| |||||||||||||||||||||||||||||||
| Pairwise sequence scores | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Consensus score | 5413 | NP4226A | HQ2213A | hla1852 | hla1853 | HQ2211A | rrnAC2627 | HVO_1908 | NP1244A |
| 3703 | NP4226A | 5375 | 2937 | 3298 | 3330 | 3391 | 2834 | 3001 | 2907 |
| 3775 | HQ2213A | 2937 | 5408 | 3355 | 3066 | 2988 | 3382 | 3230 | 3299 |
| 4205 | hla1852 | 3298 | 3355 | 5463 | 3449 | 3360 | 3407 | 3456 | 3332 |
| 4026 | hla1853 | 3330 | 3066 | 3449 | 5473 | 3609 | 3049 | 3213 | 3151 |
| 3800 | HQ2211A | 3391 | 2988 | 3360 | 3609 | 5371 | 2896 | 3030 | 3046 |
| 3900 | rrnAC2627 | 2834 | 3382 | 3407 | 3049 | 2896 | 5455 | 3498 | 3428 |
| 4053 | HVO_1908 | 3001 | 3230 | 3456 | 3213 | 3030 | 3498 | 5440 | 3428 |
| 3900 | NP1244A | 2907 | 3299 | 3332 | 3151 | 3046 | 3428 | 3428 | 5414 |
752 symbols consensus ---------------MSDWVPTTCMRCAVGCGHLQRGADDGYGLDAVRGDPAHPVNQGLA #oth 111111111111111244531111........2325452533323511..33..225.33 NP4226A :::::::::::::::::Q:T::::::::::::L:::--S::TE:TD:::::S::ATC:AD HQ2213A ::::::::::::::::N:F:::::::::::::::TEMT:S:::I:G::::V::::S:::: hla1852 :::::::::::::::::E:T:::::::::::::::Q:YTNN::::T::::AS::::R::: hla1853 :::::::::::::::---------::::::::YQ::AG:::EF::-::::DD::T:G:KT HQ2211A ::::::::::::::::KETQ::::::::::::Y::TE:::DEHIVD:S:::N::T:G:VK rrnAC2627 MPNWTNGRRDGAWAAV:::::::::::::::::MHQ:::E:::I::::::A::::S:::: HVO_1908 :::::::::::::::VAKQ::::::::::::::VHL:S:TA::::::::::S::::N::: NP1244A ::::::::::::::::::P::::::::::::::VHH:::I:D:VAVA:::::::T:E::: consensus CARGVRETADPDGERLTRPLVRRDGELRPTTWDTALGRAVTRIREALADDPDNVAVLGSG #oth .4..23.15224231113.21.2312.32.3.231123144425234353434...1... NP4226A :K:::Q::LAAESK:::K:::::G:T:Q::D::::I:VVA::FI::VRA:SG::::F::: HQ2213A ::::IE::GNA:::::SK:H:::::::HR::::V::S:VIDEF:DI:TH:HNG::::::: hla1852 :Q:::S:::::::DW:::::::E::T:V::S:E::I:TV:SH:ED:::ETR:G::::::: hla1853 :S::::::I::S:::V:E::I::G:T::::D:::V::TVSV::I:::RNGN::::::::: HQ2211A :Q::::::TNTRTD:::Q::I::G:S:Q:::::::::V:A::LV::VRQN:::::::::: rrnAC2627 ::::L::SK:::::W::::M::S:::::Q:Q::V::A:::EGLQAVHQQ:::A::::::: HVO_1908 :G::I::S:::::SW:::::::EN::::Q:S:SD::S::GDA:SD:M:::::E::::::: NP1244A :G::I::ST::G::W::::::::SE::V:::::I:::A:::GL::QI::::HS::::::: consensus QQTNEAAYALGKLARGGFGTRYYDANTTLCMASAVTAYYQAFGSDAPPPTYDDIPDAETH #oth ............11..12..32.....1......12..231..111..1..2..23.31. NP4226A :::::::::::::::::L::PH:::::G::::::I:::DH:::GN::::::::::A:D:: HQ2213A :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::D::::::::C:::::EA:T:: hla1852 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::E:::::::: hla1853 :::::::::::::::::::::::::::::::::::Q::V::::::::::::::::::::: HQ2211A ::::::::::::VT::AI::Q::::::::::::::A:::::::::G:::::::::K:N:: rrnAC2627 ::::::::::::V:::::::TN::::::::::::::::::S:::::::C::A::S::DR: HVO_1908 :::::::::::::::::I:::H:::::::::::::::::R:::::::::::::::E:::: NP1244A :::::::::::::::::I:::H:::::::::::::A:::D:::::::::::::::::::: consensus VIWGANPAVAHPVLFRWIADSA-EDDGELIVVDPVESETAADADLHVAPDPGTDLALARA #oth 21.....12....1121152.146212312.1..1213.14411612332..3...1.11 NP4226A L:::::::T::::::N:VVN:::N:G:QIV:I:::::K:::R::T:IQLK::A::::::G HQ2213A ::::::::I::::M::::V:::SAS:SR:L:I::I:TQ:::RS:R:I::E:::::::::: hla1852 :::::::::::::MY:::::::SD::S::::::::::::VD:::::AQV:::::::F::: hla1853 :::::::KI:::::Y:R:::::GG:::::::::::::::::::::::S:E:::::::::: HQ2211A IV::::::::::::YS::MN:VT:N::::::::::ITT::::::I:AQ:::::::::::: rrnAC2627 :V:::::::::::::::VQQ::D::GV:I::::::R::::EN:EH:::::::K::::::: HVO_1908 LV:::::::::::M::::RQ:::-:::D:V::::::TK::GV::DQ::I:::G:::::Q: NP1244A LV:::::::::::M::::H::::T::::::::::::TK::QA::E::R:::::::::::: consensus VLARIVDTGRVDREFVAEHTTGFEAMVDSLPDVDEAAETAGVSVATVDRLADALDAPTLV #oth 11133223151.33.1442.4.1243544..5244..32..14343135213233461.3 NP4226A :I:H:::::G::TT::KSN:::YDC:A:A::A:Q::::::::T:DDIETI:::V::K::L HQ2213A I::::IER:NT:D::INRA::::::TRS::::PGD::A:::::MS:::T:::::EDT::: hla1852 :::QT:ADDA::::::::A::::::T:::::S:R::::::::::E::E:V:E:MTDSA:: hla1853 :::QV::D:L:::::IEH::E::::::G::::::V:::::::P:ER:SE::A:F::R::: HQ2211A :::AVIAS:N::EQ::DR::K:YAE::E:::T::A:::::::APNR:RDI:ST:TVN::I rrnAC2627 ::::::E:::::::::D:A:D:::DLLAT:::A:D::DE::IEM:E::L::::M:QQA:I HVO_1908 I:GHL:E:D:::EA::E:::E::DRVI:E::P:E:::SE:::TLDE:EK::SL::::::: NP1244A ::::LL:R:E:::::::N::V::DDLQAV::EAET:::R::::L::::::CA::AR:::C consensus YWGMGVNQSVQGTATARALIDLCLATGNLGPGSGPFSLTGQANSMGTRVCSSKGTWPGHR #oth .....1..221.14.121.11.1.11..211.1.............1.1111.21...31 NP4226A ::::::::NI::::::::::::::V:::::::::::::::::::::N:::A::E:::::Q HQ2213A :::::::::A::SK::GS::::::::::::::::::::::::::::::::::::S:::M: hla1852 :::::::::::::::S:::::::::::::R::::::::::::::::::::::::::::Q: hla1853 :::::::::::::G:::S::::::::::::::::::::::::::::N:::A::SS:::Y: HQ2211A :::::::::I:::G::::::::::::::V:::::::::::::::::N:::A::::::::: rrnAC2627 :::::I::H::::E::::::::T::::::R::G:::::::::::::::I:::::::::Q: HVO_1908 ::::::::::R:::::G::VN::::S::F::::::::::::::::::::V:::::::::: NP1244A ::::::::H::::D::A::V::::::::::S::::::::::::::::::::A:::::::: consensus PFTDPAHRRAIADAWDVPVSRLPDDPGPGPVGIIEAIARGNPDACWTVATNPVAGMPDAS #oth 4141344.251.33.31.33...324.1.113132343324222311.....21.3.114 NP4226A QY::QSV:KTV:NT:N::F::::TGR:D:F:S::NRM:::EI:I::::::::AV:L:::D HQ2213A S::::IE:::::E::::::K:::E:S:::::D:V:::DD:PVE:L:::::::A::L:::: hla1852 G::::EE:QF:::E:EI:R::::::::::::::VD:V:D:P:EV:::::::::::::::: hla1853 ::D:T:::K:::N::G::L:::::SS:::F:R::DEL::D:V:V:::::::::::::::N HQ2211A A:G:S:N:KI:::T::::FG:::KS::::FIR::D:L::::I:I:::::::::::V::S: rrnAC2627 A:E::D:::LV::H:::::D:::::T::::::ML:----:E:E:V:A::::::::::ESE HVO_1908 ::EH:D:::TV:E::::::::::::N::::::MF:----SS:SVV:::::::L::F:::T NP1244A ::A::EA::DV:S::::::D:::::T:::::::V:::EA:HV::AYA:::::A::::::D consensus AVRSALEDAFLVVQDAFRSETVELADVVLPAATWGESEGTTMNMERRISRVRAATEPPAG #oth 51133.1.3.112..1.113.222...1......1.23..22....11112322513234 NP4226A H:::V:::V::::::::::Q:::C::::::::::::TT:::::::::VAPLS::V:::GE HQ2213A T::DR::::::::::::HTN:T:::::I::::::V:TN::AI::::::::IQP:SDLTSN hla1852 E:::::D:::::A:::::T:::::::::::::::::::::VT::::::::::::::TSPK hla1853 H:E:::::T::I:::::::D::::::::::::::::::::V::::::V:::S::R::::D HQ2211A R:ET::::T::IT::T:::D:INC:::::::::::::T::V::::::::::T:SAD:::K rrnAC2627 S::ET:::::V::::::HT::T:I:::::::::::::D:::T::::T:::::S::DV:S: HVO_1908 :A:EV:D:S:::::::::::::::::::::::::::::::::::::TV::::P:::T:P: NP1244A :::D::::V:::::::::T::TA:::::::::::::C::::T::::::::::PVM::::: consensus VRQDLDIIAAIGNRIEPGLFPSPPLDPSAVFDELAALTAGTPADLSGISYERLDAERAVR #oth 212.212.3221423632.1432543.341.3.3321.2.15..21.21.4..3523... NP4226A A::::::::::::::::E::DE::::::D::A::RSI:::A::::::::::::ERHG::: HQ2213A ::T:::V:TT::KKLT:::::--ETE:AML:N:::S:::::A::::::::N::KD::::: hla1852 IK::::::V:::AA:DGE:::R:A:S:ES:::::R:::::::::::::::D::E:::::: hla1853 ::::V:::G:VAD:VVSD::D:TR:::E:L:::VS:::R::T:::::::::::SE:L::: HQ2211A ::::I:::::V::::HA:::N::::::TS::::IRE:::::N::MF::T:D::ES::::: rrnAC2627 ::S::::::T::S:LF::::E:TSPN:::::::FT:::E::V::C:::T:::::DSH::: HVO_1908 :::::::::DVAA:VA:::L:R:SVS::EL:::F::::E::D::C::L::T:::G::::: NP1244A :KT::EL:TTL::AF:::::A--TDE:A:::E:F::::R::V::C::V::A:::::H::: consensus WPAPDATSEGGYRYYDDDE-----------------WSFPTASGRARFSTGTHSGLPEPT #oth ...114232...1.4.23322221221111111111.1.2.4..3.2..33434411..3 NP4226A :::A:TD:::::L:F::G:::::::::::::::::::::D:D::L:A::S:::::VA::V HQ2213A ::::S::A:::::::::G:::::::::::::::::::::Q:L::::Q::::M::EV:::: hla1852 ::::SPEA::::::V:N:G::::::::::::::::::::::P:::::::::A:D::A::: hla1853 :::::E:G::::::::G:GADAEDARDATPDDADGR:::::D:::::::NAS:R:V:::I HQ2211A ::::S:DT::::::H:GG:::::::::::::::::::::Q::::Q:::::E::TQV:::V rrnAC2627 :::::DD:A::::::::ES::::::::::::::::::::::S::::Q::::RQGT::::: HVO_1908 :::::P:::::::::::ADGESDDPT::::::::::::::::::K:Q::ALSG:S::::A NP1244A :::::::TQ:::::L:::GG:::::::::::::::::T:::P::::::::A:FD::A::: consensus DESYPLTLTTGRTADAYNTGVRSRGDGDDDPPT--ARIHPETIAEHLDAF-----DRGTT #oth 1341......1.4323....1.2143342455522..31.2.344555431111122262 NP4226A :GQ:::::::::S:GV::::::NAETLT:GL:R::::M::R::T:Q:A::::::::::R: HQ2213A :::::::::::::I:E::::I::::T:S:HTD:VV::VA:D::LNLKTGA::::::NEND hla1852 :DEF::::::::Q::::::::::::T:T::::M:::::::::TL:YIES:::::::::K: hla1853 ::A:::::::::RP::::::::T:P:A:::GSATA::M::::::DN:R::::::::::E: HQ2211A :SE::::::::::DGV::::::T:D:T:TER::::::::::::VQY::S::::::E::Q: rrnAC2627 :DD:::::::A:E::G:::::::::-:EAGALV:::::::::V:::SELV:::::TDE:L HVO_1908 ::::::::::::E::G::::::T:S:TP:Q:V-::::A::D::DA:R::VVDPEG::R:: NP1244A S:::::::::A::DAE::::I:::DP:::::A:::::V::::ATA-----::::::D:A: consensus V-VE--------SRRGSVTVAVDPDDAVPPGMVWLPIHHPATNRLTLPAVDPQSDEPNLK #oth 11131111111111.2212242531331.4.2...11.1133.3..3343..413...2. NP4226A ::::::::::::::::::::::E::EGI:R:L::::::N::V:T::::T:::::::::Y: HQ2213A ::I:VDSIAFLS:::A::P:R:TS:E:::L:::::::::::::E::VA:T::R:::::Y: hla1852 :::S:::::::::::::::I::N:::G::K:::::::::::V:A::::V:::E::::::: hla1853 ::I::::::::::::SA:::G:A::AH::::L::::V:N::A:::::S:A::E:A::::: HQ2211A ::IT:::::::::::SQ:I:D:S:N:DI::::::::::NATI:E:::S::::H:A::::: rrnAC2627 T:::::::::::T::::A::DI:R:AG::R:::::::::::::::::SDR::::::::F: HVO_1908 :::-:::::::::::A::PATL:::::::::L:::S::::M:::::S:::::::N:::F: NP1244A :R:::::::::::P::::PARLTH:V:::T:V::::::::RV:E::TRKR::-TG:::F: consensus QCAVRLRAPERT-----AESDRLAGTVSD--- #oth ..112232156453533455544553545311 NP4226A :::::I:::TE:DPV::::TEQA:D::NG::: HQ2213A ::::A:EPAPNAITA::E:TA:TKS:AD:::: hla1852 ::::DV:::QPSNPLVHEGQPTVD:EPAPTDD hla1853 ::::A::::D::TTDITGS:GQ:N::G:HS:: HQ2211A ::::A:L::A:-:::::QKM:TPH:A::K::: rrnAC2627 :::A::V:A:A-:::::----E:SPATA:::: HVO_1908 ::::::EH::T:::::::A:::::AE:::::: NP1244A ::S::V::A:DGGAERVG:A:KPDQSMTAR::