4 genomes BUD2220 4 proteins a Hsa Halobacterium sp. NRC-1 b Hma Haloarcula marismortui f Hvo Haloferax volcanii g Hbo Halogeometricum borinquense h Hmu Halomicrobium mukohataei i Hut Halorhabdus utahensis j Hla Halorubrum lacusprofundi q Nph Natronomonas pharaonis x Hwa Haloquadratum walsbyi - pNG7375 HVO_B0012 - - Hut2791 - - HQ1765A

Pairwise sequence scores
Consensus score	4390	Hut2791	HVO_B0012	pNG7375	HQ1765A
2245	Hut2791	4294	1790	1903	1942
3470	HVO_B0012	1790	4388	3262	3033
3852	pNG7375	1903	3262	4453	3396
3658	HQ1765A	1942	3033	3396	4448

603 symbols
consensus       MADSDDETGRMSDGLQVELFHPDSDREPGDTNIQALGFDIHPVVFPAALAIIVVFVAATI
#oth            11211.211322121.221111122.1111111132.1111...1131.21.221112.2
Hut2791         LT:D:::::SPPSPE:RRST:EET-:HSRE:TVRWF:TEFD:::LVGS::::::G:VL:V
HVO_B0012       ::N:N:S:::STSE::ED::Y::ME:::::R:::G::::::::::::::L::G::::::L
pNG7375         ::::::Q::G::::::::::::E::::::::::::A::::::::::V:::::AL:I:I::
HQ1765A         ::S::::---::::::::::::::::::::::::R:::::::::::IS:VV::A::::::

consensus       ALGDQAASAYSAIFAFVNGNFGWFYLLAVNLFIVTLAYFALSKYGNIRIGGVEAEKEFSD
#oth            31.11.111.2321312222...11211..1.122131112.1..2.11..11..1...1
Hut2791         GF::::SV::R:T:::::ES:::L:V::::V:L:A:VAIG::D::T::L::PD::P:::T
HVO_B0012       I::E::::V::G:RG:FE::::::F::S::::::V::::::::::K:TL:::::::::::
pNG7375         L:::T:::::TWL:NTIGDT::::::::::V::I::L:::F:::::::::::::::::::
HQ1765A         :::E::::V::D::S::::::::::ITS:::::L:VI:::A:::::::::::::::::::

consensus       FSWMAMLFSAGMGIGLMFFSVAEPLYHFQNG-PSF------FDAEAGTGAAARAAMAQTF
#oth            11.1.....1...1..1.11.1..221.313222.111111.11221122.13.1112.1
Hut2791         LG:V:::::S:::V::L::G::::IS::VS:GG::::::::::VPPN:PE:G:::T:L:M
HVO_B0012       ::::::::::::::::::Y::S::::Y:S:V::G:::::::::::::S:G:GI:::T:::
pNG7375         :::::::::::::::::::::S::::Y:::P:::::::::::G:::::::::S:::::::
HQ1765A         ::::::::::::::::::::::::MW::GSSASD:MVVPPA:::AG::A:::T:S::T::

consensus       FHWGLHPWAIYGLVGLGLAFFSFNRGLPLTFRSIFWPLLGERIYGWPGHLIDLVAVFATL
#oth            ...11...11.11...1.11..1......1.....1..1....1..1.12...11.1..1
Hut2791         ::::::::G:::I:::A:GY::Y::::::S:::::Y::V::::H::A:R::::A::V::V
HVO_B0012       :::RF:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
pNG7375         ::::F::::V:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::I::::T:::::
HQ1765A         :::::::::::A:::::::::::::::::::::::::::::::::::::V::::T:::::

consensus       FGLATSLGLGVAQINTGLSYV-GGDMLGAVNIPTGTWPQVALIAGITLIATASVAAGLDG
#oth            1..1.11..112.111.111212122..322211212212211121111112.111..12
Hut2791         V::::AT::AAL::TA:VDFL:TTTY::T-ALA:DV:TAATIATALIGVTVV:TWL::EN
HVO_B0012       ::::::::::::::::::::IL::S:::VLSV:NN:GM:I::::V:::::::::::::E:
pNG7375         :::S:::::::::V:::::::::::::::::::::::::::::::::::::L::::::::
HQ1765A         :::S:::::::S:V::::::::L::T::L:::::::I:::L::::::::::::::::::D

consensus       GIRRLSTLNLYLMFALLGFLLIVGPTVYIFGAFAEGLGAYLGNILSLSFFTGTLGGAAA-
#oth            .11...11.12..12..211221.2.121.13132.1.2.112122.221.112222.21
Hut2791         ::::::K::VV::V:::VVV:L::D::HL:DV:L::V:T::::FVE::LY:EAFA:E:::
HVO_B0012       :::::::V:VF:::V::T:V:AA:A:MS::::WVQ:::N:FSDF:::A:::::::DG:S:
pNG7375         :VK:::::::::::::::::V::::::::::TWT::::::F::::A:G::::::NE::N:
HQ1765A         :V:::::V::::::G:::::I::::::::::S::D:::::::S:F:::Y::::I:::::L

consensus       ------GTQNAWTIFYWGWWIAWSPFVGMFIARISKGRTVREFVGGVLVLPSLFSTGWLS
#oth            111111113311.1...11.11......1.1....1..11....3..111.11..23.11
Hut2791         :::::::W:H:Y::::::F:TV::::::L::::::R:::I:::::::::V:V:::L::MA
HVO_B0012       ::::::-:V::::V:::A::::::::::::V:::::::::::::F::F::::::::V:::
pNG7375         ::::::::PT:::V::::::::::::::::::::::::S:::::L:::F:::M:::L:::
HQ1765A         GGYTVK:WMGS:::::::::::::::::::::::::::::::::M::::::::::FM:::

consensus       VFGGSALFNELQ-GNGAVLATYNEAGQTVAMFALLEQFPLGALSGLLATLLVITFFVTSS
#oth            2.1...1111.2112.222222213.111.1.111211.12221111.13122..1...1
Hut2791         ::N:::::V::SVAE::ISGPLQ:H:PA::L:EMFSVY::AF:TAAI::FNLM::L:::A
HVO_B0012       A::::::::S:::::::::::::::::::::::::::::FS:V:::::VT:IV:::::::
pNG7375         ::::::M::S:M::::QA::::::V::::::::::::::::VI:::::::::::::::::
HQ1765A         T::::::WV:::::A:G:ASAVANQ:::I::::M:N:::::::::::::V::::::::::

consensus       DSGSLVIDHLTSGGKHDVPRTQRIFWALTEGLVASILLIGGGLRALQTAAIATGLPFALI
#oth            ......211..11.1121121..11.1121.21.23..2.1..3..1..2.11.1..111
Hut2791         ::::::ASY::TS:TREPTTG::VL:P:VI:AT:IV::F:N:::::K::V::A::::S:V
HVO_B0012       ::::::V:::::::::N::::::::::VI::::::L::Y::::G::::::::::F:::VV
pNG7375         :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::T:::::::T::::::::
HQ1765A         :::::::::::::::::::K:::::::V:::T::AT:::::::S:::::S:T::::::V:

consensus       LVLMCYTVYLGLDNEYQILASEEFAERIQDL-DRD-DVDVVRAGDSDVQDVS-GGAD-AT
#oth            121.1.1111..121112131121112221121212.2.123322232112123231132
Hut2791         IL::V:SLTV::RRDT:H-------------:::PG:A:RPQR:E::G::S:RTAE::RS
HVO_B0012       ::I::::::::::K::EL:Q::::::::E::A:E:I:I::G:SQT:V:TN:R:-QNP:G:
pNG7375         :C:::::::::::::::::E::::::T::::SE::::::::T:::EM:T:I:DP:D:T::
HQ1765A         ::::::::::::::::E:::::Q::::A:--:ES:::::::SGV:P--::::::::::VE

consensus       SDD
#oth            221
Hut2791         G:E
HVO_B0012       T::
pNG7375         :T:
HQ1765A         :S: