|
Pairwise sequence scores | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Consensus score | 3225 | HVO_2127 | Hbo1932 | NP4078A | Hmu0734 | Hut1573 | rrnAC0659 | VNG0437 | hla1848 | HQ2744A | HVO_1395 | Hbo0155 | hla2271 | HVO_B0263 | hla2275 |
1691 | HVO_2127 | 3174 | 2163 | 1385 | 1304 | 1425 | 1306 | 1369 | 1407 | 1387 | 1426 | 1424 | 1348 | 1280 | 1288 |
1762 | Hbo1932 | 2163 | 3196 | 1506 | 1462 | 1500 | 1361 | 1385 | 1430 | 1421 | 1436 | 1432 | 1420 | 1324 | 1378 |
2283 | NP4078A | 1385 | 1506 | 3246 | 1910 | 1912 | 1867 | 1913 | 1974 | 1979 | 1961 | 1996 | 1747 | 1710 | 1737 |
2281 | Hmu0734 | 1304 | 1462 | 1910 | 3222 | 2081 | 2038 | 1844 | 1976 | 1954 | 1934 | 2030 | 1608 | 1676 | 1695 |
2381 | Hut1573 | 1425 | 1500 | 1912 | 2081 | 3236 | 2021 | 1992 | 1970 | 1939 | 1934 | 2006 | 1768 | 1622 | 1744 |
2316 | rrnAC0659 | 1306 | 1361 | 1867 | 2038 | 2021 | 3179 | 1973 | 2034 | 1915 | 2035 | 2074 | 1776 | 1598 | 1628 |
2351 | VNG0437 | 1369 | 1385 | 1913 | 1844 | 1992 | 1973 | 3275 | 2060 | 1931 | 2056 | 2113 | 1815 | 1654 | 1759 |
2486 | hla1848 | 1407 | 1430 | 1974 | 1976 | 1970 | 2034 | 2060 | 3256 | 2050 | 2283 | 2308 | 1712 | 1669 | 1691 |
2332 | HQ2744A | 1387 | 1421 | 1979 | 1954 | 1939 | 1915 | 1931 | 2050 | 3401 | 2144 | 2299 | 1664 | 1586 | 1679 |
2458 | HVO_1395 | 1426 | 1436 | 1961 | 1934 | 1934 | 2035 | 2056 | 2283 | 2144 | 3185 | 2417 | 1821 | 1606 | 1738 |
2519 | Hbo0155 | 1424 | 1432 | 1996 | 2030 | 2006 | 2074 | 2113 | 2308 | 2299 | 2417 | 3179 | 1803 | 1787 | 1802 |
2112 | hla2271 | 1348 | 1420 | 1747 | 1608 | 1768 | 1776 | 1815 | 1712 | 1664 | 1821 | 1803 | 3221 | 1868 | 1938 |
1949 | HVO_B0263 | 1280 | 1324 | 1710 | 1676 | 1622 | 1598 | 1654 | 1669 | 1586 | 1606 | 1787 | 1868 | 3297 | 2227 |
2069 | hla2275 | 1288 | 1378 | 1737 | 1695 | 1744 | 1628 | 1759 | 1691 | 1679 | 1738 | 1802 | 1938 | 2227 | 3351 |
466 symbols consensus M-YATRERLRELRRDLHRHPEPAWREFYTTARLVEELERRGVDELYVGPDALATDDRMAV #oth 167:87472653.131.43..21.2..4..13223222634315242.33324642.331 HVO_2127 :A::STLS:::::Q:::A:::SG:K::R:::LIAAA:DE:EFT-:HL::::V:E:E:LG: Hbo1932 :TKFAD:T:T:I:::::::::EG:K::R:::LVA:::DE::F:-:AL:S::VTVEE:LG: NP4078A -M:VP::::I::::AF:Q:::::::::W:::KV:S::RDI:::::HI:RE::-S:E:L:: Hmu0734 :DDSQY::::T::::::::::::::::::::::::V::PTA-:::I::::F:DA:::LS: Hut1573 -MTE:P:H:KR:::::::::::::::::::::IL::I::I::::VF::::::::NA:AG: rrnAC0659 :NE:QQ::R:SV:::::SY:::::::::::S:IA::I::I:::Q::I:RNVVDG:A:::: VNG0437 :D:TDPAV:TR::::::GI:::::C::Q::::V:DAC:DI:::T:H:::Q:V:S:A:::: hla1848 :SALDDDGY:AF::::::N:::::::::::::I::::RE:DLTD::::::::::::::N: HQ2744A -:-M::AE:VT::::::Q::::::::::::::::D:::T:NL:AI::::EV:-GGE:RG: HVO_1395 -:---MDD:VS:::::::::::::C:::::::::D:::T:DL:A:::::EI:DA:E:::: Hbo0155 -:-M:SSE:V:::::::Q::::::C:::::::::D:::T:DL:A:::::EV:SE:::::: hla2271 :SHDA:A::SD:::TF::::::G::::Q::::V::::::I::::IA::RE:::::A:::: HVO_B0263 :AD:V:A::A::::::::::::G:C::R:::::::::RAV:::::A::A::YDPA::::: hla2275 :NEPI:D::ASV::RF:::::::::::L:::T::D:IRSI:::::AI::::YDPG::::I consensus PDDDELAAWRERARDAGADEDLLDRLAGGYTGAVAVLERGEGPTVGLRVDIDALPITESE #oth .33352561742.32212332411546119..33.3444.3..3111...2.11524.13 HVO_2127 ::::AV::AV::::EED:P:AY:::M-:DI::L::EKRF:N:::::V:::M:::ER:::S Hbo1932 :AA::I::A::::KRE::P:EY:::I-:DV::L::EKRY:D:::I:V:::M:::ARS:AS NP4078A ::EE:::S::::::E::::P:::EE::D:W::C::AIDC:::::::::::::G::RE::T Hmu0734 :EEAT::E:::::L:::::R:TVEH:ED:Q::LL::::::::::::::::::G::RE::D Hut1573 ::::-::R:::::SE::V::AT::::D::Q:::I:::K::D::::::::::::::R:::S rrnAC0659 ::::::ED:QRK::::::R::V:EAA:::F:::L::::Q::::::A:::::::::::::D VNG0437 ::::T::D::AT:::::V::A:::SM:::H:::I:::D::::::::::::::::H::::: hla1848 :::E:::E:EQ::::::::PEIV:H:S:::::C:::A:::P::V:::::::::::V:::: HQ2744A :::N::ST::A:::E:::R::V:E::S::R::VC::I:C:P:::::::::::G::::::T HVO_1395 :::A::D::V::::E:::R::V::::::::::::::V:::::::::::::::::::P::: Hbo0155 ::G:K:TT:F::::::::R::I:E::E:::::::::::::::::::::::::G::::::: hla2271 :::::IQP:LD:::R::VSD:::E:T:::H::V::T:SQ::::CI:::::L::IS:H::: HVO_B0263 :S::R:DE:Y:::L:R:T:PE::EP:R::T::C::::D::::::::::::::G:F:E::D hla2275 ::G:-:DP:I:::::R:::DA::::MT::N:::::::D:::::AI:::::::G:F:E::T consensus DDDHRPAAEGFRSEHEGYMHACGHDAHATIGLGVLEAIA--------------------- #oth 354.7.2532.1116436.......4.314121323.35211111111111111111111 HVO_2127 :EK::::KL::A:T:PNE:::::::G:TA::::IAR:LDD:::::::::::::::::::: Hbo1932 :::::::R:::A:T:PNE:::::::G:TAV:I:IAR:FD::::::::::::::::::::: NP4078A A:::I::R::::::-T:A:::::::::M:F::::A:::T::::::::::::::::::::: Hmu0734 :P::E:V:::::::-T:A::::::::::A::V::F::::::::::::::::::::::::: Hut1573 :P::::V:::::P::DDA:::::::::::::V:::::::::::::::::::::::::::: rrnAC0659 SVA:A::T:E:::TN::::::::::::::::::::::VK::::::::::::::::::::: VNG0437 A:::H:::A::::::D:C:::::::G:::::V:::A:V:::::::::::::::::::::: hla1848 :A::V::::R::::R::::::::::::::M:::A:D:VL::::::::::::::::::::: HQ2744A S:E:::VS::::::MD:H::::::::::A::V:::D::IETTSPNNKDTQKRKDDVDIDG HVO_1395 A:::L:::::::::N::F:::::::::::::::::D:VI::::::::::::::::::::: Hbo0155 :A::A:::G:::::N::::::::::S:::::::::D:::::::::::::::::::::::: hla2271 ER::::E::::::::D:::::::::::LA:A::T:::VK::::::::::::::::::::: HVO_B0263 :AG:D:::::::::TGET:::::::T:M:W::AT:::VK::::::::::::::::::::: hla2275 :P::D:VD::::::I::T:::::::V:M:W::A::::::::::::::::::::::::::: consensus ----DSDFEGTLKVFFQPAEEQIGGGKPMAESGHLDDVDYLLAVHVGLDHPTGEVVAGID #oth 1111333.6.11323...2..543.1222133532112.312.3.2..1312.1112123 HVO_2127 :::::GG:D:::RL:::::::GGR:::::S:TDL:A:I::F::L:L::GN:::T:I:AYE Hbo1932 ::::AEG:D::::L:::::::GGR:::::S:TT:V::::A:::L:L:::EE::T::G:Y: NP4078A ::::ET::S::::L:::::::V:::::::::::::::::::F:::::::Y:::::::::: Hmu0734 ::::::::T:::::L::::::I:::A:AVSHR-::::I:A:::::I::::::::::::VT Hut1573 :::::::::::::LI::::::V::::HAI::::::::I:A:::I:I:::Y::::I::::E rrnAC0659 ::::E:::K::F::V::::::V:::::AV::::::::::H:::I:I::::::::I:::VG VNG0437 ::::::::Q:::::V::::::RA:::::I::::::::::::Y:::L::::::::::::V: hla1848 ::::::::S:::::::::G:::VA:::::::::::::::::Y:::::::::S::::C:V: HQ2744A EASG:TE:T::::I::::G::::V::::::T::R:::I:V:F:::::::::S:::::::: HVO_1395 :::::::::::F:L::::S:::VA:::AV::G:::::::::::L::::::::::::C::: Hbo0155 ::::E:::::::::::::G::::A:::S::K::::::::::::A:I:::::S::I::::: hla2271 ::::Q:A:::::::L::::::IS::::A::::::::G::::F:L::::::::::I:::VE HVO_B0263 ::::E:::S:R:A::::::::VS:::A:::K:EYAAGI::FF:::::::::::::::::E hla2275 ::::::::A:R:V::::::::TG:::H:::::AYA::L:::::::::::::I:::::::E consensus GFLAVSHFDAEFTGEPAHAGAAPEEGRNAVQAMATAVQNLYAIPRHADGATRVNAGRVEG #oth 5211343262212.432...43.34.61.421222.231212.4.162.51.1.1.6432 HVO_2127 NP:SNAKL:VT:E:A:S:::N::N:::::LH:ATA::::::G:::::::T::I:V:KF:S Hbo1932 RP:SNAKL:VT:E:::::::G::N:::::L:::T::I::::::::::::K::I:V:Q:HA NP4078A D:::ITQ:YTT:E:H:G::::R:::::::::::::::::::G:E::SE:ES:::::H:G: Hmu0734 D:::::Q:H:::::::::::GH:AQ:T:::::::A::::::::::NE::P::I:::V::: Hut1573 :MF:::N:R:::A::S::::GH:DH:H::::::T:::G::::::::T:::::I:::D:G: rrnAC0659 :::::RQ:E:T::::T::::GH:AQ::D::::L:::::::H::R::G:::::::::V::: VNG0437 :::::::LR:D:::TG::::SH::D::::I::::::I:::H:::::DG:::::::::AG: hla1848 :::::R::L:::::::S::::R::Q:::::::::A::::::::::::::P::::::L:G: HQ2744A N:::::::E:::::I::::::R:AD:N:::::::::::::::::::T:::::::::V:S: HVO_1395 ::::::::R:::::A::::::K::::K::NLGA:A:T::::G:S::S:::::::V:LMG: Hbo0155 ::::::::E:::::A::::::R::Q:D::I::::::I::::S::::::::::::::V::: hla2271 SP::MA:LT:T:E:AS::::K::N::A::M::A:V:I::A:G:A::R:::::::V::I:: HVO_B0263 KP::MC:I:::IE:TT::::K:::A:A::IH:LG::IESV:G::::S::M::::V::::: hla2275 KP::MA:L::TIE:TS::::K::N::D::M:::G::IV:A:G:S:::E:M::::V::A:A consensus GTATNIIPEEAFIEGEVRGETTELMEYMRERAERVIESAAEMHDCEVEIETEGEAPSADS #oth 2213.1122327362.2..21131431264335334541.42.31524375725223253 HVO_2127 PNPQ:::A:::RLRV::::G:AD:N:::LDK:R::LDH::G:::VS::TGLY:KTATFTA Hbo1932 DN:Q:V:C:::QMRV:::::DAD:ND::MQK::::V:H::G:::VAY:TSLY:MTTTFEN NP4078A :::::::::::::H::::::::DVRD:TF::::Q:F:G::VS:::T:D::I::D::::E: Hmu0734 :::S:::::H:S:::::::::::::A::::::ND:::H::G::G::YAV:RT::::::TN Hut1573 :S:S:V:::S:Y:D:::::G::::R::::::::T::GA::::::::ASV:WGAQ:::::P rrnAC0659 ::::::V:G::TL:::::::::P:K:::S:::DT:MS::::::::::A:::TA:::::V: VNG0437 :::P::V:DS::L:::::::::A:::::KSH:D::VR::::::::T::TA:::Q::::E: hla1848 :::::V::::SY::::L::A::::A:::SQH:D:IL:::::::::::AVS:K::::::T: HQ2744A :::::::::H:M:K:::::::::::::TESK:TQ:L::::T::N:::::T:A:R::::A: HVO_1395 ::::::VA:::::::::::A::::::::ED::HT::::S:A::::::::NV::K::::R: Hbo0155 :::::::::::S:G::::::::::::::E:KSR:::R::::::A:::A:N:::K::::T: hla2271 :S:S:V:A::VT:DA:::::::A::T:A:TEL::ILYA:::L:::D:TPHVIS:S:CV:: HVO_B0263 :::S:V:AD:VEAVA:A::::::::::AKSELR:RF:K:::L:G::ATVDVVS:S:R::: hla2275 :::S:V:A:R:QM:A:A:::::A:::F:KS:F::TVRG::T::G:RASVDVVS:S:R::: consensus DDELAEIVGDVAEGVDGVDSVLRRDDLGGSEDATYLMRRVQEHGGLATYVGVGTDHPGGH #oth 163245526521636321354553542.2...112.144..56..5.31431.111131. HVO_2127 :::MI:A:LAS:ADL:D:TETVP:L:I::::::S::I::::::::K:::::I:ASNEF:: Hbo1932 :GFVV:T:M:A::T:E::TQICG:SPF::::::SF:I:::::N::V:S:I:I:ASN:A:: NP4078A :A::V:L:T:A:R:HPD:ERAT::GEI:::::::F::Q:::DT::::::ACI:::::::: Hmu0734 :E::VSLGY:::::IP::::R::TAP::::::::V:::::::T::T:A:::::::::::: Hut1573 :P::RRL:Y:::GT::::A:RRE:GE:::::::::::::::::::Q::F::I:::::::: rrnAC0659 ::A::GV:Y:A:DS:P::T:R::T:::::::::::::D:::N:::T::F::I:::::::: VNG0437 :R:::ACF:A::ADRA::::::DS:A:::::::::::::::NT::M:C::C::::::::: hla1848 ::A::G:::E::G::A::TEIVD:A::::::::::::QS::KR::::C:::::::::::: HQ2744A :NM::D::AT::KDA:DI::II:S::::::::::F::::::Q:::V:A:I:I:::::::: HVO_1395 ::A::A:::G:S:::E::T:I:D::::::::::::::QH::DR::::A:::::::::::: Hbo0155 ::::VA::S:::KSNAS:E::ID::V:::::::::::QE::DN::::A:I:::::::::: hla2271 HPA:Q:V::N::W:::::EH:IPSEEF:V:::G::::QQ::DA::::S::L::::::TS: HVO_B0263 :P::V:A:A:A::T:ES::R:VQTA:F:A:::::F::E:::RD::::C:SI::::::TS: hla2275 :P::QAL:TE:::::::I:T::PAA:F:A:::::F::K::::E::::::LI::::::TS: consensus HTATFDVDEASLAIGVDVLTEAIRALAERRP--------------- #oth ..43..11.7316411331562277448775323122212211111 HVO_2127 ::SR::I::DA:D:::::VCQT::::-----::::::::::::::: Hbo1932 :::Y::I:::A:D:A:G:VE::V:R::V:L-::::::::::::::: NP4078A ::::::::::::SL:::::AD::A:T::TM:::::::::::::::: Hmu0734 :::::::::P:::::::W:S:TV:EI:DEDD::::::::::::::: Hut1573 :::::::::T:IG:::::::D::L:IG:QKA::::::::::::::: rrnAC0659 ::PL::I::D::T::I::V::::SQ:SG---::::::::::::::: VNG0437 ::P::::::Q::R:::GA::T::TRV::T::::::::::::::::: hla1848 ::S::::V:GDI:V:I:::AG:::KV::T::::::::::::::::: HQ2744A ::D::::::::IGH::EI::NS:ITAENKLQKSE:::::::::::: HVO_1395 ::R::::::ETIR:A::::A:SVDRI:TE::::::::::::::::: Hbo0155 ::R::::::D:IG:::E::AG::LDV::M::::::::::::::::: hla2271 ::P:::I::E::::::NI:S:TFVE:SR:::::::::::::::::: HVO_B0263 :::::::::R::ET::::::RS:LSV:GFESAPTVGARANR::::: hla2275 ::P::::::R:IRH:::::VG:::D:EQ:H:VPQVEDEAAIRSEQD