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[R] (-) COG3269 Predicted RNA-binding protein, contains TRAM domain
9 genomes BUD0008 20 proteins
a Hsa
Halobacterium
sp. NRC-1		 b Hma
Haloarcula
marismortui		 f Hvo
Haloferax
volcanii		 g Hbo
Halogeometricum
borinquense		 h Hmu
Halomicrobium
mukohataei		 i Hut
Halorhabdus
utahensis		 j Hla
Halorubrum
lacusprofundi		 q Nph
Natronomonas
pharaonis		 x Hwa
Haloquadratum
walsbyi

VNG5093

VNG5204

VNG6090

VNG6437

pNG2002

pNG6007

rrnAC0682

rrnAC1189

rrnAC1808

HVO_0769

HVO_B0287

Hbo0762

Hmu0653

Hut0562

hla1949

hla2742

NP1132A

NP6228A

HQ1172A

HQ3061A

Pairwise sequence scores
Consensus score1006 HVO_B0287 rrnAC1189 hla1949 rrnAC0682 VNG5093 VNG5204 VNG6090 pNG6007 NP6228A HQ1172A HVO_0769 Hbo0762 Hut0562 rrnAC1808 Hmu0653 hla2742 NP1132A HQ3061A VNG6437 pNG2002
553HVO_B0287 1251 399 472 498 473 473 473 435 445 395 435 459 400 443 451 393 441 410 433 434
502rrnAC1189 399 1269 381 381 423 423 423 407 397 423 402 401 403 399 418 412 458 416 485 480
583hla1949 472 381 1400 555 570 570 570 533 551 417 459 466 414 389 436 434 482 417 465 463
630rrnAC0682 498 381 555 1093 691 691 691 613 586 461 494 473 460 445 481 442 469 445 416 448
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677VNG5204 473 423 570 691 1085 1085 1085 625 652 441 415 442 440 424 503 430 448 397 435 477
677VNG6090 473 423 570 691 1085 1085 1085 625 652 441 415 442 440 424 503 430 448 397 435 477
563pNG6007 435 407 533 613 625 625 625 1066 626 416 430 408 444 430 413 403 415 417 408 380
594NP6228A 445 397 551 586 652 652 652 626 1052 441 439 443 456 397 470 455 442 407 523 521
685HQ1172A 395 423 417 461 441 441 441 416 441 972 742 760 731 686 725 749 685 432 475 476
692HVO_0769 435 402 459 494 415 415 415 430 439 742 1001 811 739 724 740 714 706 396 464 496
702Hbo0762 459 401 466 473 442 442 442 408 443 760 811 1019 742 715 717 700 704 398 454 462
707Hut0562 400 403 414 460 440 440 440 444 456 731 739 742 1115 741 741 721 703 415 464 464
687rrnAC1808 443 399 389 445 424 424 424 430 397 686 724 715 741 1068 753 687 701 426 461 481
670Hmu0653 451 418 436 481 503 503 503 413 470 725 740 717 741 753 1008 687 713 382 447 492
661hla2742 393 412 434 442 430 430 430 403 455 749 714 700 721 687 687 1014 730 469 508 523
681NP1132A 441 458 482 469 448 448 448 415 442 685 706 704 703 701 713 730 942 471 473 502
547HQ3061A 410 416 417 445 397 397 397 417 407 432 396 398 415 426 382 469 471 1347 514 547
568VNG6437 433 485 465 416 435 435 435 408 523 475 464 454 464 461 447 508 473 514 1033 677
587pNG2002 434 480 463 448 477 477 477 380 521 476 496 462 464 481 492 523 502 547 677 1034 

221 symbols
consensus       ---------------------------------VEISDKLLCLFSADVEEEGDRYVVEVP
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HVO_B0287       ::::::::::::::::::::::::::::::::VTD:::S:RL::ETS::RD::::::SI:
rrnAC1189       :::::::::::::::::::::::::::::::::MATDSD:H:::T:P:::QH:S::I:I:
hla1949         MFFWGGVRSGGNASVRRCTNREFFIGVLITVSM::LT:S:K:::TGTI::R::EH::QI:
rrnAC0682       ::::::::::::::::::::::::::::::::M::VP:A:ST::::QI:TD::::I::I:
VNG5093         ::::::::::::::::::::::::::::::::M::VPES:QS::::T::KR:ET:TL:::
VNG5204         ::::::::::::::::::::::::::::::::M::VPES:QS::::T::KR:ET:TL:::
VNG6090         ::::::::::::::::::::::::::::::::M::VPES:QS::::T::KR:ET:TL:::
pNG6007         ::::::::::::::::::::::::::::::::M:::::S:CS::T:KIKK:NGTF:I:I:
NP6228A         ::::::::::::::::::::::::::::::::MT::P:P:RT:Y::SI:KQDGT:TI:::
HQ1172A         :::::::::::::::::::::::::::::::::M::::::::::N::IRA:D:Q:I::::
HVO_0769        ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::N:::RT:D::::::I:
Hbo0762         ::::::::::::::::::::::::::::VEVYT:::::::::::NT::RA:D:Q::::::
Hut0562         ::::::::::::::MAVDKFFRVAFDARNGGLTL:::E::::::::::TA:D::::::::
rrnAC1808       :::::::::::::::::::::MGRFVAERRSITL::::Q::::::::IRD::::::::::
Hmu0653         :::::::::::::::::::::::::::::::::L:::E::::::::EITD:::::T::::
hla2742         :::::::::::::::::::::::::::::::::M:::E::::::::::R::DGE::::::
NP1132A         :::::::::::::::::::::::::::::::::M:::E::::::::E:::TE:K::::::
HQ3061A         :::::::::::::::::::::::::::::::::MD:EGQ:E:::::Q:Q:SNG:S:I:I:
VNG6437         :::::::::::::::::::::::::::::::::M::PSQ:R:::AGAI:QQDGT:LI:::
pNG2002         :::::::::::::::::::::::::::::::::MD:PSQ:R:::::SI::RKNS::::I:

consensus       RREVEHGAIEPGETYRVALLS----------------SEATTADEEPAQEQP--------
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HVO_B0287       TEL::N:S:STE:L:::::::::::::::::::SPHAAS::E:AV:S:AATTTETTATTT
rrnAC1189       KQ:::L:TLA:ETL::I::FQ::::::::::::SAAEAP:SQSESHSK::PQ:::SGSDS
hla1949         AT:I:::T::A::S:::::IK::::::::::::REGDGDGA:VATDG:ADRT::::::::
rrnAC0682       KS::S:::VS:::::::G:::::::::::::::QVDA:ASA::QPQTPKQDT::::::::
VNG5093         QT::D::::S::::::IGV:T::::::::::::QRQ::STK::::RT:::::::::::::
VNG5204         QT::D::::S::::::IGV:T::::::::::::QRQ::STK::::RT:::::::::::::
VNG6090         QT::D::::S::::::IGV:T::::::::::::QRQ::STK::::RT:::::::::::::
pNG6007         SS:IK:::LTVD::::I:::D::::::::::::SS:::::ESTSPQSPRHPA::::::::
NP6228A         LQ:I::::V:::::::I:I:E::::::::::::S:::T:TD:SSQQ:SRPA:::::::::
HQ1172A         K::I:T:SLD:D:::::::I:::::::::::::::::RS::SE::SIER:::::::::::
HVO_0769        :::::T:TV::::::::::I:::::::::::::::::R:SNEPA:SEPNAG:::::::::
Hbo0762         K::::S:TV::::::::::I:::::::::::::R:EAV:EAESV:TS:ATT:::::::::
Hut0562         :::I:T:S::::::::I::I:::::::::::::::::GDEEST::Q:STDSV::::::::
rrnAC1808       :::::T::VDS:S::::::I:::::::::::::A:::D:E:ETG::TVSDT:::::::::
Hmu0653         Q:::DT:SVD:::::::::IR::::::::::::::::--:DE:S::SEEPS:::::::::
hla2742         :::I:T:SL::::::::::I:::::::::::::QGESET:G:T::GVDTSAS::::::::
NP1132A         ::::DT::::A:D::::::I:::::::::::::G:::A::AQTETGG:SAA:::::::::
HQ3061A         AN:ITL:D:NTET::::::::DSPVDGDENKSTSTEYAT:::S:TI:I:SNSSSNSDVSI
VNG6437         EH:I:L:ELQS:::::::M:E:::::::::::::::::P::DDAD::TPDSQ::::::::
pNG2002         EQ:L:L:DLQQ:::::::V::::::::::::::::::LPTD:ET:::PSSE:::::::::

consensus       ------------------------RNSDPP---QPPVEEGEVRYVEIEDIGDQGDGIARV
#oth            3333332133344334434465675666731115...44115.7.31133.22...2111
HVO_B0287       ADDRDIDSDPARESAADTASGPREAH:Q:R:::::::A::D::S:I:DTL::::::::K:
rrnAC1189       RQEPQSSSQSGLQSDSQSDERSREPEFG:S:::S:::A:::T:V::::N:::K:::V::I
hla1949         :::::::::VAGNGTGGTPTSTTT:PTND:VASG:::S::D::E:T::TL::K:::::KI
rrnAC0682       ::::::::::::::::::::DPERA:TGV::::::::D:::I:N:T::SL::::::::K:
VNG5093         ::::::::::::::::::::APSE:::G:::::T:::T:::::D:T::TV::::::::K:
VNG5204         ::::::::::::::::::::APSE:::G:::::T:::T:::::D:T::TV::::::::K:
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pNG6007         ::::::::::::::::::::SQGSTSH:SS:::G:::D:::::D:T::TV::::::::K:
NP6228A         ::::::::::::::::::::APTADADE:T:::G:::D:::I:E:TV:TV::::::::K:
HQ1172A         ::::::::::::::::::::::::--:SE:::::::::PE:L:::::::::K::::::::
HVO_0769        ::::::::::::::::::::::::TPTNE:::::::::A::L:::::::::K::::::::
Hbo0762         ::::::::::::::::::::::::--:SE:::::::::I::L:::::::::K::::::::
Hut0562         ::::::::::::::::::::::::--PNE:::::::::T::I:::::::::K::::::::
rrnAC1808       ::::::::::::::::::::::::--P:Q:::::::::P::T:::::::::K::::::::
Hmu0653         ::::::::::::::::::::QPSQTP:SE:::::::::P::I:::::::::K::::::::
hla2742         :::::::::::::::::::::::::AD:G:::::::::P::M:::::::L:K::::::::
NP1132A         ::::::::::::::::::::::::--::E::::::::::::I:::::::L:K::::::::
HQ3061A         SSSATQSSVSSSTEARVDSASGHNA:T:R::::D:::D:::Q:I:T:::T::Y:::LT::
VNG6437         :::::::::::::::::::::::::ERT:S:::T::::::DQ:T:::::::E:::::T::
pNG2002         :::::::::::::::::::::::Q:ERE:::::E:::::::Q:T:D::::::K::::T::

consensus       ERGYVIIVPGAEPGDRVTIEITEVKENVAFAEVVEEDP---
#oth            11.1.1.112344212241.244.43111112213988775
HVO_B0287       :::F::::::T::::::EV:V:D::QT:::::P:DGASV::
rrnAC1189       DG:::V::SN:DV:E:LRV:MDQ:R:::::::I::RL:YYE
hla1949         :::::V:::DSQ:::EP:V:::S:R:::S::DI:::--:::
rrnAC0682       :::::V:::DG::::SP:V::ET:Q::::::S::DN:GHTV
VNG5093         :::::V:I:::Q:::EP::::DQ:Q::::::S::DTG:QSL
VNG5204         :::::V:I:::Q:::EP::::DQ:Q::::::S::DTG:QSL
VNG6090         :::::V:I:::Q:::EP::::DQ:Q::::::S::DTG:QSL
pNG6007         :::::V:::::Q:D:EP:V::EQ:Q::::::SI:DS::RAL
NP6228A         :::::::::D:A:::EP:V::QQ:R::::::D::GHE-:::
HQ1172A         :::::::::D::V::::K:::S:::S:F:VG::I::EI:::
HVO_0769        ::::::::::T:V:E::KV::::::S:F:VG::::D:F:::
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Hut0562         ::::::::::::IN:::KV:VS:::S:F:VG:II:::I:::
rrnAC1808       ::::::::::::IDE::K::V::::S:F:VG:IIDDV-:::
Hmu0653         ::::::::::::I:E::KV:VS:::S:F:VG:IID:TV:::
hla2742         :::::::::DT:V:E::K::V::::S:F:VG::::KAV:::
NP1132A         :::::::::D::V:E::K::VS:::S:F:VG:II:---:::
HQ3061A         :::F:V:::D:TE::::A::::S:::T::::D:::RFDEEG
VNG6437         :::F:V:::DT:S:E:::::::::A:T::::D:::REHYDD
pNG2002         :::F:V:::DTDI:E:::V:::D:GK:::::D::TRLSSNG