2879         ::::::::::::E:::D::::::::T::E::::::::::::::::::::::A::::A:::
rrnAC2886       :::::::::::::::::::MD::::::::::::::::::::::::::::::::::K::::
Hmu2876         :::::::::::::::::::::::::E:CE::::::::::::::::::::I::::::::::

consensus       ALGLMAAGLCFDNTGGVLEEWGDEEYYDPQDVTDTFGNVPSEFLDVGFALMDPVDNYVTK
#oth            2.....2..1.341..2..2..21...2.22.1121....111..3.......12..21.
HQ2310A         N::::::::::AG:::I::::::D:::S::::::A:::::A::::T::::::::N::IS:
Hbo2804         N:::::S::::ND:::T::F:::::::N:EA:::VS:::::::::::::::::::::L::
Hut2879         ::::::T::Y:E:S:::::Q::A::::::AK::E:::::::::::E:::::::I::::::
rrnAC2886       T:::::::::::H:::::::::S::::S::::V:::::::ADM::I::::::::E:::::
Hmu2876         ::::::::::::Q:::::::::SD:::::E:::E::::::::M:::::::::::::::S:

consensus       YIRLAENLDNEDFVENFARMEQWLSDGIDVAGEAYVQFLEDIYQDNKLYNNELELGDQHV
#oth            .21131121122..2..1...2..21.1....11.21..111..2.2.1322.211221.
HQ2310A         :TT:YDK::DQ:::K::::::R::::::::::T:::E:::K:::E:Q::RDK:::::ES:
Hbo2804         ::::F:::::DS:::::::::K:::::::::::T:N:::Q::::::::V:G::M::E:::
Hut2879         :V:FV:::::::::K:::::::::EE:V::::TT:T::::::::G::::E:::Y::::::
rrnAC2886       :::F:::ME::G:::::G::::::G::::::::::::::::V:::::::K:::::DGK::
Hmu2876         :::::::IE::G::R::G:::::::::V::::::::E:::K:::::D::::R::I:GE::

consensus       DLDNIDMPVLQIMGEYDHLIPPEASKPFNDVIASDDTRIIEFSTGHIGLSVSSSTHADLW
#oth            112211..21.22..1...1..11.2...1112.2.1421.21...1.11...11.221.
HQ2310A         R:SELN:::::V:::::::::::::R::::::P:S::E:M:A::::::::::::S:DE::
Hbo2804         ::A::::::I::I::H:::::::S:I::::A::::::MV:::P::::::::::KS::E::
Hut2879         :I::::::I:::V::::::V::A::::::::::::::D:::Y::::V:MA::::::E:V:
rrnAC2886       :::::::::::L::::::::::::::::::::::::::T:::::::::::::::::::::
Hmu2876         :::D::::M::L:::::::::::::::::E:VG:E:VTTM::::::::::::::::EN::

consensus       PQVADWYSERSQQEE-----------AADDASDEAEDTDVESP--DAAEDADETATEDAA
#oth            .3.12.131.12431111111122332413332343433313122231124133233332
HQ2310A         :N::G:FA:::TV:S:::::::ASNLST:G:TEIVD::A::I:VG:NT:SNED:DQT::Q
Hbo2804         :::C:::VQ:::H:::::::::::::-------------T::-::TS::AT::P:::S::
Hut2879         ::::E:F:::::LD::::::::::AES::EE:E:T:ERTE:T:::EP::::E::PEQAKD
rrnAC2886       :E::E::::::TGS:EVDIEVESPEA:E:::V:QS:L::IDV-::::TD:V:AD::::D:
Hmu2876         :D:C:::K::NR:A:::::::::::::S::D::::VPI:::::AD::::SD:GE:AHES:

consensus       TEAS--PDVESIDGIGPTYAERLREAGIETVADLAEADAARLAEIAETSESRVRDWLDQA
#oth            2123111112213....1.121.331.21112...3412342.132122211322.3132
HQ2310A         ::STDD:EL:::Q::::A:S:Q:DS::V:::::::AV::K::::TVDV:A::L:E:SER:
Hbo2804         V:E:::AEL:D:T::::A::T::::S::::FE:::S:EVS-I::QIDV:::QFQQ:I:E:
Hut2879         ::::::::::T::::::::::::EA::F:::D::::S:PETV::A::APLG::E::FEAI
rrnAC2886       :DEP::A::D:VS::::::::::HD:::HS::::::Y:::D::D::::T:::AQ:::::L
Hmu2876         AD:-:::::A:V::::::::D::::::::::D:::GH:::E:::::::T::::::::::L

consensus       --------
#oth            31222111
HQ2310A         DELIK:::
Hbo2804         NERLNKND
Hut2879         E:::::::
rrnAC2886       ::::::::
Hmu2876         ::::::::