|
Pairwise sequence scores | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Consensus score | 6052 | NP0960A | hla2502 | HVO_1351 | Hbo0197 | VNG1383 | Hut0122 | rrnAC0680 | Hmu0888 | Hbo3298 | HQ1981A |
3753 | NP0960A | 6116 | 3804 | 3937 | 3950 | 2478 | 2432 | 2435 | 2389 | 1912 | 1565 |
3747 | hla2502 | 3804 | 6045 | 4124 | 4328 | 2406 | 2384 | 2381 | 2338 | 1783 | 1499 |
4075 | HVO_1351 | 3937 | 4124 | 6045 | 4767 | 2565 | 2578 | 2601 | 2485 | 1864 | 1508 |
4056 | Hbo0197 | 3950 | 4328 | 4767 | 6115 | 2545 | 2545 | 2461 | 2504 | 1793 | 1522 |
3916 | VNG1383 | 2478 | 2406 | 2565 | 2545 | 6228 | 3835 | 3883 | 3859 | 1835 | 1772 |
3958 | Hut0122 | 2432 | 2384 | 2578 | 2545 | 3835 | 6256 | 4291 | 4125 | 1764 | 1576 |
4055 | rrnAC0680 | 2435 | 2381 | 2601 | 2461 | 3883 | 4291 | 6346 | 4703 | 1795 | 1660 |
4024 | Hmu0888 | 2389 | 2338 | 2485 | 2504 | 3859 | 4125 | 4703 | 6290 | 1787 | 1660 |
2460 | Hbo3298 | 1912 | 1783 | 1864 | 1793 | 1835 | 1764 | 1795 | 1787 | 8412 | 3040 |
2091 | HQ1981A | 1565 | 1499 | 1508 | 1522 | 1772 | 1576 | 1660 | 1660 | 3040 | 6838 |
1136 symbols consensus ------------------------------------------------MGDAAVSD-AP- #oth 111111111111111111111111111111111111111111122222234545554563 NP0960A :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::MSLGEAASPPFVSS::D hla2502 ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::VT::P---:-:: HVO_1351 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::AV:TGPQSVT: Hbo0197 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::TT::GVKSVN: VNG1383 ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::D---:E:: Hut0122 ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::TREET:::T: rrnAC0680 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::P:STGTES: Hmu0888 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::S::DG:RG: Hbo3298 MPPSDDQNTGDSPHVPPWISDGETADPDIINVDSKHDSTESPDSLTRGV:PVT:::LDRT HQ1981A :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::CTDT:::IDAG consensus WREYFGHDEPYDDQADAIEAAIEAAEDDGFLAMEGACGTGKTMAALTAGIHLVRDPDS-- #oth .444.22453.43.31112311322644.1224..1......11.2.1123221243312 NP0960A ::PI::::D:::::R:G::T:::T:A::::::L::::::::::L:::::::::::::::: hla2502 :TDL:::A:::PE:::G:D:::D::::G::::L::::::::::L:::::LDR:::::::: HVO_1351 :Q:V:::P:A:PE:::G::T::QT:R::::AVV::::::::::L::::::D::::::::: Hbo0197 :QAV:::P:::PE:::G:::::D::::::::VV::::::::::L::::::DR:::::::: VNG1383 :::F::FEA:::Q:::::G:::::GDS::::::::P:::::::::::::A::::NT:-:: Hut0122 :Q:L::FGQ:::::::::::::A:GRRQ:::::::P:::::::::::::AT:::E-:-:: rrnAC0680 ::T:::F::::EN::::V:R::::GKAR:::::::P:::::::::::::AT::::T:-:: Hmu0888 :E:::AF::::AN:G::::R::::G:AR:Y:::::P:::::::::::::AQ:L-:AG-:: Hbo3298 :AP::RY:SV:Q::I::VDTFL:LLSEN:YYVF:::::::::L::V:G:::AI::QSTLT HQ1981A :TP::RY:TI:A::RA:::SFLDTLGEQ:YYLK:::::::::L::I::S::AI:N:KQLN consensus -----------DYERVFVVTPVKQQLRQFVADLRTINAGLPE---PVSGLTLVGKRDLCP #oth 22122222221412.3311.11.1.13..2412232.24113445.3422311.23.211 NP0960A :::::::::::SF:::::L:S::::::::E::I::::GN::DDWH:::A::::::A:V:: hla2502 ::::::::::::F:::::L:S::::::::ET::E:::GD::DGYD::::::::::A:V:: HVO_1351 ::::::::::::::::::L:S::::::::E:::::::EN::TDWT::::::::::S:V:: Hbo0197 ::::::::::::::::::L:S::::::::EK::::::EN:::DWN::::::::::S:V:: VNG1383 :::::::::::S::::L:::::::::E::::::::M::::DD::::LD:VA::::::::: Hut0122 :::::::::::E::::L::::::::R::::::::QL::::D:::::LA:IA::::::::: rrnAC0680 :::::::::::L:::MV:::::::::Q:::D:::AL:::ID:::::FD:IS::::::::: Hmu0888 :::::::::::H:::IV:::::::::Q:::T:::AM::::D:::::LN:IS::::::::: Hbo3298 KTLDNVSGDFP::S:L:::::L::::H:::REMKG:::S:::AKA:::TVVIR:RT:MM: HQ1981A DR:SPTNASAPE:D::IA:::::K::Q::I:E::G:::T::AETD:IQTVV:R:QA:MMA consensus YGREDVFP-DDAGVHDRCEDLRERTRGLVE--DDGDTDADALADAA--------D--WWD #oth 15324842212541312223..25.15124114325434763445314445355235144 NP0960A :NLAGAGGI::TN:YE:::G::::::::--::T:EA:T:GS::QQ:::::::::-::-RS hla2502 :A::NRGGI:REN:YE:::G::::::N::G:::G:A:TTSN:VSE:::::::::-::-QS HVO_1351 :S::GCGGI:::T:Y::::A::D::::::G:::G:R:S:E:::KD:::::::::-::-RE Hbo0197 :S::N:AGI::TT:Y::::G::::::N::G:::G:L:STGK:VKE:::::::::-::-RA VNG1383 :E:::K:::::::::E:::::::S:A::::GD:G:EF:GQDAR:LTELPAAETP:EP::: Hut0122 :::::::::P::S::::::E:::N:AD:::::S::SS:DRPV:::V:IRPR::N:DI::: rrnAC0680 ::::SQ:::::V:T:::::::::A:AR::::::::RS:GA:V:::::IAGE:AD:DQ::: Hmu0888 :::::I:::::SS::::::::::N:AR:::::AE::GTDH:P:S:::VEAELGD:EQ::: Hbo3298 :AYV:FP:F:RH::GEKMD::::M::K:IK::F:S:IPL:WPG:MS:PPDFSKV:YN:EE HQ1981A IRNAEL--:PKTDTQEATQ:::AT::EVIR::FNS:IPL:WPDNLS:PPAYSMAEYD:ST consensus PQTGLDDAAAAR----------------A--QQTLGPDYLETAGAPTPYRPEQPEAPD-- #oth 236245234454211121111222113355644563744.632.532..34632334264 NP0960A Q:V::G:S:GEA::::::::::::::::-::------S:::A::E::::P::M:A:G:AD hla2502 Q:V::L:SGNRG:::::::::::::::GSATGDSSAA:::SVD:D::::::DTE:FEG:: HVO_1351 Q::::L:TGSTA::::::::::::::::-::---A:::::::::D::::PTSM::YE::: Hbo0197 A::::L:TGSSG::::::::::::::::-::---G::T::::::E::::L::TT:YE::: VNG1383 :AA:RAL:RS:::::::::::::::::::DAS:::SQTP:R:::TDA::V:H::T::EDM Hut0122 ::::S:L:K:::::::::::::::::PGGVG::AVA-GT:T:::TES:::RT::T:::EI rrnAC0680 :RK:Q:L:::::::::::::::::::PD:VE:S:::D:T:Q::::AS:::QA::T::ESM Hmu0888 ::IAS:L:::::::::::::::::::PD:RD::R::EGT:G::::DS::::S::A::ESI Hbo3298 ASLTAE:HRERFRYDPVRAEAVTRIVKDMDPRGDESF:R:TVN:VE:::PDLV:HTN:VV HQ1981A :SE:AVQ:QENHQYDPNRAEAIRHIVAQLEPRD:ESNAQ:CID:IE:::PQHV:HTSEIV consensus --G-DP------------PEYCPFYADFLA-LREDGSPIE---FDVGDHGVVTTEDLLPA #oth 3435231222211222113321..1.43232132312132111.5633632236422243 NP0960A ::-:--::::::::::::V:F:::::G::DD:P:::D:::AVP::PT:R:LIE:D::VEL hla2502 ::-:--::::::::::::T:F:::::G::DD:P:::D:A:AVP:::TEL:H:GPTE:VRL HVO_1351 ::-:--::::::::::::V:::::::N:::D:P:::D:::AVP::FD:K:LIG::::VSL Hbo0197 ::-:--::::::::::::T:::::::T::DD:P:::D:::AVP:::TEL:L:D::E:VRL VNG1383 AD:::::::::::::::::LM:::E::WYG:-:DK:::VG::::ET:Q:N:::SA:V::: Hut0122 G::E:::::::::::::::L::::E::WF::-:NK::::G::::AA:EDS:::AAEY::G rrnAC0680 AE:S:::::::::::::::L::::E::WY::-:NK:::VD::::SA::EH:::MD:Y::: Hmu0888 AD:D:::::::::::::::L::::E::WY::-:NT::::D::::G::E:N:::A:EY::: Hbo3298 DTDVLQRRGTGQLSVGLQGKFD::::GAFM:--:::L:FD::::HHA::H:FDQ:T:FQT HQ1981A DSTRLD:SNYNQLPSDLQGRFD::::AT::G:Q:--:IV:::::ADAPSH:IDKQT:FE: consensus AAERGTCPHRVMGALLPHAEVVVGNYNHLFDPQTRG-LTG---ALLDESTFVIVDEAHRL #oth 3244.3...23144225512122...1.11..51253124212523134.2122..1.21 NP0960A S:S::S:::S:::::::NV:IL::::Y:A:::T:VEAF:::::G:I::E::::C::::M: hla2502 ::GH:::::SI::::V:EV:::I:::Y:A:::V:T:TF:::::::::N::::VC::::M: HVO_1351 ::GA:S:::S::::::::V:::::::Y:A:::T:V:TF:::::::V:D:::::C::::M: Hbo0197 S:GY:::::S::::V:::V:::::::Y:A:::T:V:SF:::::::A:D::::VC::::M: VNG1383 GVDH:::::::QQV::D::::::::::::::::::::::D:::H:I:D::::V::::::: Hut0122 :V::::::::A:QT:VGA:A::I:::::::::AS:A::IE:::PI:::R::::::::::: rrnAC0680 :T::::::::::SVM:NE:D:I::::::::::GS:P::LS:::DV::NQ:L::::::::: Hmu0888 SV:Y::::::A:SV::EA:D::I::::::::::::P::LA:::SI:::D:::V::::::: Hbo3298 ::S::I:::EA:AM:AGR::::L:::Y::::::::L:::DDKIG:::SE:I:A:::G:QI HQ1981A TVAS:C:::EL:CI:AQQ:D:II::::::L::E::Y:::DRKLG::N:R:IA:I::::Q: consensus EERVRDLLSDRVGRQTLRDARNDLTRLIQ----------RAGQSTDD-------AELVRG #oth .2.1.12113313342153.3214543341121343543423355322221222244145 NP0960A :P:::::VG:S:SDRA:A::AGE:S:V:E::::TVAAVEE::::AEHGPEARAR::T::Q hla2502 :P:::::V::A:ADAS::::E:E:::VV::::::PLSFET::AES::::::::::::::: HVO_1351 :P:::::V:VG::DR:::::ESEF::V:::::::PVKFDD::K::V:::::::::D:::: Hbo0197 :P:::E:V::G::DA:::::E:E:::V:::::::PVEFDDS:KG:E:::::::::::::: VNG1383 :::::::::::L::H::TR::::CRT:LT::::::::::::N::REN:::::::RQQ:TD Hut0122 :G:::::::::L::::IVQ::::CHQ:RS::::::::::M:R::P:H:::::::KRE::A rrnAC0680 :::::::::::L:::SIVQ::::C:T:::::::::::::::Q::A:H:::::::KAQ::E Hmu0888 :::::::::::::::::TQ:::::NF:L:::::::::::::R:TD:H:::::::RQQ:EE Hbo3298 ::::::M::MSLDIY::DR:I::IEITRNYAVGDLAKTPTPNLN:S:ARLAESL:DSALD HQ1981A :::S::N::TS:DLY::MK::::VRIAR:YASGSIVDSPTPNLPRE:::::::::::AQK consensus ELED------ADVPLDELEEARDFLDDLRDWL-----DDRVTAYLD---REA-EGWRAD- #oth 4155111111632424224533513432443.1111114223452111155934312331 NP0960A 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:T::::D:E:L::::::::G:V:::::::::ER:H:EGT:V::::T:S::A:I:::V::: Hbo0197 LTR:::E::::::::::::A:T:::::::::S::::EGA:V:::T:::VAA:I:N:A::: VNG1383 :GS:PE::H::::::::SEQ:::A::Q::::QH:HT:DA::SLA:T:T::QAI::DD::: Hut0122 DAA:PEH:L:::::::D:::::::::R::::QA::::D:F:QLDTI:L:::DASEE:::: rrnAC0680 ::S:PEH:R:::::::DTV::Q::::::::::K::E:S:::SLSK::::::DAI:Q:::: Hmu0888 :DQ:PQ::H::::::::TV::::A:::::::::::::G:::SLPKI:::::EAI:T:::: Hbo3298 :I:N::-----A:S:::C:DES::FLTDAIAEDDF:T:SFFKVYPAMLGTKF:FEA:EEA HQ1981A D::AQS:EIK-S:V::NNLNWG:Q::RDLERD:SISMSVMQG::RIMSRL:K:FTAFTEH consensus GE-DRTPAAPAVGRTLARWAERDHATFFREIELERTPDETAPAE--SWRRAYTAGLALFN #oth 254313223431.45364.34521463211131234342563741231444111626321 NP0960A D:D:KRR::::::::::::RRC::TDY::A:D::::W:D:R:::::::::::::SYT:H: hla2502 E:E:KQR:::G:::::NA:YREG:DD:::A:D::::W:::::PD::::::::N:S:::Y: HVO_1351 E:D:KRR::::A::A:ST::YA::EKH:::::::::W::ME:P:::::::::N:R:SVH: Hbo0197 EDE:KRR:::::::M::N::RT::TS:::::::D::W::::REN::::::::N:H:::H: VNG1383 :-:::SAV:GP::V::Q::W::::::Y:::V:::HV:K:SGR:G:AA:AES::PA:VM:: Hut0122 :V:G:::VVG:A:VIMR::W:H::::T::::::DHS:RDDQRI:::G::AT:::::T::D rrnAC0680 :L:T:Q:VCA:::VLAGQ:W:::::::L::::::HS:NHGQTLD:ADYQAV::P::LCY: Hmu0888 :L:S:::VCA:::TIAGQ:W:::::G:L::::::HA:ADERHVD:ADYEV::::::LCY: Hbo3298 :IH::::QGVE::KFFK:::AEGTVEYH::VV:DDRRK::I:T:FPD:VK:W:PKFQ::: HQ1981A :ILS:::QGQE::AFFQQ::QAP::VYHP:VRVIPSQK:SF:DQFPA:VEHW:PE:R::: consensus CLPADALREVLGELGGGVLMSATLEPLDVFREVSGLDALEADG----D----D------- #oth .3.43213431422.1.1......2.41113224.1363357333352523424222222 NP0960A :::::EIG:R:AAF::::::::::::::::A::T::RH::READ:::-::::-::::::: hla2502 :::SEPIGDR:A:F::::::::::::M::::::T:::H::QR:::::-::::-::::::: HVO_1351 :V:GE:IA:R::DF::::::::::::I::::R:T:::::AD::::::-::::-::::::: Hbo0197 :::G::IA:Q:::F::::::::::::::::::::::N::::::::::-::::-::::::: VNG1383 :M::R::::T:S:V:::::::::::::::::::A:::R:A:GA:::G:S::::P:::::: Hut0122 ::::E::ARTFEDV::::::::::::::::TR:::::T::EWD:::D:RDEH:G:::::: rrnAC0680 :M::T:::N:FDD::::I::::::::::::TR:::::SMAET:STAP:EQSG:G:::::: Hmu0888 :M:ST:::N:FDD:::::::::::::::::QH::::SF:RDG::::P:R::::P:::::: Hbo3298 :I:R:E:QA:F:::::::::::::Q:EE:YT:AV:INDIPFPTEDEE:DDAEETDVVTKP HQ1981A :I:KRE::R:FS:::S:I::::::R:KEP:::SI:I::VPQL:ELDTKVQSTEDEMTLRM consensus -------------RPVVERTYGLRFPEENRASFAVDAPKFTARNRGDP-T----GEE-NP #oth 2221222221211.11444312.5.133..2.431.321..45...41423211244222 NP0960A :::::::::::::::::::::::E:::A:::::::::::::YE::::::-:::::D::T: hla2502 :::::::::::::::::::::::S::P::::::::::::::HQ:::A::-:::::::::D HVO_1351 ::::::::::::::::A:::F::G:::S::::::::V::::HS:::P::-:::::::::E Hbo0197 :::::::::::::::::::::::G::::::::::::V::::YE:::A::-::::::D::E VNG1383 :::::::::::::::::::R:D:::::S:::::L:::TP:::H:::::EP:::::TD::: Hut0122 ::::::::::::::::LT:S:::S::PA::::WI:::TP:::::::::A:MEPL:T:W:: rrnAC0680 ::::::::::::::::RST::D:P::P:::::YL:::TP:::::::::G:MRPL:DNW:: Hmu0888 ::::::::::::::F:TAA::::T::AD::::YL::CRP:::::::::E:MRPL::AW:: Hbo3298 SAGTSHDNSDI::::TAFEQ:P::::Q:::V:LIA:L::::N::::KRT:D:::PRQMK: HQ1981A NGITDEMTEDVET::TTFDRFP:::SP:::L:VV::L::::KA:::ERE:N:::HQAMTD consensus TRDAYADALRAVA-RSPGNVLVAMPNYREAEWAAAYLDDAV-DKPVLVDESSSDDATERL #oth 2.521452434331262..11122.1.2..3.1344.534432.4221.2113361.241 NP0960A ::Q:H:R:I:Q:::AA::::::CL:S::::::::SV:SAL-:::E:::::ATD:V::::: hla2502 ::L:HL::TV::::SRE:::::GT:S:A::T:M:ES:SKRL::::::L::::G:R:::S: HVO_1351 ::L::T::AVE:CE::::::::G::::A::::M:GA:EAR:::::::L::::D:G::::: Hbo0197 ::R::V::CAEIS:::::::::G::S:A::::M:GE::TRL:S:T::L::::D:G::::: VNG1383 :::E:RYV::T::::Q::::::C:::::::A::::::S:G:VE:D::::::::NA::DD: Hut0122 :::E::HV:::I:::N:::::I::::::::T::G::::::::E::::::::::SE:::D: rrnAC0680 :::E::Q::::L::::::::M:::::::::R::G:::Q::::E::::::::::NEE:::: Hmu0888 :::E::H:::SL::::::::::::::::::A::G:::::::::::::::::::N:::N:: Hbo3298 V:KQ:::LIEQAI:AGR::I:::::::::::::YN::KKQGSS:RFHL:Q:::ALE:DET HQ1981A I:EQ::EVIAQ::::TE::I:I:::S:S::A::HE::RTLSIE:RCF::K::TA:E:DM: consensus KRDFFAGEGKVLVTSLRGTLTEGVDYDGDKLSAAVVVGVPLINTGSPRTRAVKRAYDRAF #oth 155.142331122..3...1.....12.21.321321.1.13133122311.43..3231 NP0960A :QS::E::P:::::::::::::::::R::R::::I:C:::I:::A::Q::::RT:::::: hla2502 :D:::::D::::::::::::::::::R::R::::::C:::I:::AR::::::IT::::R: HVO_1351 :::::G::::::::::::::::::::S:::::::::C:::::::S::::::::T::::E: Hbo0197 :A:::G::E:::::::::::::::::R::R::::::C:::I:::S::::::::T::::E: VNG1383 :AT::::D:::::::T::::::::::::A::G:CL::::::V:V::::I:::R:::AD:: Hut0122 :::::::::::::::T::::::::::::A::R::A::::::V:I::::V:::Q:::GDV: rrnAC0680 ::E::S:D:::M:::T::::::::::::E:::TCA:::I::V:I::::V:G:Q:::GD:: Hmu0888 :QR:YD:P:::::::A::::::::::::E:::TCA:::I::V:I::::V:G:::::GD:: Hbo3298 LES:::DGDA:IF::S:::I::::::::E::HGC:A::I::LP:N:K:ID::IE:::ERI HQ1981A LSK::ESGDAI:C::::::I:::::F::E::HTCLS:::::APPS:-EMD::EI::Q::I consensus GE----------------DDGFEYALTVPAVRRARQAIGRVIRGADEVGVRALVDARYAR #oth 241111111111111111451112.131.11.11..22......42.4.2.31313..44 NP0960A :-::::::::::::::::-:::K:::S:::::K::::V::::::P::C:::V:C:E:::: hla2502 E-::::::::::::::::-S:::T::::::::K::::V::::::T::H:::V:L:::::: HVO_1351 :-::::::::::::::::-::::T::::::::K:::::::::::T::::::VF::::::: Hbo0197 :NVPASDSSGSPRGASASR::::A::::::::K:::T:::::::SE:::I:::::::::: VNG1383 :D:::::::::::::::::HA:::::::::::::::::::::::PE:::::VFAGG::VE Hut0122 :::::::::::::::::::HA::::::I:::::::::::::::::E::::::::G:::TP rrnAC0680 :::::::::::::::::::NA:::::::::::::::::::::::V:::::::::GR::TP Hmu0888 :D:::::::::::::::::VA::::::::::::::::::::::::E::::::F:GR::CP Hbo3298 :V::::::::::::::::KS:::T::MI::::KV:::F::::::S::A:F:L:::E::GS HQ1981A T:::::::::::::::::TG:Q:A:RLI:ST::V::SV::::::VN:T:::I:A:E::GT consensus DAWHSVREYLPEQEREEFTPVSPDFLGFQLDRFWSDAD---------------------- #oth 332321442.235112.143342321553234.254463311111111111111111111 NP0960A ES:D:::DL:G:A:::::Q::GS:M:D:A:EQ::D::A:::::::::::::::::::::: hla2502 ES:N:::::::DH::::YQ:::::M::LA::::ERQVGNE:::::::::::::::::::: HVO_1351 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