|
Pairwise sequence scores | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Consensus score | 3310 | hla0570 | VNG2308 | HQ1961A | hla0143 | HQ3705A | HVO_0250 | Hbo1248 | Hut2250 | NP1414A | rrnAC2600 | Hmu2978 |
1429 | hla0570 | 4658 | 1176 | 977 | 1144 | 1165 | 1164 | 1182 | 1098 | 1183 | 1167 | 1191 |
2401 | VNG2308 | 1176 | 3310 | 1800 | 2119 | 2083 | 2163 | 2120 | 2041 | 2114 | 2262 | 2136 |
2112 | HQ1961A | 977 | 1800 | 3275 | 1830 | 1808 | 1877 | 1868 | 2192 | 1876 | 1933 | 1956 |
2542 | hla0143 | 1144 | 2119 | 1830 | 3362 | 2273 | 2358 | 2315 | 2014 | 2234 | 2179 | 2157 |
2561 | HQ3705A | 1165 | 2083 | 1808 | 2273 | 3675 | 2481 | 2591 | 2025 | 2244 | 2226 | 2186 |
2652 | HVO_0250 | 1164 | 2163 | 1877 | 2358 | 2481 | 3441 | 2587 | 2026 | 2295 | 2208 | 2161 |
2649 | Hbo1248 | 1182 | 2120 | 1868 | 2315 | 2591 | 2587 | 3291 | 2006 | 2278 | 2273 | 2240 |
2356 | Hut2250 | 1098 | 2041 | 2192 | 2014 | 2025 | 2026 | 2006 | 3368 | 2110 | 2278 | 2248 |
2640 | NP1414A | 1183 | 2114 | 1876 | 2234 | 2244 | 2295 | 2278 | 2110 | 3309 | 2385 | 2386 |
2630 | rrnAC2600 | 1167 | 2262 | 1933 | 2179 | 2226 | 2208 | 2273 | 2278 | 2385 | 3450 | 2571 |
2548 | Hmu2978 | 1191 | 2136 | 1956 | 2157 | 2186 | 2161 | 2240 | 2248 | 2386 | 2571 | 3313 |
671 symbols consensus ----------------------------MGLSPP-----LTLAAVD-------------- #oth 111111111111222222233232233344755465564553745611111111111111 hla0570 VCLRDRARDGERHRDRVLGGGPDVPFGRV:HDD:VVGGG:DVDV::ADAGAPDDDELGGG VNG2308 ::::::::::::::::::::::::::::::I::::::::--:T::S:::::::::::::: HQ1961A ::::::::::::::::::::::::::MIIFVLTAIFETGI::D::P:::::::::::::: hla0143 ::::::::::::::::::::::::::::::::SS:::::--VPVA::::::::::::::: HQ3705A :::::::::::::::::::MHQIRYRSR:::::S::::::S:FIGQ:::::::::::::: HVO_0250 :::::::::::::::::::::::::::::::P:TQLPPAS::::AQ:::::::::::::: Hbo1248 ::::::::::::::::::::::::::::::----:::NAI:FVNGV:::::::::::::: Hut2250 ::::::::::::::::::::::::::::VAEASAY::::--:YT:P:::::::::::::: NP1414A ::::::::::::::::::::::::::::::TLASNAALVVLQ::P::::::::::::::: rrnAC2600 ::::::::::::MTSLNPRPLQLRPLMALDPPA:FELSTA::Q:IE:::::::::::::: Hmu2978 ::::::::::::::::::::::::::::------::::::P:QVDI:::::::::::::: consensus ------------------------------------------------------------ #oth 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 hla0570 LEHRLVHVGPGANDQRVGVAHSVEQRVALDLVVRYDFVAGVSESVQPRICDGVGHEYLHG VNG2308 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: HQ1961A :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: hla0143 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: HQ3705A :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: HVO_0250 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Hbo1248 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Hut2250 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP1414A :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: rrnAC2600 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Hmu2978 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: consensus ------------------------------------------------------------ #oth 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 hla0570 RFHRRREVNPFLIAPFCRPRRSAIEDSEPLRFGWKPLVRGYRFPVRSTVGRSKRVAAQRY VNG2308 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: HQ1961A :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: hla0143 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: HQ3705A :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: HVO_0250 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Hbo1248 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Hut2250 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP1414A :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: rrnAC2600 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Hmu2978 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: consensus ---IAGIPL-SDTTVTALGVAAILLLIGLSAFFSSSEIAMFSLPKHRVDALVEEGVPGAE #oth 111475555264442344.444143.433.1......1.1..236112121223343114 hla0570 YLLYP:ARSTM:L:IALV::::::V:T:I::::::::L:V::V:S::::S:LAAD::::R VNG2308 :::AF:TDV::GNAFIGA:::TLAV:MV::::::::::::::I:R::I:::::::RS::D HQ1961A ::::V:FE::GQAEF:::::SM:::::MG:G::::::::::::SPYQI::MI:::KR::Q hla0143 :::LLQ::MPG:GV:L::::::::F:::::::::::::::::::Q::::S::D:::K::: HQ3705A :::::P::V:TQ::I:VA:AFV:F::::F::::::::::::::A::::::::DDN::::D HVO_0250 :::VSN::::D:::I:V::::::IV:V::::::::::::::::A:::::SM::::I:::: Hbo1248 :::LQAL:V:NKA:::IG::F::II::::::::::::::::::A:::::S:::::::::: Hut2250 ::::V::E:::K:G:::I:ILM::F::VG:G::::::::::::GT::I:PM::Q:LR::K NP1414A :::AGEL:F::::::AL::S:V::::LA::G:::::::::::::A:::::::ADNI:H:: rrnAC2600 :::Y::VTI:PE:V:L:G:T:V:VF::V::::::::::::::::A::TE::::D:::::K Hmu2978 :::YGPVQ::PENVFLGI:AGI::::::::::::::::::::::S:::E::::DA:::SK consensus TLKSLKSDPHRLLVTILVGNNIVNIAMSSIATGLLAYY-FS---QGEAVLVSTFGITALV #oth 325411511..1.1.1..1..31.1112.21.222464232111417113421112132. hla0570 A:SA:RA:S::F:::A::S::VA:::AA:V::AVFVRFG:::::G:::ATG::LVTSVF: VNG2308 AVAA:::::::::I:::::::L::::::::::::F:TS:M::::::K:::AA:::V:::: HQ1961A AI:::::::::::::::::::L:::T::::S:TIVGF::LD:::A:I::I::SL:::SI: hla0143 :IRGM:QN::::::::::::::::V::T::::A:FGI::L::::R::S::AT:::::T:: HQ3705A VVDE:::N:::::::::::::::::::::L::A:VSL:::D:::P:S::::::::::S:: HVO_0250 RV::::D::::::::::::::::::::::L::::::VLD:G:::A::S::I::::::T:: Hbo1248 :VQ:::N::::::I:::::::::::::::LS::::V:IG:G::::::::AIA:::::::: Hut2250 AI::::E::::::::::::::M:::T::::S:TIVGF:::D:::P:T:::::S::::S:: NP1414A :::E::D::::::::::::::::::::::::::::S:::V:::::SM:::IA:::::::: rrnAC2600 :::Q::A::::::::::::::L::::::::::::::L::L::::::Q::A:A::::::I: Hmu2978 :::G::E::::::::::::::L:::::::::::::T:::LGSGQ::L::AL:::::::I: consensus LLFGESAPKSYAVENTESWALRIARPLKASEKLLLPLIVLFDYLTRVVNRITGGRSAIES #oth 12...2.......2121211121122125323413.1243.3322361.2311.432..2 hla0570 IV:::I:::::::A:A:KH:::VS::VV:IQR:IR:VLYI:EA:SG::::F:::E:D::- VNG2308 :::::::::::::::S:::::S::K::QW::RF:Y::V::::::::A::QF::::A:::: HQ1961A :::::::::::::D::D:::RTV:PL::IVG:I:W:::T::Y::::LI:K::P:G::::: hla0143 :I::::::::::::::::::::::::::L::YA:Y::V:::::IVKGI:K:I::SA:::: HQ3705A ::::::::::::::H:::::::::::::Y::YV::::VIV::R::::I::::::::E::T HVO_0250 :::::::::::::::::::S::::::::YA:L:::::V::::H:::L:::V:::QT:::T Hbo1248 :::::::::::::::::::S::::::::I::YV::::V:I::R:::I::::::::::::T Hut2250 :I:::T:::::::D:::LH:R:V:PV:QFV::::W:::T::H:V:QF::KL:::GP:::: NP1414A :::::::::::::::::::::::S::::L::Y:::::::T::::::Q::::::::AE::: rrnAC2600 :::::::::::::::::::::::SK::::A::V:::::L::::::::::K:::::::::T Hmu2978 ::::::::::::::::::::::::K:::F:::V:::::::::::::I::KV::::::::T consensus SYVTRDEIQDIIETGEREGVLEEDEREMLDRIFRFNNTIAKEVMTPRLDMTAVPKDATVE #oth 1.11.21.232132..11.21111.121121212124121111.11.1.14.22334132 hla0570 ::L::E::ETLVLS::AA:A:DP::GA:IRGVLDLES:RVSA::VS:T::V:L:DT::PA VNG2308 :::::S::::M:K:::::::I::::::::Q:::::::::::::::::::VV::S:TD:I: HQ1961A :::S::D:RNM:KM:::::I:::E::QI:::TL::TDAT:::I:::::::S:ISGQL::: hla0143 T:::::::::::::::::::I::E:::::::::::::::::::::::::V:::A:ESS:: HQ3705A ::::::::::L:Q:::::::I::::::::::::Q::Q::V:::::::::::::A::::I: HVO_0250 T::::::::NL:::::::::I::E::::::::::::S:::::::::::::::::::::ID Hbo1248 ::::::::::L:Q:::::::I:::::::::::::::Q:::::::::::::::::::::LD Hut2250 ::LS:S::REM:Q::::::::D:E::Q::Q:TL:::R:::::::::::::D:ISA:SS:: NP1414A T::::E::R::::::::A:::::::::::Q:::::T::::::::::::::E:::::::I: rrnAC2600 :::::E:::::::::::::::D:::::::Q:TL:::D::V:::::::::::::A::N::: Hmu2978 :::::E:::::::::::::::D:E:::::Q:TL:::::::::::::::::E:IS:::S:: consensus EAIETCVQSGHERVPVYEGNLDNVIGVVNIRDLVRELDYGEA---DIELADLIEPTLHVP #oth 2.2321322112.3...2231.112.23422212238922252243872433252111.. hla0570 ::VS:AAAE:VT:M:::SQ:R:D:V:::DL::AIGANER::P:::---::SALHEPTF:: VNG2308 A::Q::T:A::::::::D:E::::::::SLE:::::SL:::T::E:A::D:::::::::: HQ1961A K:::E:I::::A:I::::ES:::IV:IFD::E:----:DTDSAFD:LTV:EVLNT::::: hla0143 ::::::I:AD:::::::::::::I::::TV:::::::R:S:G:::EPS:ERVVK:::::: HQ3705A :::::::H:D:::I:::D::::::::T:TV::::::KH:::G:::::P:T:IVQ:::::: HVO_0250 ::::::::AD:::::::D:::::I::I::::N::::KY:::R:::GVGI::IVS:::::: Hbo1248 ::::::I::D:::::::D::::::::I:::::::::QF:::G:::GGD:::IVQ:::::: Hut2250 :::AE::H:::T:L:::::G:::::::::::::::DAQ::GT::D:V::Q:::::::::: NP1414A :::Q:::::::A:::::::S::::L:::H:S::::DDT::::::S::::E:V::E::::: rrnAC2600 ::L:::I::::A:I:::::S:::::::IH::::::D:N::::LAR:MD:E:::::::::: Hmu2978 :::QQ::::::A:::::::S::::::IAHL:::::DR::SD::::ETA:::::::::::: consensus ESKNVDELLTEMRDNRLQMVIVIDEFGTTEGLVTLEDMTEEIVGEILEGDEEEPIEFVDD #oth .1112.1.2311144122112.1....111.12.2..32.....111423.242213253 hla0570 :TQP::::FAT::SSA:R:A::V::::AVV:I:::::VL::::::LVG:W:TDHVDV:AP VNG2308 ::::::D::Q::Q:E:V:L:V:::::::::::L:A::I:::::::::D:G:DL::DS::E HQ1961A :::::::::S:::ED:MR::::::::::::::I:M::V:::::::::MD:::H:::::N: hla0143 ::::A::::A::Q:::::::T::::::::::II:::::V:::::::::::::A:V::LE: HQ3705A :::::::::::IQ::::R::::::::::::::::::::V:::::D:::D::::AF::I:T HVO_0250 ::::::::MA::Q:T:M:::V:::::::::::I:::::V:::::D:::::::::F:S::E Hbo1248 :::::::::::IQ:::::::::::::::::::I:::::V:::::D:::D::::AF::INE Hut2250 ::::::D::::::SE::H::::::::::::::::M::L:::::::::::E::H:::::N: NP1414A ::::I::::A:::E:::H::::::::::::::::M::I:::::::::QA:::::::::S: rrnAC2600 ::::::D::::::AE::H::::::::::::::::M::L:::::::::::E::::::Y::: Hmu2978 ::::::D::::::RE::H::::::::::::::::M::L:::::::::::E::::::::G: consensus NEVLVRGEVNIDEVNEALDIDLPEGEEFETIAGFIFNRAGRLVEEGEEIEYDDIEIRVEQ #oth 334322.1211311.1614221.11111..2..111122..1111.15242342514213 hla0570 DAAVA::WTTVAHL::T:GL:::IDGGT::V::LVTRQL::VPA::DRV:IG:VTLA:TG VNG2308 DT:R:::::::E::::::N::::::::::::::::::::::::::::AFRFE:::LT::H HQ1961A ::::L:::L::H::::I::::::::::::::::::::L::::::Q:::FD:ENVTL:T:: hla0143 :VAV:Q::::::::::M:G:::::::::::L:::V:::::::::::::::F:E:R::I:R HQ3705A ::T::::::::::::DE:EL::::::::::L:::::::V::::::::Q:TF:N:T:CI:: HVO_0250 :TY:::::::::::::M:::E:::::::::L::::::::::::::::::S:N::V::I:: Hbo1248 R:T:::::::::::::V:EL::::::::::L:::::::::::::::::::::SVM::I:: Hut2250 DT:T:K:::::E::::::S::::::::::::::::::::::::::::S:::EG:Q::::: NP1414A ::I::K::::::::::K::VAI:::::::::::::::::::::::::R:::EGL:::::R rrnAC2600 DT:T:K:::::E:::::::L:::::::::::::::::::::::::::T:T::GV:::::: Hmu2978 G::V:K:::::E:::::M:LE::::::::::::::::::::::::::R::F:SV::V::R consensus VENTRIMKARITR-------------------------DGTDDESESDG---DPEADGDD #oth 221..1221.26411111111111111112212132246566556444444265436444 hla0570 ATA::VTRV:VEH:::::::::::::::::::::::PGI::EG::G::ISG:S:D:T::: VNG2308 ::::::::::VQ::::::::::::::::::::::::::LDSAA:ADANAEVLTADST:NG HQ1961A L:::::Q:V:::V:::::::::::::::::::::::::-----------:::N:NTT:MT hla0143 :D:::::S::V:V::::::::::::::::LDGAEAADVVAE::AL::S::::E:::PPN: HQ3705A :D::::::::VITPDSSTTKEYSESQSESQPGLETAPP:DNIAD:D::S:::R::S:S:E HVO_0250 :D:::::::::RT:::::::::::::::::::::::::NAGIEAADGN:DGD:E:NG::E Hbo1248 :D::::::::::V::::::::::::::::::::::::::N::::::AEAEIDPSN:S--- Hut2250 ::::::::::::::::::::::::::::::::::::PEE:ATL:::AE:GDD:H:S:TN: NP1414A ::::::::::::K:::::::::::::::::::::::::---T:NR:G:::::EH::A::E rrnAC2600 ::::::::::VV::::::::::::::::::::::::::LQ::ETEPV:A:::EEAS:--- Hmu2978 ::::::::::LS::::::::::::::::::::::IEPE::ENG:T::::::::TSTQTPT consensus A---------- #oth 43222212111 hla0570 TE::::::::: VNG2308 ::::::::::: HQ1961A E:::::::::: hla0143 :E::::::::: HQ3705A DLTSTQDIEAE HVO_0250 EAEVEPDT::: Hbo1248 -:::::::::: Hut2250 ::::::::::: NP1414A -:::::::::: rrnAC2600 -:::::::::: Hmu2978 E::::::::::