| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pairwise sequence scores | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Consensus score | 5389 | hla0261 | VNG2144 | NP1020A | HVO_0311 | Hbo1170 | HQ3249A | rrnAC3154 | Hmu2597 | Hut2132 |
| 3308 | hla0261 | 5509 | 2516 | 2640 | 2818 | 2923 | 2709 | 2206 | 2559 | 2710 |
| 3382 | VNG2144 | 2516 | 5401 | 2813 | 2780 | 2795 | 2882 | 2404 | 2763 | 2852 |
| 3602 | NP1020A | 2640 | 2813 | 5529 | 2824 | 2972 | 2871 | 2523 | 2963 | 3051 |
| 3926 | HVO_0311 | 2818 | 2780 | 2824 | 5505 | 3774 | 3458 | 2489 | 2883 | 2817 |
| 4199 | Hbo1170 | 2923 | 2795 | 2972 | 3774 | 5600 | 4111 | 2781 | 3010 | 2880 |
| 3938 | HQ3249A | 2709 | 2882 | 2871 | 3458 | 4111 | 5842 | 2730 | 2979 | 2685 |
| 3233 | rrnAC3154 | 2206 | 2404 | 2523 | 2489 | 2781 | 2730 | 4754 | 2824 | 2729 |
| 3651 | Hmu2597 | 2559 | 2763 | 2963 | 2883 | 3010 | 2979 | 2824 | 5539 | 3557 |
| 3650 | Hut2132 | 2710 | 2852 | 3051 | 2817 | 2880 | 2685 | 2729 | 3557 | 5436 |
836 symbols consensus --MLRPEQMSRVSVTGSKRVMDDVIETVHDLNLLHVTEYDGSWD---GFEPGDPIEGAEE #oth 11211123.11..11.113123521.12122532.211..22321111.22.4153.123 hla0261 :::::::R::K:::::::::I:::::ATYEHHS::::D::ERYE:::::S::ESLD:::S VNG2144 ::::::::::K:::A::TH:LTP:::A:::AE:V:LSD:::GI::::::DN:::MT::D: NP1020A MSS:::KR::::::::::::::EA::AI:G:::V:::D:::::E:::::::::::::::: HVO_0311 ::::::::::K:::::::G::PE::::::::R:::::::::::QEEF:::T:S::::::S Hbo1170 ::::::::::K:::::::::::S:V:::::::::::::::D::E:::::S::S:V::::S HQ3249A :::::::::::::M::::Q:LET:V::T:::::F:I:D:::::::::::D::RSTQ:::T rrnAC3154 :::::::K:C:::::::::A:EQT::A::::DM:::::::::::::::::::NSLT:TN: Hmu2597 ::------:::::::::::::::::::::::G:::::::::::::::Y::::::A::::D Hut2132 ::------::::::A:A::::T:::::::::DV::I::::::FE:::::D::::TD::DD consensus ASDKLVTVRSLESILDVDEEDAGPTRIVTDEALEEELEEIRTEVNELDDRRDELRNELRD #oth 3222.....1.212.1132411122.3221111344.222.44112.1.2.222353214 hla0261 VNER:::::::::::::EDDE:DKS:ALD::E::A::ADV:DR::D:N::::DFKA:I:: VNG2144 :AE::::::::K:L:::S:G::::::::::D::DT:::S::V:ATD:::::S::TDD::A NP1020A :AQ::::::A:::T:G:T:::::::::ID:DE::TK:::T::R::D:::Q:S:::T:::E HVO_0311 :::::::::::K:::G:EDT:S:RQ:::P:D::G:P:::::A:::::::::S::E::::A Hbo1170 :::::::::::::::::::D::::::::::D:::::::::::Q::::::E:Q:::QN::: HQ3249A TA:Q:::::::KN:::I::::::::::::E:::TD:::S::AT::Q:::::Q::TQ:::E rrnAC3154 V::::::::::Q:::::S::::::::V:::::I::Q:D:V::A:::::::::DI:----- Hmu2597 G:E::::::::K:::::::A::::::L::::::D:::::::QT:::::::::::TD:::T Hut2132 :::::::::A:::T:G:EP:::::::L:::::::SD:::::Q::::::::::A:::DI:: consensus IEERIDAMEPFADLGIDLDLLSGYDSLQVAVGEGDRDAVEAALADAD-IDAYEIFSGDDT #oth 342413444214311221111511231412216226453342345217444335364534 hla0261 R::E::R:::::::::E::::G:::::E:V:::AKP:::::T:::::G:::F:V:A:S:I VNG2144 VI:::::A::::::::::::::::::::::::T::QS:ID::::AS:R:S:F:T:T:Q:: NP1020A :::Q:::AR:::E:::::::::::E::T:::::::A:EL::::SE::EV:G::LYTQ::Y HVO_0311 VD:E:::::::V:::L::::::::ET:::V::Q:KVEP::R:VV:::D:S:::::::ER: Hbo1170 ::::::TIA::K:::::::::::::T::::::Y:K:::::R:VV:::QLGD:::L:::R: HQ3249A ::D::ESV:::IE::::::::T:::T::::I:R:::Q:I:Q:IV:S:SLT::K::PSS:I rrnAC3154 -----------------------------------------------:------------ Hmu2597 ::DE:QTID::VT::::::::Q::EN:S:V:::::IET:RD:::HS::V:L:QF:QE::V Hut2132 VA:D:ER::F:V:::::::::A:::::S::::N::P:S:::::ES::AF::T:V:GEGT: consensus IAVFARP---ADDAALADALVGADFTELEVP----DADG--------------------S #oth 524232233332284151411235236333122223542211111111111111111112 hla0261 V:I::::ADG::EGV:Q:S:::V:IAL:::::::::::A::::::::::::::::::::: VNG2144 :G:::Y:AA:D:::::D:::::VP::R:D::::::::::::::::::::::::::::::: NP1020A V:L:VY::::--:VH:D:V::::A:::Y:I:DLGNGDEAT:::::::::::::::::::: HVO_0311 H:::G::VDG::EM::::::::VE:AT::::::::::S:::::::::::::::::::::: Hbo1170 M::::::TSD:::S::::T:::::::S::::::::::::::::::::::::::::::::: HQ3249A L:I:::SADA:S:T::T::::::E:VSVDL:RSIDEVN:DANTASASENPAGFADNEQL: rrnAC3154 -------:::---------------------::::----::::::::::::::::::::- Hmu2597 :::A::-:::T:EDT:Q::::S:T::::T:::::::SEA::::::::::::::::::::D Hut2132 L:A::Y:::::::E::E:::::T::AAV::::::::G::::::::::::::::::::::D consensus PEEYVRELEHRRQQLESELETVEDELEALRLEVAGFLLAAEEKLAIDVQKSEAPLSFATT #oth 14524531543345343524522311434251411...1...2.21111.41...2..1. hla0261 :S:::A:::RE:ED:RNN:DE::S::A:VKE:A:::::R:::Q:T:EAE:KQ:::::::: VNG2144 ::Q::S::RE::DTIQA:I:D:D:::A:F:D:H:::::::::R::::::::::::Q::S: NP1020A ::A:IED:G::K:KI::::::I:NK:GD:KH:::::::::::::S:E:::R::::T:::: HVO_0311 :::HI:D::QQKRET::K:::::S::HDTAV:EGE:::::::R:::::::T::::::::: Hbo1170 :Q::::::::EQ::IR:D:DS::S:::S:K:DA:::::::::::S:::::T::::::::: HQ3249A :T:::LT:DE::::::A:::N::E::::E:N:T::::::::::::::A:::::::::::: rrnAC3154 -----------------------:::NE:::DH:::::::::::::EA::G::::T:::: Hmu2597 ::SHRE::Q::K:::::K:T:::::::D:::D:::::::::::::::::::::::T:::: Hut2132 ::T:LS::R::::::N:R:S:::N:F:E:K:D:G::::::::::TVE:::R::::T:::: consensus ENAFVAEGWIPTERYAEFEAALKDAVGDHVEVEELERADYSDDGHDHEREDVE----GGS #oth 31..1....2.323264146316332.12341111.2141564.2335426341232135 hla0261 ::::I::::V:::TFPDLQ::IAN:::::A::::::::SFTP::DH:TEAVAD::::::: VNG2144 SH:::::::L::SE:DA:TD:IES::::::L:::::::::KPT:::---QH:P::::-AD NP1020A :::::::::V::::V::L::V:D::A::::::::::QMA:EE-::A::::HI:::::--- HVO_0311 :::::::::::::::NT:AGT:::E::E::A:::::::EF:R:::::A::::T::::-ET Hbo1170 ::::I::::::AS:FT::KS:::ENI:ERIQ:::::::TF:K::T::V::QPA::::::: HQ3249A K:::I::::::SS::S:LKQ::TET:::::QID:I:::TF:AS:D::V::::P:AKS::D rrnAC3154 ::::I::::::N:::EA::R::SST:::A:DIDRI:I:E:NSE::AESH:E::::RE::N Hmu2597 :H:::::::::SD:::DLAE::T::::EAI::D:::::::::E::PEST:T::TDDS::: Hut2132 D::::::::::::DVDR::SE:RS:::::L:ID:::::::D:E::PT:::P::::::-:A consensus GGAPAG---------------EAAADGGT----VTMGD-DDPPVVQDNPGAVKPFEILVQ #oth 2.54454433233322122212221...5211143234125..11.2.224231..5.12 hla0261 A:DAER::::::::::::::::::T:::H::::A:H:S::::::::::G::AG:::V::: VNG2144 D::---:::::::::::::::D::T::::T:::ASFDET:S:::I:::::P:SS::S:TE NP1020A D::EE::::::::::::::::::V::::H::::-A:SG:GS:::::::SKSA::::M::S HVO_0311 ::T---:::::::::::::::A:VT:::::::::S:SN::::::::K:S::::::::::: Hbo1170 ::S::AADGG:::::::::::::R::::A:::::V:R:::E::T::N:::PI::::V::: HQ3249A A::::PTAADGGDVDT:::::D:R:::::A::::V:D:::E::T:::::::::::::::: rrnAC3154 ::E:V:SSVDAPEPESESQPQ:TV::::V::::I::::::A:::I::::SG:R:::D::E Hmu2597 :::ST:ETVEASASD:ETESQ:V:::::L::::::::::SR:::I:::::V:::::A::E Hut2132 ::QE:DESAE::::::::::::V:::::QTVGPL::SE:GH:::::::::GI::::S::E consensus VINRPKYSELDPTVILFLTFPAFFGFMIGDLGYGVLYTAIGYFLYSKFDD-PAFKSLGGV #oth 322..4.6.2...232..1..211......2...21.433.2414433231343221.11 hla0261 GFG::::::F:::LLV:::::LM:::::::V::::::A:::F::::RY:-:GT:RE::A: VNG2144 :::::Q:T:I::::V::::::::Y:::::::::::::ALL:FW:SRS::S:EMISK:::: NP1020A :::::::N:::::LV:::::::::::::::V:::I::MLM:WA:MT:::S::G:R::::: HVO_0311 AV:::N:H:::::I:::::::T::::::::F::::I:::::F::::::E::G:L::M::: Hbo1170 AVS::S:Y:F::::::::::::::::::::::::LI:::::::::AN:::R:::::M::I HQ3249A AV:::G:Y:F:::I::::::::::::::::::::LI::G:::Y::TS:T:R:::R:M::I rrnAC3154 :V:::::G:F::::AF::::::::::::::::::L::L:L::G::::V:S:DVL:::::: Hmu2597 I::::Q:D::::::VF::::::::::::::::::I::MGL::W:LKS::N:DVV:::::: Hut2132 :::::::::::::LA:::S::L:::::::::::::::FIA::GIW:RL:N::TL:::::: consensus AIWAGGFTALFGVLYG-EIFGLH----LLGEILWEG-----HPPIH-KGLSPAYIAWALA #oth 2221.2..22..111.113..2.11112324331424211343.351...2125432143 hla0261 :L::::::I:::IYF:IDV::Y:AYQL:P::VH:--:::::--:VDG::::::D:D:::S VNG2144 :M::::::::::::::::V:::::::::VT:Y::H:ALGLADA:LK::::--HVS:F:EL NP1020A :::::V::TI::::::::F::::::::E::YVVFGE::::GGS:MT:::::::N::F:W: HVO_0311 TLA::L::T:::I::::::::F::::::ITQYF:::MLGLS::::E:::::::TSE:::G Hbo1170 T:A::L::::::I:::::::::::::::IATHF:::VVGLS:A::Q:::::::TTD:::G HQ3249A T:A::V::II::I:::::::::::::::IATY::::LVGLS:A::E:::::::G:E::RG rrnAC3154 GM::::::::::::::::F::::::::Q::::V:G::::::S::M:::::Q:T:SGY::: Hmu2597 GLLS:L:::I::::::::L::::::::Q::D:::N:::::::::::::::Q:H:L:YGQ: Hut2132 GM:::::::V:::::::::::::::::Q::::V:N:::::::::::::::Q:H:V:F:Q: consensus WLVVSVLAGVAHLNIGWIFDFFENLN-HGLKDAVTESGSWLLMLNGLWIWVFSDAL---R #oth 1.42.133.34.14213122.332363.2232.45.221111324.313.2114341116 hla0261 F::A:::F:L::::V:H:LS:VS:YQQ:D::H:MY:G:::::I:::A:::I::QHV:::P VNG2144 ::AA:LVF:I:::A::YV:G:VNESRS::::::AL:::GQ::LMA:VGV:L::THMQSGG NP1020A ::I::LVL:LI::S::H::G::DD:S:::IV:::::NL:::MLML:A:V::::TH::::Q HVO_0311 ::T:::AV:IF:I:V:Y:L:::::YEL::A:E::L:::::I:::::::::I::::::::G Hbo1170 :::::::V::F::::A:::::::::EL:DA:H::F::A::I::::::::::L:::::::: HQ3249A :::::::V:::::::A:::G:::DR:L:D::H:F::N::::::M::F::::::::::::: rrnAC3154 ::TM:L:::TV::AA::::::V::::::S:W::I::::::::::F:::A::::G:-:::N Hmu2597 ::L:::I:::L::VV:R::::YN::D::::GE:IM:::::I:FTV:::L:::TRTA:::M Hut2132 :::A:LV:::L::IV:RVI::AN::H::::WE:FA:::::IMLTA:::L::::TQA:::S consensus GPKPDFLFTTFAAEGA-------------LPLGFTGFP------------PIVGWIGLAL #oth 234.31312223464533111111111124342141112321123133224523643244 hla0261 ::::::::EA:SILTF:::::::::::::GAVS:::::::::::::::::VA::YAAIVA VNG2144 ::R:EL:YSVV:----:::::::::::::-------L:::::::::::::::::KA:::A NP1020A DV::EL:::::N::::TVAGEAVAAQEVAYE:::A:::::::::::::::EQ::I::GVI HVO_0311 :VP:E::::::::D:L:::::::::::::I::::S::S::::::::::::FT::::::G: Hbo1170 :TT:::VYE::S:S:V::::::::::::::::::N:::AMELFTIPWVNA:FT--LP:LV HQ3249A PVA:A:IY:::S:::V::::::::::::::::::N:::AMELFTLPGVG:::T--:P::I rrnAC3154 :AA::::Y:AE:GVF:GN::::::::::PYAW::::L:AINLFTIPGLGA:FSA:--:I: Hmu2597 ::::S:M:EV:GSGEGAA:::::::::::::I::::::VLELFRVPLGGFDL:VGVA::M Hut2132 ::::::M:SA:GSGE:AA:::::::::::I:::::::S:::::::::::::T::TV::V: consensus AVVGLVLLALGEG-IELVEFL-NVLVNVLSYTRIAAVLLAKAGMAFVVNLLVFGAYVDDG #oth 433.33123511223233.2313322112..1.12...1..12..22....2..115253 hla0261 I:L:V::::I::P:P::A:V::API:::I::A::M::::::G:::LA::::A::::I:E: VNG2144 :::::::VT::::AAGFL:SPTYA:::TV::::::::::::::::Y::::::::::ETHL NP1020A :L:::A::IY:::G:G:L:S::::F:::::::::::::::::::::::::::::::Q:PD HVO_0311 YFL:AG::GTA:L:A:::::A:AP:S:::::::LG:::I:::S:::A:::::::V::::H Hbo1170 F:I:::::G:::P:V:V:::::::::::::::::::::::::::::T::::F::V::T:D HQ3249A FIL::::::V::P:V:AI:::::::::::::::L::::::::A:::T::::F::V::TG: rrnAC3154 FFA:::::::ADP:::V::::::::::::::::L:::::::::::::::::F::::SHH: Hmu2597 TI:::IMVIAA::G:G:I:SITQGFGH:V::::::::::::::::LA::::::::TLHG: Hut2132 ::::FA:AIYA::G:A:::SITQAFGH:V::::L:::::::::::L:::::::::TLHN: consensus GG---FHFILG-MPDFAE---------HGHEVDEIMFGGLIH---------MGAAGILGG #oth 143323123435446753122223455634555422.3.15234311112345232424. hla0261 :EGS:::::F-:SA:YL:::::::YVQNHPGDY:LV:A:ITTAFDPASIGAV:ILALV:: VNG2144 EHPETIDYMF:LFSTTI::HETHFMLFS:EAHG:VL:P::M:::::::::::::::::I: NP1020A :::::V:::YNE:GSMEA:::::ANQAVAQQGG::::::::TDTS::::GA:FVFAL:V: HVO_0311 :::::W::G::G:::A:ALEAAGTVSY:::::T::L:::IF::::::::::T::::VV:: Hbo1170 :::::W::G::H::HLE::::::::TV:::::VN::::::F::::::::::GS::A:::: HQ3249A :NEAEW::G:DK::QVG::::::::VY:::::TD:::::::::::::::::GD::T::I: rrnAC3154 E-::::::LI:HG:EW:V:::::::::AEYGAEA:::P::V::::::::::S:I::A:V: Hmu2597 E-:::::L:W-:---:MS:::::::::EEPVA:DVV:Q::LN:LD::::GS:AIV:L:F: Hut2132 E-:::::::F-:---:M::::::::::GAPNP:YVV:A::VNGSE::::PV:I:L:WIA: consensus LLVLVVGHLLVLALGVTSAGLQAVRLEYVEFFNKFYEGGGRAYNPFGYERNYTTED #oth 422223..31..2..11...1.11........11.1....45.3...13.31.221 hla0261 IV:A::::IV::::::::::I:::::::::::GN::::::D::L::::D:Q::SDE VNG2144 V:::L:::A::::::::::::::L::::::::::::::::EK::::::T::::::: NP1020A A:IF:I::I:::L::IS:::::G:::::::::::::::::KP:E:::::::::::: HVO_0311 :::::::::V:::::::::::::::::::::::::F::::::::::::D:EF:::: Hbo1170 :VI:::::I::::::::::::::::::::::::::::::::D:E::::N:QF:::: HQ3249A MI::IL::V::::::::::::::::::::::::::F:::::E::::::::KF:::: rrnAC3154 V:I::I::::::V::I::::::G:::::::::G::F::::KR:::::::::::::: Hmu2597 :VL::L::::::V::I::::::::::::::::G::F::::K::E::::D:EF:::E Hut2132 IV:::A:::V::V:::S:::::::::::::::G:::::::T::R:::H::E::AA: