| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pairwise sequence scores | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Consensus score | 7728 | HVO_2670 | rrnAC1967 | Hbo2860 | HVO_B0203 | hla0320 | HVO_A0088 | VNG2422 | NP1452A | Hut0094 | pNG7284 | Hmu1313 | HVO_B0265 | rrnAC2334 | hla1858 | HQ2550A | HVO_1697 | Hbo3139 |
| 4477 | HVO_2670 | 8095 | 5400 | 5346 | 5551 | 5291 | 3647 | 3738 | 3604 | 3728 | 3835 | 3793 | 3886 | 3984 | 3821 | 3707 | 3918 | 3824 |
| 4601 | rrnAC1967 | 5400 | 7780 | 6421 | 5611 | 5574 | 3695 | 3773 | 3490 | 3764 | 3816 | 3790 | 3821 | 3923 | 3720 | 3818 | 3872 | 3877 |
| 4557 | Hbo2860 | 5346 | 6421 | 7722 | 5477 | 5335 | 3642 | 3653 | 3419 | 3744 | 3719 | 3695 | 3741 | 3898 | 3708 | 3801 | 3785 | 3822 |
| 4576 | HVO_B0203 | 5551 | 5611 | 5477 | 7715 | 5661 | 3728 | 3752 | 3517 | 3835 | 3863 | 3833 | 3892 | 3976 | 3894 | 3897 | 4013 | 3955 |
| 4503 | hla0320 | 5291 | 5574 | 5335 | 5661 | 7827 | 3565 | 3718 | 3431 | 3716 | 3771 | 3751 | 3892 | 3962 | 3846 | 3729 | 3888 | 3756 |
| 5460 | HVO_A0088 | 3647 | 3695 | 3642 | 3728 | 3565 | 7808 | 4630 | 4440 | 4800 | 4760 | 4877 | 4942 | 5186 | 4893 | 4813 | 4942 | 5061 |
| 5631 | VNG2422 | 3738 | 3773 | 3653 | 3752 | 3718 | 4630 | 7799 | 4476 | 4687 | 5282 | 4912 | 4952 | 5054 | 4993 | 4842 | 5082 | 5090 |
| 5308 | NP1452A | 3604 | 3490 | 3419 | 3517 | 3431 | 4440 | 4476 | 7729 | 4805 | 4611 | 5066 | 4763 | 4893 | 4645 | 4692 | 4698 | 4782 |
| 5885 | Hut0094 | 3728 | 3764 | 3744 | 3835 | 3716 | 4800 | 4687 | 4805 | 7756 | 5041 | 5240 | 5051 | 5369 | 5134 | 5174 | 5302 | 5349 |
| 5816 | pNG7284 | 3835 | 3816 | 3719 | 3863 | 3771 | 4760 | 5282 | 4611 | 5041 | 7839 | 4999 | 5023 | 5342 | 5142 | 5291 | 5414 | 5401 |
| 5814 | Hmu1313 | 3793 | 3790 | 3695 | 3833 | 3751 | 4877 | 4912 | 5066 | 5240 | 4999 | 7866 | 5138 | 5437 | 5123 | 5075 | 5099 | 5065 |
| 5925 | HVO_B0265 | 3886 | 3821 | 3741 | 3892 | 3892 | 4942 | 4952 | 4763 | 5051 | 5023 | 5138 | 8030 | 5337 | 5244 | 5230 | 5569 | 5461 |
| 6144 | rrnAC2334 | 3984 | 3923 | 3898 | 3976 | 3962 | 5186 | 5054 | 4893 | 5369 | 5342 | 5437 | 5337 | 7850 | 5328 | 5405 | 5510 | 5564 |
| 5994 | hla1858 | 3821 | 3720 | 3708 | 3894 | 3846 | 4893 | 4993 | 4645 | 5134 | 5142 | 5123 | 5244 | 5328 | 7885 | 5270 | 5530 | 5464 |
| 6036 | HQ2550A | 3707 | 3818 | 3801 | 3897 | 3729 | 4813 | 4842 | 4692 | 5174 | 5291 | 5075 | 5230 | 5405 | 5270 | 7947 | 5931 | 6207 |
| 6287 | HVO_1697 | 3918 | 3872 | 3785 | 4013 | 3888 | 4942 | 5082 | 4698 | 5302 | 5414 | 5099 | 5569 | 5510 | 5530 | 5931 | 7866 | 6232 |
| 6253 | Hbo3139 | 3824 | 3877 | 3822 | 3955 | 3756 | 5061 | 5090 | 4782 | 5349 | 5401 | 5065 | 5461 | 5564 | 5464 | 6207 | 6232 | 7961 |
1157 symbols consensus MATNDD-RD-----------DPATDP--RADY-------DYVSDDVER-PGLVEDLRARV #oth .577:9:788621111242365791855765211111111354533832521252.4521 HVO_2670 :VMSG:GPSRA::::::TRITAE::GER:G:FQRFQESR::DVA::AEHAD:AA:::DV: rrnAC1967 ::I---:--:::::::::::ENVE:IWSAQEL::::::::LNRP::DAYRD:A:A::::: Hbo2860 :NFVMA:--:::::::::::IEDR:AWSAREL:::::::GHDRP:AVKYRD:AR:::::: HVO_B0203 :MAVE:VL::::::::::::S:RGGETSATTL::::::::VDRP:ATAYTA:ATE::D:: hla0320 ::SEPTRG:N::::::::::T:GL:T:SA:AL:::::::GHERP::PAYRA:A::::E:: HVO_A0088 :SNRL:Q:STS:::::::::ADH::E:::PN:::::::::HT:N::K:::A::S:::E:: VNG2422 :::R:LRS::::::::::::::S:::::D::::::::::::T::S::::::::D:::E:: NP1452A :::EGGD:TTGT:::::::::::V:E::::S::::::::::TGG:TD::::::A::KRLI Hut0094 :GIS:QVGPGV:::::PDSI:::A:S::::T:::::::::::::::Q::::::S::EE:I pNG7284 ::YDSRLPEQR:::::::::::::::::S:N::::::::::QG:S:N:::D::SA:EQ:: Hmu1313 :G:RH:RGGP:::::::::::::::D:::::::::::::::EGGS:::::AF:AA:ED:I HVO_B0265 :::QERPD:SSDGQRTDPSA::GD::::::::::::::::::GG:TD::EA::R::ERL: rrnAC2334 :::DSGT:I:::::::::::::SA:E::VSN::::::::::QNET:A::S:::D::Q::: hla1858 ::::--:--:::::::::::T:DP::RDGG:F:::::::::TGGA::::::::DA:ED:: HQ2550A ::::TPSTVDE::::::RSLGSES::AGEGT::::::::::::::I::::::M:::D::: HVO_1697 ::S:TH:--:::::::::::E:::::ALAG::::::::::::::::::::::::::ESL: Hbo3139 ::S:ARE:TT:::::::::::::A:-::-GN:::::::::::::::A::::::S::ESL: consensus DGDVRFDEYTRQLYATDASAYEATPIGVVFPTSTADVAAVVEYCAEREIPVLPRGGGTSL #oth 4.413..2.225.11..1.2.235.2...7.5243.2412232237332.11...2.1.. HVO_2670 S:E::::::AQV:::::G:I:R:R:A:::I:RDED::R:A:RTA::HDV::::::A:S:: rrnAC1967 T:G:E::::A:I:::::G:I:R:E:A:::Y::DID::R:A::VATSHGV:I::::T:S:: Hbo2860 E:G:E::::AQI::S::G:I:R:K:A::::::D:S::Q:A::VATSH:V:I::::T:S:: HVO_B0203 ::::K::::AQV:::::G:I:Q:R:A:::L:RDAD::R:T::TG:NHGV::::::T:S:: hla0320 ::E:Q::::AQV:::::G:I:Q:R:A:::T:R:V:::Q:TMRVA:DHGV::I:::A:S:: HVO_A0088 :::::::T::::::::::::::E:::::::::::E:T::::S::S::G:::::::A:::: VNG2422 :::::::S:::::::::::I:::L:V::::::::D::::::S:::D:G:::::::::::: NP1452A ::E::::::::T::::::::::V:::::::::D:D::S:::S:::::S:::::::::::: Hut0094 E::::::::S::::::::::::VL:V:::::Q::::::S::::::A:::::::::::::: pNG7284 :::::::T:::E:F::::::::QL:::::S:V::E::V::M::::AED:::::::::::: Hmu1313 ::T:::::::::::::::::::V::::::Y:::::::::::D:::::GT::::::::::: HVO_B0265 ::::::::::::::::::::::VL:V:::M:::::::::::::::D:::::::::::::: rrnAC2334 N:E::::::S:::::::::L::VL:::::Y:Q::E:::::MS:::Q:::::::::::::: hla1858 ::N::::::SKR::::::::::V::::::V:E::::::::H:::Y:EG:::::::::::: HQ2550A :::::::T:S::::::::::::Q::::::M:AH:S::S::MD:::TQ::::::::::::: HVO_1697 E::::::T:::T::::::::::QV:::::M::::::::::M::::D:::::::::::::: Hbo3139 ::EI:::T:S::::::::::::Q::::::M:E::E:IV::M:::SK:::::::::::::: consensus AGQTVN-EAVVLDFSRHMDDILSVDPDARTARAQPGVVLGDLNAALAPHGLKFAPDPAWG #oth 1..1.1231..2.4443.25455414346214213.44325115434532.112....32 HVO_2670 :::::GPDC::V:C:KY::E:VR::::::R::V:::::QD::DDR::D::::::::::SS rrnAC1967 :::::GPGC::::M::::::::DIR::EQ::HI:::::QD::DDT::NY:::::::::SS Hbo2860 :::::GPGC::::V::::::::EIR::EKRV:I:::::QD::D:::SEY:::::::::SS HVO_B0203 G::::GRGC::I::TKY::::VDI::Q::R:TV:::C:QDH:D::::D::::::::::SS hla0320 G::::GPGC::::::T:::E:QE:R::D:R:VV:::::QDQ:DDR:TED:::::::::SS HVO_A0088 :::A::::::::::T:Y::T:V:::A:::Y:QV:S::::AE::E::S::E::::::::A: VNG2422 :::A::::::::::KHA:NGFVGF::E:E:::::::IT:AA::DE::A::::Y::::::: NP1452A :::::::K:::V::T:::NSL:T::EE::::T:::::R::::DKR:D--::T:P:::::: Hut0094 ::::::::::::::T:Y::SV:ET::::AR::V:A:TYI::M:::F:E:D::::::::Y: pNG7284 :::A::::::::::K:Y::ET:::::E::R::::A:ITIAR::DR:E::::::::::::: Hmu1313 :::A:::::::V:C:::::A:E::::AGH:::::V::T::A::DR::D:::::::::::: HVO_B0265 :::A:::::::::L:::::GVQ:::SE:A::T::A::T:A:::NSA:D:::T:G::::A: rrnAC2334 ::::::::::::::::Y:N:LVGAR::D:R::::::IK:::::GE::D:::::::::::: hla1858 :::::::::::::LTGS::EV::T::E:G:::::A:AYV::::::VE::::::::::::R HQ2550A :::::::::::I:L::Y:::VKTI:S:NE::T::A::R:::::::AE:Y::::::::::: HVO_1697 :::::::::::::LV:::GGVEEI::E::::T:EA::R::E::EE::::::::::::::: Hbo3139 :::::::::::::LMK:::GVID::T::A::T::A::R::::::E:E::::::::::::: consensus DKSVLGGAIGNNSTGAHSLKYGKTDAYIEELEVVLADGTVTTFGEVTVD--ELRERADPD #oth 211322.1....1..1..13.11113.3143411.1..1254323366313335553464 HVO_2670 NRATV::G::::::::::VR::I::::T:::R::::::S:VHTRD:V:GSD:WDRIVGK: rrnAC1967 NRASV::G::::::::::VR::I::::TDAVKA::S::SLIHAR::VI:SP:WDDIVSK: Hbo2860 NRATV::G::::::::::VR::I::::T:TVTA::S::SLLQAR::VI:SS:WNDIVSK: HVO_B0203 NR:TV::G::::::::::VR::I:G::T:::::I::::SLIHTR::VL:SD:YDSILAQ: hla0320 ARATVV:G::::::::::VR::I::::T:::Q::::::SLIHTR::VL:SP:YE:IVSKN HVO_A0088 :R::I::::::::::::::::::::::V::C:::::::::A:L::TDL:::K::::::S: VNG2422 :::::::::::::::::::Q:E:A:G:L:SA:::::::::::L:W:DT:::D:DAL:::: NP1452A :::A:::::::::::S:::V:::::::::S::::::::S:HR::P::PA:::WQR::EES Hut0094 :::AVA:::::::::S:::::::::::V:SV::::::::::E:::::LE::::QDS:::: pNG7284 ::::::::::::T:::::::::::::::::C::::::::R::::W:D:E::DIEA::AEA Hmu1313 :::::::::::::::::::::::::::::DC::::::::::::::::L::::::S:::R: HVO_B0265 :R:::::::::::::::::::::::Y:V::C:::::::S:HR:D:MR:A::::::K:::E rrnAC2334 :::::::::::::::::::Q::::::::::C::::::::::::::::RE:::::D::::: hla1858 :::AI::::::::::S:::::::::H:V::::::::::::::::::A:E::::::S::AE HQ2550A :::::::::::::::::::Q:::::Y:L:TV::::::::::::::::M:::T:HQ:G::: HVO_1697 :R:A:::::::::::S:::::::::Y::::::::::::::::::::S::::::::SG::: Hbo3139 :::A:::::::::::::::::::::Y:L:SV:::::::S::::::IE:E::T:::EG::: consensus G-D----------LEARIYAEVARILDEEADEIEERYPDLKRNVSGYNLDRLVDENR--- #oth 2231211111111325421343652242346415631.31..2.....127124363223 HVO_2670 D:-::::::::::R::AL:RT:LGLVEDHEE:::R:::S:::S::::::HKV:S:TD::: rrnAC1967 D:-::::::::::R::D::QT:REVVE:N:N:::D:::::::R::::::::VIY::D::: Hbo2860 D:-::::::::::R::D::RT:RAVVEDN:::::A:::::::R::::::::V:Y::D::: HVO_B0203 D:-:::::::::::::N::RT:RALVENHES:::NK::S:::S::::::QKVIY::D::: hla0320 D:-::::::::::R::AL:ETTRKLVE:NEA::D:K::N:::S::::::HKVIY::D::: HVO_A0088 ::T:::::::::::LQ:V::::V::V:D::::VRA:F:E:::::::::::V::E:--::: VNG2422 ::::::::::::::::::::DLR:L::::::R:R::F:::::::::::Y:::LADA-::: NP1452A S:-::::::::::FVG:::RTLY::AS:::EPV:TA::E:::::::::::C:IEQYEAAV Hut0094 ::::::::::::::::Q:H:::S::::::TET:D::F::::::::::::::::E:--::: pNG7284 :P:AD::::::::::T:::::::K::S:D:T::DA:::E:::::::::::E:::SA:::: Hmu1313 ::-::::::::::::GQ:::AI::LV:D:REAVTAAF:::::::::::::::LS:--::: HVO_B0265 S::AWGSDGPQSP:LP::::::V:V::::RA::DA:::::::::::::::A::E:A:GER rrnAC2334 :::::::::::::::::::::IE:::A::GE:::SH::::::::::::::WVL:D--::: hla1858 SD::::::::::::LP::H::IV:::::::GA:D::F:EM::::::::::::LA:Y:GEY HQ2550A :::::::::::::I::Q:::M::Q::TNH::::ASK::N:::::::::::M::::L:GER HVO_1697 :::::::::::::::::V:::I:::::::::::S::F:::::::::::::M::::M:GER Hbo3139 ::S::::::::::::E:::::::::::D:::::S::::::::::::::::V::::M:GER consensus -----------AEEGTVNLARLLAGSEGTLGVVTEATVSLEPVPETKAVALLTYDDLIDA #oth 32213222123747553.223131.1..1.12112.312.235.322133114133254. HVO_2670 :::::::::::DG:TV:::SK:FV:A:::::::V::::::VT:::ET:LV:YA::::VE: rrnAC1967 :::::::::::DG:RVL:::K:FV::::::::IV::EL::VT:::ET:L::YCF:T:P:: Hbo2860 ::::::::::::G:RVM:::T:FV::::::::IV::EL::VT:::ET:L::YCF:::VT: HVO_B0203 :::::::::::DG:AVI::SK:FV:A::::::IV::::::VTK:DET:L::YCF:::V:: hla0320 :::::::::::DG:DVI::SK:FV:A:::::TIV::E:::VSR::ET:L::Y:F:S:V:: HVO_A0088 :::::::::::::T::::::::M:::::::A:::::K:A::::::::::S::F:ESVL:: VNG2422 :::::::::::EAH:A::A::::::::::::II:::E:::::::AET:::M:::::VR:: NP1452A A::::::::::GDRE::::::V::::::::::::::::G:::T:::::::::S:PG:::: Hut0094 ::::::::::::DD::::::::::::::::A:I:::E::::::::::SI:::A:ES:::: pNG7284 :::::::::::-:R:E::::::::::::::A:::::I:::::::DAT:::M:::::I:S: Hmu1313 :::::::::::::D:S::V:::::::::::AI::::::::::L::::SL:::S:H::::: HVO_B0265 PLADGTGTDPDCGS::::::::::::::S:A:::::::::::L:::::::::::E:VF:: rrnAC2334 ::::::::::::QD::I:V:S:::::::::AI::::E:::::I::::SMG::A:EG::E: hla1858 :::::::::::G:A:V:::G::M:::::::AT::::::::VEI::::::::::::::L:: HQ2550A RLPDNSAIDPQS:P:S::::::::::::::AT::Q:::::ASI::::S::::::::V:G: HVO_1697 RTPDDTGIDEDW:A:R:::G::I::::::::I::K::::::EI:N:AS::::::::V::: Hbo3139 RLPDDSGIDPES:P:::::::::::::::::I::::::::::::N:A:::::::::VL:: consensus MEDVAPILEHDPAAVEVMDDVLLDLAADTAEFADVVG-MLPEGTDAVLLVEFYADSDDDG #oth 361.462.22321.1.12..23231.44152135314252.331614.21.212146552 HVO_2670 :AA:PDA:DF:AS:::L:::EV:RM::ESS:Y:QY:E:EI:D::A:T:ML::DSELH::F rrnAC1967 :RA:PVA:DY:VS:::L:::EMFR:::GSDGY:EY:D:PI:DRAA:A:ML:YDSELH::F Hbo2860 ::A:PVA::Y:VS:::L:::EVFR:::NSDGY:EY:E:PI::::::A::L::DSELH::F HVO_B0203 ::A:PEA::FPVS:::L:::EVFR::RESEGY:EYAE:PI:::AK:A:ML:WDDELV::F hla0320 :KA:PEA::FPVS:::L:::EVF::::GSQ:::QYAE:PI:DRAT:A:ML:WDSELV::F HVO_A0088 VT::QHV:::::::::LI::::IG::R:::D:EEIAA:LV:DDAH:G::::::::D:GH: VNG2422 :Q::::V:D:::S::::::::F::::R::D::::::::L::D:::ST:::::::::PAEA NP1452A L:::E:::SFG::::::L::::::::R::S::GAL:EET::SDAGS::::::::E::A:: Hut0094 ::::SI::::::S:L::L::T::E::GK:E::GPL:AE:V::::G:M::::::::::EA: pNG7284 :Q::::::D:::S::::::::::::::E:P::::::S:::::E::ST:::::::::P::: Hmu1313 :A::PA:::::::::::L:::::E:::::E::G:L:DQL::AD:G:::::::::EN:PQ: HVO_B0265 AA::::::D:::::::LI::::I:::L:::::H::AA:S::D::R:A::::::::::A:: rrnAC2334 :::::D:::::::::::L::::I:::Q:::::E:::::::::::R:::I::::::DEES: hla1858 ::::::::D::::::::::::::G:::::P::EG:::::::::::S:::::::::::V:: HQ2550A ::::::::::::::::::::::::::RE::::E:::::L::D::::::::::::ETNEH: HVO_1697 :H::::::::E:::::::::::::::R::::::::::::::::::ST:::::::::::E: Hbo3139 ::::::::::::::::::::::::::RE:P::EE:::::::::::S:::::::::DA:H: consensus RQKVADLLADRV--PNG-------TEADPSEGAA--TDAP-RAFDALEAHDEADRARFWK #oth 33523524431511755351111157564675764536637813545..145461452.1 HVO_2670 EAVIREANDHFL::RD:DP:::::GS:AGD:ST:AGDADDGG::E:I::YTP:AQ:DL:: rrnAC1967 EAAI:RTNERFL::D:::::::::----------::----:A:::VV::YTD::Q:DL:: Hbo2860 EAAIDATTERFI::HD::::::::----------::----:A::EVV::YTD::Q:DI:: HVO_B0203 EAA:::TN:HF:::DS::::::::----------::----:A:::V:::YS:ESQG:L:: hla0320 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1..113.1.11242.4.13211..221.132.13125512322311341241211....1 HVO_2670 ::::AI:L:M:LPG:P:PY:::::AS::::E:A:::QS:EDV:E::::G:S:A:F::::S rrnAC1967 ::::AI:L:M:MDG:P:PY:::::AT:::AE:A:::EK:E:V:A::::::S:A:F::::S Hbo2860 ::::AI:L:M:LEG:A:PY:::::AT:::AE:AA::QK:EAV::::::::S:A:F::::S HVO_B0203 ::::AI:L:M:LEG:P:PY:::::AT::::E:A:::QK:EDV:E::N:G:S:A:F::::S hla0320 ::::AI:L:M:MQG:P:PY:::::AT::::E:A:::GQ:E:V:T::::::S:A:F::::S HVO_A0088 :::::::::::::S:V:::S::::C:I:::H:::F:ER::TL:EAKNR:VD:AF:::::: VNG2422 M::::::::::::S::::Y:Y:::::I:ADH::AF:::::A::::::L::V::::::::: NP1452A :::S::::::G::::::::S:::::::::::::::::E:R:L:E::AN:::::F:::::: Hut0094 :::S:N::::G::::::::S::::::::::::::::::::DL:E:::VG:::AF:::::: pNG7284 M::::::::::::G:D::W::V::::::A::::::I::IR:LF:::E::::::::::::: Hmu1313 :::S::::::G::S:A:::S::::::::::::AD:::E:::L:A:::N:::::F:::::: HVO_B0265 M:::AA:::::::::::::S::::C:::ADE::G::ER:R:VI::::::ANT:F:::::: rrnAC2334 M::S::::::::::::::GS::::::I::A:::::::::::::E::E::::::F:::::: hla1858 M::::::::::::::::::S::::C:I:::H::::TRE:::::::::N::::TF:::::: HQ2550A M::S:::::::::S:::::AY:::::I:A::::A::S:::D:::::E::::::::::::: HVO_1697 M::S::::::G::::::::AY:::::I:A::::A::S:::D:::::E::::::::::::: Hbo3139 M::S:::::::::::D:::AY:::::I:AG:::AF:S:::D::::::::::::::::::: consensus GVLHIRPLVNTKTEEGVETMEAIADDVTDLVVEYGGSVSGEHGDGRARTQWNRKLYGDEL #oth .2..1..123114631335254.2142..2.3534.12.......2..12112.2..351 HVO_2670 :T:::::IL:L:EN::I:K:R::T:::::::LDHR:AF:::::::M:::E::P:M::P:: rrnAC1967 :T:::::IL:L:E:S:I:D:HS:T:::::::L:HN::F:::::::M:::EFTP:M::ET: Hbo2860 :T:::::IL:L:S:S:::D:HS:T:::::::L:HH::F:::::::M:::EF:P:M::ET: HVO_B0203 :T:::::IL:L:EN::I:K:HS:T:::::::::HH:AF:::::::M:::EF:P:M::P:: hla0320 :T:::::ILSL:E:::::K:HS:SE::::::L:HH:AF:::::::L:::EF:P:M::EA: HVO_A0088 ::::V:::::::AAADRRD:VE:::A:::F:::L::::::::::::::::::::::::A: VNG2422 ::::V::::TLAD:A::AK:AE:::R::::::::::A:::::::::::S:::::F::ED: NP1452A :C:::::::D:::TA:I:Q:D:::EGA::::A::D::::::::::::::R:::::::::V Hut0094 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