|
Pairwise sequence scores | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Consensus score | 2738 | HQ1074A | rrnAC2181 | Hmu0397 | Hut1430 | VNG2546 | NP1140A | hla0627 | HVO_1829 | Hbo1654 | VNG0186 | VNG2449 | Hut2541 | hla1238 | HVO_0242 | HQ3641A | Hbo1256 | NP0872A | rrnAC2726 | Hmu3033 |
1742 | HQ1074A | 2796 | 1792 | 1787 | 1795 | 1752 | 1757 | 1913 | 1908 | 1840 | 1220 | 1156 | 1160 | 1125 | 1196 | 1119 | 1155 | 1237 | 1139 | 1178 |
1909 | rrnAC2181 | 1792 | 3113 | 1975 | 1950 | 1783 | 1870 | 1889 | 1901 | 1976 | 1308 | 1252 | 1221 | 1168 | 1284 | 1202 | 1208 | 1274 | 1228 | 1248 |
1853 | Hmu0397 | 1787 | 1975 | 2699 | 2010 | 1838 | 1840 | 1876 | 1887 | 1854 | 1235 | 1181 | 1163 | 1154 | 1231 | 1107 | 1115 | 1203 | 1163 | 1254 |
1867 | Hut1430 | 1795 | 1950 | 2010 | 2734 | 1809 | 1853 | 1965 | 1968 | 1927 | 1243 | 1251 | 1226 | 1268 | 1268 | 1167 | 1154 | 1311 | 1203 | 1225 |
1886 | VNG2546 | 1752 | 1783 | 1838 | 1809 | 2765 | 1887 | 1963 | 1993 | 1982 | 1349 | 1291 | 1329 | 1352 | 1343 | 1201 | 1245 | 1340 | 1307 | 1377 |
1876 | NP1140A | 1757 | 1870 | 1840 | 1853 | 1887 | 2779 | 2060 | 1954 | 1965 | 1290 | 1255 | 1202 | 1228 | 1253 | 1167 | 1191 | 1228 | 1193 | 1263 |
1939 | hla0627 | 1913 | 1889 | 1876 | 1965 | 1963 | 2060 | 2804 | 2113 | 2132 | 1331 | 1317 | 1258 | 1321 | 1277 | 1183 | 1176 | 1329 | 1294 | 1324 |
2028 | HVO_1829 | 1908 | 1901 | 1887 | 1968 | 1993 | 1954 | 2113 | 2724 | 2178 | 1445 | 1380 | 1316 | 1438 | 1441 | 1300 | 1321 | 1406 | 1353 | 1360 |
2045 | Hbo1654 | 1840 | 1976 | 1854 | 1927 | 1982 | 1965 | 2132 | 2178 | 2766 | 1437 | 1305 | 1274 | 1317 | 1351 | 1241 | 1306 | 1340 | 1291 | 1311 |
1789 | VNG0186 | 1220 | 1308 | 1235 | 1243 | 1349 | 1290 | 1331 | 1445 | 1437 | 2765 | 1644 | 1534 | 1537 | 1589 | 1454 | 1578 | 1634 | 1521 | 1541 |
1754 | VNG2449 | 1156 | 1252 | 1181 | 1251 | 1291 | 1255 | 1317 | 1380 | 1305 | 1644 | 2793 | 1722 | 1686 | 1695 | 1591 | 1670 | 1770 | 1769 | 1738 |
1757 | Hut2541 | 1160 | 1221 | 1163 | 1226 | 1329 | 1202 | 1258 | 1316 | 1274 | 1534 | 1722 | 2763 | 1719 | 1721 | 1663 | 1713 | 1730 | 1879 | 1828 |
1812 | hla1238 | 1125 | 1168 | 1154 | 1268 | 1352 | 1228 | 1321 | 1438 | 1317 | 1537 | 1686 | 1719 | 3391 | 1957 | 1920 | 2053 | 1899 | 1838 | 1831 |
1872 | HVO_0242 | 1196 | 1284 | 1231 | 1268 | 1343 | 1253 | 1277 | 1441 | 1351 | 1589 | 1695 | 1721 | 1957 | 2725 | 1977 | 2068 | 1912 | 1790 | 1832 |
1750 | HQ3641A | 1119 | 1202 | 1107 | 1167 | 1201 | 1167 | 1183 | 1300 | 1241 | 1454 | 1591 | 1663 | 1920 | 1977 | 2756 | 2182 | 1788 | 1892 | 1859 |
1802 | Hbo1256 | 1155 | 1208 | 1115 | 1154 | 1245 | 1191 | 1176 | 1321 | 1306 | 1578 | 1670 | 1713 | 2053 | 2068 | 2182 | 2750 | 1868 | 1930 | 1910 |
1838 | NP0872A | 1237 | 1274 | 1203 | 1311 | 1340 | 1228 | 1329 | 1406 | 1340 | 1634 | 1770 | 1730 | 1899 | 1912 | 1788 | 1868 | 2752 | 1948 | 1989 |
1806 | rrnAC2726 | 1139 | 1228 | 1163 | 1203 | 1307 | 1193 | 1294 | 1353 | 1291 | 1521 | 1769 | 1879 | 1838 | 1790 | 1892 | 1930 | 1948 | 2765 | 2359 |
1875 | Hmu3033 | 1178 | 1248 | 1254 | 1225 | 1377 | 1263 | 1324 | 1360 | 1311 | 1541 | 1738 | 1828 | 1831 | 1832 | 1859 | 1910 | 1989 | 2359 | 2798 |
470 symbols consensus ------------------------------------------------------------ #oth 111111111111111111111111111111111111111222222222222222222212 HQ1074A :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: rrnAC2181 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::MSPVPYCTKYSSAGTQKIHGI Hmu0397 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Hut1430 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: VNG2546 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP1140A :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: hla0627 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: HVO_1829 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Hbo1654 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: VNG0186 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: VNG2449 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Hut2541 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: hla1238 VWPRETAARRRRTRPRPDTPRAARRRRRLRPRGTRAGTCPTVRGGASNPLCRRLPHDCGT HVO_0242 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: HQ3641A :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Hbo1256 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP0872A :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: rrnAC2726 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: Hmu3033 :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: consensus ----------------------MDPRIREHAEVLVDWSARIEAGDDVVISVPEGAHDLAV #oth 2222222212221222122222..5.123..6322.424325611313274665.33.32 HQ1074A ::::::::::::::::::::::::D::HQ::S:::::::::T:::N::VN:A::::N::: rrnAC2181 HSHQPCQPGDHRRFVPATLGGD::D::::::RI::::::::D::::::VA:ED::::::: Hmu0397 ::::::::::::::::::::::::D:V::::D:::::::::::::::IVQ:D::::::G: Hut1430 ::::::::::::::::::::::::D::H:::A::::::::::S:::::L::D:::::::: VNG2546 ::::::::::::::::::::::::::VE:::::::::::::::::N::L::GPD::E::: NP1140A ::::::::::::::::::::::::E:V::::A::::::::VDP::::::::A:D::E::: hla0627 ::::::::::::::::::::::::E:VH::::::::::::::::::::V::A:D::::G: HVO_1829 ::::::::::::::::::::::::E::H:::A::::::::::T:::::V::G:E:::::: Hbo1654 ::::::::::::::::::::::::::::D:::::::::::::S:::::V::A::::E::: VNG0186 ::::::::::::::::::::::::T:V:R:::::::QC:DVRR::M:T:RASRQ:EA:V: VNG2449 ::::::::::::::::::::::::S:::Q::A:I::RCIDLQPDEN::V:L:PV:E::R: Hut2541 :::::::::::::::::::::::::::::::QLVA:-ALDLSE::NLL:KSEPA:E::V: hla1238 AGSPTRAAGRKSRNSSAAKRLH::A:V:::::IIA:H:TD:QS::::::QM:KE:E:::: HVO_0242 :::::::::::::::::::::::::::::::RTI::H:TSV::::N::V:A:SV:E::VT HQ3641A ::::::::::::::::::::::::::::D::QTVI:H:TD:DS::R:::GA:AA:S::VI Hbo1256 :::::::::::::::::::::::::::::::QIIA:H::D:SD::N:::NA:AA:EE:V: NP0872A ::::::::::::::::::::::::A::::::TII::H:TEVQP::N::::A:SE:E:::: rrnAC2726 :::::::::::::::::::::::::::::::::I::H:IDLSE::NL::DAHPQ:A::VT Hmu3033 ::::::::::::::::::::::::::V:::::IVA:H:VELQ:::::::DAHPD:A::VT consensus ALAEALGERGANPVTT----YA--SDRAQRAYLRAH--D-GDFET-PAHELALYEEADVV #oth .23284131..433741111683356157.113338234573236324345224342.47 HQ1074A :V:DV::::::SL:M::::::N:::AEVS:::::G:::E:T:::PA::::R:::DA::S: rrnAC2181 :V::Q::D::::LLS::::::Q::::ELT::::Q:::::::S:TEN:DY::::::R::S: Hmu0397 :V:A::::::::LLA::::::G::::EMT::::::::::::::DAD:EF:R::::R::S: Hut1430 :V::K::D::::L:NV:::::R::::EI:::::Q::::::D::DDD:EY:RT:::N::S: VNG2546 :V::RV::::::L::::::::::::GEID:::QLG:::E::::DAD::::R::V:H:::C NP1140A :V::R:::V:::V::::::::G:::AEL:::::Q::::::::::A:GD::A::LSA:::Y hla0627 :VV:::::::::AT:L:::::G:::AEIS::::KGSEQGSHG:DDD::V:R::F:A::AY HVO_1829 :V:D::::::::V::::::::::::EEV::::::::::::::::L::E:::::::A::S: Hbo1654 :V::K:::::::V:::::::::::::EVL:::::::::::AE:DF:G::::::::N::S: VNG0186 ::Y::::Q:::R:SLS::::WS::LP::T:::A::M:::EA:YT::KD::::AM::T::: VNG2449 ::Y:KI::V:::::MLARGDRGIGT:::A::::Q:I:::AE:LS:::E:L:Q:::H::AA Hut2541 ::Y:IA:D:::H::SM::::RTNR:G::I:S::Q:ADAADV:::::::::Q::V:A::CH hla1238 ::H:IC:D::::::YL::::NY:::K:::::FK:SS::-:D::TE::S:RR::::::::F HVO_0242 :IH:L::D::::V:AM::::D:::NP:FT::F:::G::::D:Y::::E:V::::::T::I HQ3641A ::Y:ECAN:::H::SL::::QN::DS::T::F:QNY:T:TD::::::S:L::::Q:M:TY Hbo1256 ::H:ECA:::::::YM::::NN:::S::S::F::N::::::E:::::D:L::M:::M:AY NP0872A ::H:VV:D:::T::YL::::AS::DS:::::::K:T::::D::::::T:LK:::::T::L rrnAC2726 ::H:FAAD:::::LVV::::QDRLGE:FR:::::NR::::-E:::::S:IE:::::M:AY Hmu3033 ::H:VIAD:::::L:V::::QDRLGA:FR:::::N::::::::::::::VQ:::D:M::Y consensus LAIRGGRNTTETADVPPETRQAYARARQPVREARLSTDWVLTQHPTRALAQLAGMSTEAY #oth 4642258.23252.155256326841774246421323.23.32.1537..3.321323. HQ1074A :ILG:D::::A::::SGD:K::A:Q:NKQI::::M:::::S:V::::::::Q::::YTQ: rrnAC2181 :FLK:S:::::::::DSDQ::::ST:::EI:::::D::::S:::::::M::Q:::AYAE: Hmu0397 :SLG:S:::AAAS:::GDR::S:R:::TEI:A::MD::::S:::::::M::Q::L:S::: Hut1430 :VLK:T:::AGM::::DDRQ::F::::EE::::::A::::S:L::::::::G:::AF:E: VNG2546 :F:G:::::SAA::::AT::E::NT:HGEI::::MD::::K:V::::S:::Q:N::FA:: NP1140A :RLG:::::AA::::ES::::::S:::ANI:D::MD::::S:V::::S:::Q:::AY::: hla0627 :R:G::::::A::::SS:::::::K::KD:::::MD::::S:V::::S:::Q:::AY:E: HVO_1829 :FLG:T:::AA:::::T::Q:::G::TSE:K:::MD::::S:V:::::A::Q::::F::: Hbo1654 :FLG:::::FA:::::G:::::SD::S:::::::MD::::S:V::::S:::Q:::AY:E: VNG0186 FL:G::P:AF::S:::::MS::GS::HK:IS:Q::D:R::I:T:::A:G::R:::::A:: VNG2449 VVG:PH::V::QS::ST:LGA:F:E:HRD:LN:::::K:C:::Y:AP:D::::::::A:: Hut2541 AV::SHV:V::LE::A::VNSD:EK:H::ILNE::TDR:T::::::P:D::::E:::::: hla1238 IIA:::S:A::D::ID:::NA::N::MED:KRT:::KT:C:::Y::ASH::::::::::: HVO_0242 IRV::ET:A::QS::::::NA::K::YK::QGEM::KR:C:::Y:AKGS::::::::::: HQ3641A I::::DE:A::::::N:::NA::R::M:::LQE:::KT:C:::Y::TGN::::::::::: Hbo1256 I:V::DV:AS:::::D:::NA:HR::M:::L:E:::KK:C:::F::AGN:::::::::G: NP0872A IRV::EA:A::QS::::::QA:RSK:Y:::Q:VA::KR:C:::Y::QGN:::::::::G: rrnAC2726 I::K:SD:V:::S::D:::TA::QQSQ::LLNE:::KT:C:::Y:AP:N::::QT:::G: Hmu3033 I:::::G:A:::S::D:::TA::QQ:Q::LLDE:::KR:C:::Y:AQTN::::QL:::G: consensus ENFVYDAVLRDWDALAEEQAQMVEILDDGDEVRIV----SGDTTDVTMSIAGRTAVND-- #oth 43..11.252..4325251442144.35132112632114555..23132422923.111 HQ1074A QD:::::I::::ET::::MERLKRC::::S:L:V:S:::DNGE::L::::EH:::::SAA rrnAC2181 KD:::::T::::E:::D:::RLK::::::S:::::::::-A:G::I:LF:D::I:::SAA Hmu0397 RD:::::T::::ES::::MD:LKTL::E:R::HLL::::-:EG::L:::::D:V:::SAA Hut1430 RE:::::T::::ES:S::MDRLKT:::Q::::H:D::::-APG::L:L:::::::::SAA VNG2546 QE::::::::::E:::DRM:N:KT:::E:S:::L:::::-TED::L::R::::Q:::SAA NP1140A QE:::N::::::E::::RM:TVKAL::::ER::::KERDDQPR::IQL:::D:::::SAA hla0627 QE::::::::::E:::D:M:A:K:A::A:E:::::TDRDDAPD::IS::::::::::SAA HVO_1829 AD:::::I::::SE::::M:N:KDV::A:S:::::::::-KAD::L::::E::::::SAA Hbo1654 QQ::::::C:::EE::DQM:N:K::::E:S:::L:::::K::N::IR:::E::::::SAA VNG0186 :E::::::NK::A:QS:F:S:L:::::PAET:H::::::::::::I::RVD:MR:C:::: VNG2449 :D::::::NK::::VEDH:Q:::D::NPAE:::::::::::::::::::V:DM:TL:::: Hut2541 :::::::I:K:::EQR:F:::L::::E:AS::::A::::::::::::::VD:NHVI:::: hla1238 ::::W:::SL:::EQR:F:SN::::::TA:::::T::::::EE::L::DLS:NSTL:::: HVO_0242 ::::::::TL::::QG:L:Q:L:D::N:::::::T:::::::E:::::::::N::I:::: HQ3641A ::::W:::GL::N:QR:H:S:L:D::A:A:::::Q::::::SN:::::R:::N::L:::: Hbo1256 ::::W:::NL:::EQY:F:Q::::::::A:::H::::::A::E::::::V::NSTL:::: NP0872A Q:::W:::NK::::QRRH:E:::::::PAS::::K::::::::::::::LD:MKTL:::: rrnAC2726 ::::W::::K::::VR:H:::::::::PA::::::::::::E:::::::VT:NETL:::: Hmu3033 ::::W:::NK::::VR:H:S:::D:::PA::::::::::::::::::::V::NPTL:::: consensus ---YDSHNLPSGEVFTAPVDDSVEGEVHFDVPMYRQGREVRDVRLTFEDGEVVDYSAEQN #oth 1114234.1.2.......564414.316..3.23452522521513.33.5.2234.551 HQ1074A SVA::::::::::::::::ETT:S:T:Q:::::VIRDTRI::AE::::::T::::D:TAG rrnAC2181 SVA:::::::::::::::H:T--A:V:T:::::TI:::R:KN:E:::K::V:::W::::G Hmu0397 SVA:::::::::::::::TAT--::T:T:::::TVD:TR::::::V:::::::::::A:G Hut1430 SVA:::::::::::::::A:A--::::T:::::TVR:NTL:::H:V::::D::EHA:AAG VNG2546 SVA:::::::::::::::TAT--::::::::::TLR:ER:QG:H:::::::::::A:A:: NP1140A SVA:::::::::::::::A:A--D:::F:::::TISD:R::::::V::A::::::E:A:G hla0627 SVA:::::::::::::::Y:T--:::AF:::::TIDATR::::H:V::::::::F::GAG HVO_1829 SVA::::::::::::::::E:A:::::F:::::TLE:QR:EN:H::::G:::::F::GAG Hbo1654 SVA:::::::::::::::Y:P--::::F:::::TIS:SR::N:H:::A::::T:FT::SG VNG0186 :::DGD::M:A::::::::P:::A:::Y::K:LM:::N:I:GAA::::::D::SF::::: VNG2449 :::CG:N:::A::::::::P:::::::V::K:V:H:A::IQGAA:::::::::SF::::: Hut2541 :::T:T::::G:::::::IP:::::D:L::K:V::R:::IT:A::V:::::::EH::SK: hla1238 ::::GEA:::G::::::::R:G:D::::::L:L::Y:::IEG:::R:::::::SH:::R: HVO_0242 :::TAE::::G::::::::R:::N::::::L:L:::::::SG::VR::::::::::::G: HQ3641A ::::GEK:::G:::::::IKH:::::::::M:L::::::IE:::VQ:NE:Y:ES:::GR: Hbo1256 :::KGEK:::G::::::::K:::N::::::M:L::::::ISG::VR::::R:ES::::R: NP0872A ::::AEK:::G::::::::V:::::::L::M:L:H::::ITGAH:V:::::::EH::D:: rrnAC2726 ::::GEK:::G::::::::P:::::::L::K:L:H:::::T::F:R:::::::EH::GK: Hmu3033 ::::GER:::G::::::::A:::::::L::K:L:H:::::T:AY::::::::::H::SK: consensus EDVLAEILDTDAGARRLGELGIGMNRGIDRFTYNMLFDEKMGDTVHLAVGRAYDECVPEG #oth 153244225..4.123...1.1....31.231221......12.2.2.2.2114322133 HQ1074A VET::Q::N::P:::::::V:::::::::QI:NKI:::::::::::F:::::::A:L:AN rrnAC2181 :A:ID::IG::S:S:Q:::::::::::V::V:D:I:::::::G:::::L:::::A:L::: Hmu0397 :STIG:L:A:::::::::::::::::::::I:D:I:::::::G:::::L:::::A:::D: Hut1430 :ET::AL:E::::::::::::V::::::::Y:D:I::::::AE:::::L:::::A:L::: VNG2546 :G:VG:::E:::::K::::::::::::::Q::DSI:::::::::I:::L::::ESNF:A: NP1140A :S:IESV:E:::::::::::::::::::::V:D:I:::::::E:A:::L:::::ANL:D: hla0627 ::A::SV::::P::::::::::::::::::::DSI:::::::::I:::::::::A:L::: HVO_1829 ::A::G:::::E::::::::::::::::::::DSI::::::::::::::::::GA:L::: Hbo1654 ::A::::F:::D::::::::::::::::::::D:I:::::::::I::::::::GS:L::: VNG0186 :::::G::N:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::G:I::::::D VNG2449 :::::A:::::D::::::::::::::D:::::::::::::::::::M:L::::P:T:G:: Hut2541 :EL:TS:::::E::::::::::::::D:::::::::::::::::::M::::::EDN:GV: hla1238 ::L:TG:::::E:S:H::::::::::Q:::::::::::::::::::M:::S::P:T:G:: HVO_0242 :E::DGVF:::E:::Y:::::::::::::Q::::::::::::::::M:::S::P:T:GAD HQ3641A :T::DG:FA::E:::Y::::::::::A::Q:S::::::::::::::M:::S::A:T:G:D Hbo1256 :E::DGVFE::E:::Y::::::::::A::Q::::::::::::::::M:::S::P:T:G:E NP0872A :GL:T:V:N::P::S:::::::::::D::E::::::::::::::::M:I::::::::G:D rrnAC2726 ::L:T:V:S::D::S:::::::::::D::Q:S::::::::::::::M::::S:::T:G:D Hmu3033 ::::T:V:::::::::::::::::::D::Q::::::::::::::::M:::::::DT:G:D consensus --NEGNDSAVHVDMIVDMSEDSRIEVDGEVVQRNGTFRFEDGFE------ #oth 11637.2..4.3.1.41422426231.1131111.2.4123425532211 HQ1074A ::ES::E::::::L:T:IGSGAQ::I:D:II::::R:KWDPE:DPSGV:: rrnAC2181 ::ES:::::::E:L:TT:G:G::L:::::TI::D:V::W:::::G::::: Hmu0397 ::--:::::I:::L:T:LR::G:LLI:::T:LED:R::W:R---:::::: Hut1430 ::ES:::::I:::L:A:T:::ATLS:::::I::D:V::W::::-:::::: VNG2546 SED:A:E::::::::T:V::::YM::::::::::::::W::::SE::::: NP1140A ::ES:::::::::L:T:L::A:::::::D::::::V:Y::::::AAKRPD hla0627 ::ES:::::::::::S:V::N::M:I::::::::::::W::::DG::::: HVO_1829 ::ED::Q::::T:::T::::::::::::::::::::::W::::-:::::: Hbo1654 ::ES:::::::::::T:V::E::MD::::::::::V::W:::::G::::: VNG0186 ::C:F::::::T::::::::::F::I:::I:::::::V::::::A::::: VNG2449 ::V:Q::::K::::::::::::F::::::I:::::::V:::::DA::::: Hut2541 ::::Q:E::Q::::::::::::F:::::::::ED:::V:::::KG::::: hla1238 ::::V:E::E::::::::::::V::::::::::::::V:::::-:::::: HVO_0242 ::::L:E::E::::::::::::V::::::::::D:::V:::::-:::::: HQ3641A ::::R:E::E::::::::::::T::::::II::::::I::EE:-:::::: Hbo1256 ::::E:E::E:::::L::::::I::::::::::::::V:K:D:::::::: NP0872A ::R:A:E::::L:::::::D::V::::::::::D:::::::D::A::::: rrnAC2726 ::::Q:E:::::::::::::::F::::::::::::::I::::::D::::: Hmu3033 ::::Q:::::::::::::::::Y::::::R::ED:::V:::NEIEQ::::