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3 genomes BUD2477 3 proteins
a Hsa
Halobacterium
sp. NRC-1
b Hma
Haloarcula
marismortui
f Hvo
Haloferax
volcanii
g Hbo
Halogeometricum
borinquense
h Hmu
Halomicrobium
mukohataei
i Hut
Halorhabdus
utahensis
j Hla
Halorubrum
lacusprofundi
q Nph
Natronomonas
pharaonis
x Hwa
Haloquadratum
walsbyi
-

rrnAC1540

-

Hbo3633

-

Hut2571

- - -

Pairwise sequence scores
Consensus score4261 Hbo3633 rrnAC1540 Hut2571
2092Hbo3633 3885 1007 1203
2571rrnAC1540 1007 4259 1447
2576Hut2571 1203 1447 4648

652 symbols
consensus       --MRDRALSGICAL-----LLLLQ------TASVSFGVAVAADAGQIAALSAAANRTALT
#oth            1112222211222211111121221111112221.2111121121221222211221221
Hbo3633         :::SSTV:RSV---:::::-----::::::---L:::A::LVLL:V:G:PV:::PG:TV:
rrnAC1540       ::::H:IV:::::::::::::::T::::::V::::V:::A::::::Y:EYTV:G:E::PA
Hut2571         VTVE:F:Y::PGSVPLEDG:F:W:SSSHEF:VT::TT:T:E::VCLV:S::GV:D:RN::

consensus       CQAVALRRGITDRPNGGAFVWQSDIDGVRAEG--------------TVCARANGSTICIG
#oth            222.2222121222222221.222221112211111111111111111222211112122
Hbo3633         SET::TID:::-------Y::::SSTD::V:-:::::::::::::::EKPISSSASV:::
rrnAC1540       I:S:EPTQATA:G::::::::E-Q:::E::S:YRIAVTVTSPQENL::::::::::T:TS
Hut2571         :K::S::::V:E:TSLSVSS:PV:VH::QSV:::::::::::::::V:FSTE:::::SST

consensus       PEPNNATVACLAGNAGLDNDSIS----------DTRSVALQPDQRAADIDGDGLNNGREV
#oth            2222221122221112112212211111111111111.2.2222222121111122221.
Hbo3633         ::SG::::::S:::---------::::::::::G:T::T:TVSKWPTEVT:-----PQN:
rrnAC1540       VG::GTAALTTP:R::::DL:::LRNTSSNATL:::::P:::I:::G:::D:::::SN::
Hut2571         ---SSV::TV:QA::S:::::LT:::::::::::E:E:::GT:PTV::T:::::DD::::

consensus       AIRGTALTNPDTDGDGLVDGSEVHVHGTDPTAGDTDDDGLSDRAEINADTDPRTADTDGD
#oth            22211221221...11111111.21211.1122.1.1..11122.2222.21112...1.
Hbo3633         YVN:-------:::ETR:SERV:F:MTK:---::I::::::NKE:V:GK:GF::::::D:
rrnAC1540       :-:::N::DT:::::::L::::::Q:::::::T:::E::V::::::QEG::::QG:::::
Hut2571         E:HD::P::::::::::::::::T:Y:::::DP:::::::A:VD:LL:::S:T:P:::::

consensus       GLNDGRELNTHGTDPTVADTDGDGLDDDLEASEYNTDPTDADTDDDGLGDGREIREYDTN
#oth            ..2.12.1212..1..11.1.1.1.2.21.21212.1..1211.1.112.12.22212.2
Hbo3633         :::::E:V::::::::KS:S:N:N:G:S::V:T:::N:::PH::S:N:K::V:VNK:S:S
rrnAC1540       ::S:E:::-AL::N:::::::::::S:QR:::G-E::::::::::::VV::::L-:IG::
Hut2571         ::T::M::D:Y:::::::::::::::::::CA::L::::NS:S:::::::AL:::T:::D

consensus       PRNADTDADGLADGAEIRAYGTDPTVADTDGDGLADGAEINAHGTNPTEADTDNDGLADG
#oth            .221...2.112.12.22111.1.11......112..1.11221.21122...2.1.2.1
Hbo3633         :T:G:::D:::S:A::::T:N:N:NK::::::S:S::::::T:E::ASKP:::::N:::A
rrnAC1540       :VQ::::::EV:::R:L-:L:::::::::::::I:::T:LE:-::E:::S:::S:::S::
Hut2571         ::G::::G:::D::V:VG::::::::::::::::D::::::RF::D::V::::D:::D::

consensus       AEVARANTNPTKADTDGDGLNDGAEVNRHGTDPNAADTDGDGEGDAAEVAQGTNPNEDLQ
#oth            2.12221.2.121..11...2..1..122....222.1...122.22.122.11122222
Hbo3633         I::EET::::N:::::S:::K::::::V::::::KP::::::TS:KV:IE:::::G::T:
rrnAC1540       K:L:-:G:S::TV::::::::::Q::SDL::::L:V:S:::FLT:PQ:::W:::::SV:T
Hut2571         :::T:F::D::S:::E::::D:::::::F::::TS::::::::::::::ST:-----IFG

consensus       PAWVPIETSAALGLLIAGGITVLAARRDFAIP-------RSREDDAPAHTDDGLDAGGAA
#oth            121112211222111222.21.112122222211111112122222122122.1121122
Hbo3633         :D-T::S::::FA::---:T::::VGGGYLWW::::::::::GGG:::T::::D:S::::
rrnAC1540       ::::---::SL::F::GI:L::A:I:::WV--:::::::------------T::S:AARL
Hut2571         LS:::V:GLLVV::TL::::L::S::SS::::FDHRRTDT:P:::S:D::KQ:::P::SH

consensus       AIDRALAASRER--------------GANESNREIEAGDRLAEADAPD------------
#oth            22112222121211111111111111122212212.11122.12.211111111111111
Hbo3633         TV:Q:T:V:DTT:::::::::::::::T:T:ETAS:P:PEP:GY:::-::::::::::::
rrnAC1540       F:Y:R:ELD::I::::::::::::::--I:V::::::T::V::::G::::::::::::::
Hut2571         :S::DVD::S::DLDASADPLEEAPG::DP:KD:T::::G:::T:TD:ESAPAMEGREDA

consensus       ------TDAGAAGEADEHADR------ELLPRADRVIAILRDANGRLRQSAIVDATDWSK
#oth            111111121121121211122111111121222221212.2222.112.12..21.1...
Hbo3633         :::::::T:::K:G::DTEYD:::::::P:T:E:EI::::EE:G:::E::T::SE:G:::
rrnAC1540       ::::::I:V:T:A::F:::::::::::::T:D:QL:KLM:QVE::::H:TD::E::::::
Hut2571         TRGDST:G:DS::PVE:::EETASVPPAF:SNTE::L:L:::ND:QM:::::::::::::

consensus       AKVSRVLSRMADEGRVVKIRLGRRNLICLPRAEPDGARSPFENDI-------
#oth            11...1..2.21.12.1.121..2...211222.11.21.112221111111
Hbo3633         :T::::::S:::::::T::S:::::::T::GY:::::::::::PT:::::::
rrnAC1540       :::::L::::V::DE::::::::E:::::E::T:AA:N::HAG::KPPTPGG
Hut2571         S:::::::E:DE::Q:::VDI::S:::VH:ENL::::KP:::E--:::::::