| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pairwise sequence scores | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Consensus score | 4919 | hla1009 | HVO_1223 | Hbo0335 | NP2172A | VNG0971 | Hut1637 | rrnAC2205 | Hmu0405 |
| 3083 | hla1009 | 5498 | 2506 | 2373 | 2550 | 2514 | 2624 | 2697 | 2656 |
| 3393 | HVO_1223 | 2506 | 5602 | 4061 | 2538 | 2714 | 2640 | 2715 | 2639 |
| 3248 | Hbo0335 | 2373 | 4061 | 6147 | 2562 | 2615 | 2577 | 2735 | 2576 |
| 3153 | NP2172A | 2550 | 2538 | 2562 | 5577 | 2468 | 2701 | 2697 | 2813 |
| 3222 | VNG0971 | 2514 | 2714 | 2615 | 2468 | 4968 | 2711 | 2876 | 2842 |
| 3645 | Hut1637 | 2624 | 2640 | 2577 | 2701 | 2711 | 4913 | 3380 | 3418 |
| 3838 | rrnAC2205 | 2697 | 2715 | 2735 | 2697 | 2876 | 3380 | 4872 | 3739 |
| 3847 | Hmu0405 | 2656 | 2639 | 2576 | 2813 | 2842 | 3418 | 3739 | 4792 |
886 symbols consensus MDDQYLDAFIRESEEAITELNNSLLELESDPDDTEAMDSIFRTAHTLKGNFGAMGFDNAS #oth 1213234..13.31131.3...1..3..21.4141.1121..2.......11...12211 hla1009 -M:SHRA::VA:A:DG::D:::A::A::A::E:A::::DV::V:::::::AA:::YEGV: HVO_1223 ::EELYQ:::T::::S::Q::::::S:::N::::::I:D:::Q::::::::::::::::A Hbo0335 ::EELYQ:::T::::S::Q:::::::::AN::::::I:D:::Q::::::::::::::::A NP2172A :NEDHMH::VS:CR:S::D:::A::A::D::T:N::IE:V::::::::::::::::S::: VNG0971 -M:D::E::V::G::HV:S:::A::::::::GNE::::E:::::::::::::::::ED:: Hut1637 ::E::::::::::::::::::::::::::::S:QA::::::::::::::::::::::D:: rrnAC2205 :::::::::::::::::::::::::::::::SN::::::::::::::::::::::::::A Hmu0405 :N:::::::::::::::::::::::D:::::E:::::E:::::::::::::::::::D:: consensus DLAHAVEDLLDEIRQGRLEVTPDRMDLIFAGVDRIEAIVDEIEEHGESGTDPSDTVEELR #oth 321.13.....12.21332..213..23.2.2.71232141.223.1254224242232. hla1009 :FG::L:::::AV:::DR::::EL:::L:E:::TV::M:S::ADT:DVS:::::LEGR:: HVO_1223 TV::::::::::::HE::D::AE::::V:D:M:L:VD:LHD:::N:::TI::::::::I: Hbo0335 TV::::::::::::HE:::::::::::::D:M:E:LD:LHD:::::::KS::::L:::I: NP2172A E:::VL::::::::D:EID:::EI::AA:D::::::T::::::AD:D:Q:N:NE:I:R:: VNG0971 ::::::::::::M:::N::::S::::R::E:I:G:::CL:::QAT:DVDR:VTG:I:SV: Hut1637 :::::I:::::A::::DMD:::EI:::V:::::D:::::T:::AN::PSA:TA:R::DI: rrnAC2205 :::::M::::::M:::EM:::::L:::V:::::Q::V::G::::::::::ETDEM::::: Hmu0405 S::::I::::::M:D:NMP::::V:::::::::K:::::S:::::::::::VDEI:DD:: consensus AVLE----DGGDAAGAAEDD------DDDAADEADDDGSDAASSVDAD------AD---- #oth 225121112162322436442221233324434242435444645151444444541111 hla1009 EME:HGTVG:E:GD:D:DSGTDASDA::AD::GG:E::GVNEA:A:E:PESSEDDAEDIS HVO_1223 :AV:::::::::-::NSNPA:::::AS:E:DR:SV:L::L::DC:::::::::::-:::: Hbo0335 :AA:::::GE:::::NE:PA:::::TTE:TSSQG::ALAV::ET::P:::::::S::::: NP2172A :AI:::::E:MGE:A::PQ:::::GS:EAT:::::E::E:TE:ADES:DVTFAH:::::: VNG0971 :::DE::V::DGGS:TTTSS::::::-G::GSP:G:GDV::TRV::::T:::::--:::: Hut1637 ::M:::::::P::::::S::GRSSGS:G:VDAG:EG:T:ASGP:I:VEPILDRVDV:::: rrnAC2205 ::::::::E:AA:::DT:TT::::::-::GSSDS:ESLTTD:GVS:::::::::I::::: Hmu0405 T:::::::E:V:::EG:A::::::::-A:GP:::P::TT:TD::G:G:VAVETNVS:::: consensus ----PDAA---DDPVTHADIDIGAGDMLGVDAMLALEAIEDAFDVLGAAPSRDAIEDGEF #oth 11114333222434254141331434.3...222224434251242425.4323212.21 hla1009 VPEL::::AAL::::VY::VT::EAA:A::::A:V:Q:LDGQ:GEYVTV:GPE:L::::Y HVO_1223 ::::--LD:::ATTL:::HVELD::Q:K::::GIF:SS:PEDL::V::N:P::::::::: Hbo0335 ::::EL:D:::TELLY::A:ELD::E:K::::G:F:GGLP:DL::V:SS:DI:S:::::: NP2172A ::::EEPEFEDA:SIAY:RVELDPDG:::::S:::::PLA:G:ER:ET:::::E::E:DY VNG0971 ::::I::::::E:::Y:IH::M:DSQ:K:::G:FV::EATE:::L:::E::P:::N:::Y Hut1637 :::::EPE:::SGT::L::V:::G:::Q::::::::D:::::L::VATD::T:E::N:V: rrnAC2205 ::::G::V::::ER:LQ:E:SV:ES::::::S:::V:S::GR::I:DSS:::AD:::::: Hmu0405 ::::::T::::::SIIA:E::::DS::::::::::I::V::Y::::D:::Q:E:V::::: consensus DDTFDLFVADADAATVDATLADIGKVESAETTDVSD------------------------ #oth 322.42231452433255413353322333232143211111111111111111111221 hla1009 :ER::V::::::PGV:AEG:GALTQ:::IA:GL:E::::::::::::::::::::::::: HVO_1223 G:G::::::ER:::V:ESE:DGLW::SAV:::::::ALA::::::::::::::::::AGD Hbo0335 E:G:T::I:GTPESELGPL:::QW:::H::L::::AILADDFDPDTVAETADGTGTEPAD NP2172A :G:::A::::VSTDDIES::::::A::DF::AAIAG:::::::::::::::::::::::: VNG0971 G:G:E:V::-TPSDE:SD:V:AFP:LSD:TV:A:G::::::::::::::::::::::::: Hut1637 :E::AV:A:-::ES::R:AVD:V:P::::TVQ:::E:::::::::::::::::::::::: rrnAC2205 E:::V:YLDGP:::::::E:GTT:::D:FDV:::T::::::::::::::::::::::::: Hmu0405 S:::T:YLDAE:TG:::N::SG:::I:::::A::T::::::::::::::::::::::::: consensus ----AE-A--AD------------------------------------------------ #oth 222233423332223231322221233223123111111111222121222224244333 hla1009 ::::G:DGEDVE::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::HGEHGEDG HVO_1223 ATAT:SD:PA::SDADAER:::DASAPDETESSA::::::::::::::::::DADADTAG Hbo0335 EPEA::P:VAS:SASDPESTDEDAADTDESEDGAVEPSEAEAAVAAVESAYSDSESADGN NP2172A :::::DG:EG::AAEATEESVDEAAEAPADESAA::::::::ENGAAEADAADDEPTEDI VNG0971 ::::D:H:PD:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Hut1637 ::::--:-::--:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: rrnAC2205 ::::--:-::--:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Hmu0405 ::::--:-::--:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: consensus -----------AGDEGSAAASD----------------------------DADDADDADD #oth 233322321233543543333111111111111111122211112121324322324442 hla1009 EDGEDGD:::::V:D::E::VG::::::::::::::::::::::::::VGG:::::::NE HVO_1223 DTGADAATDEQ:::D::EGDA:GA::::::::::::ESTDGD::DADDAD:::::::::: Hbo0335 ETDADGV:DDSSA::TT:GT::GASAGADSSAAASEETANGDTAEASDTD:S::T::G:: NP2172A EQPDEAVADDTES::EP::ED:::::::::::::::::::::::::::::TEA:::QSS: VNG0971 :::::::::::S:T:AD:S:D::::::::::::::::::::::::::::::::::GTTA: Hut1637 :::::::::::-----AV::A:::::::::::::::::::::::::::::T::ETGAT:: rrnAC2205 :::::::::::ELVS:TGTD::::::::::::::::::::::::::::::A:::SGAGS: Hmu0405 ::::::::::::LS:K:GST::::::::::::::::::::::::::::::---------- consensus AGSDDG---------------SSSKEEERSVDEIKSVRVDVDQLDELHGLVEQLVTSRIK #oth 34535221111111111111155433534432212.1....111.1.11.......2..1 hla1009 SAK::SS:::::::::::::::N::SDSN:G:::::I::::::V:::Y:::::::::::: HVO_1223 :DEG:::::::::::::::::AEQ:K:A::ISAV::::::::::::::E::::::::::: Hbo0335 :SD:G:SDDSGSDGDKKESKK:DK::KD::ISAV:::::::G::::::E::::::::::: NP2172A DS:SGSS::::::::::::::G::SSTSSGGSD:S:::::::R:::::::::::::G::T VNG0971 S::SS:G::::::::::::::::--AIDNTDT::Q:::::::::::::::::::::T::: Hut1637 ::TSAS:::::::::::::::T::SAS:TA:::::::::::::::D:::::::::::::: rrnAC2205 S:::P-:::::::::::::::DPGA:::H::::::::::::::::D:::::::::::::: Hmu0405 ------:::::::::::::::----:T:HK:::::::::::::::D:::::::::::::: consensus LRRAIE--DDLDSAGDTLNELDKITSNLQNTVMDMRLIPLKKVVGKFPRLVRDLAREQDK #oth 1.224114545344323.111..2222..1.1.....1.23212221..2...21.211. hla1009 :::EL:::-AT:AQS:::D::::LA:S::D:A:::::::FSQ:SDS:::::::IS:DLG: HVO_1223 ::N::D::VGQTT:L:::D:::::S::::::::::::::::::FD::::::::::::::: Hbo0335 ::Q:M:GEA:MT:GL:::D:::::ST:::::::::::::::::FD::::M:::I:::::: NP2172A I::::::NE::ET:QTS::DF::V::R:::::::::::::RR::SNL::V:::V::S:G: VNG0971 :::GM:::ESDREVL:E:D:::::::S::D:::::::V:M::I::::::::::::::::: Hut1637 ::::A::QNNV::T:E:::::::::AS:::::::::::::G:::::::::::::S:DLG: rrnAC2205 :::GV::K:::::T:E:::::::::A:::::::::::::::::::::::::::::::L:: Hmu0405 ::::V::Q::::G::EN::::::::A::::::::::::::::::::::::::::S:DLG: consensus RIDFEIEGEDIELDRTILTEISDPLMHILRNAVDHGIEPPDEREAAGKSRTGTIELRARR #oth 213.321.3.1....1..1.12...2.2...1....1.6.22..52..311.312.3.2. hla1009 ::::::::D:V:::::::::MR:::V:V::::::::::T:E:::V:::EP::HVR:T:E: HVO_1223 :VS:KV::A:::::::::D::::::::V::::::::::D::V:::N::::::::R:S::: Hbo0335 :VR:KV::::::::::::D::::::::V::::::::::L::::::N:::::::V::A::: NP2172A E:S::MH:Q::::::S:::::E:::I::::::::::V:A::K::E:::P:E:KV::::S: VNG0971 D:::VV::D:V::::::::::::::::L::::::::::K:AV::DN::D:E:::T:S:E: Hut1637 E:::S:::::::::::::::::::::::::::::::::::A:::RK::::E:S::::::: rrnAC2205 D:E::::::::::::::::::::::::::::S::::::S:E:::Q:::::::H:T:::S: Hmu0405 EV:::::::::::::::::::::::::::::S::::::::EV::EK::P::::V::::S: consensus ERDHVIIQVEDDGAGIDVDAIREKAIEKGVRSREELDAMDDSEVYDLVFHPGFSTADEVT #oth 21.1.314.3...2.113143.211242.2313212341312321112....1..1111. hla1009 :::::::E:A:::G:L:P:QL::::VDE::K:::AVE::ENE::::::::::::::E::: HVO_1223 QH:T::VT:::::S:::A::V:::::D:::AT:::::Q:P::::::YI:::::::N::I: Hbo0335 :H:T:V:T:S:::S::NA::L:D:VVSE:LAT:D::NELP:E:::EY:::::L::N::I: NP2172A Q::::T:I:::::G:::P:IM:N::VNE:ILTES:AEELS::DA:::I:::::::::::: VNG0971 D::::L:::R:::::::H:TM:::::::::KT:::VQD:P:DD:E::::::::::N:::: Hut1637 :::::V:S:::::::L::E::::Q:RKQ:I::AD:::R::::AI:::T::::::::E::: rrnAC2205 :::::::E:::::::L:::G::::::::::::P:::::::::A::::::::::::::::: Hmu0405 :::::::::::::::L::E:::D:::::::::P:::E:::::SI:::::::::::::Q:: consensus DVSGRGVGMDVVHDTVEQLDGSVSVESEPGEGTTVSLRLPVTVAIVKVLFVQVGDEEYGI #oth 11..........33.134.....2.2.211..121431...11..11.1.15112321.1 hla1009 ::::::::::::RT:ARD:::::::::::::::::QF:::::::::::M::D::GT:::: HVO_1223 ::::::::::::KT:::S:::::::::D::::S:FNI::::S:::I:::::::E:R:F:V Hbo0335 ::::::::::::KT:::A:::::G:S:T::::SVFTI::::S:::I:::::R::ER:F:V NP2172A ::::::::::::NS:::::::::N::::L::::K:E:::::S::::N::::N::EQV::: VNG0971 ::::::::::::R:::TR:::::::D:T::::::FTMT:::::::::::::ES:G::::: Hut1637 GT:::::::::::E::S::::::N:::::D::::::::::::M:::::::I:::::Q::: rrnAC2205 :T::::::::::::::S::::::::D::::::::::::::::M::::::::K::G::::V Hmu0405 :T::::::::::::::T::::::N:::T::::::::::::::M::::::::E:::::::: consensus PIKNIDEITRADDVKTVNGAEVIKHNDEIYPLIRLDEALDIDGE---------------- #oth .1.311.22235433312.52113121221.213.3221333432112212222222222 hla1009 :::S:A:VA:::::EE:H:D:IVR:E:DL::V:::N:R:ANG:ATAAGPGDDDPTDGDAA HVO_1223 :::Y::::S:R:R:Q::::::::V:EET:F:::::R:::E::SP:::::::::::::::: Hbo0335 :::Y::::S:RQA:Q:::::::VV:E:D:F:::::RD:::V:ID:::::::::::::::: NP2172A :::::::L:::S:TE::::EP:VR:D::V::V:D::S::E::PDAAAVDGESAVAADGGE VNG0971 :::TV:::S:MKS::S:D:E:::TYDETV:::V::GD::NVPD::::::::::::::::: Hut1637 ::::V::::D:GEAREI::N:::::::::::I:H::::F:VP:::::::::::::::::: rrnAC2205 ::::V::::GTEEA:Q:::Q:::::::::::V:H::DTF::E:::::::::::::::::: Hmu0405 :L::V::::::::R:Q:::KD::::::::::I:Q:G:TF:AP:::::::::::::::::: consensus ------TAN-----GDGMLVRIRESERQVALHCDSVNSQEEVVVKPLEGILSGTPGLSGT #oth 2112123421111132..21.1.233.2..11..5144......1.12.3...22....1 hla1009 GGDAAAATTDGGVTDE::::::::ET::::::::A:LD:::::::::D:P:::::::::: HVO_1223 ::::::EPD:::::-:::V::::PDD::::::::G:TK::::::T::Q:P:::VG::::: Hbo0335 ::::::ERD:::::-S::I::::PAD::::::::H:TR::::::T::Q:P::::N::::: NP2172A LGDMARRSD:::::EE:::::::::V:P:::R:::FSD:::::::::::S:::I:::::: VNG0971 :::::::R:::::::::::::::D::::::V:::D:RG::::::::F::::::I:::::A Hut1637 ::::::RT:::::::::::I:V:::::K::::::E::::::::::::::L:::::::::: rrnAC2205 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Hmu0405 :::::::::::::::::::::V:::::::::::::::::::::::::::::::::::::: consensus AVLGDGNIVHILDVVTL----------------------------- #oth .11.1.11131...21.22122121111122122221221111111 hla1009 ::::::DV:AV::::S:::::::::::::::::::::::::::::: HVO_1223 ::I::::VIP::::S::QLPADGEQAMREFDPSQLPDTAE::EAAD Hbo0335 ::I::::VIP::::S::ELPEGGKQAMREWTPPSNEDSGEVEEAAD NP2172A :I:::::::P:::::S:EE::::::::::::::::::::::::::: VNG0971 ::::E:DV:T::::A::::::::::::::::::::::::::::::: Hut1637 ::I::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: rrnAC2205 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Hmu0405 ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::