3 genomes BUD2955 3 proteins a Hsa Halobacterium sp. NRC-1 b Hma Haloarcula marismortui f Hvo Haloferax volcanii g Hbo Halogeometricum borinquense h Hmu Halomicrobium mukohataei i Hut Halorhabdus utahensis j Hla Halorubrum lacusprofundi q Nph Natronomonas pharaonis x Hwa Haloquadratum walsbyi - pNG7120 - - - - - NP2000A HQ3617A

Pairwise sequence scores
Consensus score	2735	HQ3617A	pNG7120	NP2000A
1847	HQ3617A	2920	1404	1371
2057	pNG7120	1404	2835	1517
2029	NP2000A	1371	1517	2790

421 symbols
consensus       ---NSANGGSNDGLPARLRS---RLEGPNTIGNSRGFWAAFAVAVAALVVYPAIRDGFAA
#oth            1112112211212112.111111211....2.1.12..22.2.2112.1.1.22212222
HQ3617A         :::--MKL::-:I::S::K:IITK:N::::L::::V:::::G:GLLL:::Q:L::GSY::
pNG7120         MSR:::::EA:RS::G::::::::F:::::::E:::::VG:::::::::::::FG::---
NP2000A         :::M::DI::P::PA::I:G:::L::::::Y:::PL::GF:V:V::G:A:::MTT:P:SI

consensus       QQLSLFLALALLGLSLSVVWGYCGILSFGQVAFFGIAAYTFGVVSINFGTAGGITAALLA
#oth            21211121111.1....11...2.1......1...111..111111.11111.1.1.122
HQ3617A         G:F:::::YG:::::::II:::T::::::::::::::G::YAI::L:L:G:L:P:V::PV
pNG7120         S:::::MV::::::::::::::S:V::::::V::::G:::::::::::A:P::::::VV:
NP2000A         :TTTQYF:::F:A::::::::::::::::::::::V:::::::IG::::::::::::::G

consensus       AIVVGAISAAILGYFMFYGGVRDVYVTIITLVVTLVLNTFMAQTAGSEWAIGEAALGGFN
#oth            1.111221.11...........1...1.1...111.12..1.....11....112.....
HQ3617A         ::A:AT:::F::::::::::::N:::A:L::::::::E::::::::AK::::SVK:::::
pNG7120         G::G:GV:::::::::::::::::::::::::S:I:MH::::::::::::::::::::::
NP2000A         ::::::LF::A::::::::::::::::::::::A::::::A:::::::::::::R:::::

consensus       GMPDIPNLTLGVGGASF---------------SFDRSAFYYLVLAALVGTYLGLRALVNS
#oth            .1.1.1211..1111.2111111111111111112212..111.12.121...1.21...
HQ3617A         :I:G:R:F:::::ES::::::::::::::::::LSG:E::WF:::V:LFA:::S:I::::
pNG7120         ::::::L::::IE:::YQFIYNPFPMRIIGIG::EI:P::::::LL:::::::::V::::
NP2000A         ::::::D:V:::::::V:::::::::::::::A:::V:::::L:::::V:::::::F:::

consensus       DYGRSMVAVREDEARTEMFGYNVKRIKLVVFTIGGALAGLSGVFYAAWGNYIDPSVFGIL
#oth            21.221..1....2..111....221.11...21....111.11..211111..1..211
HQ3617A         K::Y:L::I::::E::A:L:::::KV::A:::FS::::::::I:::N::::M:::::T:T
pNG7120         ::::V::::::::D:::::::::T:::F::::L::::::::::L:::RNV::::T::SL:
NP2000A         GF:MT::::::::::::T:::::PF:::::::::::::AAG:::::V:::F:::::::::

consensus       FATLPVVWVSIGGRESLLGAIVATLAIEWLRIGLSDNAG----ELAIVIIGGLLMVTILV
#oth            ..11.11..12...1..1..111.21..11.222222111111.2.2.22.21.111..1
HQ3617A         :::I:I:::TL:::::::::::G:VI:::::KWF:I::S:::::F:::FV:LI::I:::F
pNG7120         ::::::I:::::::K:::::V:::::::Y:::SM---:::::::::L:LL:T::L:::::
NP2000A         ::A:::::::V::::::I:::G::F::::M:T::T:GV:PLGP:W:F:::::::::V:::

consensus       IPAGIVP------------GLREGIEQGRDRINDRA------------DADTPDPPEEAR
#oth            2.2.11.1111111111112.211122212212212111111111111222112221222
HQ3617A         ::R::L:GIRDMYVFFNAH:::::::H:::T:QS::QTLLGSVGIDIS:SE::GSS:VM:
pNG7120         L:S:F::::::::::::::W:H:R:VET:LGPGEAG::::::::::::G::A::T:S:VS
NP2000A         M::::::::::::::::::Y:DR:LK:LLE:::::S::::::::::::---:TE:T:G:T

consensus       E
#oth            1
HQ3617A         :
pNG7120         D
NP2000A         :