4 genomes BUD1966 4 proteins a Hsa Halobacterium sp. NRC-1 b Hma Haloarcula marismortui f Hvo Haloferax volcanii g Hbo Halogeometricum borinquense h Hmu Halomicrobium mukohataei i Hut Halorhabdus utahensis j Hla Halorubrum lacusprofundi q Nph Natronomonas pharaonis x Hwa Haloquadratum walsbyi - rrnAC2265 HVO_1114 Hbo2871 - Hut2716 - - -

Pairwise sequence scores
Consensus score	1657	Hbo2871	HVO_1114	rrnAC2265	Hut2716
1170	Hbo2871	1719	1030	977	1035
1291	HVO_1114	1030	1744	1038	1124
1317	rrnAC2265	977	1038	1699	1244
1395	Hut2716	1035	1124	1244	1631

240 symbols
consensus       MAERPLKQRFVLDTSLFITEEIRRDDEDLEEAVLRLLDLIAEARLEHNISCYMPPSIAAE
#oth            .222111.1......1.111...32..32.11222..11112.1.21....1.....31.
Hbo2871         :SSELPR:Q:::::::::::::::E::S::::::H::E:V:M::::L::::H:::::HD:
HVO_1114        :::Y:::::::::::::LS::::D:::TF::GIE::::T::A:::DL:::::::::::::
rrnAC2265       :VD::::::::::::::L:P:::SG:::::A:C:D:::::S::K:V:::::::::::Q::
Hut2716         :::::::::::::::V:::P:::E:::EI::::G:::::V:::K:::::::::::::ND:

consensus       LTTMLRDRAVSDEVLTKLDTWVITKSPARYEVRIPAEIVYRFIDEMSDRVNRGLRVSEKA
#oth            .221.11.31111122..1...12.1.121113...22..3.1....1..1.......1.
Hbo2871         :AA:::::E:GE::F:::::::VR:::D::G:T:::N:::N:V:::::::D:::::::E:
HVO_1114        :EHI::E:G::ED::G:::::::K:H:D::::Y::::V::::::::::::::::::::::
rrnAC2265       :::::E:::I::::::::::::::::::HH::::::DL::E::::::E::D:::::::::
Hut2716         :::::E::D::::TIA::N:::::::::Q::LM:::::::G::::::E::::::::::::

consensus       VRKAEQSRAEN-------AGDNAHMSEVDKVISDLRDEYRRALRQGVLDSREDFDLLILA
#oth            1.11.11232311111113233321111.2.1.11.12..21..1............1..
Hbo2871         I:EV::LDP::LAATTGED:TE:Y:T:A:R:L:KM::K::::::R::::::::::::V::
HVO_1114        :::::E:KQLS:::::::N:GSK-L:D:::::::::ED::G:::::::::::::::::::
rrnAC2265       :::::E::::T:::::::VEEHD::T::::::::::::::DT::::::::::::::::::
Hut2716         ::::::::DDP::::::::T::E::::::Q::::::::::::::::::::::::::::::

consensus       RELNAGVVTEDTGIINWAEDFGLRYLRGRAFPTLLEEYLAA--------RGDDGKRPE--
#oth            1..2.......2...1..21....111.13..2..1...211111111132321322121
Hbo2871         :::::::::::R:::S::DE:::::V::GR:::::::::RE::::::::T:IE:YT::::
HVO_1114        :::::::::::::::S::A:::::N::::::::::::::V:LDSPRPWT:::::VD:DRL
rrnAC2265       Q::D:::::::Q::::::::::::::K::N::P::R:::::::::::::DDP:RW:D:S:
Hut2716         :::E:::::::::::::::::::::::::S::S::::::::::::::::----:::I:::