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3 genomes BUD2341 6 proteins
a Hsa
Halobacterium
sp. NRC-1		 b Hma
Haloarcula
marismortui		 f Hvo
Haloferax
volcanii		 g Hbo
Halogeometricum
borinquense		 h Hmu
Halomicrobium
mukohataei		 i Hut
Halorhabdus
utahensis		 j Hla
Halorubrum
lacusprofundi		 q Nph
Natronomonas
pharaonis		 x Hwa
Haloquadratum
walsbyi
-

rrnB0220

rrnB0234

HVO_A0528

HVO_A0534

Hbo3552

Hbo3681

 - - - - -

Pairwise sequence scores
Consensus score1547 HVO_A0534 rrnB0220 Hbo3552 rrnB0234 HVO_A0528 Hbo3681
1265HVO_A0534 1870 1239 1265 347 330 341
1290rrnB0220 1239 1847 1511 340 323 333
1278Hbo3552 1265 1511 2165 340 277 302
509rrnB0234 347 340 340 823 513 563
492HVO_A0528 330 323 277 513 767 599
550Hbo3681 341 333 302 563 599 1065 

281 symbols
consensus       -------------------------------------MYKHVAL-VR---MSH-EFV--W
#oth            111111111111111111111111111111111111211111112112321112111321
HVO_A0534       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::P::KAG:::D:::TY:
rrnB0220        ::::::::::::::::::::::::::::::::::::M:::::::L::QDD:::E:::DY:
Hbo3552         MVIGVMTAGCLTPGGGRKHVSLLIPHILIDTTTRRIS:::::::L::QSD:::E:::EH:
rrnB0234        :::::::::::::::::::::::::::::::::::::-------:--:::---:---::-
HVO_A0528       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::-------:--:::---:---::-
Hbo3681         :::::::::::::::::::::::::::::::::::::-------:--:::---:---::-

consensus       Q--HTPIA-DIEGVVRYQ-VLP------EFDGLAELYF--LDELHDALGG-GSRDYDPAK
#oth            132111112111111111211122222211111111112223322222124222222122
HVO_A0534       :DN:::::R:::::::::T:::VDAEAS::::::::::DD::A:::::::G:::::::::
rrnB0220        :AN:::::K:::::::::Q:::TEPAHA::::::::::ET:ED::E:::SP:::::::T:
Hbo3552         :HT:::::K:::::::::Q:::TEPEHA::::::::::ET:::::E:::SE:::::::T:
rrnB0234        -::-----:---------:---::::::----------::----------:---------
HVO_A0528       -::-----:---------:---::::::----------::----------:---------
Hbo3681         -::-----:---------:---::::::----------::MF:YL:SA::LNTTVHR::P

consensus       EIAAKAR-DV-NFL-V--RPR-IGEE---KDE--GDTDGLYKHSAFLVRKDDMTHEEFVD
#oth            3223322421211121221112111132311122222222313233...31111.1..21
HVO_A0534       GT:RE::A::D:::D:ER:::I::::VVE:::TG:::T:::::::::::::G:S:D::L:
rrnB0220        :::::::E::N:::A:EE:::I::::IVQ:::VD:::::::::::::::Q::::::::::
Hbo3552         :::::::Q::D:::D:AR:::L::::RIV:::VD::::::::::::::::EG::::::L:
rrnB0234        -------:--:---:-::---:----:::---::-----MT:IVDL:::R:GY:::::A:
HVO_A0528       -------:--:---:-::---:----:::---::-----------M:::D::Y::::::E
Hbo3681         A:EQSTLRE-:---:-::---:----:::---::DGLTDMI:MVNH::::::Y::::::E

consensus       RWQGTHTPIAREIPGLVRYATSVPTDPERAEFDGIAELYFEDMAALSAALGSEG-RDY--
#oth            2.324.321.1131.121.4211....11111..13....11221.31112114211132
HVO_A0534       H:AN::V:L::::::V::::RV::::::::::::V::::::SLD::R:G::H:SS:::DP
rrnB0220        Y::TN::::::::E:V:K:N:VI:::::N:::::V:::::D:IEK:YD::::::L:::AP
Hbo3552         H::N::::::K::E:V:::CQV:::::DN:::::::::::D:IEK:YD::::::S:::EA
rrnB0234        ::::D:SEL:KDL:::Q::V::::::::::AY::VL:::::::D:::D:FD:DL:---::
HVO_A0528       ::R:S:AEL:::F::::K:::::::::::S:Y:::V::::::::::K::FD::V:---::
Hbo3681         ::L:E::D::K:M:::KK:T:::::::::::Y:::I:::::::::::::FE::A:---::

consensus       ---KAEAARADAANFLDIEARPRFIGEETVQLD-----DG-
#oth            2321143321.122.222231.12212.2121111133331
HVO_A0534       DHP::N:P:E:VD:::S:GD::::V:R::::K::::ASG::
rrnB0220        DRG::K:::E:VN:::A:DE::::::Q:QLVK::::::E::
Hbo3552         TGG::AE::E:VD:::A::E::::::R:RLVKNTLLKH::Y
rrnB0234        :::-::TVQ::::E:I:L::G::L:V::::::::::ER:D:
HVO_A0528       :::-GQRVN::::A:T:M:RG:TLYV::::H:::::::RS:
Hbo3681         :::-G:RTN::::E:I:M::G:TMYV::::::::::::ET: