| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pairwise sequence scores | |||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Consensus score | 3765 | Hbo2651 | NP2610A | NP3212A | NP1720A | HVO_3005 | hla0567 | NP2892A | rrnAC1752 | Hmu2109 | VNG0958 | HVO_0555 | Hbo0974 |
| 1850 | Hbo2651 | 3635 | 1241 | 1434 | 1242 | 1206 | 1314 | 1253 | 1283 | 1316 | 1437 | 1332 | 1242 |
| 1988 | NP2610A | 1241 | 4484 | 1896 | 1358 | 1137 | 1328 | 1293 | 1549 | 1514 | 1519 | 1365 | 1340 |
| 1930 | NP3212A | 1434 | 1896 | 5054 | 1241 | 1216 | 1317 | 1317 | 1505 | 1509 | 1595 | 1250 | 1271 |
| 1759 | NP1720A | 1242 | 1358 | 1241 | 3833 | 1231 | 1422 | 1316 | 1194 | 1182 | 1262 | 1309 | 1296 |
| 1958 | HVO_3005 | 1206 | 1137 | 1216 | 1231 | 3639 | 1590 | 1518 | 1363 | 1359 | 1552 | 1550 | 1373 |
| 2155 | hla0567 | 1314 | 1328 | 1317 | 1422 | 1590 | 4143 | 1767 | 1541 | 1541 | 1652 | 1693 | 1586 |
| 2125 | NP2892A | 1253 | 1293 | 1317 | 1316 | 1518 | 1767 | 3942 | 1433 | 1478 | 1552 | 1635 | 1512 |
| 2336 | rrnAC1752 | 1283 | 1549 | 1505 | 1194 | 1363 | 1541 | 1433 | 4660 | 3019 | 1935 | 1670 | 1561 |
| 2308 | Hmu2109 | 1316 | 1514 | 1509 | 1182 | 1359 | 1541 | 1478 | 3019 | 4595 | 1863 | 1704 | 1573 |
| 2369 | VNG0958 | 1437 | 1519 | 1595 | 1262 | 1552 | 1652 | 1552 | 1935 | 1863 | 4589 | 1849 | 1798 |
| 2288 | HVO_0555 | 1332 | 1365 | 1250 | 1309 | 1550 | 1693 | 1635 | 1670 | 1704 | 1849 | 3977 | 2369 |
| 2172 | Hbo0974 | 1242 | 1340 | 1271 | 1296 | 1373 | 1586 | 1512 | 1561 | 1573 | 1798 | 2369 | 3954 |
738 symbols consensus ------------------------------------------------------------ #oth 111122433354321111111111111111111111111114342334423435355435 Hbo2651 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP2610A ::::MFDALRRLI::::::::::::::::::::::::::::PDTSSRTADGAADSGTDVP NP3212A MVSGIFAQLAGVVDGSDTGGDRAENAGGNSESPGERLERVRTAVGYDDADAARLADETGA NP1720A :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: HVO_3005 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: hla0567 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::M NP2892A :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: rrnAC1752 ::::MFEQIRTYI::::::::::::::::::::::::::::YGQGSRSSDATARRADGGF Hmu2109 ::::MFDAIVDALG::::::::::::::::::::::::::::::::PSDTTETEARPDGG VNG0958 ::::MLRIFRKLLG:::::::::::::::::::::::::::RGAGTPATDGGTAASAVSF HVO_0555 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Hbo0974 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: consensus ------------------T-LDD-LLERL----LGADRGDRS-DGEGRPDPAG------- #oth 654354563554765446563541746685455745886756176477776733455242 Hbo2651 ::::::::::::::::::-:---:MVSQ:TTLV:::VT::AD:ESSSSASML:::::::: NP2610A ATDGGTAVSQQQLTAAYGDKA::K::::TATQLSSTA::AA::A::I:ETARA::::QAA NP3212A IDGGERALSGDDIRSAYG:DVG::K:LAQQARD:N:VV:EAD::T:RMRRI:SSARQQAA NP1720A :::::::::::::::::M:G:R:::FFST::::::TTG:TET:TDD:TDT:TD::::::: HVO_3005 ::::::::::::::::::-:---:-----::MS::ILSRV::WF::ET:L:D:::::::: hla0567 NSGGNRLCGRLGEPHVEM:G:RG:::R:A::::F:R::NS:::VPD:GVVVSDSADA::: NP2892A ::::::::::::::::::-:---:MIR::LRMVR:RTGQRLP:::GIQQ:E:S::::::: rrnAC1752 VASDGRTRFLTDAIDPDSPH::::CF:DPDKAAI:TQHVE:Q:FEL:PDELQALIGDYEA Hmu2109 TVGRRESQSEGDVVDVDASQ::A:VF:VSDAAAV:RRQV::Q:FALD:S:V:DLVAEYDQ VNG0958 EDADDAMAGLQERYSVDQRD::P:T:PAD::::-A::HF:GL:LD:TA:T:ESYLPVYTA HVO_0555 ::::::::::::::::::-:-M::::S::AALVP:VGART:T:::GAQA:ER:::::::: Hbo0974 ::::::::::::MPNSLL:R:V::A:PVG::::---------:-:GD::Q:D:::::::: consensus -------------------------------GIDAGADVDAAEEELHDGL-T-------G #oth 323243423443444333323421421131245555657454665376477566645532 Hbo2651 :::::::::::::::::::::::::::::::--EG:T:M::G--------:-:::::::- NP2610A AGVAPSTYAGGYEFAARAAVKEAFD::::::ALE:::S:TD:R:RAL::VSETMADLQQ: NP3212A EGIAPSSYVASHAPLFEDLIDDAFA::::::AVQD:G:PEE:KQD:KAAMRASLTGMAA: NP1720A :::::::::::::::::::::::::::::::D::VPI:EQNGD:TTLG:RQSADEDL::- HVO_3005 :::::::::::::::::::::::::::::::::V::SAT::PDL------:-:::::::- hla0567 ::::::::::::::::::::::::::::::::LSGD:PG::::T:TGTATSEGEEYTIAE NP2892A :::::::::::::::::::::::::::::::K:ETAG:S::R:QRAA:SDT:REMGTDT: rrnAC1752 AGISQHEFVATQSFVTESLVEGAFDQLRDEL:P::Q:AI::V:A::::::Q:TQSVSQA: Hmu2109 VGASRSAFLTTQELVTESLVEDAFERLRKEV:P::QNSI::V:R::RER:E:AQFVSRT: VNG0958 ADVSAGAFVDAYTTPADAVVDAVFQQLRE:::GVD::A::H::RQ:KT:MHAVVEDAAT: HVO_0555 :::::::::::::::::::::::::::::::------T:A::A:Q::A:A:-:::::::- Hbo0974 :::::::::::::::::::::::::::::::------G:TSGHT:TVS:VAR:::::::- consensus -----------------------NVDADDLLDGVGMPAFVLDAEGRVAAWNEAIERLTGV #oth 554435465544423333211118656762254326231322542634411775461316 Hbo2651 :::::::::::::::::::::::----SV:::ALP:::::IS:T:VATG::::A::AF:I NP2610A LEAFDAA::::::::::::::::T:TVNEVIKA:P:S:ILI::NHE:I:YT---G::M:L NP3212A ADEFDGSDTVEPLDESDYIE:::ELT::::FESIPYGV:LI:D:NTMLGY:T::N::L:L NP1720A :::::::::::::::::::::::DIA:TA:::TLPQ:::IV:TNH:::G::REM:V:::I HVO_3005 ::::::::::::::::::::::::::D:V::::::L::::::EQ::I::::AGV:S:::T hla0567 AEGVDRAETLA::::::::::::AAGFEQVFNAT:V:T:I::S::N::E:::S:AS:::N NP2892A TGLSTGRFV::::::::::::::DENVRL::N:LSQ:T:::::::E:V:::::LAE:::A rrnAC1752 VSAFTDSTADSNSSG::::::::GF:YH:I:QHI:T:L::::PD:DILS::SS::N:::: Hmu2109 IEAFEADGDGDAASEATD:::::RF:YH:V:HH::T:L::::PD:EILT::RSL:D:::: VNG0958 VAAYETAAGPADDSSDGGTEEEL:::D:A:::SI:::V:M:::T:S:V::::T::E:::C HVO_0555 :::::::::::::::::::::::------::::::T:V:::::D:::I:::DP:TT:::: Hbo0974 :::::::::::::::::::::::SL:SSQI:E:::A:T:I:ND::T:V:::KQ:::::A: consensus SAA--EALG---REHASEAFYPDGRRAKTLADKVLDAPRTAHE-EYDVERVDDA------ #oth 44412434132253442342141531552..22.334.4423614523346456222211 Hbo2651 PKE::KII:ASEEDAT:MVS:D:D:AE::::H::V:::D::::NDPS::::RGP:::::: NP2610A DDDHS:FV:EDC::TIAV:T:S:RQ:::::::::AA::H::::::W::::T:G:NTLV:: NP3212A D:DHR:F::RDC::TLAA:T:T:NS:HHA:::::V::::N:D:::W::::RE:TFSFIGN NP1720A ERE::AV:::::TDDT::L:RD:--:TE::::A:IND:DN:D::TFGA::SGRD:::::: HVO_3005 :::::D:::::::RDLG:T::GNA-A:RV::GQ:::N::D:AS:LD:::LD:PD:::::: hla0567 ERE::D:V::::HA:V::L::::::::D::::::::::E::D::V:G:::C:S::::::: NP2892A TRD::::V::::HD::::M::::::::::::::::EH:E:V::::::::LEAPE:::::: rrnAC1752 :E:::::KE:::M:M::M::::::::GQ::::::::::E:T:T:::::PK:E:E:::::: Hmu2109 :ET::D:KE:::M:M::M::::::::G:::::::::::ERT:L:::::PK:E:::::::: VNG0958 :K:::D:M::::MD:::::::::D::V:::::::IES::S:AA::F:I::SEEK:::::: HVO_0555 P:::::::::::S::V::L:::::::::::::::::D::S:NV:VNGLDV::E::::::: Hbo0974 P:S::V:V::::S::::::::::::::::::::::E::SN:DK:TFG:ATTG:G:::::: consensus D-TLYRDTSVMADQDGDERHIRFTAAPIFDGD-ELVAVVELVEDRTEEVRRREAVEALVD #oth 637524233435255.63512626.7.2132112151.4142513124343462557.16 Hbo2651 SGQFFV:ERSLENA::ERMY:S:R:L::Y:::::::::::::::K::AQ:QQ::THT::N NP2610A :FPV:::R::SKNK::V:K::E:L:V::::DGG::K::L::I::A::DIQ:EQDMVS:IE NP3212A :DIV:G::::SVNTE:E:T::D:L::::::D:G::R::I::::::S:A::EQKELNG::T NP1720A Q:RA:EVEQELENA::ETL:VHSV:T:::QSG:S:QG::Q:LQ:N::VI:::::MAD::A HVO_3005 R:L::AAEETF::AN::DC:A:H::M:LYE::::::G:LQT:RN::T::E:HRE:A:::S hla0567 Q::R:::::A:V:RH:::K::E:::::LYE:::D::G:T:V:I::::NINQ:N:T::::A NP2892A M:GRVA:::T:L::Y:::K::Y:A:T:QYRDG::::G:::T:I::::::E::L:I:R::G rrnAC1752 :F::::::::::::H:N::::S:S::::Y:D:G::I::::M:Q:::D:AN:H:::TS::: Hmu2109 GF:::::R::::::H:S::::S:S::::Y:::::::::::M:Q:::::AE:H::I:T::E VNG0958 A:Q::A:::::T::G:TD:::::K:S::::D:G::L::A:TI:::::D:::AD:::E::: HVO_0555 S:R::::::T:T:RH:A::::A:::Q:L:E::::::G:::A:H:::DA:EKQR:S::::E Hbo0974 G:--FE:S:T:VTG::V::::::V:K:::E::::V:::::TIY:::DV:A:EQ:SVQ:I: consensus EVSSTLEALGNGDLDARAEFEDEDGI--LDDELLDVVEAVNAMAERFERLADEVDDQAQE #oth 2265.442177.4.22.24545383732232233522542.5314533514651354277 Hbo2651 ::T::::QI:E:N::::::LGS:TEV:::E::::NI:AE::RTGD:::S:V:::ESH:TD NP2610A :::A::G:I:D:::T:::DW::TN:V::IEPG:C:L::D::R::GS::E:ING::EKTH: NP3212A ::TD::DSI:T:E:SS::D:DGD:EL::VE:::::::::::G:::N::Q:VIR:E::TEA NP1720A RSKG:A:S:ED:::S::V:YT:DHE:::::::V:ELAG::::I::TTQTMVSGLV:EIES HVO_3005 ::E:::TQ:SQ:N:::::TID:SGA-::V::Q:YL::D:::ET:RNLST::SN:E:ETET hla0567 ::RE:A::I:E:::::::ARRE:CE:::::E:::S:IGV::Q:::NLQD:SEG:HE::R: NP2892A TLG::::S:RS:E::::::L:::HAAA::::::::::D:L::F::E:QT:SGR:EQ::DR rrnAC1752 ::K::MA::K::R:::::S:DRT:VGQYV::Q:YE::GSL:D:::QV:Q:::Q::E:::Q Hmu2109 ::E::MG::QR:Q:::::S:TED::KEHV::Q:CE:::SL:E:::QV:::THK::::::A VNG0958 :L:T:ID::SS:Q:SK::S::H:-::::INEQ:VS::S:L:G::DQ::::VGQ::G:T:: HVO_0555 :::T:IGS:TA:::S:::S:T:DR:V:::E::T:A::SDL:E::T::D:::S:::ATTAD Hbo0974 :LLD:VG::A::::S::I:::::S:R:::PE:A:S::PEF:::::::::::::::QK:VH consensus LAAAIERAADAAADIEERVTEQNDLLDEAADEMQNFSATMEEVAATSDEVASAANRARDA #oth 358225345521762545154.433155454432531.4.1.1..2152.321.75.552 Hbo2651 VSNT:TT:N:::SQ:DS:::::RKA:EAVR:DLAS:::A::::::S:T::E:::D::::N NP2610A :E:S:DQLG::SDR:DRT:EA:::S:A:IGT::E:V:::::::::NAK::TE::T:::ET NP3212A ::ES:A::T:S:HS:DRQ:ED:TES:E:VSN:LES::::::::::S:N:::T::ES:L:N NP1720A :SV:AN:I::S:VEAN:EII::::S:RSIN:::::L:::::::::S::Q::T:::::EE: HVO_3005 AT::VT:::S::DA:V:N:D::R:::::G:TQ::Q:::::::::::A:::DT::TE::Q: hla0567 IDRTVQK:ST:::N:A:N:D:::E::E:SVS:::S:::G:::::::A:Q:D:::VA:SE: NP2892A :DD:VD:VVE:::E:SDA:G:::E:V:D:VS:::T:::Q:::::::AQD:DE::SD:KET rrnAC1752 ::VT::Q:NSS:E:V:T:::::T:S:T::::NI:EIG:G::::::::S::::::Q::KA: Hmu2109 ::ST::QTTN::EAV::::EK:ATS:TT:::TV:EIG:G::::::::S::::::Q::::: VNG0958 ::DT::::TAD:T::ADT:SS::EM:SS::N::E::::S:Q::::S::Q:::::EQ:Q:: HVO_0555 :GG::Q:::T::T:::SQ::::A:::STG:E:::EL::S:::I::::::::::::Q::V: Hbo0974 :GK:::::::::MR::SQ::D:SE:::KG:::::DL::S:::I:::::Q:::S:AQ:QT: consensus AEEGLDAGEDAREATDEVVDISDDLVDSVTELEERMDEIEEVVEVIADVADQTNILALNA #oth 345252333533532361525312.213165.453.4414311221111.12..2..... Hbo2651 IGSS::WTV:T:KV::::KER::::LE::KR::DD:E::GD::GL:SEI::R:::::::: NP2610A VA::VE:::K:::S::A::EST:::::T:EQ:G:::::VG:::DI:::I::::::::::: NP3212A ::R:V:S:Q::KAV::::NEL:EQ:::::A::D:Y:A::G:::DI::::::::::::::: NP1720A :V::A::::S::AEM:A:::TI::::ET:ER::S:::AVD::I:::::I::E:::::::: HVO_3005 TA::RE:NSE:::::ES::TMG:E:::R::::GG:::D::A:::::SE::E:::L::::: hla0567 :D:::::S:::::::ED::::G:E::E::GA:S::::D::::I:::S:::E:::L::::: NP2892A ::H::ET:Q:::::AK::T:::EE:::DI:A:QA:::D::S::::VS::::::::::::: rrnAC1752 ::D:S::::AVMDV::GLAET:E::::T::D:DDQ:::VS:I::I:::::E:::M::::: Hmu2109 ::::S:::QAVKAV::NLTET:E:::::::D::SQ:::VN:I:DI:::::E:::M::::: VNG0958 ::S::E:S:G:NQ::N::I::::::ME::SK::S::::::D::::::E::::::L::::: HVO_0555 ::N:HE::QSI:S:::Q:I::::E:L::::::QQ::VV:::::::::E:::R::L::::: Hbo0974 ::SARG:::SV:S:::N:I::::::L:::I::Q:::GS:::::::::E:::R::L::::: consensus NIEAARAGEAGDGFAVVADEVKSLANETREHTEEIADSIEEIQEQADETVDAVEESHERI #oth 1.....1223.2..3...2...5..31.442123.3521572161243136533413231 Hbo2651 :::::::::::E::::::E:::::::::QS:::Q:TER:DR::SR:::::TL:::T:KDV NP2610A :::::::ETD::::::::::::T::S:::D:AD::::R:::::R:::D:I:G::R:A:Q: NP3212A ::::::VDAD::::G:::::::::::::QQY:D::R:R::TV:G:T:T::EE::RTNDH: NP1720A S::::::D:G::::E:::E:::A::E::KDNA:::S:R:V:::::TS::::RT::TN::V HVO_3005 :::::::::D::::::::E::::::D:::Q:::D:TAQ::N::S:T::A:H:AT::ND:: hla0567 :::::::::G::::::::E:::K::D:::GY::::TE:LA:L:A:S:::ST:::R::::: NP2892A :::::::D:S:E:::::::::::::D::QS::DD:T::::KLR::T:R::S:AMT:S::V rrnAC1752 :::::::::S:S::::::::::T:::::S:YAS::ST::TT::D::T::AEM::T:::QV Hmu2109 :::::::::S:S::::::N:::::::::SD:ASD:SA::DA:::::A::A:M:DH::::V VNG0958 :::::::::::S::::::::::E::::::::::R::G::SDV:Q::N:::L:::::::Q: HVO_0555 :::::::::::E::S:::::::Q:::Q:H::::::::::T::::::::::L:S:Q:::Q: Hbo0974 :::::::::::E::S:::::::Q:::Q:H:::::::Q:::Q:::::::::M:S:Q:::Q: consensus QRADDEIDDALDALEEIADAVEEAADGIAEVARANDDQAAAIEEVTSTVEDVREHADEAE #oth 662452.5542311422352325126.14.11322.2..441.32234334234327333 Hbo2651 G::::A::KTVSS:Q:AS:::::::::VS:LS::S::::ESV:G:V:A::::SDD:A:I: NP2610A AATG:::RR:::S:AA:S:E::NTV:::S:::D::::::VR:::::A::AEA::R::DVA NP3212A REVRE:::ES:S::D:LSESI:D::E::Q:::E:::E:::TV::::A::DE:::Q:H:VK NP1720A RG:SE::EAM::S:DD:VS:AQ::::::T:::EV::::::SV::I:::T:ELNNR:::I: HVO_3005 EH::ER:SEM:A:F::::ASIDT::::V:::S::T:E::E:V::L:A:I::::DRTV:T: hla0567 ED:GT::ETV::S::::::::D:::A:V:::::TT:::::TV::L::SL:A:::RS:RT: NP2892A D:::QR:QEMF::F:D::::::A:::::::::Q:::::::S:::::A:L:T::::SER:: rrnAC1752 EH:ES::A::::::D::S::::::TR::Q:::D::::::S:::N:::M:::AQN::Q::: Hmu2109 :::ES:::E::T::D::TE:::::TS::Q:::D::::::T:::NI::I::EA::::Q::: VNG0958 H::G:::::::T::::::TS:D:::T::T:::::::E::STV:D:IV:I:::QQQ:E::A HVO_0555 :V:SG::E:V:AS:S:::::ADS::N::T:::::T:S::TN:::::::IQMAQ:::TA:: Hbo0974 :V:SG::E:V:AS:::::Q:TDA:::::G:::::T:S::TN:::::T:IQTAQS::FD:R consensus TATDDIVSATDEQEDAVDELSDRVDELTGG------------------------------ #oth 54455124325515623351543244.675765455445442322222321222112121 Hbo2651 ESV:::::V:QT:R:SAG::GTMI:G:SK-:::::::::::::::::::::::::::::: NP2610A ET::AV:D:VE:::A:::D:::::A::R--:::::::::::::::::::::::::::::: NP3212A QE:N:::EEAET::A::GT::E::ER:STDATENDGDGFDETTAEDSDD::::::::::: NP1720A :QIES:T:L:E::R:DI:DMVAHLN::AA:QAADAVDEA::::::::::::::::::::: HVO_3005 G:V:S::A::::STQ:LSS:ATE:E::::SRSA::::::::::::::::::::::::::: hla0567 D::ER::D:::D::V:::::IT::ER:DARQERKREREQPQ::::::::::::::::::: NP2892A ::AE:VE::ATS:AESI:A:IK::ER:RE:TADAADAA:::::::::::::::::::::: rrnAC1752 :::KE::K:::R:::::T::T:::G:::NTN::::::::::::::::::::::::::::: Hmu2109 :::GQ:::::HQ:QT:::::T:::::::SR:::::::::::::::::::::::::::::: VNG0958 A:S:R:::::Q::ST::SQ::E:::K::TDSQ:::::::::::::::::::::::::::: HVO_0555 AS:T::TD::AD:TV:L:A:A::::A:V::DATAVEELDAMDFDDAAGSADADADADSVR Hbo0974 D:STE:TD::AD:TM:L:::T:::AR:C::NVEATFEAGQIDI::::GTGDDAGDAGSSR consensus ------------------ #oth 222222211111122211 Hbo2651 :::::::::::::::::: NP2610A :::::::::::::::::: NP3212A :::::::::::::::::: NP1720A :::::::::::::::::: HVO_3005 :::::::::::::::::: hla0567 :::::::::::::::::: NP2892A :::::::::::::::::: rrnAC1752 :::::::::::::::::: Hmu2109 :::::::::::::::::: VNG0958 :::::::::::::::::: HVO_0555 AATDGGSDDEFGGFQFDR Hbo0974 TEITRTD::::GGLDVDR