3 genomes BUD2821 4 proteins a Hsa Halobacterium sp. NRC-1 b Hma Haloarcula marismortui f Hvo Haloferax volcanii g Hbo Halogeometricum borinquense h Hmu Halomicrobium mukohataei i Hut Halorhabdus utahensis j Hla Halorubrum lacusprofundi q Nph Natronomonas pharaonis x Hwa Haloquadratum walsbyi - rrnAC3129 HVO_0901 HVO_B0219 - - - - - HQ1617A

Pairwise sequence scores
Consensus score	2816	HVO_B0219	rrnAC3129	HVO_0901	HQ1617A
1466	HVO_B0219	2843	1115	1238	1157
1965	rrnAC3129	1115	2704	1683	1651
2392	HVO_0901	1238	1683	2940	2075
2290	HQ1617A	1157	1651	2075	2877

406 symbols
consensus       --MDEPDATPAAAAALVD----GSLADRWARFRDREATVVGLTAIGVALFPYIFARAPVV
#oth            12212222231322222222222213211332131.3212121122.11.122.211112
HVO_B0219       MST:NIHK:V:E:SS:IS::::---W:T:D:IKHT:SF:LLSSVLF:L::S:A:G:::::
rrnAC3129       :MS:::RDAT:T:::DT:AEVT:G::::::D:::::IST:L::VV:::V::FL:------
HVO_0901        :::S:K::N:S:KD:::G:::::::FG::EKL:G::G::::I:::L::V:::::::::::
HQ1617A         :::SD::::SSDG:TV::DPQAP::VE:LQQ::E:::::I:::::::::::W:::::::I

consensus       SDVLQGYQNLATLILIWGIFAIGFDLLLGYTGLLSFGHAAFFGGAAYAAGIFAARVSSDP
#oth            12212..23..211..12...2..11...1.........2.1.111.1.111133.121.
HVO_B0219       :::F:::HG::IT::::S:::L::N::::Q:::::::::M:::T:S:::AL::IH:YN::
rrnAC3129       NNF:D::TQ::::M::Y::::V:::I:::::::::::::V::::::::::::S:S:::S:
HVO_0901        :G::::::S::::::::::::::::::::::::::::::::W:::::::::V:KN::G::
HQ1617A         ::L:L::::::A:M:::A:::::::::::::::::::::::W::S::V:::VSL::::::

consensus       IVMVVAGTLFAVLLAWVLGFLSLRRGGIYFSILTLAFAQMLYYLAASPLAFLTNGENGLT
#oth            121222..21..1111121211..1211..1.11.111.12111112..121.2.1..11
HVO_B0219       LAVI:V:::A::A:GA:AALIL::LHTV::::VA::IG:F::F::RE::VEI:K:I:::E
rrnAC3129       LLVLL:::A:::::::IV::::::::::::A::::T:G::SF::::::::::::::::F:
HVO_0901        :::::S:::::::::::::::::::S::::::::::::::F::M::::::::::::::::
HQ1617A         ::::A:::I::::F:::::Y:::::::::::::::::::::::MS:A:::P::G::::::

consensus       GVDVGSLLGVIHLEADIPGLLGELLGNWLYAFVGVFFVAAVAIAYRILNSPYGMVFRAIR
#oth            21221221.11211333132211.12121.2..1121.22.1322..12....21.1...
HVO_B0219       -:PRSDV:::FE::HQYG::::::VV:N::L::::::::V::SIT::RK::::LI:K:::
rrnAC3129       S::I:::::::DIHGGV:FP:SM:VD:M::V::A:MT:LS::M:N:::H::::T::::::
HVO_0901        ::E:::F:::::::::::SVG:M:::T:::::::A:::G:::V:::::::::::::::::
HQ1617A         :I::SP:F:SF:::SEL:M:A:::::T:M::::::IT::::G:S::::::::::::::::

consensus       ENEQRAEFVGLNVWRYKLMAFIISAAFAGIAGSLFTIHGAYVPLQSLFWTESGDIVIMTV
#oth            ...2.12...11.....11..12.1111.1..1.111213111111.1.11..21.1.1.
HVO_B0219       :::T:TA::::D:::::FA::LL:::IV:L::G:MAVNTQFAGVER:Y:SV:::V:V:::
rrnAC3129       :::R:::::::D:::::::::::::::::::::::::E:N:::::::Y:::::R::::::
HVO_0901        ::::::::::F:::::::::::::G:::::::::::::::::::::::::::::::V:::
HQ1617A         ::::::K:::::::::::::::V::G:::::::::::::S:::::::::::::E::::V:

consensus       LGGAGSLFGPVLGAGLYLYIENIVSGIQTL--PFT-IVL--DFGNYWHLLLGLVFVVVVW
#oth            ...31111..22.21111.111..11122.2211121112211.31.1.1.112.11111
HVO_B0219       :::L:T:A:::I:TFVFF:FKG::N:FP::::---:---::--::::L:::S:S:TT:::
rrnAC3129       :::V::::::LF::::::::::::::FE::::---:---::--:PF:::I::V::::A:I
HVO_0901        ::::::M::::::V:::::::::::T::A:TI:::G:::VR:::F:::::::::::::::
HQ1617A         :::TA:::::I:::::::::::::::::Q:QV:::D:::IN:::T::::::::I::::I:

consensus       VAPDGIWGGITAL-------RDLVVAIESRA----------GGEDR
#oth            2312.1..2123211111111112223321322222222221.112
HVO_B0219       :YR:::::M::::TGALRDP:E::A::TA:VTGGDSTGDAP::::-
rrnAC3129       LF:N::::::DYV:::::::::M::------::::::::::::::E
HVO_0901        :V:::L::IL:R:::::::::E:A:DLG:::ANRVRSRFGN::DG:
HQ1617A         T::R:L:::L---:::::::S::RI:V:::L::::::::::R::::