|
Pairwise sequence scores | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Consensus score | 2664 | hla2195 | Hmu0851 | hla1163 | rrnAC3369 | HQ3040A | NP4576A | hla2606 | VNG1428 | Hmu1654 | HVO_2870 | HQ2406A | Hbo2635 | Hbo1700 | pNG5064 | rrnAC2034 |
1015 | hla2195 | 3134 | 761 | 633 | 480 | 445 | 564 | 578 | 834 | 659 | 807 | 711 | 809 | 809 | 639 | 609 |
1219 | Hmu0851 | 761 | 2894 | 749 | 673 | 611 | 580 | 612 | 983 | 878 | 992 | 903 | 981 | 980 | 703 | 726 |
1064 | hla1163 | 633 | 749 | 2604 | 742 | 657 | 706 | 654 | 996 | 940 | 839 | 876 | 869 | 826 | 633 | 718 |
1362 | rrnAC3369 | 480 | 673 | 742 | 2667 | 1852 | 1757 | 1649 | 791 | 784 | 816 | 761 | 820 | 876 | 980 | 1028 |
1260 | HQ3040A | 445 | 611 | 657 | 1852 | 2769 | 1634 | 1536 | 741 | 728 | 793 | 749 | 798 | 829 | 819 | 930 |
1410 | NP4576A | 564 | 580 | 706 | 1757 | 1634 | 2694 | 1772 | 802 | 791 | 792 | 838 | 843 | 880 | 963 | 997 |
1387 | hla2606 | 578 | 612 | 654 | 1649 | 1536 | 1772 | 2975 | 830 | 779 | 785 | 793 | 862 | 825 | 888 | 989 |
1529 | VNG1428 | 834 | 983 | 996 | 791 | 741 | 802 | 830 | 2856 | 1339 | 1330 | 1304 | 1418 | 1225 | 922 | 868 |
1503 | Hmu1654 | 659 | 878 | 940 | 784 | 728 | 791 | 779 | 1339 | 2927 | 1374 | 1350 | 1466 | 1177 | 948 | 933 |
1600 | HVO_2870 | 807 | 992 | 839 | 816 | 793 | 792 | 785 | 1330 | 1374 | 3263 | 1647 | 1855 | 1221 | 884 | 872 |
1595 | HQ2406A | 711 | 903 | 876 | 761 | 749 | 838 | 793 | 1304 | 1350 | 1647 | 3052 | 1872 | 1159 | 901 | 874 |
1659 | Hbo2635 | 809 | 981 | 869 | 820 | 798 | 843 | 862 | 1418 | 1466 | 1855 | 1872 | 3110 | 1262 | 930 | 938 |
1514 | Hbo1700 | 809 | 980 | 826 | 876 | 829 | 880 | 825 | 1225 | 1177 | 1221 | 1159 | 1262 | 2928 | 988 | 1080 |
1299 | pNG5064 | 639 | 703 | 633 | 980 | 819 | 963 | 888 | 922 | 948 | 884 | 901 | 930 | 988 | 2849 | 1696 |
1331 | rrnAC2034 | 609 | 726 | 718 | 1028 | 930 | 997 | 989 | 868 | 933 | 872 | 874 | 938 | 1080 | 1696 | 2890 |
492 symbols consensus -----------------------------------M--STMDRSRAAWWAFGLALAAALA #oth 111111111111111111111111111111112457988766662654455334255424 hla2195 ::::::::::::::::::::::::::::::::MNGLTDHLPS:::LG::::V:L:GV:I: Hmu0851 ::::::::::::::::::::::::::::::::::MIEKTEF::::VL::TLTA::VGT:G hla1163 ::::::::::::::::::::::::::::::::::MVASLRDRHGSV::ILV:VLIT:VV: rrnAC3369 :::::::::::::::::::::::::::::::::::-::MY::EK:FVVAL::::V:VVVG HQ3040A :::::::::::::::::::::::::::::::::::-::--:NAR:F:VAL::::VFSVIG NP4576A :::::::::::::::::::::::::::::::::::-::--::EK:L:VA:::VLV::VV: hla2606 MSVQSTTAPIDRLRRSRSIGLGRKPGLSPIFYAGSRRETA::EK:FVIAL::::VG:LVG VNG1428 ::::::::::::::::::::::::::::::::::::GDTRI::G::::::I:AT:T:::V Hmu1654 :::::::::::::::::::::::::::::::::MVEFEFDV:WP:T::V:L:FV:::::V HVO_2870 ::::::::::::::::::::::::::::::::::::ALPDIQ::::M::SLA:V::G::T HQ2406A ::::::::::::::::::::::::::::::::::::SSR:I::TQL:::VI:F:::G::I Hbo2635 ::::::::::::::::::::::::::::::::::::PLLD:::::MV:::I::V:::::: Hbo1700 ::::::::::::::::::::::::::::::::MHFGFT::I:::::I::VL:V:IFVV:: pNG5064 ::::::::::::::::::::::::::::::::::::KR::RFQQ:SLFAIG::G:LIGV: rrnAC2034 ::::::::::::::::::::::::::::::::::::EY::DLGR:VLLTLA:V::LLVVG consensus FVAYSFIGTLVFGVFLYYATRPIYRRL-RRLRLPS------------LAAAVALLVLALP #oth 32355132333333.4..12.2427424454662521222221122335.463356452. hla2195 Y:VG::::LT:L:L:G:::::::CV::RSVTGSRQ:::::::::::::::TLTA:SVLV: Hmu0851 L:V::Y:::F:::I:I:::A::V::::R:VVDR:G::::::::::::F:::G::FAFEI: hla1163 ::L:::V:AI:V:I:::::::::::WIDQWTEH:D:::::::::::::S:T:T::TVG:: rrnAC3369 VL::Q::AA:TVS:::::S::RY:TS::::::::A:::::::::::RVR:V:VMAS::I: HQ3040A :L::E::AP:TIA:::::S::KY:TL::E:F:::A:::::::::::SIR:GI::GS::I: NP4576A Y::AR::AA:TVA:::::S::RF:AL::G:::::K:::::::::::RIR:VL::S::GV: hla2606 :I::R:VAP:TVA:::::S::RLFH:::E:F:::A:::::::::::RVR:MS::SLI:V: VNG1428 Y:V:T:V::F:L:F::::::::V:::VD:H::SS:::::::::::::V::V:S::::::: Hmu1654 ::::R:V::F:::L:V:::::RL:::VR::IEQ::::::::::::::V::G:S:VGMV:: HVO_2870 Y:V::::::F:::L:I::::::::W:IR::VKP:::::::::::::::::::::FA:::: HQ2406A ::V::::::I:::L:F::::::L:Q:IN:QIGP::::::::::::::::::I:::L:::: Hbo2635 Y:F:::V::F:::I:I::S:::::::IK::V:P:::::::::::::::::::::FA:::: Hbo1700 :::DA:L::FML:L::::::::V:S:IRG:IGQ::::::::::::::IG::::::::S:: pNG5064 ::LVQ:RA::I:T::::::S:::::K::ESVST::YFSEYSLPYRRQIL:VTTIS:FL:: rrnAC2034 L:LSQ:LP::::T::::::S::::::::G::P::KSFLKRAVPYQKQVH::ATIFFFL:: consensus LLLLVSYTLALLIQELRRF-G------------QLEQYGILPDPAADLS---RLL-DPEE #oth 444246135633473484563645545322797658777787946574666583787387 hla2195 I:::LVVVGLR:F:VVQ:QF:DGEFV::::GTLVARIT::DAL::EQREQLVS::LN:SS Hmu0851 F:AVTG:L:F:G:K::E:SA::::::::::AGAEVVAW-F::I:::E:E::::AVA::AT hla1163 I::ILA:ATFVG:R:IDQ:F-:::::::::AIAN:::LRTVLE:YV::VSGSE--:---- rrnAC3369 :::::::AAV:::I:A:Q::-::::::::::::-VT::ALVDVA:THV:WLDGAESV:DL HQ3040A :IF::::AGV::VL:A:A::-::::::::::::-IDE:DLISVA:ENV:WFGSVSRV::F NP4576A :M::I:::VI::AV:A:Q::-::::::::::::-V:E:PVFESAPD:VAWFEG:EDL::P hla2606 :IG:L:::ML::VI:A::::-::::::::::::-I:::PVAETVG:EN:WVGD:AELSNP VNG1428 VVV:L:::T:VG::::T:VLNA::::::::PQID:TTVEA:VQ:YV:V:::::AVQ::QS Hmu1654 A:::LA:::GIAL:Q:S::ADEIDGAG:::SGS:I:DLLAMA::YLN:T:::-V:S::TA HVO_2870 V:G::V:AATIALR:FL:YADRLSTDE:::VPID::A:::D:TLLEGIA:::---:S:QA HQ2406A AF:::L::A:IAAN::IKLTNQ::::::::TLV::VDSP:TSQQL:QITDIE::IQIELT Hbo2635 A:A:IA:A::IVVN::V:LTNN::::::::GFFD:SR:P:TS:QL:R:T:::---:::NT Hbo1700 VV:::N::VLIAV:::SA:V:QNQQGILAALKPY:GSFES:QA:SEL:A:::T::EN:S: pNG5064 F:::FT:::::VVPAVQQ:I:QNDLASGYLSAI:SADS:G::E:I:G:QISDL:DMS::: rrnAC2034 FVV::G:::V:V:P::QS:F:EGGLGAAYLSQF:EL:G:SP:G:L:::GFSEV:AMG:A: consensus LLD-------SGQLRGSINFALESAAGLLSFLGVGLLHLFIMIALAFYLLRDGRRLARWL #oth 64744742337876:682876457388653745555352337444111..5117445715 hla2195 I:::::::::---AG::VWSNVGA:VTA:QGVVG::FL:GLATT::YF::ANDTDVSKT: Hmu0851 YV-::::::::SFDAA:::EIVSTGGDV:GPVSTFF:::ALG::I::::::::EHI:T:: hla1163 ---:::::::EQG:F:ILRDNVSR:R:FA:SAT:W::R::VSFT::::::::DYKI:Q:F rrnAC3369 TVEGLYSAYQ::::KPFVD:LS:N:MV:T:VASQFF:N:::TTIVTY:::V::::IRG:: HQ3040A TVQGLYNAYQ::::TPL:D::TAH:SV:T:MISQFT:N:::ITIVTY:::V::DKIGA:: NP4576A TINGIIQAYQA:D:DIF:D::V:H::F:S:LITGL::N:L:VVVVTY:::I::TKARD:: hla2606 TF:GIMQAYE::::DPL::::S:Q:TL:A:T:SGLV:S:L:T:VVTY:::L::SKFHE:: VNG1428 ::G:::::::QPSV:AA::TT:R::GQYAG:::TAFV:::AV:TI:::::::DT:::E:F Hmu1654 ::::::::::NLGGV:T:TTT::::L:Y:GVV:T::::::V:L:::::::::D::F:G:A HVO_2870 ::EYDFRSVLTPEAL::VFDS:SV::NTFA:::::AI:::V:::F::::::::H::R::G HQ2406A Q:-:::::::TPDQIRRVFSS:G::GNF::VI::::V:::V:::::::::::DHQ:S::V Hbo2635 I:SLELSSL:TESELSQ:LSSIG:::DT:A:::::GV:::V:::::::::::DH:F:::V Hbo1700 :V-:::::::DMTDTATVEAV:S:I::TA::ILDAAFQ:::AF:F:::::::D:::SA:T pNG5064 IVTILN::::APSV:TW:EQT:GTLISSIGVFADVGIQA:LLLSGTY:::T::P::S::: rrnAC2034 VI:LLR::::NATVQSWLGRVSDTLI:S::L:TSL::RV:::F:GTY:::T::P::VG:F consensus R-RFDD-DGVLREYLEAVDRDLESILFGNILNALATGLIAVIVYNGLNVIAPAGVEIPYP #oth 667343564355415532.42175122..2222543232166315432654.54381152 hla2195 TELVGGR:STAYA:AI:::A::::VF:::L:FVV:SSIL:TVT:AAT:LV::P:LQV:MV Hmu0851 :EEVGE:ESA:WL:ATL::::FQVVY:::VRTVVVVA:L:LG::::::::::P:LK::I: hla1163 :RS:EH:QPAAVTFV:Q::A::TT:YT::LITIG:S::L::ST:YV:DI:::::TGVQF: rrnAC3369 L::::::GAII::::::::EE::AV::::L::V::IS:::IAAFT:Y::V:::A::V::: HQ3040A L::::::EAII::::::A::E:::V::::L::V:SIS:::IG:F:VY::FV:SPA:V::: NP4576A L::::E::AIV::::::::DE::AV::::L::VIVIS::::A:FM:Y:AAV::P::V::: hla2606 L:T:::::A:V::::::::AE::AV:Y::L::VI:ISI:::VA:T:Y:::::EL::V::: VNG1428 HS::A:S:::V:A:TA:I:A:FSN:F:::::F:FI::V::S:TF:V:QIVF:SSLS:::: Hmu1654 GHLTAE:RT:FE:FVA:::ESFDKVFY::::::MI:::VGG:::TL::Q::::S:A:::A HVO_2870 QSM:A:DH:I:EA:MRG::::FNN:F:::::::IL::T:G::A:SL:::L:::::R::A: HQ2406A :S::G:ER:::ET::D:::N:FT::F:::::::VI::T:G:LA:SI::IT:::::A::AA Hbo2635 :MN:A:DR::MEA:CT:::::FKN:F:::::::VL::T:G::A:TV::MVG:D::Y::AA Hbo1700 :ENLSGHG::MDA:MT::::::RT:Y:::::::F:IAV::AVS::AI:LF::PSLW::S: pNG5064 FDH::E:S::VES:AI:::DE:S:::::::::::V::I:GIV:FSAY:S:S::A:QV:FA rrnAC2034 LDT::G:S::::::AA:::EE:S:::::::::::V::V:GIF:FSLY:LV::GS:Q::FA consensus ALAGALTGVASLIPVVGMKIVYVPVAVYLAVPAVLSGPGS--LWFVAAFLAVALVVVDTI #oth 5141411.411.1.2112.1114.443543483585347614443444353334222.42 hla2195 LV::F:::L:::::::VG::::I:IVAL:GFQ::STDQ:QGS:V::GVV:VAYVLLL:IL Hmu0851 NVLAL:::A:T:V:I:VG:::::::T:::GLA:IE:D:AT::I::PV:VAV:::L:L:LF hla1163 F:L:L:::::T:::AI:::LI:Y:YTG::VWQV:SK:E:::::::PVV:FL:TV::::V: rrnAC3369 T:::::::I:::::::::::I:L:LTGIT:L:V::D:QS::L:AY:LG::LI:V:::::: HQ3040A ::::G:::I:::::::::::::F:LTILS:::IL:G:NP::N:TYI:GL:VI:I::I::: NP4576A ::::::::::::::::::::::L:L::AA:::V::D::TE:L:VYIVG:::L:VI::::: hla2606 :::::::::::::::I::::::L:L:AVT::::A:GDEI::A:VY::G::VL:AI::::: VNG1428 T:M:L:::A::::::::I:L:WI:LLGW:::A:AR::G:-::YG:::V:GV::A::I:F: Hmu1654 ::V:V:A:G:::::I::::L::::M:A::::L:GT::E:-::W:::V::A::SF::::V: HVO_2870 ::I:L:A::::::::::::L::::I:G:MGLE:AIAN:PG::::::LL:A::SF:I:::: HQ2406A ::L:LVA::::::::::::L:::::::::::TSYFTN:ET:::::T:S:V::S:II:::: Hbo2635 ::V:L:A::::::::::::L::I:::I:::GVSYF:N::A::F:::I::I::SF:I:::: Hbo1700 T:L:::::A::::::::::::::::T:L:::E:A:TA:DA::F:VAL:YG::S::::::: pNG5064 P:V:::::AG::::::::::::F::GAI:T:G::A::QAT:AIGY:LL::IL:F:::::: rrnAC2034 P:V:::::IG::::::::::::L::::L:::S::VT:QTA:A:AW::L::V:T::::::: consensus PDLVLRPYVSGRRLHVGLLMLAYILGPLLFGWYGIFLAPILLVLVVHFARTVLPELLTGE #oth .243211221166115122132.32.2332121.2.12.221143542345322423565 hla2195 :QSF:Q::L:::::NAI::LF::L:::I:::::::::M:::F:::LEAI:I::::::S:: Hmu0851 :IMIV::VFA:QST:R:AM:FS::F:G:::S:::V:FG:L::IAAI:LV:VG:S::AH:D hla1163 ::FFI:S:::KGE:NM:::L:T:V::VVA:::::V:F:::V::VFI::V:DI::V::GSD rrnAC3369 :::L:::LL::EST:::::::::T:::VVL:F::L:F::::::VGMT::N:A::R::GAS HQ3040A ::I::::LL::DET:::::::::T:::VVL:F::L:F::::::IGLT::N:A::R::NTA NP4576A ::::::::F::N:T::::::::::F::VV::F::L:F:::::::GLT::D:A::R::GVD hla2606 ::I:::::F::KTT::::::::::F::VV::FH:L:::::V:::ALT::D:A:IR::G:D VNG1428 ::::V:::::::D::L::V::::VF:::IW:::::::G:MV::F::::::L:::::VA:: Hmu1654 :::LV::::::GE::T:A::F:::::::IW:::::::G::V::::T::::I:::::V:D: HVO_2870 ::::::::::::S::::AV::::TF::::::::::::M:MI:::F:N:::L::::::A:K HQ2406A :::::::::::::::::AV:V::TF:::::::::V:::::I:::::N::LY:::T:ISR: Hbo2635 ::::::::::::T::::AV:I::TF:::::::::::F::MI:::::N::KY:::::V::T Hbo1700 ::FL::::::::N::T:TV:F:::I::A::::::L::G:L:::IA:::V:I:::::V::: pNG5064 ::FLI::::::N:T::::::F::::::IV::A:::::G:::::::AQ:F:::A:YVA::: rrnAC2034 ::FLI::::::DLT::::::F::::::IA::F:::::G:M::::AAQ:F:IIV:YII::T consensus PIRP-----------------------------------------------DAVPPDQAR #oth 787687753674245345344343354245223335433224321232332446886799 hla2195 ::::EASVAEDIGTDPEEVHAEQDDFQGDSDPDPEPEPESDSDS:DSDSDS:SQ:KSDRD Hmu0851 RVTAMVTTAHGLGSMPQP::::::::::::::::::::::::::::::::::GD:::E:A hla1163 ATTR:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::--------- rrnAC3369 EP--::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::GIH:::L: HQ3040A NNADTTPSPSG::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::--:N:TSNS NP4576A :DDG:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::RSIA:S::T hla2606 :EEVGPE::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::--::RG:RQ VNG1428 G:A:VPA:::::::::::::::::::::::::GADDTPAS:::::::::::::D:ESA:D Hmu1654 :::AREVDPAAL:::::::::::::TGDTD::GA::::::::::::::::::::GGERDG HVO_2870 ::::YMVDPAHLVDGPPVEELTADEADDTQREPAETERSSEGESDVPETFT:RDETRSG: HQ2406A Q:::YSVDPGVAVRQQQISVSDSVVVGDGH::GRRKDSSAEKSS:VKE:::::AVS:VDE Hbo2635 ::Q:YAVDPATV::EDDSELVDRSVQSDVA::GADEMPAADDDA:VSDVTSE:SAETSN: Hbo1700 :LK:DARGRNPL:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::S:IDDE:QK pNG5064 :---:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::----:::SK rrnAC2034 ----:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::--:ETT:TS consensus LDEFDS------ #oth 756764644412 hla2195 P:QGR::::::: Hmu0851 TG:A:APVGE:: hla1163 ------:::::: rrnAC3369 :ED:S-:::::: HQ3040A DESPS:PAAND: NP4576A ::R:RR:::::: hla2606 ::::--:::::: VNG1428 P:DTAA:::::: Hmu1654 DEGTP:GA:::: HVO_2870 DSRSP:DAGVDG HQ2406A S::S:GSS:::: Hbo2635 A:DGP:AS:::: Hbo1700 ISD:EATSTADD pNG5064 :Y:Y--:::::: rrnAC2034 :S:Y::GES:::